慈禧太后临朝后，即将军机章京焦祜瀛为她草拟的两道懿旨以光绪帝的名义颁发。首先颁发的是求医圣旨。圣旨言光绪帝“屡有不适，调治日久，尚无大效”，要臣下保荐名医治病。接着颁发的是恳请训政圣旨，其旨称：“慈禧皇太后两次垂帘听政，办理朝政，宏济时艰，无不尽美尽善。因念宗社，再三吁恳慈恩训政，此乃天下臣民之福，由今日始，在便殿办事。”恳请训政的圣旨一颁发，朝中守旧大臣皆山呼万岁。
这时，荣禄奏请立即捉拿乱党。慈禧太后准奏，即发令调兵三千关闭京师九城门，停运京津铁路，并特令捉拿康有为兄弟。捉拿令云：“工部候补主事康有为，结党营私，莠言乱政，屡经被人参奏，着革职；并其弟康广仁，均着步军统领衙门拿交刑部按律治罪。”捉拿令下发的当天上午，步军统领崇礼亲率缇骑三百包围南海会馆，把康广仁当场捕了去。梁启超见状知形势严重，便急匆匆来到浏阳会馆。
不愿同梁启超去日本使馆，
谭嗣同决意伴孤君，以为救国流血
浏阳会馆与南海会馆相隔不远，此时谭嗣同正在馆内“莽苍苍斋”寓所倚坐在床，焦虑不安。自游说袁世凯杀荣禄勤王这一打算落空后，谭嗣同已一连三日得不到光绪帝的半点讯息。当梁启超径直走进来告知康广仁已被官兵当场捕了去的消息时，他大吃一惊。梁启超接着惶然道：“城内现侦探密布，四处捕人，莫非圣上已遭不测？如此，我等凶多吉少。”谭嗣同听了这话，也推断皇上可能蒙难，但他想到的是要梁启超去日本使馆躲避，以免受牵连，而将自己的生死置之度外。梁启超劝他一齐逃走，他坚决不肯，坦然说：“昔欲救皇上，既无可救。今欲救先生，亦无可救。我已无事可办，惟待死期耳！”说罢催梁启超赶快离去。梁启超只好起身告辞。
想到光绪帝可能被囚或被废，谭嗣同连夜到源顺镖局，与大刀王五策划速召京津武林豪杰去劫救。大刀王五系直隶沧洲人，原名王正谊，有一身超群武艺。他早年流落江湖，后在京城珠市口西半壁街开设源顺镖局，以京师大侠闻名。谭嗣同在京时，曾崇他学武功。大刀王五亦敬重谭嗣同的为人，二人遂成为密友。谭嗣同见到大刀王五后，央求相助劫救光绪帝，起事勤王，大刀王五爽快地答应了。考虑到事态紧急不可稍缓，他要大刀王五立即去侦察瀛台周围的情况。王五答应后，谭嗣同又赶到电报局发急电给已到上海的好友唐才常，要他往汉口与哥老会首领接洽，以为起事作应援。
次日清晨，谭嗣同正要去找大刀王五问询情况，还未出门，大刀王五却来馆告他说：“昨夜夜深时我去瀛台察看，只见禁垣外每处增设兵丁二十名，往来巡查，日夜不息，门禁亦较常严紧。如此，纵有豪杰舍身相救，怕也劫不出皇上。我看你不如学康工部，趁早离开京师，以免遭人毒手。今晚我就护送你出城，如何？”谭嗣同听了，放声狂笑，说：“我浏阳谭还不致如此绝情，在圣上蒙难之时背离而去，岂不沾污了我堂堂湘人忠烈之名？小臣若不能勤王以救主，即当杀身而伴君。”说罢，他解下随身所佩的凤矩宝剑赠给大刀王五，谓见剑如见人。王五为他的忠君之情所感动，执剑而去。
梁启超辞别谭嗣同后，径直坐马车驰往日本使馆。到门口时，正好遇见与他相识的日人平山周从使馆内出来。平山周出门是为了去找他，见他来到使馆，即引他去见日本驻华代理公使林权助。
