敌人的威胁是如此真切和强大，美洲的部队与此形成强烈对比。华盛顿领导的保卫纽约的美国部队在曼哈顿和长岛掘壕固守，即使按最乐观的估计数量也只有2万人，而且几乎都是装备匮乏的非职业化战士。华盛顿的一个师长纳撒尼尔·格林从长岛写信告诉约翰·亚当斯，事实上美国部队可能只有9000人；而且正如亚当斯所知，他们没有海军支援，哪怕一艘军舰或运输船都没有。亚当斯阅读了不断抵达费城战争办公室的急件，他比大陆会议的任何人都更了解局势，一想到在纽约战败的后果，他就非常苦恼。他不愿承担战争委员会的首要职责，对处理问题的复杂性和决策上感到难以胜任。也许他那时和部队的统率华盛顿先生一样，还是很缺乏实战经验的锤炼与磨砺。
7月12日，英军派出两艘军舰，在风向和潮汐有利的时候沿哈得孙河逆流而上，想显示他们的强大实力。整个过程英军没有受到任何阻止。当这两艘巨型船驶入上游时，美国士兵只站在岸上呆呆地看着，华盛顿对此非常愤怒，发布了一道哨兵守则，称这并非“士兵的表现”，只会让敌人小看美国军队。
1776年8月22日清晨，纽约天气特别晴朗。前一天夜里，一场猛烈的暴风雨使空气变得很清新。英军选择了这一天开始入侵长岛。一批接一批的小船打头阵，再后来乘着运输船，1500名英国、苏格兰和黑森士兵从斯塔腾岛渡过纽约湾海峡，没有遇到任何阻挠登上了格雷夫森德附近宽阔的海岸，距离驻扎在布鲁克林海茨的美军要塞只有8英里距离。
此时的华盛顿将兵力分散部署在曼哈顿和长岛。他估计第二支力量更强大的英军队伍会在曼哈顿登陆，华盛顿留在了那里，他的军队则在长岛鼓起勇气迎击英军进攻。好几天里，威廉·豪将军手下的英军指挥官没有派遣部队，直到8月27日一场激烈的战斗在布鲁克林海茨以外西北处打响。美国人内森·黑尔在这一天去侦察时被捕牺牲，在绞刑架下他说了那句著名的话：“我唯一感到遗撼的是我只有一次生命可以献给我的祖国。”
华盛顿那时候同曼哈顿来的增援一起到了现场。他激励手下像士兵一样作战，告诉他们说，大家赖以生存的一切正处在危急关头。
但战场上局势的发展并不受美洲军队控制。没有经验的华盛顿士兵寡不敌众，被敌人从侧翼包抄，只在几个小时内就被英军击败。大部分人从没打过仗，当许多人英勇作战时，还有许多人从阵地上逃跑了。可以想象，装备精良、训练有素的英军从头至尾掌握了主动。正如亚当斯推测的那样，如果纳撒尼尔·格林将军还是指挥官之一，情况就会大不一样。因为发烧病重，格林的职位由约翰·沙利文将军代替，他以前是新罕布什尔州的大陆会议代表，但对地形一无所知，能力远不及格林。这场战斗中共有1000多名美国人被捕、受伤、死亡，战俘中还有许多将军，包括沙利文。英军只损伤了400多兵力。
英军部队随后打扫战场，他们把许多投降的美洲士兵处死。一个英国军官高兴地报告说：“黑森士兵和我们勇敢的苏格兰高地人一刻也设耽误，看着他们降服叛民后以如此敏捷的程度用刺刀将其迅速处死真是幅好景象，这样他们来不及反抗……你知道，任何策略在战争时期都是合法的，特别是对那些反对他们国王和人民的卑鄙敌人。”
整个战斗过程都被华盛顿看在眼里。战斗打响之际，华盛顿在一座山上用望远镜观看。当看到战场上自己的士兵被强大的英军打回防线时，有人听到华盛顿喃喃自语说：“上帝啊！我今天会失去多少勇敢的小伙子啊！”
