强大的美国战车仅仅在40多天的时间里，以只付出149名美军官兵的生命的代价就推翻了貎似强大的萨达姆政权。然而，如果以为萨达姆被捕、萨达姆政权被推翻、布什宣布伊拉克战争结束，伊拉克局势就会平静，政局就会按照美国人的设计发展，美国人既能够控制伊拉克，又可以抽身出来，那就大错特错了。战争结束3年多以来，伊拉克一刻也未平静过，现在更是到了内战的边缘。美军深陷伊拉克泥潭，难以抽身。
伊拉克战后重建进程艰难。2003年5月6日，美国总统布什任命美国外交官布雷默为总统特使，担任负责监管伊拉克战后政治和经济重建的最高文职行政长官，其职位在伊拉克的“美国重建与人道援助办公室”负责人加纳之上，负责管理所有伊拉克战后政治和经济重建事务，并直接向美国国防部长拉姆斯菲尔德报告。同时，伊拉克成立临时管理委员会，并计划在2004年6月之前组建一个临时过渡政府，以便从美国占领当局手中接管伊拉克政权，“恢复完全主权”。之后，新宪法的签署，新政府的成立，标志着伊拉克政治进程向前推进了一大步。但由于什叶派与逊尼派、库尔德人之间矛盾重重，反美武装以及基地组织在其中搅局，伊拉克重建进程每走一步都很艰难。特别是反美武装不断制造恐怖袭击事件，令美军防不胜防。一些组织性较强的反美武装还公开与美军对抗。萨德尔领导的什叶派反美武装就是如此。
2004年4月4日，伊拉克什叶派穆斯林主要聚居区爆发了针对联军的大规模示威抗议，其中首都巴格达和什叶派穆斯林圣地纳杰夫的示威活动演变为严重的流血冲突。当天共有10名联军士兵和至少56名伊拉克人在冲突中死亡，另有数百人受伤。其中在萨德尔城，萨德尔的民兵武装强行占领萨德尔城的警察局和政府办公楼，并与前来维持秩序的美军部队发生冲突，造成7名美军士兵死亡，至少24名士兵受伤。这是伊拉克战争后伊境内发生的最大规模流血冲突之一，也是占伊拉克人口大多数的什叶派穆斯林首次大规模与联军直接对抗。这次大规模流血冲突的起因是联军当局关闭了什叶派领导人萨德尔的一家报社，并以卷入一次谋杀行动为由逮捕了萨德尔的一名高级助手。当时的民意调查显示，82%的伊拉克人不再认为美军是“解放者”，84%的伊拉克人认为只有通过武力才能真正结束联军的占领，20%的伊拉克人坚信杀死美军士兵是正义的行为。在这种情况下，任何细微的不慎或流血事件都可能使美军在伊拉克面临“全民抗美”的严重局面。
美国指责萨德尔是这起暴力事件的“策划实施”者。5日，美国驻伊最高文职行政长官布雷默宣布萨德尔的有关组织为非法。驻伊联军发言人说，伊拉克司法当局早在几个月前就已对萨德尔发出了逮捕令，罪名是他涉嫌策划亲美的什叶派重要领导人胡伊谋杀案。一年前，胡伊在纳杰夫一所清真寺遇刺身亡。
同日，驻伊拉克美军对伊首都巴格达的两处居民区采取军事行动，打击什叶派领导人萨德尔的私人武装“迈赫迪军”。美军部队出动了阿帕奇攻击直升机向巴格达西北郊的舒拉城和东郊的萨德尔城内开火。12日，美军驻伊拉克最高指挥官桑切斯中将发出命令，驻伊拉克美军的任务之一是杀死或者活捉什叶派反美派别领导人萨德尔。直到现在，萨德尔的支持者还在与美军交战。
穆克塔达·萨德尔是伊拉克战争结束后伊政坛迅速崛起的政治人物。他1974年出生在什叶派穆斯林家庭。萨德尔的父亲名叫阿亚图拉穆罕默德·萨迪克·萨德尔，曾是什叶派一位宗教领袖，具有很高的政治声望；由于公开反对萨达姆政权，他与两个儿子在1999年被萨达姆政权杀害，萨德尔是这位领袖唯一幸存的儿子。随着伊拉克战争爆发以及萨达姆政权被推翻，伊拉克局势日益动荡不安。尽管萨德尔痛恨萨达姆，但萨德尔也强烈反对美英联军的占领。
