就是在这个时候，洛克菲勒拥有了由自己完全掌控的石油公司，他可以放开手脚按照自己的想法去经营了。这时的人们已经充分认识到使用煤油照明的确不错，而且石油的用途也越来越广泛了，这些都为洛克菲勒的事业提供了非常有利的条件。他大笔地贷款，购买炼油设备，扩建厂房，每天的产油量达500桶之多，年销售额达到百万美元。1865年，洛克菲勒-安德鲁斯公司向克利夫兰市缴纳了3.18万美元的税额，这个数字是庞大的，被特别保存在当年的克利夫兰市税务局档案中。
很快，洛克菲勒又联合弟弟威廉在俄亥俄州创建了第二家炼油厂。
弟弟威廉和洛克菲勒只差一岁多，长得有点像德国皇帝威廉，所以周围的朋友都叫他为“威廉皇帝”。但威廉和哥哥的性格完全不同。威廉比较坦诚而友好，兄弟两人的血液中都流淌着纯粹的商人的血液。威廉在小的时候就非常佩服哥哥，而且对他言听计从。兄弟俩有一点比较相似，就是都在很小的时候就进入商业世界闯荡，都取得了一定的成就。1865年9月，威廉结束了自己的生意，全心全意地帮助哥哥打理他的生意，成为哥哥的得力助手。而洛克菲勒更是对威廉深信不疑，兄弟联手，在向石油帝国进军。
当时，克利夫兰市大大小小的炼油厂已达50多家，而以洛克菲勒的公司规模为最大。而且，他的炼油厂也是这个行业中最现代化和效率最高的，出色的管理和一流的设备使该公司获得了成本上的重要优势，在竞争中能立于不败之地。1865年，他的公司仅有雇员37人，收入却达120万美元之巨。第二年又上升到300万美元。期间，除了扩大本公司的生产能力，洛克菲勒还分别买下了克利夫兰和匹兹堡的几十家小型炼油厂，石油生意越做越大。
开采石油的热潮从1864年一直延续到1866年。因为进入门槛低，所需资金不大，利润又丰厚，因此，大家又都一窝蜂地开始投入到炼油业中。几年间，炼油厂遍地开花，除了克利夫兰、匹兹堡，在巴尔的摩、纽约和新泽西等地，炼油厂星罗棋布，数不胜数。结果，和采油一样不幸，在这种生产过剩、竞争激烈的环境下，那些资金不足的小工厂很难生存下去，它们最终的结局只能是倒闭。
1866年到1867年间，是美国的石油业初次经历不景气的时期，很多小的油田都宣布关门了。一些善于经营的油田还在继续每天凿井出油，有些却完全停了。这种萧条的景象也波及炼油业。但是，洛克菲勒经受住了这场考验，想尽办法在这个困难的时期站稳了脚跟。那么，他的秘诀是什么呢？
首先是他懂得质量才是企业的生命。洛克菲勒一直对提炼的煤油有着严格的要求。他和弟弟威廉一起建立的炼油厂的名字就叫做“标准石油炼油厂”，由此可见他对质量的重视程度。和市场上其他的煤油相比，他们的煤油质地纯净，杂质很少，燃烧起来不会冒很多的烟。其次是使成本降低，前面我们提到过，洛克菲勒曾自买林地，自造木桶，这样每个木桶可以节约大约1美元的成本。另外，他的公司还有专门的仓库、拖船和贮油库等。所有这些，都大大降低了成本费用，间接地使得利润增加了。
在这个过程中，洛克菲勒的经营方法与管理也被证明是卓有成效的，他有远见，有雄心，而且凡事都非常细致。他的员工，没有一个敢敷衍了事。严格的管理，就像军队中铁的纪律一样，是打败敌人的最有力的保障。
从1861年到1865年，内战中的美国一直硝烟弥漫，很多人在这场战争中消耗了大量的财富，甚至失去了生命。但是洛克菲勒不但在这段时间内站稳了脚跟，还为他以后的事业奠定了坚实的基础。可以说，美国打了一场正义的战争，而洛克菲勒则打了一场石油战。
扩张与发展
洛克菲勒将所有的精力和时间几乎都投入到了他的事业中，不知疲倦地工作着。他的生活一直是简单的重复，整天穿梭于工厂之间，他刻板地发动着自己，就像发动一部机器。妻子罗拉发现丈夫回家的次数更少了，但她知道丈夫是在外面忙事业，是为了他的石油帝国。
1866年，随着美国石油的不断增加，美国国内生产秩序的混乱，生产的大量过剩，洛克菲勒又把目光投向了广阔的欧洲市场。以他的野心，只占有美国国内市场是远远不够的，一定要占领整个世界，才能有更大的发展。于是，他的头脑中又形成了一个新的计划，那就是创立一家公司专门负责出口业务，尽快开拓并占领欧洲市场。但是，这样的庞大计划需要很多资金，而克利夫兰的银行利息太高了，华尔街的银行利息很低，于是，他把弟弟威廉派到了纽约，争取贷款，他自己则继续在克利夫兰指挥全局，就如同一位运筹帷幄的统帅。此时，他的公司总部已经迁到了克利夫兰市最繁华的珍珠大街，亚利加尼银行的二楼。他就在这里一步步地接近他的石油帝国的梦想。
威廉和哥哥一样能干，他一到纽约，就立即在离华尔街不远的地方租了几间简单的房子，设立了办事处。洛克菲勒兄弟俩迫切地希望和银行家们拉近距离。因为不断地扩大生产，出口量增加，他们需要大量的资金，需要不断地大量举债，虽然洛克菲勒很不情愿这样做，但又不得不这样做。后来，他说：“我不得不去求银行为我们提供资金和贷款，几乎是跪着去的。”确实，每一个商人都要在谨慎和冒险之间做出选择，而选择后者的人，可能更快地获得成功。
