如果说调整皇城四卫还是皇帝的家事，那么朱由检对五城兵马司的调整，则是对京师防务的一次重大改革。
首先，就连“五城兵马司”这个名称都给改了，改成了“九门兵马司”。具体就是以内城九门为名，比如“正阳门兵马司”，就管辖以正阳门为中心，北至皇城，南至外城永定门的区域，其他八门以此类推。
第二，过去的五城兵马司名义上先归兵部管辖，后归都察院，但实际上各司指挥使都是由勋臣担任，士卒也全是军户世袭。现在朱由检却规定：各司士兵定员与皇城四卫一样，均为一千一百二十人，全部从京师保卫战时组织起来的预备役中选拔。至于原来的五城兵马司士卒和预备役士卒，择优转为正式军户，其余恢复为民，并由朝廷安排生业。九门兵马司士卒服役三年，期满后亦如此转换身份。从此预备役亦成为定例，每年都要在京师百姓中征召。
至于统属，改动就更大了。朱由检规定九门兵马司即不归兵部、也不归都察院管辖，而是每司由一名阁臣和一名勋臣共同掌管。二人各执一枚印信的左右两半，在本辖区之内的正常调动，须由二人合印方可生效；如果是全城范围内的调动，则必须奉诏而行。
第三，九门兵马司只配冷兵器，职责仅为维持辖区内治安，内、外城的城防则仍由京营负责。
对具体负责城防的京营，朱由检亦做出重新部署。原来京营分为五军营、三千营、神机营三大营，分别对应步军、马军和火器部队。现在三大营建制予以保留，但主力迁出城外，部署于京师四周数十里处；另立青龙、白虎、朱雀、玄武四营，每营定员一千五百人，其实是按照新建的大明军三个营的编制来的。这四营各领内外城一面城墙的防务，马步军及各种火器一应俱全，战斗力相当强悍；各营将领官职均为正五品守备，官品不高， 但均由皇帝直接任命，仅对皇帝负责，其他任何官员无权指挥。
经过这样一番改革，京师形成了皇城四卫、九门兵马司、京师四营内外三道防线。其中京师四营仅负责守城作战，九门兵马司仅负责城内治安，皇城四卫仅负责保卫皇城，职责分明，互不统属又互相制约。任何人若想拥兵作乱，永远只是少数，不可能取得成功。而若想合谋造反，因为牵涉到的人太多，又难以保守秘密。而且大多数领兵将领的任免完全由皇帝掌握，朱由检必然选拔对自己足够忠心之人，即使真的个别人造反也不用怕。
但是朱由检也给大臣们留了个面子，那就是九门兵马司的指挥权归阁臣和勋臣掌管。它的前身五城兵马司初设时，街区凡有水火盗贼及人家细故之或须闻之官者，皆可一呼即应，救火、巡夜，清廉为政，不取分文。但是到后来日久弊生，始而捕盗，继而讳盗，终且取资于盗，同盗合污。因此过去的兵马司指挥使是一个大肥缺，每年至少有十万两银子的进项。现在京师规模比过去更大，人口更多，经济更发达，如果仍按过去那样运作，利益就更大了，因此不管是谁，都想从中分一杯羹。
廷议的结果，除首辅韩爌及吏部尚书孙承宗年事已高，户部尚书毕自严和工部尚书徐光启公事太过繁忙，未兼领兵马司外，阁臣李标、钱龙锡、刘鸿训、何如宠、吴宗达、郑以伟、周延儒、新任礼部尚书文震孟和刑部尚书乔允升各领一司。温体仁由于是最后入阁，排到他这正好没有名额了，也只好暗气暗憋。
至于勋臣，则由廷臣公推产生，不外是在京的公侯伯爵。除了英国公张惟贤固辞不受外，其他各勋臣都在暗中使劲，争取能当上指挥使，甚至有人为此行贿。又过了两天，经过激烈的讨价还价，总算廷推出了各方都认可的名单，朱由检倒也说话算数，立即御批生效。
其中分配到正阳门兵马司的是阁臣刘鸿训和惠安伯张庆臻。这两人本来关系就不错，张庆臻能当上指挥使，刘鸿训做了不少工作，张庆臻对刘鸿训自是感恩戴德。
圣旨一下，张庆臻立即赴任。他当闲散勋臣太久了，十分想体会一下大权在握的滋味，交接完毕后，立即骑着高头大马在辖区招摇过市，前呼后拥好不威风。
可是刚走到正阳门外三十步，早有新建的朱雀营士卒拦住道：“正阳门南北三十步以内，是朱雀营的防区。守备大人有令，不论是官是民，到此一律下马。”
张庆臻威风还没抖够，当着这么多百姓被士卒拦下，顿觉十分没面子，把眼一瞪勃然大怒道：“瞎了你的狗眼，连本伯也不认识？”
跟着张庆臻一起出行的伯爵府家丁也帮腔道：“我们老爷是惠安伯，刚刚钦封的正阳门兵马司指挥使，正阳门内外正该我们老爷管辖！你们的头头是守备，才是正五品武职，我们老爷可是伯爵，比正一品还高！快叫你们那鸟守备出来跪迎，否则让你们吃不了兜着走！”
南来北往的老百姓见两拨官兵掐了起来，都聚拢过来看热闹。这时朱雀营守备郑齐心匆匆赶到，他也是秦兵出身，因为在京师保卫战中表现优异，刚被朱由检下诏任命为京师四营之一的朱雀营守备。他赶紧上前对张庆臻深施一礼道：“末将朱雀营守备郑齐心，见过惠安伯！”
张庆臻一见郑齐心只有二十岁左右，说话还带着点陕西口音，越发瞧不起，指着郑齐心的鼻子道：“郑守备，你官威不小哇！不过你别忘了，本伯也是万岁钦命，正阳门内外均是本伯辖区，你凭什么让本伯在辖区内下马？”
本来郑齐心并不想跟张庆臻起冲突，可见他如此蛮横无礼，年轻人毕竟火气盛，当即高声答道：“圣上的旨意写得明明白白，正阳门内外三十步是朱雀营辖区，任何人到此均需下马，末将只是奉旨行事。惠安伯如觉不妥，尽可奏明圣上，重划辖区，但今天您如不下马，末将却不敢放您过去！”