残留的美军力量退回布鲁克林海茨防御工事，凭借着地利抵御英军。英国人想起攻击般克山的惨痛代价，没有继续在当时和第二天继续进攻。老天也似乎在帮助华盛顿，风不停地从北方吹来，阻止了英军军舰在东河上游采取任何切断美军退路的行动。8月29日，一场暴风雨袭来。从早到晚，冰冷的滂沱大雨不断，英军停止了一切行动。到了清晨，降下了一场“特别幸运的”大雾。从当天晚上开始，在黑夜、暴雨和大雾的掩护下，华盛顿的部队乘船渡过了1英里宽的东河。伴随着强有力的波涛，他们乘坐所有能找到的小船渡河，大部分船上配备的都是马萨诸塞的渔夫。大约9000到1万士兵就这样带着行李和装备悄无声息地撤离了。
“我们的情况非常危险”，一个没有透露姓名的军官后来在《宾夕法尼亚晚邮报》上写道，“撤退在极度保密下进行，到早上6点时，所有人都上了船。”但英雄是华盛顿。“没人比华盛顿将军能更好地应对当时的情况，他一直站在渡口的浮动平台上，直到看见他的所有部队都上了船。”
整个撤退冒着极大风险，英军随时会发觉美军的行动。任务能否成功很大程度取决于留在后面的部队，他们要一直保持防线直到最后可能的时机到来。这项任务由两个宾夕法尼亚团承担，在托马斯·米大林指挥之下，他们出色地完成了任务。
而英军对此一无所知，他们还以为自己的对手已经成为囊中之物了。当8月30日的阳光终于驱散大雾时，英军发现华盛顿的部队早已消失得无影无踪。
消息几天后才传到费城。只是在8月27日长岛战役打响的那天，大陆会议才知道英军已经在格雷夫森德登陆。等待更多消息好像变得遥遥无期，而且是这样“奇怪的不确定”，约翰·亚当斯感觉到了灾难。“派出大部队前往长岛时，那儿没有部队撤退，我们没有让太多的部队陷入险境吧？”8月31日，大陆会议得知这场战役和华盛顿组织的撤退。虽然这次撤退组织成功，华盛顿也因为拯救他的部队受到了表扬，但战场上的失败确实惨重，对于大陆会议和得到消息的人民产生了破坏性的影响。“总的说来，我们的将军在领导才能方面略逊一筹”，亚当斯总结说。
报上都是目击者们对战斗灾难和失败的描述。接着，被英军俘虏的沙利文将军又出现在费城，使城里本已不确定的气氛变得更加复杂。他被英军放回来传递口信，告诉大陆会议豪勋爵希望私下商谈和解之事。亚当斯被激怒了。亚当斯也作出了决定，正如他在9月4日的信中向阿比盖尔解释的那样。长岛的局势转折如此之大，他应该留在费城。第二天，即使巴斯牵着接他回去的马匹到达时，也没有动摇他的决心。“恐慌可能会支配任何人”，他写道：“它不会袭中我。”
接下来大陆会议决定接受英军的谈判，亚当斯仍然对此坚决反对，深信豪将军在进行一场“阴谋”。但当大陆会议一致选举他为前往会谈的三个代表之一时，他同意了。对于同敌人和谈而可能带来的危险，亚当斯根本就置之度外。
9月9日早上，大陆会议的谈判代表出发了。富兰克林和拉特利奇各自坐在一辆高高的两轮轻便马车里，各带一名仆人。亚当斯骑马而行，巴斯跟在身后。一路上由于道路拥挤，他们行走缓慢。到这新不伦瑞克时，旅店客满，亚当斯和富兰克林不得不住在一间只有一扇小窗户的房间里，共用一张床。