安德鲁斯仍旧专注地对管理生产和技术进行研究。经过他不断地努力和改进，在精炼过程中的浪费越来越少了，从原油中提炼出的产品越来越多了。炼油中产生的残余物品还被生产成沥青用以铺路，或者制造挥发油、润滑剂等，随之而来的是利润的大幅度提高。
南北战争结束后，北方产业革命大规模兴起，美国工业更以飞跃的速度发展。安德鲁斯研究出来的提炼方法使得美国大部分家庭都采用煤油照明。另外，工厂和铁路需要大量的润滑剂，导致对石油的需求量猛增，石油时代真正到来了。这个时候，石油的运输方式也发生了翻天覆地的变化：人们发明了管道运输，铁管将油井和火车站连接起来，过去采用马车运输的方式渐渐被淘汰了。密密麻麻的输油管道极大地促进了石油业的发展。
在亚利加尼河，将宾夕法尼亚州境内勘探和开采石油的工业称为“上游”工业，因为它们都位于亚利加尼河和产油河的上游，而把纽约、波士顿、巴尔的摩等东岸城市精炼和销售石油的工业称为“下游”工业。
在“上游”工业中，洛克菲勒拥有16家工厂，精炼油产量非常大。宾夕法尼亚的炼油厂同纽约、波士顿、巴尔的摩等东海岸城市的“下游”企业相互竞争，势不两立，形成了对峙局面。洛克菲勒所处的克利夫兰位于中间地带，他早就闻到了这股战斗的气息。他意识到，如果想进一步发展事业，和竞争对手展开一场激战是早晚的事。
于是，他决定先下手为强，自己先垄断下游企业。
这是洛克菲勒向石油帝国迈出的关键一步。但同时他也明白，要做到这一点不是一件容易的事，因为同行中，和他旗鼓相当的企业并不少，但他要破釜沉舟、背水一战，不惜一切代价打赢这场战争。这个决定逐渐在他的大脑中清晰起来，但他并没有对任何人讲。
这个新设想是他的新伙伴弗拉格勒提出来的。
这时的弗拉格勒已经成为洛克菲勒非常亲密的朋友。当初，洛克菲勒的事业蒸蒸日上，但是他清楚，不论是哪一个成功的企业家，都不可能依靠自己单独的力量来取得巨大的成功，他需要一个有能力的、和他一条心的人做副手。虽然他的弟弟威廉正在全心全意地帮助他，但他还是需要一些外部的力量来促进他的事业进一步发展。
弗拉格勒再次进入了他的视线，两人的合作一直是非常愉快的。
大量的木桶总是在规定的时间内送到洛克菲勒的炼油厂，几乎从未出现过质量不过关的问题。而洛克菲勒也总是及时地将货款交给弗拉格勒，同时还支付下一批订单的预付金。弗拉格勒有句话，他说，建立在生意上的友情胜过建立在友情上的生意。这一点洛克菲勒也极为赞赏。他们的友情就是建立在生意上的，并且获得了深入的发展。他们经常一起吃饭，一起回家，而且在路上走的时候还不忘记谈论生意上的事。
对于洛克菲勒来说，遇到弗拉格勒这个朋友，绝对比赚一大笔钱更有意义，而且，弗拉格勒带给洛克菲勒的，还远远不止这些。
弗拉格勒也是一个野心勃勃的人，在洛克菲勒即将决定垄断下游行业的时候，他同样也想到了。
一天晚上，这两个亲密的伙伴和平常一样，下班后从办公室出来，然后一起散步回家。弗拉格勒对洛克菲勒说，现在的石油业前景很好，世界各地都需要大量的石油，石油时代即将来临了。
他劝说洛克菲勒进一步扩大炼油厂的规模，以便控制国际市场。
洛克菲勒早就想到，如果要垄断下游行业，势必扩大工厂的规模，而这一切又需要庞大的资金做基础。当时，洛克菲勒已经从银行借贷了大量款项，而且克利夫兰的银行贷款利息很高，精炼油的很大一部分利润都偿还银行利息了，所以洛克菲勒很不情愿在克利夫兰贷款。但是，如果不在克利夫兰的银行贷款，又到哪里去筹集这些钱呢？
弗拉格勒告诉洛克菲勒，如果要扩大炼油厂，他可以劝说他妻子的伯父斯蒂芬·哈克涅斯拿出一部分资金投入到他们的事业中，另外，他自己也可以拿出一部分。
洛克菲勒接受了弗拉格勒的建议，1866年，弗拉格勒说服了妻子的伯父，他同意以匿名的方式投资6-9万美元，而他自己则投资5万美元。洛克菲勒这时搞不明白，为什么亨利·弗拉格勒会拿着这么多的钱来投资他的炼油厂，而不自己开一家呢？但是，他没有拒绝弗拉格勒，这些资金无疑可以让他的事业获得更大的发展，而且有了弗拉格勒这样的商业天才加盟，他的事业会突飞猛进地发展起来。
洛克菲勒将这些资金全部都投进了他新开的标准石油炼油厂。因为他要管理两个企业，精力有限，于是，他将标准石油炼油厂的事务全部交给亨利·弗拉格勒处理。
亨利·弗拉格勒的确是一个商业管理能手。他接管这个工厂后，立即将炼油设备更换一新，还建立了一个技术工人培训部，专门负责提高工人的操作技术和炼油新技术的开发。很快，在亨利·弗拉格勒的管理下，标准石油炼油厂在半年后的产量几乎翻了一倍，利润也大大增加了。