传统的观点认为，慈禧择立载湉为帝，主要是因为载湉年幼，两宫皇太后可以继续垂帘听政，大局不变。同治帝载淳崩逝，即将失去操纵清王朝权柄的慈禧重施故伎，为了不做太皇太后，便给自己揽子，这样，最好能够择立一位与同治同辈的幼帝。因为给咸丰帝立嗣，自己仍可名正言顺地再度垂帘听政，保住已有的大权。于是将不谙人事、年仅四岁的载湉从太平湖醇王府接进紫禁城御苑，正式宣布由载湉继承皇帝，改元光绪，意思是缵道光先帝之绪也。这些都是在同治死去的当天完成的，如此迅雷不及掩耳之势反映出慈禧太后权欲之盛，手段之老辣。载湉成了慈禧的又一个政治工具，被推上了皇帝的宝座。当然，研究者也承认，载淳是其亲妹妹所生之子，与慈禧有血亲关系，也是重要因素之一。
除了上述传统的观点外，许多人认为载湉不是她的外甥兼侄儿，而是她的亲生儿子。有关载湉的身世，京城大街小巷议论纷纷，有不同的传说。
第一种传说，认为载湉是慈禧太后与宫中太监安德海生的儿子。据传闻，太监安德海在入宫前做了假手术，不是一个真正的阉人。安德海入宫之后，善于阿谀奉承，特别是会讨慈禧的欢心，而辛酉政变之时，他又立过功劳，因此，慈禧对他是恩宠有加、言听计从。咸丰帝驾崩之时，慈禧年仅二十多岁，年纪轻轻就守了寡，青春正盛的少妇按捺不住涌动的春情。安德海本来就善于察言观色，他明白慈禧想要什么，便把他是假太监的事情告诉了慈禧。慈禧太后一听，倍感高兴，两人从此打得火热，寝居与共。二人虽然做得非常隐秘，然而没有不透风的墙，慈禧和安德海的事很快在宫内传开了。同治帝和慈安太后知道后，对安德海是恨之入骨，慈安也深感日久出事不好办，就与同治帝计议联手除掉安德海。安德海自从与慈禧有了特殊关系，更是不把任何人放在眼里，胡作非为。因此，上自皇帝，下至群臣，都想除之而后快。
不久，安德海怂恿慈禧派他去江南采办龙衣，出外行游。不想，清宫有规定，太监不许出宫，否则杀无赦。安德海行至山东境内，被持有慈安太后和同治帝手谕的山东巡抚丁宝桢擒住，并斩立决。慈禧太后听到消息十分生气，怒责慈安太后。慈安话里有刺，说：“妹妹心里应该明白，这么做是为了妹妹好。祖制规定宦官不得出宫，犯者杀无赦！”慈禧一看，把柄被抓住，闹起来后果不堪设想，只好忍痛从长计议了。不久，慈禧才知怀了安德海的孩子，不敢张扬，忍气吞声熬到孩子出世，送给了妹妹。
然而，这个传说并非毫无破绽，安德海于同治八年（1869）被处死，而光绪帝载湉出生于同治十年（1871）八月，慈禧不可能怀孕25个月生孩子。有人称，既然有这个传说，就不能全按常规常理来设想：（一）安德海到底是不是假太监？丁宝桢在杀安德海前是要验明正身的，应该清楚；（二）慈禧惯会欺诈，她能把孩子送给亲妹抚养，毫无疑问，她当然也可以在孩子生年月日上做手脚。真真假假，一时间是很难说清的。但有一点很清楚，就是怎么说光绪帝载湉同慈禧都是有血亲关系的。
