到5月25日，即滥杀和抢劫的第六天，这场大屠杀结束了。清军接到豫王的命令，就此封刀。和尚们得到命令开始收集和焚烧尸体。到5月27日，开始赈济口粮。又过了几天，那场雨——它使大火没有毁灭整个城市——终于停止了，太阳也出来了。当时的人们估计，有80万人死于这场屠杀。
这段历史曾经被埋没了数百年，知道者甚少，有关“扬州十日”的记载主要来自《扬州十日记》；但此书长期被清廷禁止无法流通，导致清末以前大部分人对此屠杀事件一无所知。直到清末有心人士将此书由日本带回，“扬州十日”事件才广为世人所知。据《扬州十日记》所载，清军攻破扬州城后进行了为期十天的大肆屠杀，后来仅仅是被收殓的尸体就超过了80万具。
不过近年来有人对王秀楚所着《扬州十日记》的部分内容的真实性表示怀疑，提出《扬州十日记》文中存在纰漏或自身矛盾的地方，而里面提到的死亡人数也有明显夸大的成分。他们认为，从南明兵力、扬州守军、清军兵力、居民人数等几个主要方面考查，大抵均可说明《扬州十日记》关于清军屠杀至少80万人的说法应为夸大说法，而真实发生于历史上的，应是屠城五日，杀害约10万人之数。
不管是80万还是十几万，那都是一个恐怖而血淋淋的数字，那都是一个个活生生的生命所累积起来的数字，那是一个落后民族征服先进民族所使用的野蛮手段，那是我们现在每个人都要牢记的一段历史。
“扬州十日”“嘉定三屠”一向被并列为清军入关后的两大暴行，也作为汉民族的灾难和耻辱被长久地记忆在人们内心深处。对前者，因为王秀楚的《扬州十日记》流传甚广，人们对其了解略多，谈的也不少。而对后者，则相对比较含混和模糊了。
当然，关于“嘉定三屠”，后人也留有实录，只不过不太为众人熟悉而已。
除了史料因素，这里面还有一个更重要原因，那就是“扬州十日”是满人所为（尽管里面还是汉人居多），而“嘉定三屠”则是李成栋部所为，从头到尾都是“伪军”犯下的罪行，而这个李成栋，降清后又反清，叛弘光朝又投永历朝，身份经“汉奸”而为“义士”，所以被当时乃至后来的人宽厚地谅解了。
史可法的“深更泪”并没有能保住扬州。满人对于以后发生事情的记载显然 是很坦率的：十八日（1645年5月13日），大军薄扬州城下。诏谕其守扬阁部史可法、翰林学士卫允文及四总兵官、二道员等，不从。二十五日（1645年5月20日）令拜尹图、图赖、阿山等攻克扬州城。
就时间而言，从5月13日开始的、到5月20日以攻破扬州城而告终的这场攻城战，无疑是短暂的。一般说来，在战斗中大炮是非常重要的，尽管并不绝对具有决定性。这种武器和中原地区的炮手们曾使清军初期战斗取得很大成功，因此清军就了解了这种葡萄牙重炮的重要性。的确，当多铎的先头部队驻扎在扬州北的斑竹园时，实际上是在等待后面的炮队。史可法本人也非常知道这种现代化大炮的重要性。正是他在1643年建议，南京军械库的陈旧、笨拙的“神器”应该换成更为轻便的“三眼枪”（即三筒枪）。
因而，在南京政权建立的头几个月里，史可法尽了极大的努力改装他的炮队。徐光启的学生陈于阶替他制造这种新的葡萄牙重炮。陈曾经在一个改变了他宗教信仰的天主教堂的铸坊学过这种技术。这样，在1645年5月20日开始的攻城战斗中，史可法由于沿石墙架在木制平台上的外国重炮而掌握了最初的主动权。
一旦多铎的士兵进入这些重炮的射程之内，那么就有成百上千的人被杀死杀伤。但是多铎不慌不忙地指挥自己的炮队向城墙西北角射击，随后清步兵一拥而上，通过大炮的火力网，一直冲到城墙根底下。在那里，史可法又掌握了瞬间的主动，因为他的弓箭手们直射城下的那些进攻者。很明显，此时多铎已经命令他的士兵不惜代价夺取西北角了。每当一名清兵倒在箭下，另一个便补了上来。
很快，尸体越堆越高，一些清兵甚至不需要梯子就能爬上城墙。随着清兵越上越多，守城者便开始恐慌起来。城墙防御工事沿线的守兵们争着跳上木制炮台，以爬上最近的房顶，然后逃跑。在很多地方，过重的炮台坍陷了，那些守城士兵如果没有被压死，也在随后的肉搏战中被杀死了。