他说：“我们只有一个目标，就是把占领者赶出伊拉克。”凭借父亲的影响力和他本人的感召力，萨达姆被推翻不久，萨德尔就迅速凝聚了数百万的支持者，并于2003年7月组建了一支3000多人的私人武装“迈赫迪军”。由于其反美立场，他被排斥在美国主导组建的伊拉克临时管理委员会之外。为了唤醒更多的伊拉克人反抗美英占领，萨德尔还创办了自己的报纸。2004年3月31日，联军占领当局以煽动暴力倾向为由，宣布暂时关闭萨德尔的报纸。此后，美军还以涉嫌谋杀为由逮捕了他的一名高级助手。美军的举措引起什叶派穆斯林极大的愤怒。
2006年3月，巴格达地区的萨德尔城遭遇汽车炸弹袭击后，伊境内掀起了又一轮宗派仇杀的高潮。仅3月13日到14日两天，当局就在各地发现了至少87具尸体，从死者的情况看，他们大都死于宗派仇杀。3月12日，什叶派穆斯林居住的萨德尔城地区两座市场遭到了汽车炸弹和迫击炮的袭击，伤亡惨重，至少58人死亡，超过200人受伤。这起事件发生后，伊拉克境内的什叶派武装立即展开了报复行动。从13日早上开始就不断有遭到仇杀的人员尸体被发现，这种情况一直延续到第二天。最令人震惊的是，14日，当局竟然在巴格达的一个什叶派居住区发现了一个集体坟墓，并从里面拖出了29具尸体，这些被害者身上只穿了内衣。这种宗派仇杀高潮之前也曾经出现过。此前的一个月，在萨迈拉的什叶派圣地阿斯卡里清真寺金顶遭袭被毁后，伊拉克境内便出现了一次报复、仇杀的高潮，共有500多人在这轮袭击中死亡，多数是逊尼派穆斯林和宗教人士，此外还有数十座清真寺被毁。14日当天，美国军方宣布，又有2名美国士兵在伊拉克安巴尔省的战斗中遇难。3月16日，美伊联军发动自2003年以来最大规模的军事行动，打击盘踞于萨迈拉的伊抵抗武装。
萨迈拉位于伊拉克首都巴格达以北95公里。此次大规模的空袭行动取名为“蜂群行动”，美军共出动了50架战斗机、1500名美伊士兵及200辆战车，行动的目标是伊拉克中部城市萨迈拉市附近的可疑武装分子。美军在一份声明中称，此次袭击行动开始于当天早上，并将持续数天时间。该市的什叶派穆斯林圣地阿里·哈迪清真寺遭炸弹袭击，随后引发了大规模的宗派冲突和仇杀，将伊拉克推向了内战的边缘。8月底，伊拉克政府军与什叶派武装发生大规模冲突，造成40多人死亡。
美军虐待伊拉克战俘、强奸伊拉克少女、滥杀无辜的行为，也引起伊拉克民众的广泛不满。越来越多的伊拉克人流露出既厌恶美军，也不欢迎那些到处制造流血袭击的极端主义分子的情绪。
2004年2月，有媒体披露，美军在伊拉克的阿布格里卜监狱虐待俘虏，4月虐俘照片曝光并引起国际社会公愤。美国国防部长拉姆斯菲尔德迫于各方压力，于5月下令组成调查小组，对虐俘事件进行调查。8月25日美国陆军公布的调查报告承认，参与伊拉克阿布格里卜监狱虐俘事件的美军人数之多超出了已知的数字。这份主要由美军陆军少将费伊起草的报告说，调查发现，有27名美国军事人员“鼓励”或“参与”了阿布格里卜监狱虐俘事件，其中，一些人的行为被人抓拍后于今年4月曝光，已成为世界性丑闻。报告指出，涉嫌的23名美国军事情报人员和4名美国保安公司的工作人员至少直接参与了44起虐俘行动，比如脱光战俘衣服进行拷打、撞墙、叠罗汉、系脖子，有些美军士兵甚至比赛，看谁能够用军犬恐吓年轻的伊拉克战俘，迫使他们往自己身上涂抹粪便。
