以1999年底同意研究JSEPA提议为标志，日本开始向重视区域(主要是东亚)合作的方向迈进，日本的政策立场也全面转向肯定FTA。MITI于2000年出版的《国际贸易白皮书》首次对区域经济一体化做出肯定，把它对多边贸易体制的负面影响的批评降到了最低限度，并指出：日本“在将一体化定位于以WTO为导向的多边贸易体系的补充的同时，也应采取更加灵活的措施来扩大地区一体化的范围与此同时，外务省也一改其批评地区贸易协定的以往立场，而在2000年的《外交蓝皮书》中对其进行了赞扬，称其“不是壁垒”，“能促进开放贸易，对世界经济增长做出贡献”，“是多边贸易体制的有益补充”。这表明，日本负责对外经济政策制订的两个主管部门的立场变得一致了。此外，日本工商界也表明了支持的态度，日本经团联发表了题为《敦促积极推进自由贸易协定：面向贸易政策的新范围》的呼吁书，表明工商界与政府部门已就推动区域经济合作达成共识。
这里还需要提及两件重要的事情，它们对日本改变对美国主导的WTO、APEC等多边主义框架的看法起了推波助澜的作用。
第一件事是1998年APEC所遭受的重大挫折，即APEC所推出的雄心勃勃的“部门自愿提前自由化（EVSL)”计划，因遭到许多成员（包括日本）的反对而流产。APEC是日本参加并寄予厚望的唯一区域合作组织。日本认为EVSL之所以失败，是因为美国不切实际的冒进主义。在1997年亚洲金融危机打击下，APEC的许多成员根本顾不上贸易自由化，而美国从自己利益出发、一味要通过超出许多成员承受力的该项计划，最终导致失败，APEC从此跌入低谷，影响大幅下降。日本对此十分失望，也对美国的做法心怀不满。此后，APEC成员纷纷转向寻求双边FTA，日本已心有所动。
第二件事是1999年西雅图会议的失败，WTO新一轮谈判的希望化为乌有。日本国内随之出现“WTO未必是自由贸易最好的舞台”的舆论，日本经团联等组织出面要求政府修改向WTO一边倒的贸易政策；同时，日本政府也发现，一直高调维护WTO体制的美国，正在悄悄地加强地区保护主义，美国在竭力推动NAFTA的扩大，积极策划包括全美洲的FTAA(美洲自由贸易区）。美国奉行的是多边主义与区域主义并行的“双轨”政策，较之日本只支持多边主义的“单轨”政策更胜一筹，这促成了日本对自己一贯立场的反省。
除此以外，这一时期日本已经历了近10年的持续经济衰退，自1991年出现的衰退到1999年也未见好转。为了摆脱萧条，日本被迫进行对外经济战略与贸易政策的调整，使之有利于国内的经济结构改革。日本的目光开始转向东亚这个全球经济增长最快、发展潜力最大的地区，不得不考虑自己将在已经开始的东亚区域合作进程中扮演什么样的角色的问题。
2001年，MITI进行重组，改为METK经济产业省）。改组后的METI继续发表《国际贸易白皮书》。2001年白皮书继承和发扬了前几期对FTA和区域合作所持的肯定态度，并首先对WTO多边体制的缺点进行了明晰的批评，指出了日本今后的政策方向：“WTO的协商机制变得越来越麻烦。单纯依赖WTO对于迅速有效实现日本经济的复苏这一国家目标已不再是必要和充分的条件。日本应当通过灵活运用不仅是WTO，而且还包括地区或双边的论坛等手段来发展其对外经济政策。
同年，外务省发表的《外交蓝皮书》也持相同立场，并特别赞扬了已进入谈判的JSEPA将能够超越WTO的水平，促进相关规则的准备。
2001年，除了日新协定已进入实质性谈判阶段，日墨协定也进入准官方层次的谈判，日韩协定则在积极推动中。此外，日本一智利FTA也进入准备阶段，日本与澳大利亚、加拿大、新西兰、泰国、中国台湾、巴西等建立双边FTA的构想也相继出现。
4.2002年至今的“转变完成期”和“FTA新时代”的来临
