无论如何，亚当斯对内阁成员的任命没有任何异议。9月份时，国会提出了定下一个永久性首都的问题，华盛顿总统正准备去一趟新英格兰地区，就在此时，法国爆发了革命。消息传到美国，所有人都大吃一惊。新生的美国刚成立了一个新政府，本来就举步维艰，法国革命使局势变得更加复杂，更富争议了。在约翰·亚当斯的一生中，美法关系一直是个老问题，如今这个问题又变得举足轻重了。
《纽约每日新闻报》1789年9月19日的头条宣布：法国爆发了全面革命。国民议会正在制定一部新的宪法：当美国为自由而战时，法国曾是美国的盟国和朋友，现在自己也开始革命了，这个消息几乎在美国各处都受到了热烈的欢迎。
亚当斯对法国爆发革命的原因表示理解，他明白那是因为政府滥用权力，专横的“僧侣、士兵和朝廷命官”奢华无度。为了剖析革命事件产生的原因，回击那些污蔑法国革命的言论，亚当斯甚至在这一年写下了著名《关于达维拉的谈话》。此书于1790年出版，表面看是为了回应一位意大利学者写的关于法国民主战争（发生在16世纪)一文中的一系列责难而作的。但亚当斯也在此书中提及了对于美国宪法与启蒙哲学的第三种批评。许多人都认为，启蒙的思想家给予理性太多的信任，对于世界现实力量的关注却不够。正如批评家指责的，通过这样的假想，18世纪的政治理论家们指望通过知识的增加来摘下权力的神秘面纱。知识，只有理性的获得，在自由的没有强制的状态下接受，才是真正的知识。但亚当斯不同意这样的说法，恰恰相反，亚当斯被证明是一个非常现代的思想家，他坚信知识的启蒙与拯救不是必要的。知识的增加可能会带来科学的进步，但是不会使人类总体的道德进程加快。实际上，知识快速地扩展了人性的瑕疵，加剧了人类的缺陷。杰斐逊与其他的许多法国哲学家们确实相信人的激情最终受制于理智，科学知识最终会促进社会道德教育。但是，亚当斯搜索了过去历史的记录，对这个颇有希望的期待提出了质疑。在书中，他对此有清晰而又有力的表述：
“难道知识的增加不会加剧人们的竞争吗？难道知况的普及不会加剧人们的对抗吗？”知识的出现，不会使得人们对于政治控制的需求降低。随着科学、艺术、文学的进步，难道会发现雄心、贪婪或者对名望的渴求并不存在于人的本性中吗？因为他们广博的知识，西塞罗就可以少一些虚荣心吗？或者恺撒可以少一些野心吗？普鲁士国王的个人野心比其他人少吗？理性可以消灭或降低激情的程度，但是在头脑中，理性与激情并没有什么联系。有时候，又是恰恰相反的，通过锻炼，二者的力量都可以得到增强。庞培时代的罗马人比马麦尔斯时代的罗马人更缺少激情吗？今天的英国人比都铎王朝统治下的人民稳健很多吗？因为法师们的无所不知，他们的激情就被削弱了吗？难道妒忌、羡慕、憎恶、怨恨、报复，还有竞争、野心与怨恨的情绪只有在于王室国家的殿堂上吗？在天主教卡迈尔派的修女身上就不存在此类的细胞了吗？去巴黎看看吧——你觉得那里的人民如何？是联合的、友好的、协调的、谦虚的、卑微的、适度的，还是和善的、相互忍让的？他们会承认别人的才能优于自己吗？他们热衷于鼓励天才的成长吗？问问伏尔泰、卢梭、马孟泰尔与马布利吧。”
