关于此事的第一则报道11月7日出现在巴尔的摩的一家报纸上，协议的正式文本一个月后才到达华盛顿，然后被送往参议院以待批准。只是，这个消息来得太迟了，已经无法影响进入最后阶段的选举。不过美法到底真的实现了和平，美国的准战争状态结束了，这对于亚当斯来讲是一个巨大的胜利。
阿比盖尔在亚当斯来到特区之后的一周后才动身，她于11月16日抵达华盛顿。她在11月21日写给玛丽的信中说，马里兰州只有森林，道路崎岖不平，难以辨认。而新的总统府有家乡的礼拜堂两倍大。“房子里到处都有壁炉，不然就没法住了，其中有13个壁炉必须每天都不停地燃烧，不然我们就得睡在潮湿的屋子里了。”鉴于这所房子此时的状况，许多人恐怕会拒绝住在里边，可亚当斯夫妇毫无怨言地住了进去。阿比盖尔知道，这所“伟大的城堡”是为即将到来的时代建造的。她认为要把这么大一所房子管好需要30个仆人，实际上她只有6个，包括约翰和玛丽·布里斯勒。在他们住进去之后，28个房间他们只用了6个，而这6个房间就已经把他们所有的家当都淹没了。
1800年11月22日星期六，国会成员第一次在尚未完工的国会大厦中召集会议，约翰·亚当斯以总统身份发表了最后一次演说，他心里也明白这是最后一次。
他是这样开头的：“我祝贺美国人民，国会在政府的永久所在地集会了，先生们，我也祝贺你们，因为我们不再迁都了。”就像在总统府时私下的祝愿一样，他今天也公开祝福了国会大厦、联邦特区和华盛顿：这是国家的代表们第一次在这个庄严的地方集会，如果不向宇宙的最高主宰表示敬意、祈求他的祝福的话，就太不合适了。愿这个以华盛顿的名字命名的城市成为美德和欢乐的居所！愿它像华盛顿一样集虔诚与美德、智慧与崇高、坚韧不拔和克己自制于一身，愿这些优良品质在这个城市里永远受到尊重！愿简朴的作风、纯洁的道德和真正的信仰能永远在这个城市和整个国家中盛行！
1801年12月3日，噩耗传来，他们最深爱的儿子查尔斯去世了。此前已经酗酒很多年的他最终死于肝硬化，他给世界留下了一个女儿和不小的债务。
儿子的死讯给夫妇俩带来了深重的伤害，虽然两人尽量避免提到此事，毕竟大选结果马上就要揭晓，但亚当斯几乎在一夜之间老去许多。在一封阿比盖尔写给姐姐玛丽的信中，她哀伤的说道：“他的体质如此虚弱，以致病势来得十分凶猛，在弥留的日子里，他非常痛苦和悲惨，他很耐心，顺从地听了最后的祷告，一直很镇静。有时他都神志不清了……他的敌人正是他自己。尽管他犯了错，我还是深深爱着他。”
8票之差
还没从丧子之痛中摆脱出来，另一个打击接踵而至，如果它也能算是打击的话。几天后，选举结果揭晓了。亚当斯以8票之差输给了他的副总统杰弗逊。在写信给儿子托马斯的信中，他伤心的写道：“一阵狂暴的电闪雷鸣、冰雹齐下，伴着浓烈火药味，淹没了我那微弱的呼声。”无论他感到如何受挫、失望、难过，不管要振作起来有多么困难，亚当斯没有任何怨言，没有嫉妒或愤怒，也没有任何人为他感到遗憾。他告诉托马斯：“别担心我，我感到自己肩上的担子轻了。”
同往常一样，亚当斯夫妇对自己的子女十分坦率。阿比盖尔写信告诉托马斯：“对我和这个家庭来说，这个结果并没有什么遗憾……今后在昆西的日子会更幸福的。”只是她私底下很难过，加上公众的忘恩负义，彻底击垮了她。她写信告诉科顿·塔夫茨：“我经常失眠，而且情绪低落。我的脑子和心灵备受折磨。”
与上次两人的非常接近的结果相比，这次竞选稍有不同，得票最多的是杰弗逊和伯尔。两人打了个平手，都是73票。亚当斯获得了全新英格兰的支持，却失去了纽约州、南方和西部各州的选票。共和党人在纽约州的胜利起了至关重要的作用，这主要归功于艾伦·伯尔在纽约市付出的超凡努力。不过直到联邦党人在南卡罗来纳失利，在那里失去了8张选举人票后，一切才成定局。最后对所有16个州的选票统计结果显示，杰弗逊获得73票，亚当斯65票，平克尼63票。由于伯尔也得到了73票，与杰弗逊持平，根据宪法，得由众议院来决定。
不管怎么说，亚当斯的选举成绩很不错，最起码不是个耻辱的数据。4年任期内，他十足就是一个代人受过。活在华盛顿光辉下的替罪羊。他遭到了那么多的恶意攻击，《外侨与叛乱法》激起了那么激烈的怒火，征税不得民心，他的内阁背叛了他，联邦党人溃不成军，最后还有汉密尔顿的变节，可他其实还是差点获胜。他在纽约市只差250票，否则就能以71：61票赢得选举。如果和平条约签订的消息早几个星期传到美国，很可能会对亚当斯的选票产生决定性的影响。还有，如果在分配选举人票时把占南方人口五分之三的奴隶也计算在内的话，亚当斯也可能会实现连任。
