南水北调具有公益性和经营性双重功能，必须多渠道筹集建设资金。规划的南水北调工程主体工程的建设资金主要通过中央预算内拨款、南水北调基金和银行贷款3个渠道筹集。在此基础上，南水北调工程也积极探索其他的融资方式，江苏和山东率先本着“投资主体多元化、运营主体企业化、运行管理市场化”的原则逐步尝试与本地实际相适应的BOT或公司托管等方式，以解决建设资金来源和运行机制等问题。南水北调工程投资巨大。为规范南水北调工程的投资管理，确保工程质量、安全、进度和投资效益，南水北调工程投资管理采取了多级管理模式。
（第一节）动静结合，投资管理新体制
南水北调工程是我国继三峡工程之后的又一特大型水利基础设施，工程规模空前，建设工期长，投资数额巨大。根据南水北调东线、中线一期工程可行性研究总报告批复，按照建设期物价上涨指数2.5%、贷款利率6.84%计算，东线一期工程静态投资383亿元，动态投资114亿元，合计497亿元；中线一期工程静态投资1435亿元，动态投资388亿元，合计1823亿元。另外，按照2008年1月1日实施的耕地占用税暂行条例，东线、中线一期工程分别增加耕地占用税36亿元和190亿元。以上合计，东线、中线一期工程可行性研究阶段总投资为2546亿元。
南水北调工程顺利开展的前提是要保证资金的及时到位。经过多种方案分析，综合考虑工程兼有防洪和生态环境等效益，南水北调工程建设委员会规定南水北调工程投资实行“静态控制、动态管理”的投资管理体制。南水北调工程投资静态控制是指以国务院批准的可行性研究报告为目标，以批准的初步设计概算总投资为依据，通过编制并严格实施项目管理预算进行投资控制。动态管理是指在工程实施过程中，以批准的项目管理预算为基础，对由价差（包括价格变动、国家政策调整、税费变动、建设期贷款利率及汇率变化）引起的初步设计概算总投资以外的投资变动，通过审批年度价差报告进行有效管理。
通过建立规范的投资管理制度和投资激励约束机制，使南水北调工程建设投资控制在国家批准的可行性研究总投资（包括价差预备费和建设期贷款利息）范围内。项目法人是南水北调工程实行投资静态控制、动态管理的责任主体，对南水北调工程建设全过程投资控制负责。各级建设管理单位对工程建设投资控制承担相应责任。
为保证加强资金管理，保证资金专款专用，建立了资金使用管理责任制，明确单位领导责任人和资金各环节责任人的责任。资金的管理使用严格按基本建设程序的要求进行，注重从源头抓起，实现对资金流转各个环节的有效控制。资金使用严格执行批准的计划和工程概算和规定的开支标准，未经批准不得增加建设内容、提高建设标准。工程经费专款专用，专户存储，专账核算。
（第二节）资金筹措
经过多种方案分析，综合考虑工程兼有防洪和生态环境等效益，南水北调主体工程的建设资金通过中央预算内投资（国家重大水利工程建设基金）、南水北调基金和银行贷款3个渠道筹集。
一、国家资本金的投入
（一）国家资本金是南水北调工程顺利进行的根本保证
依据南水北调工程总体规划，在南水北调工程建设资金中，有30%是政府注入的资本金，这充分体现政府对重大基础设施建设的主导，也从而确立了南水北调工程的公共服务性。
目前南水北调工程进展顺利。截至2009年10月底，南水北调工程已累计完成投资614.7亿元（含初步设计工作投资13.7亿元），其中中央预算内投资165.7亿元，国家重大水利工程建设基金106.5亿元，南水北调工程基金82.4亿元，银行贷款260.1亿元。
中央资金（中央预算内投资及国家重大水利工程建设基金）所占比例为44.3%。2009年南水北调工程建设全面加速，全年计划投资213亿元，其中中央资金65亿元，南水北调工程基金20亿元，银行贷款128亿元，中央政府投资所占比例为30.5%。另外，南水北调工程基金也是由政府征收使用，属于另一种形式的政府投资。以上表明：政府是南水北调工程的投资主体。另外，国家资本金投入也是政府对南水北调工程的肯定，可以吸引社会资金的投入，起到投资导向的作用。因此，国家资本金的及时到位是南水北调工程顺利进行的保证。