亚当斯的清醒让他虽然大力支持法国爱国者信奉的理想，但也认为目前的情形令人十分担忧。他在写给一个荷兰朋友弗朗西斯·范德肯普的信中说道：“我希望法国革命能给全世界带来有利于自由、平等和人道主义的永久影响。”然而他还是不禁要预言，这场革命不会有好结果，法国人选出来的惟一的立法机构只能意味着“巨大且持久的灾难”。亚当斯认为法国传来的消息无异于给美国敲了一记警钟。他回到马萨诸塞，加入了华盛顿对该州的访问，还自豪地陪同华盛顿走访了哈佛。
迁都费城
从马萨诸塞回来之后，纽约遭遇了流行感冒的侵袭。华盛顿也在病人的行列之中，他突然病倒，发起了高烧，病情一度非常危重。当总统的主治医生承认总统已经不治之时，恐慌席卷了整个城市，美国面临着一场灾难。
对亚当斯一家来说，那段时间充满了极度的焦虑。危机度过后，阿比盖尔在给姐姐玛丽·克兰奇的信中形容，华盛顿的生命对新生政府的团结和持久性有多么重要。她说：“建国初期，国家的财政问题还没解决，我们的政府也不够稳固，无法保证能够维系下去，我很害怕，担心他的逝世会带来灾难性的后果。”事实就像阿比盖尔所说，当时没有谁能取代华盛顿的位子，如果总统不是他，这个职位就没有任何必要存在了。正如亚当斯所说的那样，副总统如今与总统之位实际上只有“一步之遥”，也就是说，如果华盛顿逝世，那么就不得不由亚当斯来面对这种“灾难性的后果”了，这使阿比盖尔感到了一种前所未有的痛苦。
1790年6月，随着总统逐步恢复健康，汉密尔顿提出了他著名的财政方案。这一次麦迪逊与汉密尔顿决裂了，麦迪逊在众议院带头反对这个计划。反对者认为这个提议太过火了，将权力集中于中央政府损害了州的权益，是一种反共和的举动。国会中的南方人还觉得，这一计划不仅会降低州的地位，而且会使财富和权力都集中在北方，这十分危险，而且最终会导致腐败。
与此同时，关于首都地址的斗争依然在继续。纽约人希望首都能定在纽约，实际上他们已经开始在炮台公园边为华盛顿修建一座办公大楼。新英格兰人也接受这个建议，毕竟所有的选择中纽约离他们最近、最靠东边。宾夕法尼亚州人则强烈要求选在费城，他们不能接受除了这座革命之城之外的任何城市。弗吉尼亚人则有自己的打算，他们不喜欢纽约和费城这两个北方城市，他们极力想把首都迁到南方波托马克河流域的一个地点。这里离华盛顿的弗农山的家不远。麦迪逊解释这样的选择说，那些“毗邻立法机构的地方就会总比别处拥有更多的优势”，他担心如果首都留在北方，南方及其农耕生活方式就会处于劣势。
于是在参议院，关于国家财政方案和首都地址的争执持续不休。诘难和反驳此起彼伏愈演愈烈，所有人都想发表自己的意见，却对别人的想法视而不见。作为议长的亚当斯拼命地想维持秩序，但显然收效甚微。一贯对亚当斯有意见的威廉·麦克莱不失时机地嘲弄道：“约翰·亚当斯既没有主持这种会议所需的判断力和坚定的意志，也没有值得人敬重的风度和仪态。”
结束这一切的还是私下达成的秘密协议，好像自从独立战争开始以后，美国政治生活中就离不开这种方式。在6月的一个清晨，历史上著名的“1790年妥协”方案开始形成。当时汉密尔顿与杰弗逊在总统的宅第外会了面，汉密尔顿挽着杰弗逊的胳膊，与他散了半小时的步，敦促他看在国家统一的份上加入“共同事业”，让大家接受债务恢复计划。杰弗逊承认理智的人应该可以达成一种妥协，于是第二天他邀请汉密尔顿与麦迪逊到家中用餐，杰弗逊家最好的一瓶酒下肚后，交易达成了。整个方案中最关键的核心是：南方放弃反对债务恢复计划的行动，作为回报，汉密尔顿同意将首都定在波托马克，但前提是大家能达成一致先将首都暂时迁往费城。麦迪逊则表示他不会投票赞成债务恢复提案，不过也不会再“强烈”反对。其实，结果是不是按这个方式去解决的并不是很清楚，不过可以肯定的是，杰弗逊深信交易已经达成，因为7月1****写信给在巴黎的威廉·肖特，让他把自己的家具和油画运到费城去。