接着，这种恐慌在城里也蔓延开来。不管是因为叛徒的鼓动还是因为一些谣言（有人说，守军以为满军是黄得功将军派来的一些增援部队），主要城门很快被城内的人们丢弃不管了。随着清军的拥入，南明的士兵丢弃了他们的头盔和长矛，狼狈不堪地逃向南门，企图从那个方向逃走。另外一些人，知道这座城市已经被全部包围了，干脆就不抱有任何希望。曾经以日记记载了随后发生的灾难的王秀楚还记得：“突有一骑自南而北，撤疆缓步，仰面哀号，马前二卒依依辔首不舍，至今犹然在目，恨未传其姓字也。”
就在守城的士兵丢盔卸甲，急忙在城中民房里寻找藏身之地时，史可法离开他在城北门的炮台，骑马穿过内城，直奔南门，他希望从那儿出去，然后从侧翼进攻清军。但为时太晚了，清军已经到达了城南门。史可法这时认识到，他已经失去了扬州，抵抗可能已是毫无意义的了。
一两天前，史可法曾面问庄子固，如果扬州城陷落，他是不是准备为主尽忠。庄子固不假思索地回答说，他会的。此刻，史可法真的请求庄把他自己杀死，但是庄子固不忍这样做。于是史可法猛然拔出自己的佩剑自刎。但是，他没有受到致命伤，只是倒在庄子固的怀里血流不止。史可法大声呼叫其养子助他速死，但是史得（德）威犹豫再三未能下手。结果从城北门逃来的败兵把他们席卷而去，后面有清军紧追不舍。混战之中，庄子固被杀死了，史可法被一个认出了他的清军将领捉住。史可法请求把他带到他们的指挥官那里去。
史可法很快就被带到豫王多铎那里。日记作者王秀楚几天以后这样描写豫王说：忽见一人红衣佩剑，满帽皂靴，年不及三十，骑马而来。身穿精美之锁甲护胸，坐骑华饰，多人随从，虽为满人，其体貌甚伟俊，下巴突出，前额宽大，其随员中有多名扬州人。是为满人总督和皇帝之叔父豫王。
这份材料没有告诉我们，多铎在20日审问史可法时什么打扮，但是有一点是容易想象的，即在身材魁梧、衣着华丽的满族王侯和粗壮、面色阴晦、仍然穿着带有血迹衣服的中原将军之间，实在有天壤之别。据温睿临关于他们见面的记载，豫王很友好地召见了史可法，说：“前以书谒请，而先生不从。今忠义既成，当畀重任，为我收拾江南。”
史可法回答道：“我此来只求一死耳。”
多铎问道：“君不见洪承畴乎？降则富贵。”
史可法答道：“彼受先帝厚恩而不死，其不忠于尔国明矣。我岂肯效其所为？”
于是多铎命令宜尔顿将军“劝说”史可法屈服，但是三天过去了，史可法仍然拒绝投降，于是下令杀害他。在《实录》的简短记载中，说道：“获其阁部史可法，斩于军前。其据城逆命者，并诛之。”
《实录》给人一种有计划地处死这批人的印象，实际上是骗人的。大部分史可法的部属，如总兵刘肇基，骁将马应魁，幕僚何刚，天主教徒，炮队专家陈于阶，或是死于街上的战斗或是自杀。史可法的全部19名私人幕僚都遇难了。但是由于随后日子里发生的暴行（那是在中国历史上最为臭名昭着的大屠杀之一），他们的死难没有引起人们足够的注意。
其实在清军南下征服汉族的过程中，不仅是在扬州，江阴、大同、湘潭、汾城、广州等都遭到了一定程度的屠戮。在中国历史上，有少数民族入主中原并最终统一天下的朝代中只有元朝与清朝。这些被汉族称为异族的“羌胡”之民，每征服一处，都是建立在无数无辜人民的白骨之上的。扬州十日的屠杀，无辜百姓的鲜血换来了统治者的满足，血腥的疆土开拓实现了其入主中原的愿望。
名家回眸
着名历史学家范文澜指出，历史上的战争和大屠杀多为民族斗争，在这段时期内，残酷斗争是一方面，但还有民族融合的一面，斗争与融合同时并进，斗争完了的时候也就是融合完成了，汉族因增添了新鲜血液而进一步发展。从远古传说的炎黄之战和皇帝与九黎者蚩尤之战，一直到满洲入主中原，几乎无一例外地说明民族斗争是民族融合的必然过程。