准噶尔部是元朝蒙古的遗族，生活在新疆、蒙古一带。康熙、雍正时曾多次发兵围剿。
准噶尔人阿睦尔撒纳被乾隆封为双亲王，镇守伊犁。但他不穿清朝官服，不用清朝官印，准备叛乱。乾隆命他到避暑山庄来晋见，他在半路上逃回伊犁，集结兵力叛乱。
乾隆二十年，乾隆封班第为定北将军，永常为定西将军，由蒙古和新疆进攻西北部的准噶尔部族。
当时将军班第、尚书鄂容安只率五百清兵，被准噶尔部包围。将军永常率几千清兵驻扎在乌鲁木齐，却闻风而逃。
乾隆又封策愣为定西将军，进攻准噶尔部。策愣打败了准噶尔部收复了伊犁。阿睦尔撒纳利用假投降，逃到哈萨克。
乾隆二十二年，乾隆封衮札布为左副将军，兆惠为右副将军，围捕阿睦尔撒纳的残部，阿睦尔撒纳逃到俄国，后来在俄国病逝。
回疆又叫回部，是唐代回纥的后裔，生活在天山南部，经常被准噶尔部捕杀。清军占领伊犁，大小和卓木曾经率兵协助。后来，小和卓木叛乱宣布独立，尊大和卓木为图尔汗，招集回户几十万。小和卓木知道库车等城降清以后，率兵进攻库车等城。
乾隆二十三年，乾隆封雅尔哈善为靖逆将军，领兵征讨，用八千清兵包围驻扎在库车城的小和卓木。围了三个月，小和卓木率军逃走。
乾隆把雅尔哈善斩首，派兆惠由伊犁征讨，由于清军主力尚未集结完毕，兆惠亲率四千清兵先出发，在叶尔羌与和卓木交战，因寡不敌众，被和卓木木军一万人包围。不足三个月，副将富德率清军主力赶到，和卓军大败。大小和卓木分别逃往喀什和叶尔羌坚守。兆惠和富德各率一万五千清兵进攻。和卓木兄弟众叛亲离，逃往巴达克山中。回民纷纷迎接清军。
从此，天山南北划归清朝版图，东西七千里，南北三千里，疆界约二万里，这块新开辟的疆土就叫做新疆。
大小金川位于四川大渡河上游，丛山林立，地形险要。
乾隆十二年，大金川土司莎罗吞并小金川，偷袭清军。乾隆派四川总督张广泗征讨，清军损失惨重。
乾隆起用老将岳钟琪，他是雍正时名将，善于用兵，吓得莎罗奔向清军投降，大小金川平定。
乾隆三十一年，大金川叛乱。三十七年，乾隆封温福为经略，温福饮酒误事，被叛军杀死。乾隆封阿桂为平西将军。乾隆四十一年，莎罗奔投降。这场耗银七千万两，死伤三万清军的战争结束了。
乾隆三十年，缅王孟驳进攻云南。三十四年，傅恒、阿桂两军直捣老官屯。缅王孟驳投降，乾隆规定缅甸十年向清朝进一次贡。
乾隆五十三年，安南（越南）国王黎维祁向清朝求救。乾隆派孙士毅（两广总督）出兵相助。阮文惠已经称王，他假投降，把孙士毅打败。乾隆五十四年，阮文惠求和，向清朝进贡。第二年，阮备亲自进京朝觐。后来，安南多次派兵帮助清军围剿海盗。
乾隆五十一年，台湾天地会起义，起义军达十多万人。乾隆派福康安率十多万清兵赴台镇压。一年后，起义军失败。
乾隆五十三年，尼泊尔一带的廓尔喀族进攻西藏，理蕃院侍郎巴忠私自和廓尔喀议和。第二年，廓尔喀再次进攻西藏。乾隆派福康安率清兵进入西藏。乾隆五十七年，福唐安收复西藏。他进入尼泊尔境内几百里，来到其首都加德满都，廓尔喀投降。
乾隆晚年，清帝国版图北有外兴安岭、恰克图，西达巴尔克什湖和葱岭，南有南沙、西沙群岛，东有台湾，国土的辽阔超过历代。
乾隆后期，宠臣们无恶不作，贪污不法之风势不可挡。例如，和珅有房屋两千余间，田八千余顷。银号四十二家，当铺七十五家，古玩铺十五家，金银珠宝无数，共折合白银八至十亿两。贫苦百姓纷纷起义，时起时伏，从根本上瓦解了清朝的统治。
嘉庆四年（1799年）正月初三，太上皇乾隆逝世，时年89岁。
爱新觉罗·溥仪是清朝乃至整个封建王朝的最后一个皇帝。溥仪的一生历尽坎坷，先是被迫退位，然后复辟称帝再退位，最后当上"满洲国"傀儡皇帝，成为战犯。解放后，溥仪经过改造，变成一名普通公民。