接下来发生的事情简单又迅速。亚当斯和富兰克林与拉特利奇会见了豪将军，双方一上来就摊牌。在亚当斯得知豪将军只愿意“赦免”叛乱者，除此之外不会做任何让步之后，他坚定地表达了大陆会议抗争到底的信念。另外两名会议的代表也完全同意他的意见。谈判就这样迅速结束。
在大陆会议派出的代表刚刚离开之后，英军立刻采取了行动。9月15日星期天早上，伴随着有利的风向和潮水，5艘英国军舰驶进东河，开始雷鸣般的近距离炮轰美军在曼哈顿的海岸防线。英军的进攻如此猛烈，士兵纷纷放弃战壕逃跑，有些士兵甚至一枪不发就往后跑。整个部队很快陷入混乱。华盛顿骑着马疾驰到现场，反复劝导逃跑的士兵，企图重整士气，让他们留下打仗。可是人心惶惶，大家四处逃散，在盛怒之下，华盛顿失去了他一向著名的自制力，开始诅咒、用短马鞭鞭打军官们。
在混乱仓促的撤退中，步枪、背包、四轮车和大炮都被丢在身后。华盛顿只能和部队一起移动，快速向北撤退到曼哈顿岛北部的多岩石的防御工事所在地哈莱姆高地。他的军队崩溃了，华盛顿在9月25日从哈莱姆高地写的绝望的信中告诉约翰·汉考克。当时，英军又再次停止了行动，但是除非大陆会议采取“一些迅速、有效的办法”，否则“我们的事业就完了”。他最后又提出建立正规军的必要性，毫无疑问，这场战争不是“一天的事”。短期征兵不再适应需要。必须有在“永久基础”上建成的部队——一支常备军队。
撒退十分仓皇，加上效忠派的袭击，当华盛顿于1776年12月8日渡过特拉华河向西撤退时，身边的部队只剩下5000人了。
华盛顿的建议
纽约战场上的失利，对华盛顿和美国军队来说，是灾难性的耻辱的一天。当消息传到费城时，对大陆会议的影响显而易见。正如塞缪尔·蔡斯所写的那样：“我们的事业在这儿有着非常不利的前景。”
其实，在早些时候给大陆会议的信中，华盛顿曾解释了他打算放弃纽约的计划，还有他得出的更进一步的结论，即他和他的军队必须避免同如此纪律严明而且数量庞大的敌人进行阵地战，而应该打防御仗。华盛顿的判断基于他对两方阵营的观察：美洲的部队缺乏训练和实战的磨练，而对方却是世界上战斗力最强的军队。
来自13个殖民地的士兵无疑是缺乏训练的。他们昨天还是温柔的家庭生活中平常的百姓，完全不知道什么军事技巧。当抵抗接受过常规训练、纪律严明、知识和装备都比他们好的特定部队时，他们因此胆怯，甚至看见自己的影子都想逃跑。
华盛顿在信中继续说，他认为必须付给军官们优厚的报酬。对于他们，最好的报酬就是奖金和免费土地。部队的偷窃行为异常猖獗。如果真的要肃清纪律、抑制这种“抢劫欲望”并停止大规模的开小差和普遍酗酒，必须依赖新的规章制度授权更严厉的惩罚。
亚当斯带头在大陆会议响应华盛顿的建议。无论是作为“战争委员会”的主席，还是在议会辩论中，他总是带头提出动议响应华盛顿呼吁的变革。而且他从来都认为这会是一场长期、艰苦的战争。9月16日，大陆会议通过了“战争委员会”的一项新计划。依据该计划，签约直到战争结束的士兵，每人可以得到20美元和100英亩土地。9月20日，一套亚当斯从英国陆海军诉讼、惩罚法演绎过来的军队诉讼、惩罚法被通过。正如华盛顿期望的那样，惩罚的严厉程度增加了。华盛顿认为，此前规定的最多鞭打数几乎不够。对于醉酒或站岗时睡觉之类罪行的惩罚，大陆会议把原来的鞭打一下上升到100下。10月1日，亚当斯建议成立一所军事学校。虽然战争结束前这项动议没有任何成果，但这是第一个类似的建议。
