有的古书上说，女娲是伏羲的妹妹，甚至有的说是伏羲的妻子，是辅佐伏羲治理天下的“女天帝”。在一些古代的画像上，伏羲和女娲的腰身以上是人形，腰身以下则是蛇躯，两条尾巴紧紧缠绕在一起。两个人的脸面，或者向着，或者背着。男的手里拿了曲尺，女的手里拿了圆规。也有的是男的手里捧着太阳，太阳里有一只金鸟；女的手里捧着月亮，月亮里面有一只蟾蜍（即蛤蟆）。还有的画像在两个人中间挽着一个天真烂漫的孩子，这无疑是他们的爱子了。
关于伏羲女娲兄妹结婚，还有一段民间传说。
相传伏羲、女娲还是十来岁孩子的时候，一连旱了6个月没下一滴雨。人们焦急万分，就去求他们的父亲张宝卜。据说这张宝卜会弄法术，连雷公也斗不过他。于是张宝卜就对天上说：“三天之内不下雨，我要雷公也跌下来！”果然不久，天就降了一场大雨。可是因为张宝卜难为了雷公，雷公就想劈死他。张宝卜知道了雷公的心思，便预先准备了二只大铁笼子，放在屋檐下，手里握着一只猎虎的叉子，站在笼子旁边等着。当霹雳一声接着一声，青脸雷公两眼射出凶光，手执板斧从天空劈下来的时候，张宝卜倏地用虎叉叉去，一下子把雷公叉进铁笼里，连笼子一起扛进屋里去。
第二天早晨，张宝卜要到市上去买香料，准备把雷公杀了，腌起来做下酒菜。临走时，嘱咐两个孩子说：“记住，千万不要给他水喝。”
张宝卜走后，雷公便在铁笼子里呻吟起来，装出很痛苦的样子，向孩子要水喝。年龄大一点的男孩说：“爸爸临走时说过，不让给你水喝。”雷公一再哀求说：“我快要渴死了，给我几滴水喝也好啊！”年龄小一点的女孩见雷公痛苦难忍，动了怜悯之心，就偷偷地舀了一点水，给雷公喝了。雷公得了水，立刻有了精神，真是威力无比，法力无边。就见他在铁笼子里面瞪起血红的眼睛，身子动了几动，那铁笼子哗啦啦裂开了，雷公从里面腾地跳了出来。
雷公从铁笼子里跳出来，心中高兴，精神抖擞。为了感谢小女娲给他水喝，他临走时从口里拔下一颗牙齿，递给伏羲兄妹说：“你们把它拿去，小心种在土里，等它结了果，就摘下来，挖出里面的瓤，一旦洪水到来，你们就钻进去……”说完便升天而去了。
两个孩子照雷公的话，把牙齿种在土里，当天就开了花，第二天结了果，第三天长成了个又圆又大的葫芦。
不久，雷公为了报复张宝卜，就命令雨神日夜不停地降雨。浩浩荡荡的洪水淹没了大地，淹没了村寨，淹没了树林，淹没了高山，一直淹到天上。
当洪水来临的时候，伏羲兄妹就照雷公的话，钻进葫芦里，浮在水面上，随波逐流，一直漂到天上。他们告诉雷公，大地上的人和动物都淹死了，只剩下他们兄妹二人。
后来，天上的太白金星对雷公很不满意，责备他说：“你一发脾气，就把天下的人都淹死了，以后谁还来供奉你呢？”雷公听了，也觉得自己做得太过分了，心中有点后悔。于是太白金星便想出个补救的办法，叫伏羲兄妹结为夫妻，生儿育女，再繁衍出人类来。
伏羲兄妹说：“我们是亲兄妹，怎么能结为夫妻呢？要我们结婚，除非能把一根竹子割成一节一节的，让它再接起来。”
神是什么都做得到的。那被砍成一节一节的竹子，果然又接上了。传说竹子原来本无节，经过这次割了又接，就变成有节的植物了。
伏羲女娲终于结成了夫妻。不久女娲怀孕了，过了两年，生下一个怪物，是一块磨刀石。两个人非常苦恼，就把这磨刀石打碎了，从高山上向四处抛去。这时奇迹发生了：抛在河里的，变成了鱼虾；抛在山头的，变成了鸟兽；抛在村寨里的，变成了黎民百姓。
从此，天下又有了人和动物，世界又充满了生机。
以上两篇伏羲女娲兄妹结婚的神话故事，据西南地区少数民族民间传说改写。这是洪水滔天，兄妹结婚，再造人类的神话，南方的许多民族都有，情节大同小异。