咸丰死后，两宫并尊。慈安比慈禧还要小两岁，在人们的印象中，慈安生性懦弱，老实忠厚，且拙于言辞，听任慈禧摆布。有一个流传甚广的传言，说慈禧得子后，恃宠而骄、渐至放纵，咸丰不喜其为人，每与肃顺言，欲废之，但终未忍心。因于病重之际密书一纸遗诏，交付慈安说：西宫因母以子贵之义不得不与汝并尊为太后，然其人绝非可倚信者。即无事，汝亦当专决。彼果安分无过，当始终曲全恩礼；若其骄纵不法，失行彰著，汝可召集廷臣，将朕此旨宣示，按祖宗家法治之，立即赐死，以杜后患。有说咸丰死后，慈安即将此诏书拿给慈禧看了。慈禧震恐，小心谨慎以事慈安，几乎无微不至。一连数年，慈安以为天下太平。后，慈安小病数日，太医进方不甚有效，遂不服药，数日竟愈。乃见慈禧左臂缠帛，方知是她进参汁时曾割臂肉同煎。慈安大为感动，泣道：“想不到你竟是如此好人，先皇帝为什么会怀疑你呢？”于是取出咸丰遗诏，当面焚毁。此后，慈禧渐渐放肆，语多不逊，事事专权，而慈安悔之晚矣。光绪七年（1881年）三月，慈安病逝于钟粹宫，时年四十五岁。谥孝贞慈安显皇后。据说，慈安死后，丧仪“甚草草”，27日后一律除孝服。慈禧本人竟不持服，大臣近御者仍服常服。“国母之丧如此，诚亘古未有也。”
对于慈安太后的暴卒，后人颇多疑问。有说，当时慈禧正在大病之中，已数月，慈安独视朝，健康无恙。去世当日上午还曾召见军机，有恭亲王、大学士左宗棠、尚书王文韶、协办大学士李鸿藻等，慈安和怡无疾色，只两颊微赤。军机退。午后四时，内廷凶信出。百官皆以为是西太后慈禧，既而知为东太后，乃大惊诧。进宫见慈安已小殓，慈禧坐矮凳道，东后向无病，日来未见动静，何忽暴变至此！诸臣仰慰顿首，出议丧事。以往后妃去世，即传戚属入内瞻视后方才小殓，历朝如此，慈安死，其亲无预其事者，众皆叹为创闻。
有说，慈安死讯传来，首先表示怀疑的是御医薛福辰，他称慈安“微疾，请脉后，无需服药”，怎么会突然暴死？他痛哭道：“天地间竟有此事，吾尚可在此乎？”左宗棠、方擢也称：“早对时，上边清朗周密，何尝有病者？即云暴疾，亦何至若是之速耶？”又有说，光绪两宫再垂帘，慈禧听政益纵恣无度。时慈安益倦怠，不多闻外事，常静摄不出。慈禧乃一人召见廷臣，有事竟不告慈安，慈安颇为不平。七年，慈禧忽患重病，征集中外名医医治，均无效，盖因误认为血崩所致。惟晚清启蒙思想家薛福成之兄御医薛福辰诊其脉，得知病之所在。他在脉案上仍书血崩症，但所开药剂则皆产后补养之品，结果奏效如神。慈禧病既愈，慈安知其病乃失德所致，想使她感悟，一夕置酒宫中，庆贺慈禧康复。酒至半酣，慈安摒去左右，追述咸丰时北狩木兰，猝遭大故，肃顺擅权，宫中颠沛艰危之状，及同治时与慈禧同临朝十余年之事，唏嘘涕零久之。慈禧也悲不自胜。慈安忽慨然道：“吾姊妹今皆老矣，旦夕当归天上，仍侍先帝。吾二人相处二十余年，无话不谈。吾有一物，是当年先帝临终给付，现在无所用了。只怕一旦故去，失于检藏，被他人得到，致疑吾二人貌和好而阴妒忌，那不但是吾二人的遗憾，且大负先帝之意。”说完，从袖中掣出一函，交给慈禧。慈禧打开一看，正是咸丰临终给付慈安的遗诏，脸色顿变，惭不可仰。慈安将函索回，就着火烛烧了，一边说：“此纸已无用，焚了为好。吾今日亦可以复命先帝了。”慈禧惭愤交集，强为感泣态。慈安百般慰藉，罢酒而散。此夕后，慈禧对慈安执礼甚恭，不似往时骄纵。慈安暗自高兴，以为收到了效果。