虽然鳌拜自知罪行深重，但他仍企望能免去一死。他面对康熙，突然揭开衣服，袒露身体，暴出以往为救康熙祖父皇太极而留下的累累伤痕。康熙又生怜悯之情，于是下旨批示说：鳌拜理应依议处死，但念效力年久，虽结党作恶，朕不忍加诛，著革职，籍没拘禁。内大臣大学士班布尔善、鳌拜弟都统穆里玛、侄塞本得、吏部尚书阿思哈、兵部尚书噶褚哈、户部尚书玛迩赛、吏部侍郎泰璧图等人，皆依附权势，结党行私，表里为奸，擅作威福，罪在不赦依议处死。
辅臣遏必隆虽知鳌拜结党乱政，不预行纠劾，但他未曾结党，其咎止于因循瞻顾，特著免罪，革去太师和后加公爵。其原有一等公爵仍留给他的儿子。
一时苟图进用，同该案稍有牵连的那些微末之人，一律予以免死，从轻治罪。至于内外文武官员或有畏其权势、或有身图幸进，而依附鳌拜的，一律宽免，自后务须洗心涤虑，痛改前非，遵守法度。
鳌拜总算保住了性命，死刑改为终身监禁，最后死于狱中；其子那摩佛亦免死，著革职、籍没拘禁。
鳌拜死了之后，康熙给吏部、兵部发出圣旨，谕旨中提到：鳌拜等旧勋大臣，受国恩奉皇考遗诏，辅佐政务，理宜精白乃心，尽忠图报。不意鳌拜结党专权，紊乱国政，纷更成宪，罔上行私。凡用人行政，鳌拜欺藐朕躬，恣意妄为，文武官员，欲令尽出其门，内外要路，俱用伊之奸党。班布尔善、穆里玛、塞本得、阿思哈、噶褚哈、济世、讷莫、泰壁图等结为党羽，凡事于私家商定乃行。与伊交好者，多方引用，不合者即行排陷，种种奸恶，难以枚举。
康熙如此这般智擒鳌拜的故事在昭梿《啸亭杂录》卷一中就有精炼记载：康熙为鳌拜故，以弈棋召索相国额图入谋，同时委派亲信控制了京师的卫戍权。数日后，鳌拜入见，召羽林士卒擒之。八月，索额图便升任大学士。
康熙此旨一下，满朝文武、全国上下一致称颂皇帝英明。其对鳌拜结党专权一案的处理是极英明的，为他讲谛造伟业此后，康熙又进行了一番整顿中央机构的工作，任命了一批主张前进、反对倒退的内阁大臣，为苏纳海、朱昌柞、王登联、苏克萨哈等被鳌拜冤杀之人一一平反昭雪，宣布永远废除反动落后的圈换土地制度而对于有益发展生产的民间垦荒则加以奖励。而且康熙还在这次智除鳌拜事件中，吸取教训：自亲政以来，断不许人怀挟私仇，互相陷害，是以三四十年间，无大臣互讦之事。不久大清王朝便出现了蒸蒸日上的新气象。
康熙六年初，又有大臣上奏折请求康熙亲改。亲王、贝勒、贝子、王大臣等齐声赞成，再加上熊赐履、汤斌、魏裔介等人的积极奔走。康熙看到时机已经成熟，就在这年七月宣布废辅亲政。
康熙六年七月初七，是玄烨政治生涯中最重要的日子，那天他举行了亲政大典。亲政这天，在太和殿举行了隆重的仪式，康熙坐在金銮殿宝座上，面南受贺。满朝文武及外国来使一齐下跪，山呼万岁。仪式结束后，康熙即到乾清门进行“御门听政”。从此，结束了辅政大臣专权的局面。
§§§第五节 精心治国 稳固皇权
清圣祖仁皇帝玄烨，自清朝建立以来第四位皇帝、清定都北京后的第二位皇帝。年号为康熙，意为：康，安宁；熙，兴盛——取万民康宁、天下熙盛的意思。皇帝八岁登基，在位六十一年，是中国历史上在位时间最长的君主。他奠下了清朝兴盛的根基，开创出康乾盛世的大局面，是一位英明的君主、伟大的政治家。死后葬于清东陵之景陵谥号合天弘运文武睿哲恭俭宽裕孝敬诚信功德大成仁皇帝。
康熙皇帝即位，国家正是内忧外患之时。从他执政以后，他把里里外外都重新整治打理了一遍，创业兼守成。成就了他成为中国历史上最伟大的君主之一的盛誉。
康熙皇帝自八岁登基开始就和摄政王一同听政，而且还能参与到其中。根据玄烨自己回忆说：“昔听政时，每令读本，朕与辅政大臣共听之，或因一时言论，往往忽略，朕谕伊等：‘此内有关系民命者，尤不可不慎，伊等皆经行间效力，不以杀人为意，朕必慎焉’。”玄烨还常说，“朕自幼听理政事，极其敬谨”。在祖母孝庄文皇后支持下，他逐步提高了治理朝政的能力。亲政后的玄烨，展开了对权臣鳌拜的积极斗争，多次抵制他的不法行径，最终不动声色地惩治了他，去除了自己的一大隐患。
