除了表面的领土问题外，两伊战争的爆发还有内部的深刻原因。伊朗与伊拉克虽然都信仰伊斯兰教，但两国的民族不同，伊朗属波斯民族，讲波斯语；而伊拉克属阿拉伯民族，讲阿拉伯语。另外两国领导人的政治理念不同：伊朗领袖霍梅尼持复古的伊斯兰原教旨主义；伊拉克总统侯赛因是阿拉伯社会复兴党人，持近代的泛阿拉伯主义。霍梅尼上台后，公开扬言要对外输出“伊斯兰革命”，建立政教合一的宗教国家。侯赛因的伊拉克政府则是远离宗教的政教分离国家，不能容忍在伊拉克建立政教合一的宗教政府。
由于伊拉克是伊朗的近邻，伊朗伊斯兰革命输出的首当其冲就是伊拉克。因此侯赛因想趁火打劫，趁伊朗新政权还没有站稳脚跟，出兵推翻霍梅尼政权。同时侯赛因也想通过打败伊朗来树立他在阿拉伯国家的威信，接替埃及作阿拉伯联盟的盟主。但侯赛因的计划失误，伊朗虽然失去了美国的支持，但伊朗军队仍有强大的战斗力，伊拉克的进攻受到顽强抵抗，两伊战争进入相持局面。以色列也利用伊拉克忙于两伊战争之际趁火打劫，1981年6月，以色列突然出动飞机炸毁了法国援助伊拉克建造的核电站，以色列认为该核电站有可能被伊拉克用来制造核武器。
两伊战争中，除了叙利亚和利比亚这样的革命国家支持伊朗外，多数阿拉伯王制国家害怕伊朗的革命输出，希望伊拉克成为伊斯兰革命的防波堤，所以支持侯赛因，向伊拉克提供经济援助。美国因为与伊朗恶交，也支持侯赛因，向伊拉克提供军事援助。伊拉克在两伊战争中有较多的国际支持。
1987年7月联合国安理会通过598号决议，要求两伊立即无条件停战。伊拉克当即宣布接受这项决议，但伊朗拒绝接受，两伊战争继续进行。此后，两伊战争的战场从两国边境地区的阵地战转变为“袭城战”，双方使用大量导弹袭击对方的城镇、石油设施和港湾设备。“袭城战”搞得双方损失惨重，不得不坐下来停火谈判。1988年8月，两伊战争在稍利于伊拉克的情况下停战。此后伊拉克以“伊斯兰革命的防波堤”的名义，接受欧美国家的援助，逐渐成为中东新兴的军事大国，这是后来海湾战争的原因。
两伊战争虽然减缓了伊斯兰革命对阿拉伯世界的冲击，但也造成了阿拉伯国家的分裂。叙利亚和利比亚支持伊朗，不仅伊拉克与他们断交，其它中东国家也与他们的关系急速冷却。两伊战争后，中东的几个阿拉伯大国：埃及、伊拉克、叙利亚、约旦、利比亚等国之间，已是各念一本经，失去了互助协助的关系，纳赛尔时代阿拉伯国家团结一致的形势一去不复返。此后，约旦、叙利亚等国也出于本国利益，纷纷单独与以色列交涉谈判，局势对以色列越来越有利。
1979年前苏联入侵阿富汗，使美国把注意力转向抗衡前苏联的扩张威胁上，新上台的里根总统一改卡特前总统的对苏缓和政策，采取对苏强硬立场，提出“星球大战”等对抗前苏联的战略计划。前苏联入侵阿富汗后，美国对中东问题的关心程度大为降低，形势对阿拉伯国家更为不利。另外前苏联入侵阿富汗后，与前苏联近邻的阿拉伯国家也感到前苏联的威胁，联美抗苏的思想抬头，阿拉伯人的反美思潮有所后退。
对于巴勒斯坦人来说，19世纪80年代是寒冷的年代。他们的阿拉伯兄弟们，正在淡忘“阿拉伯大义”，不再把解放巴勒斯坦当做他们的义务，巴勒斯坦问题已不再是整个阿拉伯世界的问题，而变成了单纯巴勒斯坦人自己的问题。阿拉伯国家纷纷承认以色列，对巴勒斯坦解放组织的支持越来越少。第一个抛弃巴勒斯坦解放组织的阿拉伯国家是约旦。