不料一日，慈禧命人给慈安送去几盒糕饼，慈安随意尝了一二枚，顿觉不适，然也没有太多痛苦，到下午，突然逝去。云云。又有人添枝加叶，编造出许多毫无根据的离奇故事。如，咸丰死后，慈禧耐不住煎熬，想法弄了一个姓金的标致男子在密室里快活，不意被东太后撞见，从床后将那姓金的拉出来，命侍卫拖出去砍掉。慈禧又羞又恨，于是便和东太后结下生死冤仇。又如，大太监李莲英为讨好慈禧，将一个琉璃厂卖古董的带入大内，被慈禧留住一个多月后放出。不久，慈禧怀孕，被慈安侦之，欲行废后之礼。慈禧先下手为强，派人送去药酒，慈安猝死。等等。五花八门，不一而足。
史家以为，这些都是抱着种种目的编造出来的风月文字。何况两宫并重二十载，其间慈禧揽权弊政，史信昭昭，果真有什么“遗命”，慈安何必等到同治帝死后七年，因宫闱传闻方拿出来示威？而权力欲极强又富有手段的慈禧要想除掉慈安，又如何能等待二十年？至于慈禧以禁城为****之地，养汉生子等事更属荒诞奇谈。且不说慈禧二十七岁垂帘听政（时慈安二十五岁）时，正值风华正茂之年，并未闻有风流韵事，到近五十岁反倒煎熬难忍、非找白面小生不成，只说宫门禁地侍卫森严，加之众多侍寝宫女和值班太监，如何躲得过呢？
东太后慈安，并非像人们印象中的那样生性懦弱、老实忠厚、拙于政事。咸丰初年正位中宫时，内外对她已有圣明之颂。咸丰死后，肃顺专权，暴横不可制。为不致走漏消息，慈安与慈禧俯巨缸而语，密筹大计。她们一面稳住肃顺，一面密召恭亲王至热河（今河北承德）。随即发动政变，杀了肃顺。据说肃顺素蓄异谋，以为皇太后浑厚易制而放松了警惕，不意其先发制之，临刑时颇自悔恨。肃顺以为“浑厚易制”的皇太后，显然是东太后。肃顺错了，被“先发制之”，丢了性命。两宫皇太后垂帘听政，天下人称东宫优于德，大诛赏、大举措，实主之；西宫优于才，判阅奏章、裁决庶务及召对时谘访利弊，得心应手。东宫见大臣，“呐呐如无语者”，每有奏牍，必要西宫为她诵而讲之，有时一月不决一事。然至军国大计所关，及用人之尤重大者，东宫偶行一事，天下莫不额手称颂。同治初年，东宫断然重用曾国藩，凡天下军谋吏治及总督巡抚之黜陟，事无不谘，言无不用。所谓“中兴”之业于此发肇。何桂清失陷封疆，刑部论斩，何暗地乞同乡、同年及同官京朝者17人上疏救之，朝廷几乎动摇，东宫独纳太常寺卿李棠阶之奏，命斩何桂清，以警逃将；胜保以骄蹇贪淫，逮下刑部狱，东宫亦采纳李棠阶意见赐死，天下为之震肃。同时，她以李棠阶是硕望名儒，命为军机大臣，一年之内擢为尚书。曾国藩、李鸿章、左宗棠因打败太平天国、收复金陵、苏浙，锡封侯伯，实际也出自东宫决断，而西宫同意。同治八年，西宫宠幸的太监安德海奉西太后之命往南方采办宫中用物，一路飞扬跋扈、索贿纳捐，过山东境，巡抚丁宝桢劾奏之。东宫问军机大臣祖制，大臣对言当斩，东宫当即命丁宝桢将安德海就地正法。一时中外交相称颂，皆服丁公之胆而颂东宫之明。西太后性警敏，锐于任事，东太后“悉以权让之，颓然若无所与者”。西太后亦感其意，凡事必请示东太后而后行。东太后则更加谦让，事无巨细，必待西宫裁决，或委托军机处主持。人们猜测，她或许以为天下大定，可以垂拱而治，所以益行韬晦之计。如此看来，东太后竟是大智若愚。
