亚当斯沉着镇定地说，法国“在美国胸口留下了创伤”，但他衷心地希望伤口能够愈合，希望能与所有的国家保持和平与友好的关系。因此，他要求做出“新的尝试”，与法国进行谈判，同时开始发展美国的军力。联邦党人的报纸对亚当斯表现出来的爱国主义热情大加赞赏。共和党人则被激怒了，他们不能容忍自己的意见被如此忽视。亚当斯不但没有对法国表示多少同情，而且听起来像是在“叫嚣”着开战。如果他想避免战争的话，怎么会敦促国会建立海军呢？当亚当斯任命约翰·昆西为驻普鲁士大使时，共和党人爆发出更多的抗议之声。他们说，华盛顿从来没有任用过自己的亲人，连远亲都没有。《黎明报》说，总统必须辞职，“不然以后再来纠正这些倒行逆施就太迟了”。国会认为在某些事务上要信任总统的判断力，因此对此不予干预，于是《黎明报》便大肆攻击亚当斯，说他太过自负。
因为任命给父亲带来麻烦的约翰·昆西又给亚当斯增添了烦恼。他写信来说自己恋爱了，他爱上了美国驻伦敦领事的女儿路易莎·凯瑟琳·约翰逊。亚当斯夫妇在欧洲的时候就认识这位领事，以他们对这个女孩的了解，他们对此事感到忧心忡忡。就像阿比盖尔对昆西说的那样，她担心这个女孩是否适合他，会不会太年轻，是不是习惯了欧洲的奢华和诱惑。总之一句话，他们对这位习惯了奢华生活的女孩有一些现实的担心，她的昂贵品味恐怕不是昆西承担得了的。
这位年轻的外交官则答道：“我知道你的想法，尽管我们的婚事还处在最初步的阶段，但我非常感激，而且明白这些想法完全是出于认真的考虑和母亲对我的关爱。”他不断地保证这位遭到质疑的姑娘“心地善良、性情温柔、精神高尚又富有理性”，而且会“成为您的好女儿，做得一点都不比您的儿子差”。
三名新特使
法国督政府几乎不由分说就拒绝了平克尼将军的特使身份，这种轻率而又带有轻蔑的做法非常欠缺考虑，但却是亚当斯不得不面对的难逃。平克尼将军在荷兰发来电报，请示下一步的计划。当时在海上，法国对美国的恶意行为还在继续。那年春天，亚当斯得知，法国已经俘获了300多只美国商船，有美国海员受了伤。在欧洲，法国军队在似乎不可战胜的年轻将军拿破仑·波拿巴的领导下，在扩张领土的战役中横扫意大利和奥地利。1798年新年伊始，波拿巴获得了海陆所有军队的指挥权，他将率军穿过海峡去讨伐英国，就像约翰·昆酉对父亲说的那样，这次远征“十分鲁莽”。后来昆西又报告说，波拿巴很快又改变了主意，率领他的军队转向埃及。法国从未像现在这般强大。
阿比盖尔来到费城后，开始全身心地照顾亚当斯，帮助他度过痛苦的难关。她自己一人管理整所大房子，监督仆人，并给昆西镇寄去订单，运来总统最喜欢的新英格兰奶酪、咸肉、马铃薯和苹果酒。她每天5点起床，8点吃早餐，然后两人到午饭时才再次会面。
亚当斯几乎每天都在总统官邸的办公室里，由于“工作得那么勤勉”，使他看起来总是十分疲惫。而此时的杰弗逊却在隐退多年后，以惊人的活力重新活跃在党派政治中。以他的资格和能力，反对派很快推举他为领袖。亚当斯一贯的政敌麦迪逊退休了，加上担任副总统有大量闲暇，杰弗逊可以有大量的时间给共和党的报纸写信、出主意，提供信息和资金。例如当时的《黎明报》，就是一份喜欢登载攻击约翰·亚当斯文章的报纸。杰弗逊一直住在法国饭店，那里便成了共和党核心集团的总部。很快的，介入政治的副总统与领导政治的总统之间伪装的和睦关系也被摒弃了。
