李孝恭坚持出战，结果大败。好在李靖已做好了迎接失败的准备，趁敌军获胜之后争夺战利品阵形散乱时，发动反攻，将敌军一举击溃，缴获了敌军战舰四百多艘，斩首及溺死近万人。
转败为胜的李靖采取了乘胜追击的策略，率精兵五千，接连打败了萧铣手下骁将杨君茂和郑文秀，俘虏了敌兵四千余人，一直杀到江陵城下。
兵临城下，形势逼人。当初为了削夺功臣的兵权，萧铣采取了裁军归农的政策，他不会料到自己酿的苦酒终究是要自己来品尝的。这时，京师江陵仅留下数千士卒担任戍卫，面临从天而降的唐军，萧铣虽然赶紧下了召集令，但归农的将士皆远在长江、五岭以南，路途遥远，非一两日能赶来。因此，当李孝恭率主力赶到江陵城下时，萧铣手边实在没有防御的兵力了，索性放弃城外阵地，收缩兵力全力防卫城池，唐军不费什么力气就占领了江陵的外城和水城。
水城是萧铣的水军基地，唐军在这里缴获了很多舟舰。众人都还沉浸在高兴之中时，李靖却下令将这些舟舰全部放到江心，让它们顺着长江水随波逐流。面对众将的不解，李靖马上进行了解析：
1.萧铣的地盘很大，南到五岭，东抵鄱阳湖。我们孤军深入，如果江陵久攻不下，敌人援兵四面围上来，我军腹背受敌，离灭亡也就不远了。
2.现在丢弃了这些舟舰，让它们在长江里随意漂流，敌人的援军看见了，必定以为江陵已经被我攻破，这样他们必然会迟疑不前，行军缓慢，等他们知道了确切消息时，几个月的时间已经耽搁了，那时我军早已攻下了江陵，他们也成了无本之木，很快便会土崩瓦解。
李靖的疑兵之计果然奏效，萧铣的援军半路上看见这么多舟舰，便都迟疑不敢前进。交州（今广西南部、越南北部一带）刺史丘和、长史高士廉等将领投降了唐军。
萧铣见京城被唐军紧紧围困，勤王救兵却是盼星星盼月亮就是盼不回，而城内又已是孤城，支撑不下去了，于是选择了开门投降。知道败局难挽，萧铣在投降时，也找了个台阶给自己下，他哭着对大臣们说了三句话：
1.非战之败，天不佑我。
2.万方有罪，罪在朕躬。
3.城门失火，殃及池鱼。
结论：为了城中将士和百姓，咱们还是开城投降吧！
武德四年（公元621年）十月二十一日，萧铣以猪牛羊三牲的太牢之礼告祭了宗庙，然后下令开城投降，守城的将士全都恸哭不已。萧铣率文武百官，身穿麻衣来到唐军营门，跪下对李孝恭说：“所有的过错和罪过都在我萧铣一人身上，与百姓无关，希望你不要杀掠！”
李孝恭率军入城后，众将都向李孝恭请求道：“萧铣的将帅因抵抗官军被杀的，罪行既然严重，就请将他们的家产抄了，赏赐给将士们。”李孝恭似为所动，但李靖坚决不同意，他说：“王者之师出动，为的是吊民伐罪，应该将正义的名声传到四方。他们为了自己的主子而战死，乃是忠臣，怎么能像对待叛逆一样没收家产呢？现在我军刚刚攻下荆、郢一带，应该向敌人充分展示我军的宽大，招抚远方人的心；如果我军在江陵抄了他们的家产，恐怕从此以后南面的城池都坚守不降，事情就不好办了。”抄家的意见便这样被否定了。
在李靖的主持下，唐军纪律严明，秋毫无犯，人民安居乐业。数日之后，十几万前来保卫江陵的援军赶到了，听说萧铣已经投降，都脱下铠甲，归附了唐军。江汉各地的城池也都闻风归降。
随后，李孝恭将萧铣君臣送往长安。唐高祖对萧铣进行了直接问罪，结果萧铣义正词严地回了两句话：
1.我没有罪。隋朝残暴不仁，失去了民心，才会使得天下英雄群起竞逐，您当初不也是这样的吗？
2.我没有天命。不成功便成仁，老天不帮我，所以革命才三年，便成为您的阶下囚。
对此，李渊来了个“双管齐下”：
1.直接把不服输的萧铣送上了断头台。