至于东太后之死，历来有“病死说”、“自杀说”、“被害说”三种说法。其中“病死说”是官方说法，也得到史家较为普遍的认可。光绪朝《东华录》载慈安遗诏，中有：“初九日，偶染微痾，初十日病势陡重，延至戌时，神思所散遂至弥留。”而慈安并非初次发病，其前还有两次，均类于心血管急症。慈安死前数月，慈禧称疾，“不能视朝政”。时内乱频仍，外患纷至，朝廷事无巨细，均要慈安一人定夺，骤然加大的压力“无疑损害了她的健康”。4月7日（按：阴历为三月初九），慈安略感肺气不畅。翌日晨，曾召御医薛福辰把脉，然“微疾上宾”，未过傍晚，即病重而亡。
“自杀说”与“被害说”出自野史传说。“自杀说”是说两宫皇太后垂帘听政多年，慈禧表面上十分敬重慈安，即使她早已决定的事，也总千方百计让慈安先“领会其意”，然后“在群臣面前由其定夺”。但骨子里，慈禧只不过将慈安“当作一尊木偶，由她随意摆布而已”。慈安尽管无能，却清楚慈禧的虚情假意。特别是慈禧立光绪为帝以后，结党营私、揽权乱政，慈安屡有所闻，但慈禧羽翼已丰，奈何她不得。为退出与慈禧的权力之争，慈安曾多次向慈禧和诸王公大臣表示：她不愿与慈禧一同继续听政。众人不允，慈安只得继续听政，但寡言少语，“一切均由慈禧做主”。慈安的退让正中慈禧下怀，于是她顺水推舟，有时干脆一人召见廷臣。然而，慈禧称病、慈安独视朝事期间，慈禧暗中诽谤攻击慈安，诬蔑她“卖嘱”索贿，“干预朝政”。一再退让的慈安无法忍受，恼恨之余，“吞鼻烟自尽”。然而，如了解上述东太后“大智若愚”的本来面目，这种说法应该难以成立。
“被害说”则基于慈禧与慈安结怨已久。这一基点，无可置疑。两宫皇太后表面亲热得如同亲姐妹，实际上矛盾微妙，刻骨铭心，甚至从根本上不共戴天。以慈禧的秉性，她有无数理由可对慈安恨之入骨。首先，同为咸丰妻妾，慈安是皇后，养尊处优，万事不用操心，却被咸丰敬重为“女圣人”。而她不过“母因子贵”，得不到咸丰真心的爱戴温存，只是被咸丰支使、视为抵挡繁杂政务的工具，还落下“窥政”、“揽权”的恶名。在慈禧内心深处，这是夺夫之恨。其次，同为垂帘，慈安坐享其成，天下赞颂，做好人；她拿主意、理朝政，却众口微词，成恶人。在慈禧内心深处，这是夺名之恨。再次，她自己亲生的儿子同治对她的感情远远比不上对慈安。同治对东太后十分孝顺孺慕，东太后对同治也慈爱备至，二人竟像亲生母子。遇有东、西太后意见不一致，同治往往站在东太后一边。连娶亲这样的人伦大事，同治都不听作为生身之母的慈禧之话，而按东太后的意思选了慈禧不喜欢的女子为后。在慈禧内心深处，这是夺子之恨。最后，慈安杀安德海。这本是一件小事，安德海不过一奴。但在慈禧看来，是慈安“持之甚坚”，小题大做，一方面借此沽名钓誉，一方面借此打击她，使她恶名远播。且“打狗不看主人面”，欲翦除她的羽翼心腹，这不能不使她与慈安“积有深嫌”。慈禧女官裕德龄在《御苑兰馨记》中写道：“慈安致安德海于死地这件事，永远没有为慈禧所宽恕。她从第一次见面时就不喜欢慈安，而慈安也一直在痛恨慈禧。到了光绪继续同治做皇帝之后，她们两人的仇恨更深刻到难解难分的地步。”矛盾、仇恨，尽管从根本上不共戴天，但发展到“毒杀”也还要有一定的条件。也就是说，具备作案动机并不等于作案。“被害说”需要提供证据。这个证据，还有待于史学家继续发掘、考证和研究。在此之前，“被害说”则不能确定。
生活起居慈禧是有名的“奢侈太后”。但正如曾给慈禧画像的美国画家卡尔女士在《慈禧写照记》
中所说：中国皇帝之尊严，仅次于天。臣下以犬马声色奉者，自然穷奢极侈，惟恐不得主上之欢心。而皇帝则自以为贵为天子，富有天下，区区数千百万金之供奉，自亦无所用其顾惜也。所以皇宫奢靡之习历来如此，并不仅仅是慈禧太后。有关慈禧衣食住行、生活起居的具体情况，史料中有不少披露，以下简要作一介绍。