不过，首都所在地问题的关键并不在众议院，而要看参议院的投票结果，在参议院里，宾夕法尼亚人与弗吉尼亚人显然已经达成了协议。关于是否再让纽约作两年首都的问题，参议院的赞成票与反对票持平，在最后一刻，亚当斯投了反对票。
到7月12日前，参众两院一致投票赞成将首都迁至费城10年，然后波托马克就将成为永久的首都。宾夕法尼亚人赞成这一协议，他们深信，一旦首都迁到了费城，就再也不会转移了。亚当斯也倾向于将首都定在费城，他说，一个国家的首都应该是一个伟大的城市。纽约人被这样的安排激怒了，虽然他们的抱怨已经无法改变这一切。
（第三节）连任副总统
1791年夏，亚当斯的经济状况陷入麻烦，他们只得缩减开支，从布什希尔搬到城里第四拱门街一所简朴的房子里，佣人们也被遣散了，只留下布里斯勒和一个厨娘。亚当斯已经习惯了自己那无足轻重的小角色，安分守己地安排好各项事务。这是一个痛苦的过程，不过他最终明白了自己所应起的作用，并在很大程度上已经接受了自己职务的局限性。他很少在参议院发言，也很少插手参议院的事务了。如果说副总统这个职位使他成了个在政治上无关紧要的人物——任何人坐上这个位子都是如此——至少他能尽忠职守，做好他的工作。
他每天都坐在参议院议长的位子上，一坐就是一天，虽然没有什么值得记录的大事，但他从未缺席，这也是他为之骄傲的一点。不过长期的闷坐也令他产生了一些担忧，因为他知道，对他这样一个习惯常年在外进行大量长途旅行的人来说，在室内久坐对身体健康没有好处。于是在国会进入休会期间，他迫不及待要回到自己的庄园里去过“农夫的生活”。
1791年4月中旬，从春天就开始得病的阿比盖尔身体恢复了一些，足以承受旅途的劳顿，便回马萨诸塞去了，随后5月份国会开始休会，亚当斯也回去了。家乡一个较大的变化就是他们家乡的名称变化了。亚当斯家族住的北区，也就是最早有人定居的古老的居民区从布伦特里分离出去，成为一个独立的小镇，取名为昆西。
选举年里首都气氛剑拔弩张，老资格的政治家都想远离费城这个马蜂窝，但国会中活跃的年轻人却并不这么认为。华盛顿总统对首都的情况并不是一无所知，他只是厌倦了发号施令，党派纷争，以及秉持党派之分的新闻界开始称他为美国沙皇，这些都使他身心疲惫、灰心丧气。更让他烦恼的是杰弗逊和汉密尔顿，内阁里级别最高的两个官员，也是最有才华的两个人，却成了不共戴天的仇敌。他们彼此为敌，互不相容到了几乎不能呆在同一个房间里的地步。他们都确信对方是一个企图控制政府的危险人物，而且都利用一切机会各自向总统抱怨对方。