在1967年第三次中东战争以前，约旦对巴解组织是支持的，不仅提供资金，还在约旦境内为巴解组织设置训练基地。第三次中东战争后，约旦国王侯赛因看到以色列压倒性的军事力量，害怕巴解组织的活动造成以色列入侵约旦的借口，开始限制约旦境内巴解组织的活动，并请巴解组织自重。但巴解组织并不理会侯赛因国王的劝告，他们不仅在约旦与以色列的边界附近展开游击战，而且还在国际上频繁制造恐怖主义活动。1970年，巴解组织劫持了四架西方客机到约旦着陆。在此情况下，侯赛因国王决定动用武力把巴解组织驱逐出境。1970年9月，约旦军队向境内的巴解组织发起进攻，将巴解组织赶出了约旦。
巴解组织被逐出约旦后，将活动基地转移到黎巴嫩。黎巴嫩是一个人口只有300万左右的小国，但却是基督教、伊斯兰教信徒混住的多宗教国家（51%信奉伊斯兰教，49%信奉基督教）。另外伊斯兰教徒又分为逊尼派和什叶派，情况更加复杂。黎巴嫩的宪法规定：国家最重要职务的总统、总理和国会议长，分别由基督教徒、伊斯兰教逊尼派教徒和伊斯兰教什叶派教徒担任，所以黎巴嫩政府是一个各派争吵不休的软弱政府。
1970年9月约旦当局镇压巴解组织后，巴解总部所领导的游击队主力1万余人从约旦转移到黎巴嫩境内，在黎巴嫩南部建立营地，逐步控制了黎巴嫩南部地区，成为“国中之国”。巴解组织不时对以色列进行袭击，在第四次中东战争期间，巴解游击队更是协助埃及、叙利亚部队，袭击以军基地、仓库和雷达站等军事设施。1973年4月，以色列派特种部队潜入黎巴嫩首都贝鲁特，暗杀巴解组织干部。1978年3月，以色列以报复巴解游击队为由，出兵入侵黎巴嫩南部地区。3月19日，联合国安理会通过决议，派联合国部队进驻黎巴嫩南部地区，帮助黎巴嫩政府恢复对南部地区的控制。
巴勒斯坦武装力量转移到黎巴嫩后，得到黎巴嫩伊斯兰教派的支持，但却遭到黎巴嫩基督教派的反对。巴解组织在黎巴嫩境内建设巴勒斯坦人的学校、医院，巴解游击队的士兵背着枪大摇大摆地走在黎巴嫩大街上，好像在自己国家一样。此外巴解组织还直接支持黎巴嫩的伊斯兰教派，这些都引起黎巴嫩基督教派的强烈不满。终于在1975年4月，爆发了基督教派与伊斯兰教派之间的黎巴嫩内战。
基督教派民兵在战争初期稍占上风，但伊斯兰教派民兵在巴解游击队和叙利亚的支持下，逐渐扭转了战局。1975年10月，黎巴嫩、叙利亚、埃及、沙特阿拉伯、科威特和巴勒斯坦解放组织召开六方会议，决定组成以叙利亚军为主力的阿拉伯维和部队进驻黎巴嫩。此后，黎巴嫩内战逐渐平息，但黎巴嫩的基督教派对叙利亚的干预不满，基督教民兵与叙利亚军之间多次发生武装冲突。
1982年发生了以色列驻英国大使遭巴解组织恐怖主义分子刺杀事件，恰值1982年爆发英阿马岛战争，国际社会的关注焦点集中于马岛战争上，以色列乘此时出兵可以减少世人的注意力。1982年6月6日，以色列以驻英国大使遭巴解组织刺杀为由，出动陆海空军10万多人，对黎巴嫩境内的巴解游击队和叙利亚驻军发动了大规模的进攻，只用了几天时间，就占领了黎巴嫩南部。这是第四次中东战争以来，以色列和阿拉伯国家之间最大的一次战争，也被称为“第五次中东战争”。