这种胆识和魄力是值得称颂的。
当然，康熙皇帝的成功，有个不得不提的人便是孝庄皇后，这个传奇的女人紧紧的依赖住两黄旗，扶植了儿孙两代为帝。连玄烨自己也曾经说：“忆自弱龄，早失怙恃，趋承祖母膝下，三十余年。”《清史稿》后妃传中有记载称：“太后不予政，朝廷有黜陟，上多告而行。”足以见得，孝庄皇太后在康熙朝的地位及作用。
康熙皇帝活捉了鳌拜，肃清整顿了鳌拜的党羽集团，加强了自己中央集权的稳固。此后不久，又改内三院为内阁，禁止了圈地，废止人殉，缓和逃人法，扫清漠北，平定三藩，争取台湾。他广泛的开始接受汉族优良的文化和传统，加快了满洲贵族封建化的进程。
随着康熙皇帝的即位，由于他太过年幼，八旗内部的旗籍之争，官僚集团和满洲贵族之间的权利斗争起伏不断。四大辅政大臣和摄政王多尔衮两种体制并存左右朝政时候都将近八年。摄政和辅政两种体制都适应了大清皇朝初期的政治形式，对稳定清朝的统治秩序非常的有利。摄政王多尔衮走先皇顺治留下的既定方针，对前朝官吏的招抚，对明代的遗民进行安抚，以便笼络民心。与此同时，出兵击溃一些起义的农民军，消灭遗留下来的南明朝的小朝廷，小势力，将统一民族和国家的推到了一个历史的高点，为大庆皇朝奠定下坚实的基础。
摄政王多尔衮的确是功高盖世，以至于京畿地区的人只知道有一个“九王”，而不知道有皇上的存在。他与当时排名第一位的摄政王，也就是郑亲王济尔哈朗不和。仗着自己手中的权利，把自己的亲弟弟多铎也提升成为了摄政王。多尔衮依仗着自己卓著的功勋，作威作福，擅自使用权利，独揽政权，已经严重的威胁到了康熙皇帝的地位。他把人力财力都投到扶植白旗一军中，使得白旗一下子成为八旗之中最为精锐的部队，以便于挤压孝庄皇太后手中的两黄旗。足智多谋，洞悉一切的孝庄皇太后岂会不知这一切。但她没有打草惊蛇，在多尔衮一死，尸骨未寒之际，便立刻剥夺了他的爵位，治他罪状，同时也结束了摄政的体制。
孝庄皇太后让四位分别来自“上三旗”的异姓大臣来辅佐康熙皇帝，也正是防止了多尔衮成为摄政王的弊端。两种体制的辅政一共八年，此八年又可以分成两个时期。起初的三年，四位顾命大臣按照自己的誓言，兢兢业业地扶持着幼主，齐心合力，基本上按照世主所安排的战略部署进行。这样对于清朝建立的初期政权来说起到一个非常积极的作用。之后的五年时间里，鳌拜权倾朝野，为了结党营私，捏造罪名打击异己，这样对集中的皇权构成了严重的威胁和挑战。鳌拜不像康熙皇帝主张接受汉族传统和文化，他一味的维护满族遗留下来的旧风俗，人为的再次圈换土地，为了报复多尔衮，他就将苏克萨哈治罪，以此来发泄对白旗一族的不满，其实这已经阻碍到了满洲整个社会的发展。从这里不难看出，孝庄皇太后启用异姓大臣实行辅政的体制并没有达到预期的效果。权臣和皇权的集中发生了激烈的矛盾与冲突，这才导致康熙皇帝一心要活捉鳌拜，铲除自己政治道路上的障碍，这是他加强中央集权所必然采取的行动。只有这样，清朝的政治统治才能逐步的走上正轨。
辅政与摄政并存的体制在清朝的非常时期，曾经也发挥过积极的作用，但是因为这些辅政大臣的权势过于太重，以至于到后来无法制约到他们，严重的威胁着皇权政治。尽管这种体制的弊端出现的相当明显，但它却在大清王朝中必不能缺，这是中央集权政治体制建设的特殊环节。
康熙皇帝是一个勤政的皇帝。他自己曾经说过“勤政实为君之大本，怠荒实亡国之病源”。清朝历代皇帝，除了同治皇帝以外其他各个都是很勤政的。自从康熙皇帝开始，每位亲政之后的皇帝都要到乾清宫的门前去听政，由皇帝亲自主持上早朝。最开始康熙皇帝主要是在乾清宫门外听政，所以这也称之为御门听政。