建元元年（365年），原本投靠前秦的匈奴右贤王曹毂、左贤王刘卫辰起兵造反，统率两万兵马攻打杏城以南的地区，鲜卑部落首领乌延趁机起兵造反。苻坚亲率前秦军征讨，都督杨安、毛盛在同官川打败了曹毂部，斩杀四千多人。曹毂再次归顺，苻坚迁徙其贵族富户六千余户到长安。
苻坚杀了乌延，派邓羌征讨刘卫辰部，在木根山捉住刘卫辰。苻坚率大军到达朔方郡，为了安抚匈奴人，封曹毂为雁门公，刘卫辰为夏阳公，仍率领旧部。
建元二年（366年），略阳羌族首领敛歧造反后投靠了李俨，李俨是前凉的叛将。建元三年年二月，苻坚派王猛、姜衡、姚襄、邓羌征讨敛歧，前凉张天锡出兵讨伐李俨。敛歧投降，王猛进驻略阳；张天锡打败了李俨，李俨向王猛求援。秦、凉二军在抱罕以东展开激战，王猛大胜。
王猛不愿与张天锡继续交战，写信对他说："我受天子之命救李俨，不想与凉州交战。现在想坚壁高垒，等待撤军的命令。这样打下去，对双方都没有好处。若将军肯退兵，迁徙百姓归凉州，我也押送李俨回长安，这不是皆大欢喜吗！"
张天锡果然撤军了。李俨又反悔了，紧闭袍罕城门不出来。王猛想出一计，穿便服坐车，带着几十个随从，请与李俨会见。李俨刚开城门，埋伏在外的前秦军士兵冲进去，活捉了他。李俨被带到长安后，苻坚封他为归安侯。
早在甘露六年和建元元年，苻坚的兄弟们先后发动两次未遂军事政变。第一次政变平息后，王猛建议把"五公"处死，铲除后患，但苻坚不忍心对兄弟们下手。第二次政变平息后，苻坚仍不忍心下毒手。
由于苻坚一再姑息养奸，终于惹来了一场大规模的内乱。建元三年（367年）十月，晋公苻柳、赵公苻双、魏公苻庾、燕公苻武起兵造反。并州牧苻柳在蒲阪、秦州刺史苻双在上鄣、洛州刺史苻庾在陕地、雍州刺史苻武在安定，共同起兵，苻坚派使者前去招安，都失败了。
平定内乱的战争进行了一年。苻坚命杨成世、毛嵩进攻上郸、安定，王猛、邓羌进攻蒲阪，杨安、张蚝进攻陕地。杨成世和毛嵩大败而归，苻坚又派王鉴、吕光率领三万兵马攻打上郸、安定，在上封杀死了苻双、苻武。
王猛传令蒲、陕二军据垒死守，苻柳经常前来挑战，王猛都拒绝出战。苻柳认为王猛胆小，派长子苻良坚守蒲阪，亲率二万兵马攻打长安。苻柳刚出征一百多里，王猛派邓羌率七千精骑连夜偷袭。苻柳率军返回，王猛在半路上伏击。苻柳军惨败，苻柳率几百骑兵逃到蒲阪城。王猛率军攻城，城破后杀死苻柳。
苻庾将陕城献给前燕，求前燕出兵救援。然而，前燕内乱不止，无法出兵相救。王猛指挥邓羌、王鉴攻打陕城，俘虏了苻庾。
公元370年六月，王猛奉命率杨安、张蚝、邓羌等将领，统率六万军队讨伐前燕。
王猛分兵两路：一路攻打晋阳，命杨安统率；一路攻打壶关，王猛亲自率领。王猛进兵神速，几天就攻下了壶关，活捉前燕上党太守慕容越，附近的郡县纷纷投降。杨安统率的那一路没有攻下晋阳，王猛率军增援。
他派人挖掘通向晋阳城中的地道，挑选数百勇士自地道进入城中打开城门，前秦军冲进城去，俘虏前燕并州刺史慕容庄。慕容评统率四十多万大军赶到，屯兵潞川，不敢继续前进。
王猛率军驻扎在潞川，与慕容评对峙。慕容评派兵霸占了山林，军队砍柴汲水都要花钱买，将士们十分不满，士兵离心离德。王猛知道后，笑道："慕容评真是贪财，他即使统率百万大军也没有用，何况才四十万呢！"王猛派郭庆率五千精骑自小路绕到慕容评军营的后面，放火烧毁了燕军的军需。火光照红了半边天，住在邺城的前燕王慕容帏十分恐惧，派人斥责慕容评，命其出战。
两军在潞源摆开阵势。王猛对将士们说："我受天子厚爱，兼内外要职，今日与诸位深入虎穴，一定要有进无退，共立大功。改日我们在朝廷上接受天子爵赏，在家中与家人同庆，荣归故里！"前秦将士士气高涨，准备与前燕军决战。
前燕军的人数是前秦军的六七倍，在敌众我寡的情况下，必须先挫败前燕军的锐气。王猛对邓羌说："今日决战，没有将军就无法击败前燕军。成败的关键，在此一举。"
邓羌趁机邀功说："若叫我当司隶校尉，那么就放心吧。"王猛说："这件事我没有权力办到，但我可以力荐你出任安定太守，封万户侯。"邓羌默默不语，生气地离开了。一会儿，王猛召见邓羌，邓羌不来。在这决战的关键时刻，王猛亲自去见邓羌，答应让他当司隶校尉。邓羌与张蚝、徐成等将冲向敌阵，横冲直撞，杀死数百敌人。前燕军士兵本来就不愿卖命，看到前秦军如此凶猛，四散而逃。中午，前燕军防线彻底崩溃，折损五万多人。前秦军趁机追杀，前燕军又折损十多万人。前燕军主将慕容评单骑逃回邺城。
三天后，前秦军围住了邺城。
不久，苻坚亲率十万精兵走到安阳，王猛偷偷来到安阳求见苻坚。苻坚问："以前周亚夫不出军门迎接汉文帝，今将军为何偷偷离开军队呢？"王猛说："周亚夫不迎接汉文帝，是为了沽名钓誉。前燕在做垂死地挣扎，就像釜中的鱼一样，不用担心。臣担心的却是太子年幼而陛下远征，如果京城发生政变，就全完了。"
苻坚率军到了邺城，城内立刻大乱，前燕散骑郎余蔚率五百多人造反，夜里开了邺城北门迎接前秦军。前燕君臣四散而逃。慕容帏逃到高阳，被追兵捉住。慕容评逃得快，逃到高句丽，高句丽押送他交给前秦将军郭庆。
邺城破后，关东各州郡和少数民族首领纷纷赶来投降，前燕灭亡了。前秦吞并了北燕。
建元七年（371年），前秦军攻打仇池，杨纂投降。建元九年（373年），前秦军攻打东晋的粱、益二州，邛、榨、夜郎等小国向前秦投降。建元十二年（376年），苻坚出动十三万大军攻打姑臧，前凉大将张天锡投降，前凉灭亡。苻坚迁徙前凉富豪七千多户到关中地区。
同一年，前秦吞并代国，解散了鲜卑部落，统一了关中和中原一带。