饮食清代管理皇帝膳食的机构有内务府下属的御膳房、御茶房、内饽饽房、酒醋房、菜库等。
其中仅御膳房就有正副尚膳、正副庖长以下370余人及太监数十人。宫中膳食有份例规定。
皇帝每日份例为：盘肉二十二斤，菜肉十五斤，猪油一斤，羊两只，鸡五只，鸭三只，时令蔬菜十九斤，各种萝卜六十个，苤蓝、干闭瓮菜各五个，葱六斤。调料玉泉酒四两、酱及清酱各三斤、醋二斤。8盘240个各种饽饽用白面三十二斤、香油八斤、白糖核桃仁及黑枣各六斤，芝麻、沙橙若干。皇后及皇贵妃以下妃嫔、皇子等依等次递减。如无特殊情况，严格按份例供应，不得擅自增减。宫中正餐为早膳（早6时至7时）和晚膳（午12时至下午2时）。晚上6时另有一次晚点。其他时间可随意加餐。御膳膳单需由御膳房在皇帝用膳数日前开出，交由内务府主管大臣审批，而后照单准备。皇帝独自用膳。用膳时由御前侍卫向御膳房传膳，御膳房将膳食放在膳盒里或膳桌上，由侍卫抬送至用膳地点。太监按规定布好菜点，经过验膳（插银板）、尝膳等程序后，皇帝始用。用膳时，皇帝坐北朝南，面前为一长方形上下两层大膳桌，桌上布满精美食具和菜肴，太监报菜名，皇帝有中意者，太监便盛入皇帝碗碟中。
慈禧太后用膳与皇帝类同。御膳房本集中了全国最好的厨工，又从各地采办“禽八珍”、“海八珍”、“草八珍”等，做成全国最好的名菜名点，供帝后享用。到慈禧当政的时候，御膳房更为她准备了各种各样的菜肴、点心。每日两顿正餐，照规定需上100碗不同的菜肴。
另有两次“小吃”，至少也有20碗菜，平常总在40至50碗左右。慈禧曾乘火车去奉天，临时御膳房即占了4节车厢，其中1节车厢装着50座炉灶，每灶负责做两种菜，共用厨师100名，杂差不等。每餐备正菜100种、糕点水果糖食干果100种。用餐时，慈禧一个人坐着独享，有时命身边女官裕德龄等陪她同吃，裕德龄等也只能站着吃。这么多的菜，除了靠近的几种，其他的菜慈禧很少动。慈禧若爱上了较远的某一种，就吩咐侍膳的太监端近前来。慈禧每餐尝过的菜至多不过三四品，剩下的待她用餐完毕，便一齐撤下。这些菜或当即扔掉，或由女官、宫女、高级太监等依次取食，其中十之八九还是完完整整的，像供祖先撤下来的祭菜一样。
裕德龄在《清宫二年记》中写道：“慈禧对于饮食的知识极为渊博，大概可以使当代许多专家吃惊。”慈禧爱吃清炖肥鸭。即将鸭洗净，加调味品装入瓷罐，隔水用文火蒸三天，肉酥骨软，慈禧则只食几筷最为精美可口的鸭皮。慈禧对鸭子似乎情有独钟，据《中国文物报》载：新发现一份慈禧咸丰十一年十月初十晚膳的食单，20多道菜式中，鸭肴就有“燕窝如字八宝鸭子”等七种。熏炙菜肴如烤鸭、烧乳猪、熏鸡、煨羊腿等也合慈禧口味。据慈禧自己说，她年轻时最爱吃酥脆如“响铃”的烧猪肉皮。晚年“樱桃肉”取代“响铃”，成为她特别中意的一道菜。其制作方法是：将上好的猪肉切成棋子般小块，加调味品和新鲜的樱桃一起装入白瓷罐，加水用文火煨10小时，猪肉酥软，樱桃甜香。慈禧还有一道特别喜欢的菜——清炖鸭舌。是将二三十条鸭舌与一些鸭肉一起炖，直至鸭舌浮起漂在汤的上面。每次这道菜总是装在一个特备的杏黄色大碗里，放在她的面前。应时菜品，如夏季“西瓜盅”：将瓜瓤挖去，装入鸡丁、火腿丁、新鲜莲子、龙眼、胡桃、松子、杏仁等盖好，隔水炖几小时，味道异常清醇鲜美。