2002年1月13日，《日本一新加坡经济伙伴关系协定》(JSEPA)正式签署，这标志着日本真正开始实行其新的、有选择的双边主义贸易政策，也为日本的FTA政策建立了一个模式，其特点是覆盖面广泛和对农产品范围的妥协态度。实际上，日本从一开始起就以范围广泛的EPA(经济伙伴关系)取代了FTA(单纯的自由贸易协定），以后与别的国家谈判或签署的都是EPA模式的协议。JSEPA在农产品问题的处理上独树一帜，它只规定日本取消所有2277种农产品中的486种产品的关税，而这486种农产品中有428种已在对WTO的承诺中取消了关税，剩下58种关税也已几乎为零，至于其他1791种农产品(约占全部农产品的79%)则根本不在协议之内。因为新加坡没有那么多种类的农产品，JSEPA还通过严格的原产地规则，杜绝了农产品的迂回贸易这种“模式”使得日本既不必在协议内对绝大部分农产品取消关税，又没有把农产品问题全部排除在协议之外，从而满足了GATT第24条款所规定的除少量敏感产品外、不能把某大类产品排除在外的规定。
JSEPA签署之后，JMFTA(日本一墨西哥自由贸易协定）也进入政府协商阶段。相比之下，最早提出的JKFTA(日本一韩国自由贸易协定）却因困难重重而停顿了下来。但日本与东南亚国家的FTA计划却进展迅速。这主要是因为受到中国的刺激。2001年11月，中国与东盟宣布在未来10年内建成“中国一东盟自由贸易区”，这使蒙在鼓里的日本大为震惊。小泉首相随即于2002年1月对东盟进行了“历史性的访问”，除了与新加坡签署JSEPA之外，还主动提出要与东盟确定“日本一东盟全面经济伙伴关系”(JACEP)。以往的各种FTA或EPA都是外国向日本提出的，日本被动接受，但JACEP却是日本破天荒地首次主动提出的，并且是由最高领导人首相亲自推动的，这充分反映出日本对于中国在区域合作中领先一步的不安与焦急心态。2003年10月，日本与东盟正式签署了《日本一东盟全面经济伙伴关系框架协议》，宣布将在10年内建立“日本一东盟自由贸易区”。
2002年MITI的《白皮书》和外务省的《蓝皮书》均高调肯定以FTA为代表的区域合作政策。此外，2002年9月，MITI还撰写了《促进经济伙伴关系》的内部报告；同年10月，集中阐述日本区域合作政策的重量级报告《日本的FTA战略》由外务省公开发表。
除了出台政策报告文书外，日本政府还组建了专门的机构来具体实施区域合作政策。2002年10月，外务省设立了课级（相当于处级)FTA/EPA总部，并在经济局内设立FTA/EPA室2002年，日本完成了从推崇多边主义向有选择的双边主义的转变，并以JSEPA为标志，进入了FTA新时代。但是，日本区域合作政策的真正考验，是在JSEPA签署之后的2003年才开始的，因为日本要与两个强硬的对手墨西哥和韩国在农业这个敏感问题上展开谈判。事实证明，这是极其艰苦的。日韩谈判直至2005年仍未结束；日墨谈判也持续到2004年才完成，该协定已于2005年4月1日起生效。
促成日本对外经济政策做出上述重大转变的主要因素，在前面的论述中已经提及。例如，WTO多边体制问题突出、APEC遭到挫折、日本经济的长期衰退等等。这里还要再补充两个外部因素。一是美国因素，一是中国因素。
1997年爆发的亚洲金融危机造成了美、日在东亚地区影响力的消长。美国对危机的袖手旁观态度激起了东亚受危机影响国家的强烈不满，美国在东亚的声誉和影响力下降；相反，日本推出名为“新宫泽构想”的货币援助计划，对受危机影响国家进行紧急援助，这在一定程度上消除了东亚国家对日本领导区域合作的疑虑，日本在东亚的影响力上升。日本自然看到了东亚国家希望由日本而非美国来领导区域合作的意愿。另一方面，由于金融危机削弱了东亚的经济实力，不再构成对美国的威胁，美国便对东亚区域合作采取了默许的态度；加上日本经济长期衰退，日本已不再是美国的强硬对手，也使美国能够允许日本去主导东亚区域合作进程。说到底，美国既不愿意东亚经济过分强大，对其造成威胁，也不愿意东亚经济过于衰弱，使其得不到利益。金融危机正好给了日本在美国默许下对东亚区域合作施加影响力的好机会。这是促使日本进行对外经济政策转变的重要因素。
另一个是中国因素。亚洲金融危机后中国在东亚地区的影响迅速扩大。中国坚持人民币不贬值，对东亚地区的金融危机起了有力的稳定作用，赢得了东亚国家的普遍尊敬。中国积极支持东盟的核心作用，提出许多倡议，推动区域合作。中国经济的持续高速增长与日本经济的长期衰退形成了鲜明对照，两国在东亚地区的影响力发生了逆转。这使日本受到了强大的压力，有了紧迫感，不得不调整政策，加强自己在东亚地区的影响力。正如日本学者所言“2002年日本迅速与东盟签署EPA协议，是对上一年宣布的中国一东盟FTA的应对，主要是出于害怕邻国削弱了自己在东亚的影响力。”
