这时，太平天国的高层领袖们被胜利冲昏了头脑，不顾清兵在城外扎下的两座大营，重兵围困天京形势，过上了奢靡的生活。
洪秀全将原总督府扩建为金碧辉煌的天王府，以真龙天子自居。洪秀全临朝的时候，头戴纯金制作的王冠，身穿金线缝制的龙袍，出门时则乘坐美女牵动的金辇。
太平天国的将领们追求享乐、讲究排场和等级，同时，他们展开了争权夺利的斗争，亲密无间的关系被破坏了。
东王杨秀清在定都后，专横跋扈，不可一世。洪秀全最初创办拜上帝会时，为了达到欺骗民众的目的，曾经自称上帝下凡普度众生，而杨秀清则假装上帝附体，命洪秀全下跪受教。这原本是二人欺骗民众和激励将士的手段。没想到洪秀全进入天京建都立国成为唯我独尊的皇帝后，杨秀清依然时常以天父下凡附体这套旧把戏来教训洪秀全。
1856年8月，杨秀清逼洪秀全封他为"万岁"，22日，洪秀全临朝的时候，东王杨秀清突然假称上帝附体，命洪秀全跪下听训。
洪秀全见东王杨秀清毫不给自己面子，大怒，密诏韦昌辉、石达开等回到天京。9月初，韦昌辉从江西率太平军回到天京，屠杀杨秀清、家属、部众几万人；韦昌辉想加害石达开，石达开出逃。11月，洪秀全诛死韦昌辉及其部属，迎接石达开回到天京辅政。但洪秀全又怀疑石达开，不授予他兵权。次年5月底，石达开率将士二十万人出走，转战浙江、福建、湖南和广西。
1860年，彭大顺、吉庆元、朱衣点等将士对石达开的行动不满，决定返回天京。石达开重新聚集了几万人马进入四川，1863年6月，在大渡河边被清军围困，投降后被杀。
清兵趁机全面反击，攻占武汉、九江等地，重建了江北、江南大营，围困了天京。洪秀全命陈玉成、李秀成、李世贤、杨辅清等人率军迎战。1858年9月，太平军攻破江北大营，11月在皖北三河歼灭了湘军主力。
1860年5月，太平军再次攻破了江南大营，进攻苏南，夺取苏州，逼进上海，与美国洋枪队、英法侵略军作战，向浙江逼近。接着，太平军再一次西征，进攻武汉失利。1861年9月，安庆被清军攻陷。11月太平军夺取绍兴，12月夺取宁波、杭州。
1864年春，杭州被左宗棠的湘军和法国"常捷军"攻占。6月，洪秀全逝世。7月19日，曾国荃率湘军攻占了天京，太平天国运动失败。
僧格林沁深受咸丰帝的信赖，在拱卫京津、镇压太平军的过程中发家。第二次鸦片战争爆发后，僧格林沁没能挡住英国人的洋枪洋炮，北京失守。僧格林沁的权势在镇捻中达到顶峰，后死于捻军之手。