第二种传说，据说慈禧太后特别爱吃“卧鸡蛋”，每天早上都要吃上四个汤卧鸡蛋。京城金华饭店的卧鸡蛋最有名，慈禧曾命人到金华饭店买回一尝，果然名不虚传，酥软可口。她命李莲英每天为她在金华饭店定做，清晨由金华饭店小伙计把提盒送到宫门，再由李莲英送给慈禧太后食用。时间长了之后，李莲英就让饭店小伙计直接把卧鸡蛋送到宫内厨房。传说有一天，慈禧太后起了个大早，由李莲英陪着在宫内散步，忽然看见一个小伙子手提饭盒匆匆走来。慈禧问李莲英：“他是谁呀？”李莲英回道：“他是金华饭店的小伙计，叫史天明，每天来给老佛爷送卧果的”。慈禧让小伙子走近，仔细打量一番，见他20多岁，长得白净，虽然一身伙计打扮，但掩不住俊秀之气。慈禧立刻就喜欢上这个俊秀的小伙子，吩咐让他侍候进早膳。小伙子也很会来事，做事干脆麻利，把慈禧侍候得很高兴，就被留在宫中侍候太后。卧鸡蛋则由金华饭店改派其他伙计送。结果，慈禧不小心就怀上了小伙子的孩子。孩子生下后，虽然西太后不忍骨肉分离，但身为太后做出这样的事必使自己的权势受到威胁，就把孩子交给自己的妹妹醇亲王福晋抚养。而这个孩子就是载湉，后来的光绪帝。孩子送走后，慈禧对史天明也腻了，为灭口就命人将小伙计杀死在宫内。
同第一个传说一样，这个传说也有很多地方按常理使人不能信服之处：一是太后、皇帝、后妃的用膳是固定的，不能在外面定做。即使定做，也必须由小太监们去监做护取，怎么可能让饭店的小伙计送来呢？二是慈禧身居宫廷内院，随身伺候的宫女太监很多，每天还要临朝听政，如果怀孕生子怎能瞒过这么多人呢？所以这个传说不可信。但是，反过来说，规矩是人定的，如果人们不去按常理想，任何事情都有可能发生。
这两个传说与传统说法相比，其说服力相对较差，慈禧究竟源何择立载湉即位，还需要学术界进一步的研究。
珍妃落井
光绪二十六年（1900）七月，八国联军进攻北京、慈禧仓皇出逃前夕，珍妃死于宁寿宫外的玻璃井中，但珍妃是否坠井而死，一直众说纷纭。
珍妃，姓他拉氏，满洲镶红旗人，才色并茂，颇通文史，光绪十四年（1888）进宫，后晋封为珍妃。光绪帝与珍妃感情甚好，但慈禧与珍妃一直有嫌隙，后因珍妃支持光绪戊戌变法，受到慈禧太后怨恨，最后在光绪二十六年（1900）七月，八国联军进攻北京、慈禧仓皇出逃前夕，将珍妃溺死于宁寿宫外的井中，但珍妃是否坠井而死，一直众说纷纭。
第一种说法，珍妃生了天花，慈禧不得已派人把珍妃推下井。这一说法主要来自太监小德张过继孙张仲忱在《我的祖父小德张》一文中的叙述。他转述了小德张的回忆。据他回忆，小德张谈起珍妃时说，当年八国联军进城后，慈禧也来到了御花园旁，在养心斋前换上了便装。各宫妃嫔陆续到来，光绪皇帝也由瀛台过来，换上了青衣小帽。这时，慈禧把珍妃叫来，让她换好衣服一起走。此时的珍妃已被囚禁了整整三年。不大一会，珍妃披散着头发，穿着旗袍来了。老祖宗大怒说：“到这时候了，你还装模作样，洋人进来，你活得了吗？赶紧换衣服走！”珍妃说：“皇阿玛，奴才面出天花，身染重病，两腿酸软，实在走不了，让我出宫回娘家避难去吧！”慈禧不同意，仍然叫她走，珍妃跪在地上就是不走。这就为慈禧把珍妃扔到井里提供了借口，因为珍妃生了天花没体力逃难，投井是不得已而为之……
珍妃第二种说法，慈禧遣人杀害说。庚子之乱，八国联军即将打进北京城，此时珍妃已在西二长街百子门内牢院中囚禁六年，就在慈禧仓皇“西狩”前夕，托宫女带信给姐姐瑾妃，让她无论如何想办法留住皇帝在京主持大局。言外之意是可借机摆脱太后控制，收回权柄。谁知所托非人，信件落入二总管崔玉贵之手，转呈给了慈禧。于是慈禧盛怒之下，令其自尽，珍妃不从，才由崔玉贵将她沉入井中。另据《清朝野史大观》记载，八国联军兵临城下，慈禧等人收拾行装准备逃出紫禁城，珍妃进言说皇上是一国之君，应该留京，太后一怒之下命李莲英将其推入宁寿宫外大井中。
