1762年6月28日，身为皇后的叶卡特琳娜指使她的情夫、禁军兵团的将军奥尔洛夫发动宫廷政变，将彼得三世囚禁在洛普莎别墅。8天后，奥尔洛夫的弟弟阿列克谢奉叶卡特琳娜密令，将彼得三世暗杀。之后，叶卡特琳娜通告天下，说她的丈夫因病而亡，接着便举行了彼得三世的葬礼。彼德三世莫名其妙地死了，民间传出有关他的种种猜测。1793年9月，在顿河和乌拉尔河一带，人们议论纷纷，都传说彼德三世未死，就隐藏在哥萨克中间。叶卡特琳娜忽然接到警报，说是在乌拉尔河畔雅依克镇附近，有一个人自称她的丈夫彼得三世的人号召远近的人民拿起武器来推翻她的统治。
叶卡特琳娜接到警报后十分吃惊，马上召来当年处死彼得三世的阿列克谢，问他当时彼得三世是否真的死了。阿列克谢发誓说：“我有胆量欺瞒上帝，也没胆量欺瞒女皇陛下！”叶卡特琳娜冷冷一笑说：“知道了，又是一个冒牌货！”原来，自打彼得三世不清不白地突然死去，国内便谣言四起，有不少人声称彼得三世逃出了深宫。
1772年11月，在雅依克冒充彼得三世准备起义的人名叫叶梅连·伊凡诺维奇·普加乔夫。他出生于1742年，他的家庭是顿河岸边齐莫维斯克镇的哥萨克农家。18岁时应征队伍，参加了第一次瓜分波兰的“七年战争”和对土耳其的战争。由于他作战勇敢，被提升为少尉。后来因为生病而退伍归乡。
1772年11月，普加乔夫声称自己便是当年的彼得三世，因躲避叶卡特琳娜的毒害逃出了皇宫，从此来联络贫苦的农民准备起义。谁知消息泄露，两个月后被捕入狱。1773年5月，普加乔夫在朋友的帮助下逃出监狱，8月，他便以彼得三世的身份号召人民起义。当时虽然只有80人参加了队伍，但这些人后来都成了起义军的骨干。9月17日，普加乔夫率领这80人的队伍一举攻克了雅依京城，然后就发布檄文，号召人民参加他们的队伍，推翻叶卡特琳娜，帮助“彼得三世”恢复皇位。不久，便又有一些人参加了起义军。10月7日，普加乔夫率领起义军攻打军事重镇奥伦堡，因奥伦堡城墙坚固，没有攻打下来。于是，普加乔夫采取了长期围困的办法。
在围困奥伦堡期间，普加乔夫向全国发布宣言，声称“彼得三世”复位之后，即刻废除农奴制度，处死作恶多端的地主，把土地分给农民，取消人头税等等。顿时，伏尔加河和乌拉尔地区的各族劳动人民纷纷响应，杀死了作恶的贵族和地主，起义队伍不断扩大。乌拉尔地区工厂的工人们还给起义军送来了大炮和其他武器。
原来，叶卡特琳娜自实行新法以来，有许多地主拥有了放逐所谓“无礼”农民的权力。他们可以随意放逐农民去工场作苦工，不少农民因没有土地耕种而沦为奴隶。因此，买卖农奴成为当时的普遍现象。可笑的是，当时不光是出卖农奴的广告，就连当时官方的报纸上，出卖农奴和牲畜、杂品的声明都登在一起。在这种残酷的政治下，农奴的生命没有任何保障。有一个叫萨尔蒂柯娃的女地主，10年之间就虐待致死农奴140多人。
正是在这样的条件下，普加乔夫的起义才得到了广大农奴的拥护，不到一年，起义军就发展到了3万多人。
得知起义军迅速壮大，叶卡特琳娜吓得惊慌失措，急忙组织了三路大军增援奥伦堡。起义军在普加乔夫的指挥下，又分别打败了这三路大军。1774年3月，起义军发展到5万人。7月12日攻人喀山城，但未能守住。双方激战3天，起义军损失12000多人，最后被迫退出喀山。
之后，普加乔夫率领少数人马逃往伏尔加河畔继续活动，于1774年7月31日发布了《全民告谕》，宣布给予农奴人身自由，免除了人头税、货币税和兵役，无偿给农民以土地、森林和草场，号召农民起来打倒地主。于是，起义队伍又发展到1万多人。普加乔夫率领重新组织起来的起义军又席卷了诺夫哥罗德省和沃龙涅什省，接下来就要逼近察里津。
察里津是伏尔加河和顿河的交汇处，是莫斯科通往黑海和里海的水路要道。叶卡特琳娜怕察里津有失，急急忙忙把在土耳其前线的军队调了回来。这年的8月24日，起义军在察里津附近与政府军展开了激战。此役十分惨烈，起义军有2000人战死，6000多人被俘。普加乔夫仅率200名残部冲出重围，东渡伏尔加河，逃往草原。后来，剩下的队伍不足50人。
1774年9月4日，起义军中的一个哥萨克头目叛变，将普加乔夫捆绑起来，解送到政府军中。11月4日，普加乔夫被押送莫斯科。
1775年1月9日，沙俄当局判处普加乔夫死刑。第二天，普加乔夫被砍头肢解。
普加乔夫起义虽然只有3年时间，但它转战数千里，参加者近10万人，沉重地打击了俄国农奴制和沙皇统治，是俄国历史上规模最大的一次起义。普加乔夫永远受到俄罗斯人民的尊敬。