12月，刚被布什再次指定坐五角大楼头把交椅的国防部长拉姆斯菲尔德还来不及品尝连任的喜悦，又从伊拉克战区传来一起特大丑闻：堪称美国三军最精锐的特种战部队-“海豹”突击队官兵虐待伊拉克俘虏的照片曝光。更令人担心的是，这起美国官兵虐待伊拉克战俘的事件发生得比阿布格里卜监狱虐囚事件要更早，手段更恶劣！接连曝光的美军虐囚事件无异于狠打美国五角大楼有关“虐囚只是少数现象”说法的耳光。与此同时，2005年5月25日，美国公民自由联盟公布的联邦调查局和其他机构根据联邦法院命令向其提供的解密文件显示，关塔那摩囚犯早在2002年4月就曾指责监狱看守虐待他们，并粗暴对待《古兰经》。其中一份文件显示，一名囚犯在接受联邦调查局特工审讯时，曾指责监狱看守把一本《古兰经》冲入马桶。
美军在伊拉克滥杀无辜者的丑闻也不时传出。2005年底，驻伊美国海军陆战队曾通报称，2005年11月在伊西部哈迪塞村围剿反政府武装时，他们发现15名哈迪塞村民遭到路边炸弹的袭击。美军车队随即给予了还击，又打死了8名反美武装分子。但是，美国《时代》周刊2006年1月在采访哈迪塞村村民及现场目击者后披露，哈迪塞村的惨案是这些来自驻伊美国海军第3军第1陆战队的士兵的“杰作”，他们残忍地杀害了24名手无寸铁的平民，死者中有7名妇女和3名儿童。随后美军被迫对这一事件展开调查，调查的结果可能是，特拉萨斯的战友在其被炸死后情绪失控，他们冷酷地杀害了24名手无寸铁的平民，其中包括妇女和儿童。12名海军陆战队员正面临军事法庭的审判，他们甚至有可能被控谋杀。曾当过海军陆战队员、来自宾夕法尼亚州的民主党众议员约翰默撒说，“由于面临巨大压力，我们的战士采取了过激反应，这才会残酷地杀害无辜平民。”伊拉克逊尼派副总统塔里克·哈希米对《泰晤士报》说：“这是场灾难，他们激怒了所有伊拉克人，尤其是逊尼派阿拉伯人，他们这是把伊拉克人推到全国抵抗运动那边去……没准有些人现在已经对‘基地’组织感到认同了。”继美国总统布什将阿布格里卜监狱虐囚丑闻称作美国“最大的错误”，以及承认2003年对伊拉克叛乱分子说“让他们来吧”可能“发出了错误信号”之后，该案件将会成为他的又一次重大错误。
2006年3月15日晚，伊拉克拜莱德镇附近阿布希法村的村民对夜晚隆隆的炮声早已习以为常，驻伊美军正在那一地区搜捕反美武装分子。美军士兵冲出一架刚刚着陆的“奇努克”直升机，直奔法耶兹的居所而去，一路上边跑边开枪。不久，屋内便传来女人和孩子们的尖叫声。据伊拉克警方说，从房子的废墟中挖出了11具尸体，其中包括4名妇女和5名儿童。孩子中，最大的5岁，最小的只有6个月。据奈特·里德报系一位美国记者获取的警方的正式报告说：“美军将这个家庭所有11名成员集中到了一个屋，然后将他们全部杀死。”
2006年5月31日《纽约时报》报道说，两名伊拉克妇女在巴格达以北被美军无辜射杀，其中1人是即将临盆的孕妇。这进一步激起了人权组织对五角大楼指挥官未能制止美军在伊拉克的不当行为的担忧。
美国五角大楼迄今已宣布对至少600起在伊拉克、阿富汗发生的美军虐待或袭击事件展开调查，并宣称对230多名美军士兵进行了处分或惩罚。但来自美国3家人权组织作出的联合调查报告显示，几乎所有被军方认定有“不适当行为”的士兵都只受到了“行政”处罚，如降级、扣薪、加班等。真正被判监禁的士兵屈指可数。然而哈迪塞镇和阿布希法村两起事件提供的证据表明，五角大楼越来越难以将美军严重的不当行为说成是恐怖分子的同情者。
正因为如此，美军在伊拉克不断遭到袭击，根据美联社的统计，2003年3月美国发动伊拉克战争以来，到2006年8月上旬，已有至少2595名美国士兵在这里阵亡，而在43天的战争中，美军只死亡了150人。伊拉克政府官员、警察等公务人员也不断遭到袭击。连伊拉克临时监管委员会主席萨利姆也于2004年5月17日在位于巴格达市中心的驻伊联军总部院外遭到自杀式汽车炸弹袭击，包括萨利姆在内的10名伊拉克人遇难，另有8人受伤。