第五次中东战争后，巴解组织的实力大为减弱，而阿拉伯诸国对巴解组织的支持也只停留在形式上。在此情况下，巴解组织不得不谋求美国等西方国家的支持。1988年巴解组织主席阿拉法特做出了无奈的决定，宣布接受联合国1947年分割巴以的181号决议，成立巴勒斯坦国，承认以色列的存在。当然反对阿拉法特的巴勒斯坦人也不少，人们嘲笑说：“承认了以色列还叫什么解放组织？”阿拉法特宣布承认以色列10天后，巴解组织的激进派在苏格兰上空制造了泛美客机爆炸案，让阿拉法特十分难堪。
到1990年，支持巴勒斯坦的阿拉伯大义已是被人遗忘的历史，俄国、中国等以前支持阿拉伯的国家，也开始对中东问题持旁观态度。就在此时，伊拉克总统侯赛因出兵吞并科威特，引发海湾战争。侯赛因重新提起阿拉伯大义：如果以色列遵照联合国的242号和338号决议，从阿拉伯被占领土上撤军的话，伊拉克就从科威特撤军。巴勒斯坦人感谢侯赛因，他没有忘记阿拉伯大义，没有忘记巴勒斯坦人。尽管支持伊拉克使巴解组织陷入国际上的孤立，巴解组织还是宣布支持伊拉克。
1967年第三次中东战争后，以色列占领了大片阿拉伯国家的领土。1967年联合国安理会通过242号决议，要求以色列从占领土地上撤军，但以色列拒不执行联合国的决议。1973年第四次中东战争后，阿拉伯国家虽然收回了部分被占领土，但大部分被占领土仍然控制在以色列手中。1974年联合国安理会通过338号决议，重申以色列应遵从242号决议，从占领土地上撤军，以色列仍拒不执行联合国的决议。而伊拉克入侵科威特，拒不执行联合国的撤军决议，美国就召集多国部队武力执行联合国的决议。为此阿拉伯人感到不平：“为什么以色列拒不执行联合国的决议，美国就放任不管？美国对待阿拉伯国家和以色列完全是采用双重标准。”
伊拉克在海湾战争中惨败后，巴解组织更陷于孤立无援的地步。此后，巴解组织不得不依靠美国与以色列谈判，争取巴勒斯坦的“自治”。但美国本来就是亲以色列的，所以巴解组织在谈判中不得不做出大量让步。巴解组织中的强硬派反对阿拉法特的过分让步，他们在巴勒斯坦不停制造恐怖主义活动，试图阻碍阿拉法特的巴以和谈。由于反对阿拉法特的巴勒斯坦人很多，阿拉法特与以色列达成的协议，往往不能得到有效执行。
进入21世纪，阿拉伯人对前途更加悲观。阿拉伯人明白：阿拉伯要想站起来，要想在世界上得到尊重，就必须团结起来。而当前的阿拉伯世界却是一盘散沙，阿拉伯社会的道德下降，阿拉伯政府的无能，阿拉伯国家间的内斗，都让阿拉伯人感到伤心和失望。他们怀念1950年代、1960年代阿拉伯人团结一致的时代。在这种情况下，另一种力量抬头了，这就是本·拉登为代表的泛伊斯兰主义团体。泛伊斯兰主义成为团结阿拉伯人的一种新兴力量，阿拉伯人从拉登身上似乎又看到阿拉伯统一的希望。
拉登明白，要使阿拉伯人团结起来，靠现状不行。必须要有一个契机，有一个共同的危机感，才能使阿拉伯人团结起来。拉登的组织发动对美国的恐怖主义袭击，就是意在制造这样一个契机。拉登当然知道，他挑畔了超级大国，美国不会轻易放过他。布什总统已经说过，一定要抓到拉登，不管是活的还是死的，拉登已经做好死的准备。美国空袭阿富汗之后，新闻中播放的拉登的录像讲话，某种意义上就是他最后的遗言。拉登说：“对于美国人，我有以下进言：我对真主起誓，除非巴勒斯坦人民能够享受到和平，除非所有的异教军队撤出伊斯兰领土，重还真主安宁，否则美国人将永远不知和平为何物。”