2.封功臣李靖为上柱国，赐物二千五百段，代理荆州刺史，令他主持派人分道招抚南方各地。
（3）最后一个造反者
萧铣死了，江南最大的“绊脚石”烟消云散了，如果按正常情况，可以用一句话来形容：李渊和他的儿孙们从此过上了幸福美好的生活。
然而，李渊还正在高兴呢，淮南道行台仆射辅公祏却再度兴风作浪，公然打出了反叛的旗帜。
当然，辅公祏之所以反唐，是有原因的，四个字：被逼无奈。
而逼他的正是跟他有八拜之交的兄弟杜伏威，两人上演的是一幕反目成仇的戏剧。
杜伏威是齐郡临济（今山东章丘西北）人，少时落拓无形，游手好闲，穷得叮当响，为了生计，常干些入室撬窃的勾当，是个典型的无业流氓。都说物以类聚，人以群分，结果赢得了同乡人辅公祏的赏识，两人相见恨晚，很快结为刎颈之交。
辅公祏是个讲义气的人，为了接济穷困潦倒的杜伏威，多次偷拿以牧羊为业的姑姑家的羊给杜伏威解决温饱问题。
而他姑姑也不是省油的灯，眼看羊圈里的羊一天天减少，一时又找不到贼，于是报了官。官府马上就派人来调查，结果吓得辅公祏和杜伏威两人拔腿就跑……这一跑，再也没有回头；这一跑，跑进了草泽地；这一跑，当了个山大王；这一跑，跑出了个未来。
辅公祏和杜伏威很快就不满足于山大王的职业，他们觉得要想成大气候，必须寻求强大的庇护伞，才能出人头地。正在这时，机会不期而降。隋大业九年（公元613年），王薄领导的长白山义军已成欣欣向荣之势，两人一合计，觉得王薄是个值得依靠的人，于是率众前去投靠。
然而，两人的热情很快就被残酷的现实浇灭，他们都没有得到重用，相反被冷藏了。此处不留爷，自有留爷处。杜伏威和辅公祏岂能忍受这股窝囊气，愤而出走。两人率众进入淮南，自成体系，号称将军。这时，杜伏威的才干得到了发挥，大量收编其他零星小盗，很快成了当仁不让的领袖。
杜伏威势力剧增，震动了隋炀帝，他亲派右御卫将军陈稜来讨伐。陈稜来到前线后，因为惧怕杜伏威，来了个避而不战。杜伏威见状，使出一招激将法，学三国诸葛亮激怒司马懿，遣人送去妇人衣服，讥之为“陈姥”。事实证明，陈稜毕竟年轻气盛，沉不住气，被杜伏威一激而怒，一怒而狂，一狂而飙，一飙而战。
两军交战勇者胜。混战中，杜伏威肩上中了对方突施的一暗箭，但杜伏威忍着疼痛，带箭冲入敌阵，指着射箭者一声暴喝：“不杀你，我绝不拔箭！”接着如同猛虎下山，所向披靡，斩杀射箭者……
杜伏威部下见主帅如此勇猛，随之奋力向前冲杀，结果陈稜军哪里抵挡得住，很快便乱了阵脚，兵败如山倒，最后陈稜仅带着数十随从逃得性命。
杜伏威乘胜追击，接连攻占了高邮（今江苏高邮）和历阳（今安徽和县），很快成了一方诸侯。
这时的宇文化及刚刚杀了隋炀帝，想多拉拢些好汉，于是把目光停留在杜伏威身上，很快向他抛去橄榄枝—任命他为历阳太守。
杜伏威经过痛苦的思索后，来了个三步走。
第一步，折断了宇文化及的橄榄枝，坚决不和宇文化及这样的大奸臣为伍。
第二步，将自己的革命根据地移到了丹阳（今江苏南京），目的是为了避免宇文化及的打击报复。杜伏威到了这个六朝之都后，马上开始励精图治，又是招募人才，又是改造兵器，又是轻徭薄赋，又是惩治贪官。很快，得到实惠的江淮民众对他打出了这样的标语—江淮欢迎你。
第三步，寻找新的庇护伞。杜伏威拒绝了宇文化及，却马上把橄榄枝传递给了越王杨侗，并且信誓旦旦地表示愿意归顺。面对天上掉馅饼的好事，杨侗没有不答应的道理，马上给了杜伏威两顶官帽：楚王和东道大总管。
正当杜伏威以为找到了自己的“真命天子”时，他的真命天子却如昙花一样，瞬间消失了—很快，王世充废了杨侗，自立为帝。
