此时，杨秀清为报答知遇之恩，对洪秀全是恭恭敬敬的。杨秀清把正军师行辕就设在永安州署旁边的武圣宫内，这里实际是太平军最高军事指挥所。但杨秀清出于尊重，每设下一个军事部署，都要请天王点头同意。洪秀全对杨秀清送来的用兵方案，大多批以“可也”“是也”“极是”等句，可见最高首领之间关系融洽。
杨秀清懂得，要守住州城，就必须首先防守住城外阵地。所以，他将重兵都分布在城外，扼守各交通要道，不让清兵挨近州城。
杨秀清是这样部署军队的：前军主将萧朝贵亲驻城西二里的团冠岭，指挥数千精兵加固炮台，修筑工事，重兵防守西面；后军主将冯云山率二千人驻守城南五里的莫家村与守卫水窦村。西浮岭的秦日纲军遥相呼应，牢牢把住南大门；右军主将韦昌辉与刚刚升为总制的罗大纲率二千人设防于城东北两里的旧县城和了望岭。左军主将石达开则率部扼守城东南十五里的大塘村。各军阵地紧紧相连，一有战事互相策应。当进攻永安的清军到来以后，也不由得惊叹：“发匪善于用兵也！”
最先靠拢永安城的清军还是乌兰泰部。乌兰泰原统领一万多人，向荣官村战败后，赛尚阿急于重建北路大军，他从乌兰泰南路军里抽走了几千人，拨给代主将刘长清，拼凑出新的北路大军，阻止太平军北上。
乌兰泰率所剩的六千兵马，赶到永安西南十二华里的佛子村，在此建立南路大军总部，开始培植“剿匪”力量。
佛子村北五里有冯云山防地栾岭，东面五里有秦日纲守区水窦，乌兰泰处于两面受敌之境，故不敢贸然进攻，只是等待时机。
坐镇莫家村的冯云山，主动抓住战机，他派监军曾水源率一千人夜袭佛子村，同时约定秦日纲一起出兵。半夜里，东北两面同时马蹄声声，喊杀连天。乌兰泰手忙脚乱，黑夜里不知发匪有多少人马，的确吓出一身冷汗。
曾水源马队只是想快速偷袭一下敌军大营，近千人冲入佛子村后，向乌兰泰营盘里甩炸药。丢火把，骚扰一阵后又飞速退出。清军营盘则火光冲天，死伤几百人。总兵秦定三也被炸药擦破一点头皮，弄得满脸鲜血，好些日子他头上都绑着绷带。
乌兰泰经此一夜骚扰后，忙在佛子村周围挖掘战壕，已阻击太平军马队偷袭，搞得佛子村风声鹤唳草木皆兵，人人提心吊胆，哪敢言“进攻”二字，很长时间内处于被动防守。
而东北面情形却大不相同。赛尚阿为确保桂林省城，为阻止太平军东下和北上，已集中优势兵力于北路军。除了从乌兰泰部抽来古州镇总兵李瑞。临元镇总兵李能臣外，又新增了天津镇总兵长瑞。凉州镇总兵长寿。河南河北镇总兵董光甲。湖北郧阳镇总兵邵鹤龄，加在一起兵力已达两万，由代主将刘长清指挥，都统巴清德协助，阵容较为庞大。
杨秀清本来就想东下昭平，北攻桂林，所以把重兵摆在东北一线。刘长清几次进攻，都被萧朝贵。石达开。韦昌辉联合击退。北路清军人数虽多，可内部矛盾重重，总兵与总兵之间，你嫉我妒，互不配合。刘长清由总兵代理北路军主将，资历太浅，才智平常，不孚众望，指挥不灵。巴清德本无才能，且又年老昏聩，只是凭着官高爵显，出身满族，才被赛尚阿选到广西前线来带兵。
巴清德本是无灾无难到公卿的贵族，从前是享不尽的荣华富贵。可是自随赛尚阿入桂以来，他觉得倒霉透顶了，在这战火纷飞，炮声隆隆的行军打仗中，巴清德忧郁成疾，病倒在床。
带兵将领尚且如此，兵勇们更是为了混一口饭吃，哪里肯去拼命？尤其是新到之河北镇。郧阳镇几千新兵，从未上过战场，一听枪炮响，个个战战兢兢。打仗时，前面死了几个人，后面就如鸟兽散，人数再多也是枉然。
按察使姚莹留在北路大军里帮办军务，他写信给赛尚阿出点子，道：“兵不在多而在精，生姜还是老的辣，乌副都统与发匪对阵较久，能带兵进攻者唯有此人。现在他坐镇南路指挥，只因兵力太少，不敢贸然进攻，若大人给他多添些兵马，命令他由南面出击，则宜于收效矣！”
赛尚阿依姚莹之计，给乌兰泰增添了数千人马，使他的南路军恢复了原来的人数。赛尚阿亲笔给乌兰泰写了一封信，夸奖他“勇猛果敢，善于带兵。”好言好语抚慰了一番，接着又命令他“协力同心，南北夹击，两路大军，联合进攻。”并明确要他担任主攻。
乌兰泰得主帅褒奖，也勇气大增。他即刻在佛子村拟定了一个夹击计划，定于十月十四日晨，乌兰泰在南面进攻莫家村和水窦村；刘长清在北面攻打龙眼塘，牵制太平军主力。
到了预定日期，南北两路清军第一次发起了联合进攻，一场酝酿多日的战争爆发了。