有一天，他与本杰明·拉什在大陆会议上坐在一起，拉什低声问亚当斯，他是否认为美国在这场斗争中会胜利。“是的”，亚当斯回答道：“如果我们敬畏上帝，忏悔我们的罪。”
但华盛顿及其部队所处危险境地引起的最直接明显的反应是大陆会议转而关心从外面寻求支援。许多人可能会为此感到遗憾，但当时大陆会议的大部人认为，没有一支人民的军队，或是没有外部的帮助，不可能实现独立。那时，最有可能的援助只能来自于法国。“我们只期盼上天和法国提供援助”，拉什写道。在“城市旅馆”和“伦敦咖啡屋”，当时人们普遍为“最仁慈的陛下”、年轻的路易十六国王祝酒，为法国和美利坚合众国之间的“迅速联盟”举杯。
亚当斯在此之前早就考虑过这个问题，在当年的2月份他就提出与法国接触。在所有可能的目标中，他把与法国的联盟列在首位。但在3月初的笔记中，当赛拉斯·迪恩被任命为前往法国的秘使时，亚当斯又强调说，与法国不能有政治、军事关系，只能有商业往来。后来，在7月份，作为“条约委员会”的主席，他在提出的《条约计划》中写下条款，以非常生硬、毫不委婉的语言表达了他对法国强烈的不信任。这项条款声称，为了保护新成立的美利坚合众国的领上完整，为避免任何战争爆发在“最仁慈的国王和大不列颠国王之间，最仁慈的国王永远不会侵入，也不会以任何借口企图占有”加拿大、弗罗里达、或者北美大陆上的任何城镇，或者是任何“距离上述大陆很近的”岛屿。
到了9月，考虑到战争的现实情况，亚当斯放弃了他早先有关同法国有军事往来的疑虑。在严峻的形势面前，亚当斯不得不顺从大陆会议的考虑，开始从海外寻求能真正帮助美洲人民独立的重要力量。
（第五节）凶险的海上旅程
军事失利的后果
近两个月的战争结束后，大陆会议的代表们被美洲面临的困境感到深深的忧虑。与英国和谈已是不可能的事情，独立是不可更改的决定。但战争却是需要实力做保证，美洲不可能在短时间迅速弥合双方的差距。经过仔细考虑，9月26日，大陆会议任命本杰明·富兰克林和托马斯·杰弗逊为前往法国宫廷的专员，赛拉斯·迪恩则作为第三人选同往。
杰弗逊接到任命后，从弗吉尼亚写信说，几天的思考后，他说自己不能接受这项任命，因为“我家里的情况非常危急”。人们不知道杰弗逊为何不去海外，只好将这理解为他妻子的健康问题。大陆会议因此任命阿瑟·李——理查德·亨利·李的兄弟——接替杰弗逊。
此时，大陆会议几个最坚定的代表已经启程回家，他们太需要休息。塞缪尔·蔡斯、斯蒂芬·霍普金斯和约瑟夫·休伊斯像托马斯·杰弗逊一样在9月离开了费城。10月初，西泽尔·罗德尼和罗杰·谢尔曼也走了。富兰克林也开始收拾行李，他将在10月26日启程前往法国。
阿比盖尔来信说，在波士顿接种疫苗之后，她和孩子们回到了布伦特里家中，继续以前的生活。孩子们的情况越来越好，小查尔斯还很虚弱，但正在恢复中。小约翰尼长大了许多，已成了她的邮差，带着家信往返波士顿。
收到来信后，亚当斯在10月7日一封给妻子的回信中说：“我在这儿呆得都麻木了。我想过去的一段时间里，夫人您一定很担心，由于工作繁忙，您没有像往常那样每班邮差到来时都收到一封信”，他兴高采烈地写道，“但我准备回家时，亲自向您道歉。”
10月13日，星期天，亚当斯和巴斯备好马鞍，启程返回布伦特里与妻儿团聚。