万历末年，在宫中频繁的权力之争中，先后发生“明宫三案”。
明宫三案
挺击案发生在万历四十三年。这一年五月，蓟州男子张差持挺闯入太子朱常洛居住的慈庆宫，打伤守门太监李鉴，直到前殿檐下，被内官韩本国擒获，交付东华门守卫指挥朱雄。严刑拷问之下，供出是郑贵妃宫监庞保、刘成指使。神宗不愿追究，先杀张差弃市，后杀庞保、刘成于禁宫。
红丸案发生在万历四十八年。这年七月万历皇帝去世，太子朱常洛即位，为明光宗。不久，光宗得了痢疾。郑贵妃内侍崔文升进大黄药，服后病情加剧，鸿胪寺官李可灼进红丸两颗，名称仙丹，结果光宗服仙丹即死去，在位仅二十九天。再加上移宫案，便是闻名历史的明宫三案。
暗夺幼主
光宗朱常洛病重之时，非常担心他的宠妃李选侍。李选侍自己无子，曾经抚养过年幼的熹宗和崇祯皇帝。光宗病危，还特别坚持要封李选侍为皇贵妃，并当着大臣的面，告诉皇长子熹宗朱由校要视李选侍如亲生母亲，视为太皇后。但是，光宗也并不是宠爱她到理智全失的地步，他深深了解自己喜爱的女人，李选侍心计深沉，不甘心久居人下，在宫中一向以敢作敢为、大胆果断著称。所以，尽管李选侍一再要求皇帝立她为皇后，但是光宗始终没有答应，只是催促群臣赶快进行皇贵妃的册封之礼。这已是他肯给李选侍的最高地位了，在宫中仅次于皇后。
几天后，光宗死去了，李选侍却仍住在皇帝、皇后的寝宫乾清宫。她是想借年仅十五岁的光宗长子朱由校掌握朝政，坐镇乾清官，进而统驭后宫。大臣们对她的心思很清楚，都在心里暗暗担忧。给事中杨涟对大臣周嘉谟、李汝华说：“宗社事大，李选侍非可托少主者，急宜请见嗣王，呼万岁以定危疑……移住慈庆为是。”两人深有同感，一起去见辅臣方从哲。群臣商量过后，又一起奔向皇宫，杨涟率先奔进后宫，太监们执棍拦阻。杨涟怒斥说：“皇帝召我等至此，今晏驾，嗣主幼少，汝等阻门不容人临，意欲何为？”太监们不知所措，只得让开，诸臣这才进入。众位大臣见了光宗的灵位，都痛哭了一番，然后就请求拜见皇长子朱由校。
李选侍将朱由校留在暖阁，不让他出来。宫里耿直的老太监王安哄骗李选侍，这才把朱由校抱持而出，众人连忙叩头，山呼万岁。朱由校立在那里，不知道是怎么回事，嘴里只是说：“不敢当！不敢当！”群臣奏请进诣文华殿，王安拥长子而行，阁臣大学士刘一燎掖左，勋臣张维贤掖右，涌入文华殿。内侍李进忠三次奔来，传李选侍的命令，召皇长子回宫，并喝斥诸臣说：“汝辈挟之何往？”杨涟怒叱李进忠，拥着皇长子登舆。到了文华殿，朱由校西向坐定，群臣行大礼拜见，并请朱由校即日登基。朱由校不同意，吩咐出六日即位。接着，大臣们拥朱由校入慈庆宫。
大学士刘一燎进奏说：“今乾清宫未净，殿下暂居此。”吏部尚书周嘉谟也说：“今日殿下之身，是社稷神人托重之身，不可轻易。即诣乾清官哭临，须臣等到乃发。”朱由校也知道事态严重，就点头同意。
移宫成定局
杨涟这时对随行的太监们说，外事缓急有诸位大臣，调护圣躬却在诸内臣，责任重大。太监王安则答应一定尽职尽责，众人这才退去。大臣们合议，还是得即日正位，让内官进奏，朱由校不允。众人便在殿中坐等。这时吏部尚书周嘉谟又联合众臣合疏进奏，请求李选侍移出乾清宫，迁往别宫。御使左光斗明白指出，殿下今已十五岁，内有忠直老成的内官辅佐，外有朝中重臣辅佐，哪里乏人，还须李选侍像照顾婴儿一般贴身相随？因此，伏请即早决断，如果李选侍借抚养之名而行专制之实，那武则天之祸就不会太远了！
皇长子觉得有理，发布上谕，说移宫已有圣旨，册封贵妃一事，尊卑难称，著礼部再议。给事中暴谦贞却毫不保留地坦白说，皇长子即将登上大宝，上有百灵呵护，下有群工拥戴，何用此妇人女子！而且李选侍并非忠诚爱国，万一封典得行，专权用事，恐怕难以抑制。好在宫中忙乱，没人理会，这一番话并没有引出风波。李选侍接纳心腹李进忠的主意，邀朱由校和她同宫，还忿然宣言，要逮捕杨涟、左光斗。杨涟在宫门遇见李进忠，询问李选侍何日离宫？李进忠摇手说：“李娘娘甚怒，今母子一宫，正欲究左御使武氏之说！”杨涟怒叱说：“误矣，幸遇我。皇长子今非昨比，选侍移宫，异日封号自在。且皇长子年长矣，若属得无慎乎？”李进忠默然无语。
科道官员惠世扬，张泼从东宫门出来，听了这件事也大惊失色，说今日选侍垂帘，下旨逮捕光斗。杨涟立即驳斥说，没有这事！宫禁一时人心惶惶。谁也弄不清楚是如何变局，皇帝是亲近李选侍对付朝臣还是倾向于朝臣疏远李选侍，大臣们一个个狐疑满腹。
过了几天，李选侍还是住在乾清宫，逍遥自在，根本没有移宫之意。杨涟便直言上奏，说先帝过世，人心惶危，都说李选侍假借保护之名，阴图专权之实，伏请殿下暂居慈庆宫，拨别宫先迁出李选侍，然后再奉驾还宫。祖宗宗社最重，宫帏恩宠为轻。如今登基已在明日，哪有天子偏处东宫之处！这移宫一事，臣等进言在今日，殿下也当实行在今日。杨涟呈上奏疏后，拜见方从哲。方从哲认为这件事不用太着急，晚两天也没什么关系。杨涟却说，太子明天就要登基了，难道登基为天子后还要回到东宫的住处吗？李选侍今天不愿离开乾清宫，难道以后就会主动离开了吗？方从哲被杨涟说服，两人统一了意见，又去促请太子颁下严令。
于是登基在即的熹宗朱由校下令，命李选侍移出乾清宫，移住仁寿殿。他还下令收捕李选侍身边的几个亲信太监，理由是他们涉嫌偷盗大内库藏。这样一来，势单力孤的李选侍敌不过皇帝的一纸命令，移宫已成定局。群臣们又反过来劝皇帝，看在昔日光宗的旧宠之上，遵照光宗的嘱托，善待李选侍母女。小皇帝虽然对李选侍往日咄咄逼人的态度十分不满，但还是答应了。
于是，这样一件震动宫闱的移宫案终于以李选侍的失败而落下帷幕。