拉登的讲话让巴勒斯坦人感动，也让很多阿拉伯人感动：拉登重新提起了被人遗忘的巴勒斯坦问题，重新举起了阿拉伯的大义。如果拉登死了，他是为巴勒斯坦的解放事业而死，是为阿拉伯世界的统一而死，是为伊斯兰的圣战而死，对于阿拉伯人和伊斯兰教徒来说，拉登当然是他们心目中的英雄。在巴基斯坦，示威游行的人群打着拉登的画像，高喊：“拉登！乌萨玛！”也是这个原因。
现在阿拉伯人普遍对他们的政府感到失望和反感，拉登这样的反政府阿拉伯组织层出不穷，阿拉伯世界又在孕育着一场新的革命。有人说美军进驻沙特阿拉伯，是为了保护沙特人，引起沙特人的普遍愤慨。引用一位沙特反政府人士的话：“美军去沙特阿拉伯是为了沙特人？笑话！美国去沙特，是为了保护中东的石油，为了保护腐败的沙特政府而已。”参加“9·11”恐怖主义袭击的多数是沙特人，不少人预测伊斯兰革命的下一个目标将是沙特阿拉伯。
恐怖主义行动古来有之，只要人们心中有仇恨，有愤怒，他们就要报仇，就要泄愤，恐怖主义就不会消失。美国要想消灭针对美国的恐怖主义，就要消灭阿拉伯人对美国的仇恨。要化解阿拉伯人的仇恨，就要公平解决巴勒斯坦问题，从阿拉伯国家撤军。关于这点拉登的“进言”没有错。
1987年12月28日，在以色列的占领区加沙地带，一辆以色列军用卡车撞死了四名在加沙打工的巴勒斯坦民工，加沙地区1万多名巴勒斯坦人上街游行抗议。
这种抗议活动对于以色列来说已是家常便饭，以色列启用了其老方法：出动军队向游行群众开枪，逮捕领头的抗议者，就可把抗议活动镇压下去。但这次以色列的老方法不灵验了，以色列军队射杀了数名游行抗议者，不但没有起到威吓作用，反而引起以色列占领区各地更大规模的抗议活动；以色列当局逮捕抗议的领袖人物，可是抗议活动的领袖人物却是越抓越多。此后的三年间，以色列军队射杀了数千名巴勒斯坦抗议者，逮捕了数万名巴勒斯坦人，但仍未把抗议活动镇压下去。
抗议活动的主力军是不到20岁的年轻人，他们向以色列军队投掷石块，因此这样的抗议活动又被称为“投石革命”。在西方记者的电视摄像机前，一位巴勒斯坦少年拍着胸脯向以色列士兵喊叫：“向这里开枪！”以色列士兵随即开枪，少年倒在血泊下。但少年的死并没有吓倒他的同伴，更多巴勒斯坦少年站出来拍着胸脯向以色列士兵喊叫：“向这里开枪！”面对这些不怕死的人，以色列当局感到束无策。1987年的“投石革命”开始后，巴勒斯坦问题的性质发生了根本性转变。以前巴勒斯坦抵抗运动的主体是以色列境外的巴勒斯坦难民，此后以色列境内的巴勒斯坦人成为抵抗运动的主导。在以色列境内的巴勒斯坦人，都是具有合法以色列国籍的“以色列公民”，这与以色列境外的巴勒斯坦难民完全不同。以色列当局开枪镇压自己国家的公民，在人权问题上引起世界舆论的批评。迫使以色列不得不考虑让以色列境内加沙等巴勒斯坦人集聚地区“自治”，以解决日益深刻的国内巴勒斯坦人抗议问题。这也是后来阿以双方达成巴勒斯坦人“自治”和平协议的重要契机。