此时的华盛顿动了隐退之心，不想再身陷政治的漩涡之中。杰弗逊却不同意，他认为华盛顿继续担任政府首脑是至关重要的。为此，他写了一封情真意切的信，在信中他说：全联邦的信任都集中在你身上。只要你掌舵，就无人能出来鼓动和领导任何地方的人民起来暴动或参加分裂运动。只要你留任，南北方就会保持统一，我完全了解目前职务在你的心上是多么沉重的负担，也完全知道你非常热切的希望告老还乡，安享天伦之乐。但是，有时候，社会对一个杰出人物有特殊要求，偏偏不让他过其所喜爱的安居乐业的生活，而要他走一条现在和将来为人民造福的生活道路……因此，我只希望你在为人类的利益牺牲了很多岁月后，再牺牲一两年头。汉密尔顿也给华盛顿写信。他称总统的卸职将是“目前降临祖国的最大不幸。”认为华盛顿的留任对祖国显然是必不可少。这两个人的建议显然不是客套之词。经过长期的痛苦思想斗争，华盛顿同意参加第二任竞选。
1792年9月初，汉密尔顿向昆西发了封急件，叫亚当斯务必以最快速度回费城来。他警告说，亚当斯此时缺席，会使得另一个强大的副总统候选人竞争对手、纽约州州长乔治·克林顿变得十分有利，此人长期以来一直是个反联邦主义者，如今加入了共和党人的阵营。汉密尔顿在信中写道：“我相信你个人对选举并没有兴趣，不过我希望你对建立一个好政府这个目标不至于也如此冷漠。”
但由于国会还要休会两个月，总统也没有答应一定会连任，亚当斯觉得没必要这么着急，他还是留在家里，没有动身。他告诉阿比盖尔，令他感到十分困扰的是乔治·克林顿居然都被认为是一个强大的对手，因为克林顿对国家的牺牲精神、经验和学识都远远不如自己，亚当斯这么说是明摆着的事实，其他的议员们也都承认这一点。
华盛顿直到11月才宣布将连任总统，也就在这时亚当斯才决定该回费城去了，他搭乘长途马车，在阴沉沉的冬日出发了。考虑到阿比盖尔的健康问题，两人一致决定她还是暂时先留在昆西。选举人的投票结果要到2月份才会揭晓，但圣诞节前结果就已经很清楚了，华盛顿再次全票当选总统，而亚当斯，虽说也有人反对他，不过除了华盛顿外他获得的票数还是最多的，远远高于汉密尔顿担忧的乔治·克林顿。最后的计票结果是：亚当斯获得77票，克林顿50票，杰弗逊4票，艾伦·伯尔1票。
几乎就在选举结果已成定局的那一刻起，共和党人感觉十分愤怒。这次选举他们一无所获，让亚当斯下台的计划已经落空。于是共和党人阵营的媒体将攻击基本上全都转向了总统，他们对华盛顿进行了前所未有的最猛烈的抨击，在他们笔下，现在轮到华盛顿成了喜欢君主制的可怜虫了。曾经被戴上这顶帽子的亚当斯写道，这群“地狱的恶狗”正在追猎中乱叫。他不知道华盛顿能不能忍受这种狂轰滥炸，“他的脸皮可比我薄”。
与此同时，财政部长和国务卿还在不断地相互攻讦。杰弗逊正在幕后忙着策划把汉密尔顿赶下台。最让亚当斯烦恼的是杰弗逊对“党派之争的旨目热情”。从理论上来说，杰弗逊对政党或派系斗争的痛恨之情不比亚当斯或其他人少，可在实践中，他却证明自己对搞党派政治出奇地老练。同往常一样，他避免公开争辩、论战，或任何形式的对抗，可在幕后他却不依不饶，而且他的行动都极其有效。亚当斯认为杰弗逊已经成为一个狂热分子，他告诉阿比盖尔，连法国的雅各宾派里都没有一个人比杰弗逊更热衷于党派斗争。
1793年3月4日，星期一，华盛顿第二次宣誓就职美国总统。亚当斯谦恭地站在边上看着。这次典礼在参议院举行，简朴而威严。华盛顿只讲了两段话，历时几分钟，亚当斯与其他在场的人一样，没过多久就回家了。从那时起到12月，国会一直休会。
昆西出任大使