这场史无前例的恩科考完之后，几十万举子就陷入的焦灼的等待之中。考试前为了给皇帝留下好印象，不少人还参与建城的义务劳动；考完以后，皇帝一连多日没出现，这些人也就懒得做样子了，只有黄宗羲等极少数举子仍继续坚持。
本来按照惯例，会试是要考三场的，分别为四书文、五经文和五言八韵诗，每场各考三天。这次恩科却只考了一场，一天就结束了，而且从形式到内容都大异于前，因此没有一个举子感到有把握考中，但也同样没有一个举子感到完全没有希望。
过去会试从结束到张榜，大概需要四五天时间。可此次是几十万人同时应考，阅卷就成了一个大问题。
过去阅卷，为了防止考官与考生串通作弊，需要先对试卷“弥封”，即用纸遮住考生的姓名籍贯等信息。后来觉得这样还是不保险，因为阅卷者仍可从笔迹或是试卷上的墨点等特殊记号来认出考生。于是又要进行“誊录”，即由专人将考生的答卷一字不差地照抄一遍，并经过校对，然后才让阅卷者过目。
可是这次恩科有几十万份试卷，礼部一共才多少人？若还要“弥封”、“誊录”，就是累死也干不完。好在皇帝有旨，将这些环节一并免去，考官直接阅卷即可。
但这仍是个不可能完成的任务。因为往年会试均是设有主考二名，同考官十八名，这二十个人审阅数千份试卷。可这次的试卷数量超过以往数百倍，总不可能找几千个考官来阅卷吧！
不过朱由检似乎一点也不着急，让主考来宗道仍按往年的规矩，从翰林院挑选十八人。再加上副主考徐光启，二十人对付三十万份试卷，慢慢阅卷去吧。而且是每天能看多少就看多少，准点下班绝不拖延。
来宗道等礼部官员心想这样看下去，恐怕几十年也看不完。而且还有第二个大问题，就是录取多少人，皇帝一直没有做出明示。往届会试的录取率约为百分之十，若千名举子应考，大概也就录取一百名左右。可这次考生是三十万人，难道要一下子录取三万人？朝廷哪有这么多的官位？
不过既然皇帝如此胡闹，他们也懒得反对了，每天就按步就章地看几十份试卷。这样过上一两个月，不用上奏，举子们自然闹翻天了，到时候看皇帝如何收场。
可惜他们完全打错了算盘。朱由检让这二十人阅卷，纯粹是做做样子，因为他早就决定亲自阅卷！
礼部阅卷之处设在皇城之内，自然处在皇城警卫团的严密保护之下。每天黄昏，等这些考官回家之后，朱由检就带着秘书处的全体成员，再加上得到密旨偷偷留下来的徐光启，数十人一直阅卷到第二天四更！
秘书处的成员只负责一件事，就是分类。凡是只答了主题，副题全空的试卷，直接剔选出来，朱由检连看都不看。这样的试卷至少在十万份以上，不用问，答卷者肯定是典型的只会做八股文，别的一概不知的书呆子，这样的人如何能用？
剩下还有十余万份试卷，秘书处则按照回答副题数量的多寡分类。二十多道副题，只答了一两道题的，由徐光启代为审阅。很显然，这样的考生比完全交白卷的也好不了多少，说明这样的人缺乏社会实践经验，基本不符合朱由检的选拔标准。徐光启是哗哗地翻着卷子看，平均一份试卷只看个几秒钟，一百份卷子里能挑出一份回答稍微像点话的就不错了。
而那些回答问题较多的试卷，朱由检才会亲自审阅。他并不在乎问题的答案是否与自己心目中的答案相同，因为这些题基本上都是主观题，也根本不可能有标准答案。只要回答有自己的想法，就有可取之处。至于废话连篇、言之无物的试卷，朱由检只要看到也是立即舍弃。
之所以要设置这么多副题，朱由检也自有一番考虑。在他看来，如今的官场已是腐朽透顶，除了少数德才兼备的官员外，绝大多数要么迂腐昏庸、不谙时务，要么心术不正、以权谋私，甚至拉帮结伙，组成利益集团，对朝廷的政令阳奉阴违，完全无药可救。要想治事，就得先治人，治不了，就得换。现在的官场，已经到了非“大换血”不可的地步了！
可是具体怎么换法，也是大有讲究。如果自上而下，先从内阁、六部尚书等朝中重臣换起，逐渐向下推行，先不说这些大臣势力很大，动他们肯定阻力重重，搞不好还会激出不测事件；就算可以将这些人强行解职，可是换谁上来？下面的官员和这些大臣经历相似，都是从科举中起步，在大染缸一般的官场中混出来的，换谁不是一样？
所以朱由检决定自下而上，暂时不动朝中重臣，先从最基层的官员换起。
基层官员的数量就非常庞大了，全国北、南两京，南七北六一十三省，下辖一千多个县。县衙里的朝廷命官有四位：正七品的知县，正八品的县丞，正九品的主簿，无品级的典史。另外，各省、府及一些职能衙门中，也有大量的基层官员。
在这些基层官员之中，朝廷真正能控制的只有知县。举子会试考中后叫“进士”，如果外放官员的话，一般都会从知县做起。而县丞、主簿、典史等更低品级的官员，读书人不屑做，基本上都被没有通过会试的当地人所把持。这些官员位卑而权重，往往在当地形成不小的势力，官职也多是父子相继。
除了这几个朝廷命官之外，县衙里还有很多干着实际工作、却不在编制之内的人，即所谓的“胥吏”。这种官吏分开的制度弊端很大，朱由检当初在泾阳县就见识过了。
因此这次恩科，朱由检的真正目的是选拔大批基层官员，逐步将县丞、主簿等世袭的地方官替换掉。至于胥吏，以后要么裁撤掉，要么并入“官”的序列。为了实现这个目的，朱由检才会让几十万举子同时应试，因为他至少也要选出五六千人！