杰弗逊深信，最佳的结果就是法国打败英国，而且这一天很快就要到来了，于是他向法国驻费城代办菲利普·亨利·约瑟夫·德·勒通布建议，督政府应该以适当的礼节来接待美国派来的3个使节，但“要尽可能地拖延谈判”。问题是杰弗逊与其他共和党人一样，不理解亚当斯将和平谈判与增强国防措施结合在一起的用意，因此他在给别人写的私信中指责亚当斯蓄意破坏和平。这些话有些传到了亚当斯的耳中，亚当斯愤怒地说，一个人在心灵“被野心所吞噬，然而依然很脆弱、迷惑、愚昧和无知”时才会说出这种话。
不过，尽管杰弗逊这般大肆活动，加上目前的气氛如此紧张、一触即发，亚当斯的激烈言辞还是出奇地少，态度也比较缓和。联邦党人中许多人怀疑杰弗逊已经彻底背叛了自己的祖国。
在法国人的印象中或者理解里，杰弗逊是法国忠实的盟友，美国也“对法国充满了感激”，而且“永远都不会忘记是法国帮助自己取得自由的”。可美国的新任总统却是另外一回事了，杰弗逊毫不留情地对他大加贬损，尤其令人感到过分的是，杰弗逊还提醒欧洲的政治家，亚当斯的任期只有4年，而且亚当斯也没有得到普遍支持，“他只是凭3票之差当上总统的，美国的体制会随着他发生变化”。在一篇文章中，杰弗逊公然向亚当斯的执政理念甚至是人格发起了置疑与挑战：
“亚当斯先生自以为是、暴躁易怒、固执己见，生来就太过以自我为中心，至今还在为自己在巴黎与富兰克林发生的龃龉而不快。亚当斯起初是一个共和主义者。在他出使英国时，王权与贵族的炫目使得他相信它们的魅力，认为它们是政府的必要组成部分。而谢斯的叛乱，亦证明了人的欲望与压制的缺乏，不足以保证秩序的稳定。他的那本关于宪法的书，使我们了解了他的政治偏见。在他离开的这段时间里，他的心被那些拥护君主制的联邦主义者所占据，而当他回到美国时，他又相信市民的总体倾向是支持君主制的。他还写了《关于达维拉斯的谈话》，作为对前面那本书的补充说明。后来他又被选举为美国总统，这使得他更固守着自己的“错误”。数不清的、狡猾的、殷勤的谄媚扑向他，使得他相信，他正处于威望的顶峰，而这时海水正悄悄地淹过他的双足，进而吞噬他的追随者们。所以当华盛顿引退时，那些一直受他的诚实、坚定、爱国与权威限制的盲目而狂热的君主主义者，登上议会的汽车，如同坐在太阳神之子费顿的马车上，开始无拘无束地、急促地、冲动地、狂野地向前奔驰。他们既不去关注左方，亦不去关注右方，除了最终要达到的目标，其他的任何事情对他们来说都是不相关的。直到最后，他们的丑态完全暴露，人民的眼睛开始睁大并明白过来时，于是把他们驱逐出公众议会的事情就发生了。”
这段描述让我们不能不思考杰斐逊和亚当斯之间的关系已经崩溃。如果杰弗逊真得如此看待亚当斯的话，那么这就意味着杰弗逊与亚当斯两人长期友谊的终结。事情的真相恰恰是，亚当斯与杰弗逊都想与法国议和，为了达到这个共同目的，二人却毅然走上了两条截然不同的道路。
亚当斯仍然坚持自己的判断，他从来就不是轻易向别人妥协的人。经过慎重考虑，他特意挑选了两名新特使去欧洲与平克尼将军会合，共同承担起与法国谈判的重任。几天内，任命就下达了。新的前往巴黎的使团选择了弗吉尼亚州的约翰·马歇尔，另一个是亚当斯过去在巴黎的助手弗朗西斯·达纳。不过达纳由于健康原因而婉拒了这一任命，于是亚当斯又指派了埃尔布里奇·格里。3名美国特使在巴黎将与老谋深算、极富魅力的新任法国外长查理·英里斯·德·塔列朗·佩里戈尔打交道。