好女不嫁二夫，忠臣不事二主。杜伏威自然不肯向“二进宫”的王世充低头称臣，于是再次选择了“单飞”。在单飞期间，他的一双慧眼停留在“潜力股”李渊身上。
而这时，李渊也对杜伏威抛来了橄榄枝，于是当李世民率部征讨王世充时，杜伏威自告奋勇请求当先锋，结果被李渊任命为东南道行台尚书令、江淮以南安抚大使，封吴王，赐姓李氏。
有了李渊这棵大树，杜伏威的势力一涨千里。武德四年（公元621年），他在杭州吞并了势力浩大的李子通部队，随后，他又兵进歙州（今安徽歙县），吞并了另一股割据势力汪华。很快，他的领土达到了这种规模：尽有江东、淮南之地，南接于岭南，东至于海。这个面积相当于今天的江苏省、浙江省、上海市、安徽省、江西省东部、福建省、广东省，够大吧！
然而，杜伏威的发展相对于李唐王朝来说，那是一个小巫，一个大巫。这个时候李世民打败了刘黑闼，再朝徐圆朗发动进攻……
天下很快就要平定了。杜伏威坐不住了，他知道如果再不采取措施和办法，将来分封时，他这个地方诸侯肯定会被李渊刷了。若再拖延不去长安朝见李渊，恐怕这名义上的臣服难以遮盖实际上的割据，唐军兵叩丹阳将为时不远了。因此，在武德五年（公元622年），他无奈地赶往了长安，以表达自己对唐朝的“忠心不二”。
杜伏威走前，最放心不下一个人，那就是他的莫逆之交辅公祏。由于辅公祏与杜伏威是好友，又年长，杜伏威常以兄称之，起义军中也呼其为“伯”，对其敬畏程度不下于杜伏威。而辅公祏这时早已不是当年的辅公祏了，他以老资历自居，大有目空一切之势，慢慢地，杜伏威心中便有了介蒂。为了削其威势，杜伏威采取了表面尊崇实际架空的权术，外拜辅公祏为仆射，内里却提拔了他的两个养子：阚稜为左将军，王雄诞为右将军，执掌兵权。
从此，辅公祏与杜伏威之间有了裂痕。
架空辅公祏后，杜伏威走前把军队付与了王雄诞，并且说了这样一句话：“我走之后，一定小心再小心，警防辅公祏耍小计谋。”
事实证明，姜还是老的辣，王雄诞虽然拍胸脯表示没问题，但杜伏威走后，问题就来了，他和辅公祏相比，太嫩了点。武德六年（公元623年），辅公祏联合手下一个叫左游仙的谋士，精心谋划，周密部署，一举夺回了逝去的兵权。
胜者为王，败者为寇，对此，悔之晚矣的王雄诞以宁死不屈结束了自己年轻而短暂的生命。
随后， 辅公祏一不做，二不休，干脆称了帝，宣布国号大宋。以左游仙为兵部尚书、越州（今浙江绍兴）总管。武德七年（公元624年），他顺利地用军事手段解决了占据毗陵（今江苏常州）的沈法兴。
然而，对付小型割据势力绰绰有余的辅公祏，却在唐军面前一触即溃。武德七年（公元624年）十二月，唐高祖李渊进行了声势浩大的“剿匪”，派赵郡王李孝恭率舟师进抵江州，岭南大使李靖率岭南诸军抵达宣州（今安徽宣城），怀州总管黄君汉自谯州（今河南永城）、亳州（今安徽亳州），齐州（今山东济南）总管李世绩出准、泗，围剿辅公祏。
辅公祏采取的是水来土掩，兵来将挡的办法。他以舟师三万驻屯博望山（今安徽当涂县西南江畔），以步骑三万驻屯青林山（今当涂县东南），并以铁锁断江路，筑城，结垒以拒唐军。他满以为他精心部署的防线将固若金汤。
然而，事实证明，在强大的唐军面前，他的大军根本不值一提。唐军先是切断了他的粮道，让辅公祏的军心动摇后，然后以偷袭的方式，冲破了辅公祏划分的“三八线”，在最后的大决战中获得大胜，到了穷途末路的辅公祏不得已只好弃城出走，最后逃到武康（今浙江德清县西）时，还是光荣被擒。
丹阳，成了辅公祏的葬身地。这就叫自作孽，不可活，诚为悲也。
至此，江南平定，唐朝完成了统一。