但这里有一个问题，即珍妃究竟因何被囚禁，是因为她“赞襄新政”吗？通过正史野乘，可以得出结论，她之被囚，绝非因为“赞襄新政”。从时间上来说，她之被囚在光绪二十年，而戊戌变法迟至四年之后的光绪二十四年才发生，她虽生长在得风气之先的广州，并受教于文廷式，但思想也不会先进到康梁的程度吧？如果她在光绪二十年即因“赞襄新政”被囚，岂不成了康梁之前驱，吾国思想与革命之启蒙者？珍妃利用光绪卖官鬻爵是事实，但她对慈禧的揽权干政，使光绪不得一展抱负的不满，也是显然的。慈禧之杀珍妃，不是因她“习尚奢华”，“屡有乞请”，也不是因她“赞襄新政”，而是因为她策划使光绪留京。光绪若能留京主持大局，则慈禧“西狩”便成流放，永无回京之望！
第三种说法，珍妃自己投井自杀。这一说法主要来自当事人的口碑资料。据《我所知道的慈禧太后》一书记载，隆裕曾经告诉作者的爷爷，说：“很多人都说是我嫉妒告她黑状，所以老太后派人把她推到井里去了。其实事情是这样的：当时被八国联军打败后，洋人军队打到了北京。在完全没有取胜希望的情况下，老太后西行。当时的情况非常紧急，因为谁也不清楚这帮洋人最后会干什么，会不会像烧圆明园那样，把紫禁城也烧了？当然西行带不了那么多人，因为人多了就会成为负担。但是因为当时光绪是皇帝，而我是皇后，同时又是老太后的亲侄女，要带也只能带我和皇上走。而其他的一些亲属就地回娘家躲避，妃子们也不例外。可是当时的珍妃非常气盛，不服从老太后的指挥，并当场顶撞了老太后。在那个紧急时刻，珍妃一直对老太后说，‘我是光绪的妻子，我要跟着去。您有偏见，皇后是您的侄女，所以您带她走。所以我也请求你带我走’。这就让老太后非常难堪。从另外一层上讲，本来老太后就对珍妃平日的作为有点不高兴，再加上这些紧急时刻的顶撞，老太后气得脸色发白，直打哆嗦。在皇宫里，大清朝几百年来从来没有人敢于这么顶撞太后，即便是皇上都从来没有过，何况一个珍妃。老太后也是一个非常要脸面的人，所以气得当时抬脚就走，珍妃一直跟着老太后说自己的理由，于是就来到了距离珍妃住所不远处。珍妃这时候还不死心，对太后说，‘我是光绪的妻子，就要跟皇上在一起，不在一起，宁愿死。活着是皇家人，死了是皇家鬼’。老太后一听，就更加生气，本来火烧眉毛的事情，哪还有时间吵架啊。于是就对珍妃说：‘你愿意死就死去吧’。当时离说话的地方不远处就有一眼井，于是珍妃紧走两步，说，‘那既然这样，我就死给你看’。于是直接就奔井口去了。老太后一看情况不对，这孩子跟我顶撞两句，怎么还真的去死啊。于是对崔玉贵说，‘赶紧去拉住她’。但是这个时候已经晚了，当崔玉贵跑过去的时候，珍妃已经跳下去了。老太后一看没办法了，内忧外患啊，于是没来得及管她，就走了”。
据此，此书指出，珍妃不是慈禧杀的，那些传言都是错误的。其实事情远远不像人们想像的那样，因为慈禧和珍妃都死了，所以人们就随意把一些屎盆子尿盆子都扣到了慈禧的脑袋上。与其他观点不同的是，此书的作者甚至指出，因为珍妃非常有才干，又非常聪明漂亮，所以慈禧非常喜欢珍妃。在慈禧看来，珍妃就是一个年轻的慈禧，这些都让慈禧对珍妃有着一种别样的感情。
珍妃之死无疑是清代后宫又一未解之谜，珍妃之死，正史的记录都语焉不详。野史和口述史料的记录详细，但可信度不及正史，且版本很多。自杀还是他杀至今仍不得解。