3名美国特使在夏天启程了，格里从波士顿出发，马歇尔从费城动身。
三名美国特使在10月的第一个星期抵达巴黎，他们等了几天才得到外交部长塔列朗的接见，那次会面持续了15分钟，然后又是更长时间的等待。接着塔列朗就派出三个秘密特工，一个接一个地前来拜访，他们是让·康拉德·奥廷格、皮埃尔·贝拉米和吕西安·奥特维尔，3名美国使节在密件中分别称他们为x、Y和z。这三人告诉美国人，外交部长对他们很有好感，不过为了让谈判得以进行，需要给点甜头，拿出大约25万美元来贿赂塔列朗，此外还要给予法国1亿美元的贷款，作为对亚当斯总统5月份在国会演说中“侮辱”法国的补偿。
平克尼、马歇尔和格里理所当然拒绝了这些条件，据马歇尔记载，在一次私下的接触中，奥廷格说：“先生们，你们的话没有说到点子上去。问题在于钱，你得出钱……你看怎么样？”平克尼将军断然拒绝了他的要求：“不！不行！我们一个子儿也不给。”
结果可想而知，特使团在巴黎又一次成了不受欢迎的人。到了1月份，约翰·马歇尔经由海牙寄来一封信警告说法国督政府可能不会接见美国使团。使紧张局势雪上加霜的是，2月份时，亚当斯不得不告诉国会，一只法国私掠船袭击了一艘停泊在美国查尔斯顿港口的英国商船。
亚当斯一直处于矛盾之中，他一边听取别人的建议，一边又想坚持自己的意见，左右摇摆，拿不定主意。这不是他优柔寡断，只是因为法国的消息迟迟不能到达。法国在海上“持续的暴力活动”，拒绝接见美国使节所表现出的那种“前所未有的傲慢”伤害了他，这种“伤害、蔑视和侮辱”是一个自尊自重的国家永远无法忍受的。不过他也强调，也许还有可能获得和平，实现有尊严的和平依然是他的坚定目标。费城谣言四起，说法国已经向美国宣战，还说法国人正在采取行动准备拿下佛罗里达和路易斯安那。
1798年3月19日，亚当斯在国会发表演讲，说外交斡旋已经失败，因此他必须再次呼吁采取必要的措施来保卫这个国家，以防受到法国的攻击。在这种情况下，这已经是他能做出的最温和的声明了，没有提到一个有关战争的字，也没有提到法国三番五次的侮辱。
但共和党人还是不能接受，说整个x了z的故事都是联邦党战争贩子编造出来的，谈判失败都是美国使节的失职。他们指责亚当斯这番话是表示宣战，将给美国带来灾难后果。杰弗逊写信给麦迪逊，说亚当斯的演说“已经失去了理智”，并开始在院外活动，欲设法使美国推迟采取行动，为拿破仑争取时间，让他去攻打英国。于是杰弗逊建议国会成员立即休会回家，就这场严重的危机去了解一下选民的意愿，他用夸张的口吻对麦迪逊说：“目前这段时期……两到三个星期吧……是自1775年以来最重要的时期，它将决定独立革命确立的原则究竟是会获胜，还是会在革命曾推翻过的那些东西面前却步。”
联邦党人大多支持亚当斯总统，许多众议员私下对塔列朗及其特工的厚颜无耻表示十分愤慨，还有的人提出了些站不住脚的新说法。杰弗逊拒绝公开发表评论，他私下里却还在责备亚当斯当初对法国的侮辱，坚持说塔列钥和他的特工无论如何都不能代表法国政府，法国政府本身“毫无疑问”是没有问题的。
