－六五八年四月，蜀王刘文秀病卒，而临终定下遗策，希望南明朝廷能迁入四川，统领全局联合李自成义子李来享和大顺军各部抗清，再出兵陕.洛建立长期抗清基地，进而光复大明。然而晋王李定国在刘文秀死后并未执行这－战略方针。
此时晋王已听不进别人意见，而且独断专橫。并且在南明内部进行了－次大整顿，特别是对秦王孙可望旧部，导致孙可望旧部不满，以至有朝臣上书永历言晋王独揽朝政，任用奸佞马吉翔等人，不听谏言。眀军各部茅盾重重，蜀王刘文秀多招抚孙可望部，因此各部对晋王李定国多有怨言，永历帝也多倚仗晋王。
晋王原也不是私心之人，然而独撑危局心力不支，因而在朝政方面偏听偏信，虽拥有半壁江山。而却沒有治理之才能，此时各路清军已战领贵陽，南明军队节节败退，镇宁已失守。刘镇国部拼死抵抗，奈不敌兵败。刘镇国不愿降清力战而死，自此滇北门户大开清军开始进入云南境内，朝廷在李定国犹预中，七月才由李定国领兵出征，驻盘龙江畔，以图调集重兵进攻贵陽。
然而此时清军已三路会师贵陽，李国翰部已攻克镇宁，洪承畴吴三桂巳攻占贵陽，卓布泰也在同年九月进攻安龙，黄草坝[今贵州兴义]九十月间白文选驻守的七星关，也失守。白文选部有截断退路危险，于是白文选部且战走，向滇撤退。从清军兵力来看比一六五二年进攻南明时，实力相差不大而为什么那次胜多负少，而今节节败退呢？究其原因是因为三王[秦王.晋王.蜀王]，各自都是独当一面将领，秦王在贵陽出湘迎战清军，刘文秀在蜀中顶住李国翰部，李定国在广西进攻清军，因此清军也没有优势可言，加上南明多部分将领都是经百战，南明也是全盛时期，而三王各自为战，又相互呼应因，而上下团结，三军用命，主动寻找战机故胜多败少。
而此时南明内讧，各部不合，有大西军残部，大顺军余部。李定国又岐视秦王旧部，各将领间无心恋战，多避战后退。贵阳失守后更是军心涣散，晋王也曾集中兵力打算收复贵阳，然而李定国从三月清军合集贵阳到七月才出兵，已使清军三路会合，收复贵阳已不可能，这时多尼增援的八旗兵，虽未入，。但吴三桂驻遵义，罗托驻贵阳赵布泰驻独山、都匀已经实现会师扭转战局为时已晚，多尼部清军乘胜进攻关岭，冯双礼为了集中兵力率部由关岭移驻鸡公背，与祁三升合营，可是数以万计军队齐集于公背山顶，粮草运输成了难题，士兵饥不得食，当清军发动进攻时明军士兵弃险不守，自行撤退冯双礼、祁三升见军心不稳也只好随军撤退。
十二月，各路清军已逼近罗平，曲靖一带，前方消息传来朝野上下哗然，引起了朝廷震动，因自永历南明自建立以来，各处漂泊朝廷各部门官员，多是在战乱马背上度过，始於广东.经广西，湖南，贵州才在1656年入滇，平稳了几年，一下子又要迁移，带来影响可想而知，十二月初九日，李定国派使者向永历帝报告，清军势大难敌奏请“上当移跸以避清人之锋。
李定国建议移跸，在朝诸臣对于放弃昆明，以后朝廷移往何处有不同意见，一部分人主张迁往四川，而另一部分人却主张向滇西，撤去入川是蜀王制定的战略方针，李定国原也同意迁入蜀中，并定于十二月十五日撤退，然而另以大学士马吉翔其弟马雄飞.女婿杨在等－帮人又不愿迁往四川。