（二）国家资本金的投入有利于政府宏观调控
南水北调工程将为国家实施可持续发展战略服务，不仅有利于合理调整生产力布局，增强经济发展后劲，而且有利于生态建设和环境保护。因此，作为投资主体的各级政府，要在规划、建设和管理如此重大的水利基础设施项目中，充分发挥他们的宏观调控的作用，以便制定水资源合理配置方案，协调调水区和受水区的利益关系，处理调水与防洪减灾的关系，妥善安置移民，制定合理的水价政策，促进节约用水和防治水污染。
二、重大水利工程建设基金投入
2002年，党中央、国务院批准了南水北调工程总体规则，东、中线一期工程开工建设。2006年，东、中线一期工程总体可研报告编制完成。由于政策调整，物价上涨以及计入价差预备费、建设期贷款利息等原因，可行性研究阶段工程投资比规划阶段有较大幅度的增加，出现投资缺口。为弥补这一缺口，中央新增了一个投资渠道——重大水利工程建设基金。
鉴于三峡、南水北调等重大水利工程对国家的发展具有全局性、战略性意义，三峡基金自1992年开始征收以来，已有稳定的征收渠道，基本为社会接受，但增发国债、发行企业债券等筹资方案不可行，按照全国一盘棋，集中财力办实事的原则，国家最终确定利用三峡基金2009年底停收后腾出的电价空间，设立国家重大水利工程建设基金，主要用途是解决南水北调工程资金缺口问题，解决三峡库区遗留问题，加强中西部重大水利工程建设。
用于南水北调工程建设的重大水利工程建设基金，由南水北调工程项目法人根据工程建设进度提出年度投资建议，报国务院南水北调办公室审查，并由国务院南水北调办公室报国家发展改革委审核后，纳入国家固定资产投资计划，全部作为中央资本金管理。同时，国务院南水北调办公室要编制重大水利工程建设基金年度支出预算，报财政部审核。财政部根据批准的年度投资计划、基金收支预算和基金实际征收入库情况安排资金。
三、征收南水北调工程建设基金
根据南水北调工程的特点和性质，南水北调建设基金由中央政府专项征收、专项使用。也就是说，除中央预算内拨款安排的资金外，南水北调建设基金同样是中央政府投入调水公司的资本金。这样，南水北调调水公司作为中央政府的独资公司，在国家宏观调控下，为沿线省、自治区、直辖市的社会经济发展提供用水服务，并实现水资源的优化配置、改善生态等综合目标。
（一）建立建设基金的必要性和可行性
南水北调工程建设基金是针对目前城市供水价格偏低和用户尚存在较大水价承受能力的实际情况，通过逐步提高城市生活和工业水价，将提价部分作为地方政府资本金投入工程建设。南水北调工程建设基金的建立有利于促进节约用水和防污治污，还可为南水北调工程通水后的水价平稳过渡打下基础。
为了减轻地方在资金筹措方面的负担，同时加大南水北调资金的保证，中央资本金由20%调增至30%，基金由35%调减至25%，这对于南水北调工程建设来说是个很重要的支持，同时减少基金用于干线工程的比例，减轻了地方征收基金的压力。
经测算，在南水北调东线、中线一期主体工程中，需沿线有关省、直辖市承担的资本金总额，分别为42亿元和225亿元。按10年内筹足考虑，东线和中线沿线地区的水价平均增加幅度分别为0.267元/立方米和0.458元/立方米。据调查并借鉴国内外有关现行办法进行测算，目前南水北调工程沿线省、直辖市城市居民生活用水可承受水价与现行水价间的可涨价空间约为2.0元/立方米，工业企业生产用水量最大可承受水价约为现行水价的一倍。城市居民生活和工业生产用水的可涨价空间，远大于筹集建设基金所需的加价幅度。
（二）征收南水北调基金的国家政策