对亚当斯来说，这一结果证明了政党分立和政党组织有多么大的力量，最明显的就是伯尔在纽约的竞选。华盛顿在他的告别演说中曾警告大家要警惕分裂，不要与其他国家永久结盟，还要小心“党派之见带来的恶劣后果”。可以肯定地说，亚当斯坚持了团结和中立的立场，但是他不屈不挠的独立精神——他想成为一个超越党派的总统——使他付出了高昂的代价。
由于杰弗逊与伯尔票数相同，众议院接下来要再次投票决定最终的总统人选。亚当斯还要继续坚持工作，等待2月11日选举人投票结果正式公布后，众议院召开的特别会议来解决杰弗逊与伯尔票数相等的问题。2月11日，星期三，参众两院议员一起在国会大厦开了一次联合会议。副总统正式公开了选举人出示的证明，宣布了投票结果，然后众议院立即召开会议，开始投票。可几天过去了，众议院却陷入了僵局，始终无法得出结果。人们云集在国会大厦外边，气氛变得极其紧张。据《华盛顿联邦党人报》报道，“危机恶化了，有人提出采取极端的办法来阻止选举，甚至有人提到了内战。”这一僵局在2月17日星期二终于被打破了，一名来自特拉华的联邦党众议员詹姆斯·A·贝阿德最后改变了主意，投票支持杰弗逊。众议院第36次投票终于结束，杰弗逊担任了下届总统。
阿比盖尔不想再在这里看这些政治闹剧，她极度思念自己在昆西的家，决定提前回去。1801年2月13日这天，她一大早就向亚当斯和孙女苏珊娜道了别，乘坐公共驿车出发了，踏上了旅程的第一段路——穿过“野外”往巴尔的摩驶去。她在总统府的生涯就此结束了，后来她也很少再提起这段日子。
在投票结果揭晓到最终决定总统人选的这几个星期以来，亚当斯一直在行使总统的特权，任命他的一些朋友和穷困的亲戚为政府官员。他曾被人们非议的那些关于任人唯亲的顾虑如今已不复存在。他的女婿史密斯上校被任命为纽约港的海关检查员。约翰·昆西的岳父约书亚·约翰逊被任命为哥伦比亚特区邮政局长。亚当斯担任总统期间的最后几项举措中有一个决定无疑是在阿比盖尔的大力鼓舞下做出的，那就是将约翰·昆西从海外的外交官岗位上召回。
1801年3月4日，新总统举行就职典礼的那一天，约翰·亚当斯乘坐公共马车，于凌晨4点离开了总统府和首都，其时天上万里无云，空中还有半弯残月。他是在托马斯·杰弗逊在国会大厦宣誓就职前8小时离开的，在比利·肖和约翰·布里斯勒的陪同下，马车穿过空旷的街道，经过黑黝黝的房子，他的离去比他的到来还要低调。没有人为他送行，甚至没有人知道他已经离开。
他的政敌和对头们认为，亚当斯在黎明前匆匆离去是这个坏脾气老头的又一恶意行为，亚当斯的支持者们也对此表示失望。据《马萨诸塞侦察报》报道，亚当斯在华盛顿的朋友写信表示，他们希望亚当斯没有这样突然离去。“如果他能等到他的继任者就职后再走，那么理智、温和的两党人士都会很满意，那样自然会取得比较好的效果。”诚如他们所说，亚当斯如果参加就职典礼的话，就可以树立一个虽败犹荣、颇有风度的榜样，同时也能表明在这部书面宪法之下，权力能实现顺利平静的交接。可亚当斯这样做也有自己的原因，这次对最高统治权的争夺如此激烈，党派间的仇恨差点就要引发暴力，要想实现权力的和平交接简直无异于发生奇迹。再有，亚当斯披星戴月地悄然离去并不突然，从比利·肖的信中来看，他早在一个礼拜前就计划了这次行程，并没有刻意隐瞒。要在一天之内赶到巴尔的摩，必须赶上早班公共马车，而早班车就是凌晨四点出发的。亚当斯本人从未解释为什么没有留下来参加杰弗逊的就职典礼。
杰弗逊在坐无虚席的参议院会议室中发表了他著名的就职演说：“我们都是共和党人，我们都是联邦党人”他的声音如此轻柔，以致许多人都听不清。在结束演说前他简短地夸奖了华盛顿几句，对亚当斯则只字未提。
但即使新总统杰弗逊只字未提，亚当斯还是心怀坦荡地离去了。就像他写下的那样，他留给继任者一个“国库充盈”的国家，而且“面向和平，前景美好，全世界都在对美国微笑，商业繁荣、海军强盛，农业多产且利润丰厚”。
亚当斯担任总统的四年中没有爆出任何丑闻或腐败案件。如果说他在管理国家方面并不是很出色、在批准《外侨与叛乱法》方面太过轻率、对自己内阁的背叛反应太慢，可他到底还是成功地领导一个有分歧的国家和分裂的政党走过了这四年，最后表现出难得的政治才能。一件值得永久称赞的成就是他冒着失去职位、名誉和连任机会的危险，选择不与法国作战，尽管当时宣战会使他大受欢迎，在短期内能给他带来政治上的好处。结果国家避免了一个几乎肯定是灾难性的错误。亚当斯十分清楚自己此举有多么重要。直到他离开这个世界的那一天，他最为自豪的成就还是他实现了和平。