马吉翔首先说：“上为蜀人所惑坚移跸蜀中若移跸蜀中则文安之必来迎驾此老非扶（指扶纲）、雷（指雷跃龙）之比安能不避贤路乎？老身若退则衣钵又安能及贤婿乎？且入蜀则程源等必据要津等内无金少宰（指金维新）之助外无晋王之援倘安龙附孙逆之事发等举家无噍类而贤婿亦噍碍矣”说着掉下眼泪来杨在默然无语马雄飞认为哥哥说得有理事关全家前途命当即拍案;：“事已至此莫若于今晚会金少宰具其坟墓亲属皆在滇中安可去蜀？即翔、飞等结已久何肯远去？莫若苦劝晋王坚走永昌事不可为则幸缅国；若可为返滇更易若晋王犹豫则说以蜀中勋镇林立今殿下新败之余远则袁（宗第）、郝（永忠）诸勋之能保诸勋听节制乎？恢复荆襄能保上不再封郝永忠等数亲王以与殿下并立乎？则晋王必听之矣”马吉翔当天晚上就去找金维新，商量如何说服李定国，改变主意，金维新是云南人长期担任李定国幕僚，备受亲信，金维雄数年前因和明建昌总兵王偏头争夺过一女，怕入川后而遭王偏头报复，因此不愿入川，开始在晋王耳边进言，晋王也犹预，这帮儒生又为保自身荣华富贵，竞以－已之私而废国家天下，可悲可叹啊！也让南明失去了最后一次掘起机会。历史有太多偶然，偶然也就改变了历史走向，李自成部抢夺陈圆圆，吴三桂引清入关，孝庄皇太后温柔乡劝降洪承畴难不是偶然吗？李自成的偶然战死！恐怕也改变了历史。
十二月十五日，永历帝等官员仓促离开昆明，同日到达安宁。永历帝谓众官曰;“朕自登基历十佘年，如小舟行之沧海，四方漂泊昆明，城中百姓在朕走后必遭清军屠杀，望百姓四面逃去以免兵火，所屯仓粮勿得烧毁，留于百姓。永历如此妇人之仁，便使自已加速灭亡，晋王传谕烧毁各地军粮，永历帝不许，于是所有存粮俱为清军所得，二十万大军得粮草四月有余。”
据史载，清军在攻打贵州时，后方粮草已周转不利，军中缺粮已至荒，而一进滇，使得到明军留下大批粮草，清军更是如虎添翼，而明朝廷仓慌逃亡，反而物资银响无法备足真兵败如山倒啊！
随后冯双礼、陈建、王会、艾承业[艾能奇长子]率部北入四川，十二月二十一日晋王李定国率部撤出昆明，此时清军尚在曲靖，1659年正月初三，吴三桂洪承畴.卓不泰不战而得昆明，永历王朝放弃了最后一座大城市，十二月二十四日，永历到达楚雄准备入川，然而在马吉翔金维新等人－至要求下，李定国果然改变主意，同意永历帝等转向永昌府，于清军占领昆明时到达永昌府而另一部明军已入川，并不知朝廷部署已变，自此势力更为分散，更便清军各个击破，永历到达永昌时隨行官员多已逃去不少，人人感到前途渺茫，先后脱离朝廷寻找避难藏身之处，如吏部尚书张佐宸与少詹事汪蛟逃入大理府山中；兵部尚书孙顺、礼部尚书程源、户部侍郎万年策、大理寺少卿刘泌、左佥都御史钱邦芑，等行至永平县时改名换号躲入山中。
永历在永昌府于正月初七，召见当地乡绅下[罪已诏]，大意是这样说;“自明开国以来，明白祖宗之制不可违，然而今已无能回天，皆因独倚晋王，晋王用人不察至有此败，又数自已登基来各种不是等等，所有官员俱降三级。”其实也只是为挽回人心罢了，又有－部分官员逃亡而去，连大学士扶纲.兵科给事中胡显.御史陈起相等人多已逃去。据[永昌府志]载工部尚书王应龙，原是陕北制弓匠人已七十余岁，张献忠建立大西政权时任工部尚书，联明抗清后在永历朝廷内任原职行动不便，就对他儿子说：“本草莽微贱蒙恩授职官至司空先不能匡扶社稷，今不能患难从君尚可靦颜求活人世乎？”言毕自缢殉国。他儿子哭着说：“父殉国难子成父忠”也跟着上吊自杀，可见忠臣义士也不少。
晋王离开昆明前密召总兵杨容入帳中，命杨容在军中选精强兵卒－千人，且要平时可信的亲兵部众，秘密到刘文秀府上，掘出窨金16万两整装车马令杨容运往永昌命;“纵是全部战死，也不可使黃金落入清军之手，到滇西后找可靠地方藏好，以备日后抗清军饷，知你乃忠义之士，才给如此重任，望不负大明不负皇上！”杨容泪如泉涌;“生是大明人，死是大命鬼！纵是粉穿碎骨，也要保护好这批黄金，决不负天子和晋王。”拜别晋王装载而向西运去，尽抄小路而行，沿途见难民散兵，决不多纠缠，以运军粮而为名，晋王取家藏金银分赏各部，余皆命人充饷率部向西而行。