林权助此时与伊藤博文用过午餐后正在谈话，闻报梁启超要进馆相见，便马上来到会客室中。梁启超一进门就比划着要求给自己纸笔。林权助见他脸色苍白，透出悲壮之气，断知有非常之事，忙给他纸笔。梁启超接过后，即在纸上写道：“仆三日之内即须赴市曹就死。若君犹念兄弟之国，不忘旧交，请予援助。”林权助亦用文字表示可相援救，说梁启超可随时到馆来，不必无谓去死。见了林权助的这段文字，梁启超止不住暗暗落泪。平山周见了，便劝慰他不必忧伤。梁启超见平山周及日本代理公使对自己如此关心，遂问何故。平山周直告他说：“我是贵国大革命家孙逸仙的友人。今奉孙先生之命，特地前来接你去日本，以免你遭清廷之加害。”梁启超听了，忙向他道谢，亦对孙逸仙充满了感激。他回住所收拾细软后，当晚就借宿日本使馆。
梁启超宿在日本使馆，一夜反侧难眠。次日上午，他又在使馆内昏昏沉沉地闷坐着。这时谭嗣同到馆来访，与他议商保救光绪帝的办法。二人决计求助日、美、英三国公使，请他们出面保全光绪帝。在得到林权助的支持后，他们又一同去找李提摩太，但李提摩太告知说，英、美公使仍在度假未归。于是他们一起回到浏阳会馆用午餐。谭嗣同见勤王起事不可为，国际交涉亦难成，便劝梁启超：“事至危急，愿君东游日本，以免罹难京城。”
梁启超望着谭嗣同清癯的面容，不胜感慨说：“君官隐金陵时，间月至上海相过从，连舆接席。后著成《仁学》，精探性天之大原，列出数千年之祸象，言扫荡桎梏冲决罗网，别开一种冲决罗网之学。中言辽、金、元之罪浮于前此以天下为囊橐中私产之君主，其土则秽壤，其人则膻种，其心则禽心，其俗则毳俗。一旦逞其凶残淫杀之威，以攫取中原之子女玉帛。如此宏论，影响至钜。后我等在湘主讲时务学堂，在课艺中始敢讲《扬州十日记》中屠城屠邑之事。不意今日为襄新政，在京城竟如丧家之犬。为救皇上我等既已竭力，再奔走于人实属无益，与其天各一方，不如结伴东游。”
谭嗣同听了，叹息说：“前言志士仁人，求为陈涉杨玄感，以供圣人之驱除，死而无憾。今则感皇上之厚遇，为新政死而无憾。”他凝重地看着梁启超，继续说：“事已如此，我辈应有去有留。不有行者，无以图将来；不有死者，无以召后起。君自去罢。”
说罢，他交给梁启超一份事先写好的绝命书。梁启超庄重地接过他的绝命书，怀着怅惘的心情与他道过别后，回日本使馆去了。
梁启超离开浏阳会馆不久，一健壮的日本人即来会馆，入莽苍苍斋找谭嗣同，问他是否愿与梁启超一起到日本使馆暂住，那样可以对他设法保护。但谭嗣同回绝了来人的邀请，慷慨地说：“大丈夫不作事则已，作事则磊磊落落，一死亦何足惜！且外国变法，未有不流血者；中国以变法流血者，请自谭嗣同始！”这日本人甚为感动，亦知难以劝说谭嗣同回心转意，遂告辞而去。
这时，有同乡来相告：御史杨深秀也被捉拿了，罪名是曾奏请慈禧太后不要训政。会馆的人听到这消息，都劝谭嗣同到日本使馆去暂避一下，但谭嗣同仍然一笑以谢。谭嗣同这时已抱定死难的决心，但他不想连累家庭。于是他闩好寓所的门，摹仿父亲的笔迹制造了一封假信，以父亲的口气训斥自己不忠不孝，要和自己脱离父子关系。他想，有了这样一封伪造信，自己一旦蒙难，也不致过多牵连在湖北巡抚任上的老父谭继洵。
紧接着，慈禧太后又发密旨，令步军统领衙门将张荫桓、徐致靖、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等人拿解刑部审讯。步军统领衙门领旨当日，迅即将张荫桓、谭嗣同、杨锐、林旭四人拿获。徐致靖和刘光第闻捕，也前去自投于狱。次日，他们即解刑部收监。大刀王五听说谭嗣同与众钦犯囚禁在刑部南所头监，便前去探视。他特地送了一些银两给狱吏，好为谭嗣同设法通融招扶，使之少受些折磨。