二、日本的东亚区域合作政策
对日本的东亚区域合作政策，可以从两个大的方面加以认识：
(1)官方已经出台的区域合作政策，主要是外务省发表的《日本的FTA战略》；（2)是日本正在拟订的关于东亚共同体的对策。
(一)日本在东亚地区推行的FTA战略2002年10月，日本外务省发表了《日本的FTA战略》政策报告，正式阐明日本对区域自由贸易协定的基本立场、谈判和签署FTA的基本原则、选择主要谈判对象的依据和具体要求以及实施FTA战略的重点等等。这个政策报告虽然不是专门针对东亚区域合作的，但由于东亚是日本推行FTA战略的一个重点地区，从中可以明晰地看出日本对东亚区域合作的政策与方针。
实际上，日本最早的FTA构想首先是由MITI在2000年提出的。当年发表的《国际贸易白皮书》不但对FTA作了充分肯定，并且第一次提到了日本的FTA构想，即按照JKFTA(日一韩）、JSEPA(日一新加坡）、JMFTA(日一墨)和JCFTA(日一智利）的顺序来推进日本与这些国家的FTA谈判从这里可以看出日本东亚区域合作政策与方针的雏形。
《日本的FTA战略》报告涉及东亚区域合作政策的内容主要有两点：（1)提出东亚是日本实施FTA战略优先考虑的地区，日本要推动东亚一体化进程；（2)阐明日本要对东亚国家采取区别对待策略。关于第一点，该报告强调要在已签署的日一新协定(JSEPA)基础上，以韩国和东盟为主轴，在东亚推动双边自由贸易助、定，并以此促成东亚自由贸易区的建立；报告还提到日本应当认识到东盟在东亚经济一体化中起的重要作用。而在FTA模式的选择上，报告强调使用覆盖面更广泛的EPA(经济伙伴关系协定）模式，而不是单纯的自由贸易协定(FTA)模式，其样板就是JSEPA。
更重要的是其第二点内容，即按对日本最有利的顺序来实施FTA，优先考虑的是韩国与东盟中的主要成员，包括泰国、菲律宾、马来西亚和印度尼西亚四国（与新加坡已签）。报告指出，做出这样的选择有两个理由：（1)经济方面，这些国家关税水平较高，贸易障碍较多，建立FTA后，双方所获得的经济效益也较明显；（2)从政治、安全和外交需要来看，这些国家对日本的重要性更为突出，而且也容易达成协议。其次考虑的FTA对象是东盟的其他成员，主要是经济落后的新成员，它们将在日本与东盟老成员达成的协议基础上有条件地加入，最后扩展为日本与整个东盟的FTA。
报告刻意把中国排除在最初的考虑之外，其理由是中国刚刚加入WTO，日本首先需要对中国有没有切实履行“入世”时的承诺进行“监督”，然后再作打算。但报告也承认，无论从日中双边关系来看，还是从东亚一体化目标来看，把中国排除在外是不可能的，但中国只能放到最后阶段来考虑，建立“中日韩自由贸易区”是一个中长期目标，只有完成日韩FTA之后，才能“吸收中国”加入。
此外，报告还把台湾与香港纳入到日本的FTA对象中。关于香港，其理由是在日本与中国经贸关系日益扩大的背景下，不能把香港排除在外；关于台湾，报告指出，台湾是以一个独立关税区加入WTO的，与之建立FTA是符合WTO规则的，但由于台湾关税已较低，所获得的利益对双方均有限，双方可以借助FTA来加强特定领域中的经济联系。值得一提的是，在2003年METI发表的《国际贸易白皮书》-中，也提出要把香港、台湾两个地区纳入东亚一体化进程，把“10+3”扩大为“10+5”。事实上，日本早在2001年和2002年便通过民间机构与台湾开始筹划双边FTA研究。但迫于中国大陆的压力，至今尚未谈成。
概而言之，日本在东亚的FTA战略是分四步走：第一步分别与韩国和东盟成员泰、菲、马、印尼四国缔结双边FTA(与新加坡的协定已签署）。第二步是以与东盟五个老成员（包括新加坡）的双边协定为基础，根据一定的加入条件，吸收东盟其他成员加入，从而完成与东盟整体的双边协定（JACEPA)；与此同时，在完成日一韩FTA之后，双方再共同探讨扩大区域合作范围的可能性。第三步是分别以日一韩FTA和日一东盟FTA为主轴，吸收中国加入。第四步是把台湾、香港拉入东亚合作进程，将“10+3”扩展为“10+5”，实现更广阔的东亚一体化。