开始备战
约翰·马歇尔1798年6月17日乘船抵达纽约，知道真相的群众像欢迎英雄一般接待了他。不过勇敢的马歇尔只字未提与法国开战的事，他告诉亚当斯，实际上从他自己出使法国的整个过程来看，法国并不想与美国打仗，他对此很有信心。与其他给亚当斯出主意的人不同，马歇尔亲自与法国人打过交道，他坚决主张美国持克制态度，谨慎从事。实际上，马歇尔对亚当斯说的意思就是，没有必要打仗，这也正是亚当斯一直想要的结果。
亚当斯对马歇尔带来的信息极感兴趣，他对这个坚毅又勇敢的大使更加好感。日后，在他的任期只剩一个月多一点的时候，他做出了担任总统期间最重要的决定之一——任命约翰·马歇尔接替最高法院首席法官奥利弗·埃尔斯沃思。
据马歇尔描述，当时亚当斯和他正在总统府的办公室里谈话。亚当斯问他；“现在我应该任命谁呢？”马歇尔说他不知道，亚当斯便转过身来宣布：“经过考虑，我觉得我得任命你。”不过，也许亚当斯在马歇尔走进这个房间之前心中就已有了确定人选了。从许多角度来看，任命马歇尔都是顺理成章的事。没几个人像马歇尔这样受亚当斯的赏识，他很有头脑，才华横溢，而且没有人能像他这么忠于亚当斯。他正是亚当斯那类的联邦党人。1801年1月31日，亚当斯在总统府签署了任命马歇尔为最高法院首席法官的委任状，参议院立刻通过了这一任命。亚当斯对马歇尔的任命在美国历史上意义深远。仅次于25年前任命乔治·华盛顿为大陆军总司令。马歇尔执掌最高法院长达34年，他也许是美国历史上最伟大的首席法官。
马歇尔的建议坚定了亚当斯的立场，如果说在国会休会前亚当斯曾经想过宣战的话，现在他也改变主意了。他没有宣战，而是讲了四句话，第四句也是最重要的一句是：“我不会再向法国派遣任何一个使节，除非法国当局能接见他，尊重他，并将他视为一个伟大、自由、强大和独立国家的代表。”被尊严驱使的全国各地的爱国者给亚当斯寄来书信，他们在热情洋溢的信里充分表达了对政府的支持。上至立法机关、商界人士，下到大学生和普通民众纷纷表达对政府的忠诚，并都表示已经准备就绪愿为国捐躯。亚当斯突然被高涨的爱国热情所围绕，支持率骤然上升。他从来没有像现在这般备受关注和拥戴，有人认为此时的亚当斯获得的民心甚至超过了当年的华盛顿。
亚当斯本人从未受过如此的拥戴，也感到十分振奋，似乎跟所有的人一样被这种精神所感染。他被源源不断的爱国陈情书打动，一小时一小时地给他们写回信，仿佛自己有责任给每个人回信，他在一些回信中说自己似乎随时可以宣战了。他在给波士顿青年的回信中说：“至于武器，我亲爱的朋友，海上尤其要装备武器。”
这种既与法国不断接触，又时刻加紧战备工作的做法亚当斯一直坚持的，他一直在为解决危机做两手准备，就像美国的白头鹰一样，他依然一手握着橄榄枝，一手握着利箭。1798年7月2日，为了解决发展军力所需的资金，众议院就征收土地税问题进行投票，这是政府第一次向人民征收直接税。同一天，亚当斯任命乔治·华盛顿为新成立的临时军队总司令，令许多人大吃一惊。就在几天内，国会废除了1778年的法美条约，成立了海军陆战队常备军，通过了《惩治叛乱法》，并批准任命华盛顿为军队总司令，战备如火如荼，战争如箭在弦上，一触即发。