谭嗣同入狱后，反倒心平气和起来，他早已置生死于度外了。当他闻知先已被捕入狱的康广仁临难不惧，在狱中谈笑从容，并谓“若死而中国能强，死亦何妨”时，十分佩服。然而谭嗣同还是夜不成眠，一想及国事就心绪难平。自身的遭遇，与东汉时的杜根何等相似！当年任郎中的杜根上折请临朝听政的邓太后还政于安帝，由已经成年的安帝亲理朝政，邓太后闻之大怒，遂命人将杜根置于殿上扑打昏死，又将他扔到城外。杜根苏醒过来后，装死三天躲过邓太后派人对其死活的查验。躲过一劫后，他隐身酒肆，邓太后死后复官为侍御史，继续为国效力。要是我也能像杜根那样躲过一劫多好！谭嗣同又想到自己和康有为、梁启超等参与变法的小臣，与东汉末年的张俭一样，因弹劾常侍侯览反被诬为结党营私，但愿出逃的康、梁二位能被人冒险接纳相救。次日，满脸苍白的谭嗣同向狱吏要来笔墨砚，在狱壁上题诗一首。这是一首悲壮的绝诗，其诗云：
望门投止思张俭，忍死须臾待杜根。
我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。
谭嗣同刚题完诗，狱卒即前来解他去过堂审讯。慈禧太后得知谭嗣同等人捉拿归案后，特下谕令军机大臣会同刑部严行审讯。审讯的当天，兵部掌印给事高燮曾与福建道监察御史黄桂韵推波助澜，他们联名上折奏请慈禧太后将钦犯早日处决。其奏称：“恐张荫桓勾串西人，尤其康有为将铤而走险，勾结外洋，致生他变。故宜早决断，将已获之犯速行处治，以绝他望。尔后即外人欲来干预，而事已大定，无所施其术矣。”慈禧太后得奏后，即召见刑部尚书赵舒翘。赵舒翘素不满于变法，他在应召时亦面奏：“此辈无父无君之禽兽，杀无赦，亦无须讯问。”慈禧太后听了，两目放光，点了点头，于是降旨先将杨深秀、谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、康广仁六人定于三日后处斩。
行刑日，这六人被押入囚车，解往菜市口刑场。这时，林旭请求监斩官刚毅，说有数言表白，可是刚毅一口拒绝。谭嗣同则激昂地对围观的人群说：“为救国而流血，愿从谭嗣同始！”及至临刑时，他神色不变，疾呼道：“有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉快哉！”呼罢从容就戮。康广仁临刑时亦慷慨如歌，对众人说：“我辈为义赴死，中国自强之基在此矣。”在场的京中市民见谭嗣同、康广仁等人为维新之业慷慨就义，都感动不已，谈起此事时都称他们是就义六君子。
在六君子遭难的次日，客居京城的驻美副公使容闳匆匆潜出北京，赶赴上海去了。原来，慈禧太后下令捉拿主维新的朝臣时，就已饬总理衙门清查京城鼓吹新政的人士。容闳回想起自己当年曾去南京向天王洪秀全献新政建议七项，让太平天国改善政府、改良内政、建设新式军队、创办新式学校、创办各种实业等，生怕清廷查出后加罪于自己，便想出走。这时，他又闻有大臣参奏自己素表同情于维新党，寓所有会议场之目，还有隐匿党人之嫌，于是决计迁徙逃生。容闳去上海后，托迹租界中，后在上海出任强学会第一任会长。