洪门曾派翁乾潘到北京坐探清朝消息，结果翁乾潘被朝廷抓了。这个人意志不坚定，投降了朝廷，另组了一个“新青帮”也称“安清帮”。新的青帮将组织中横的关系变成纵的关系，于是不再奉行兄弟结义，而是开始师徒相传了。这个帮会原来定有二十个字的辈分，即“清静道德，文成佛法，人伦智慧，本来自信，元明兴礼”。这二十个字以清始，最后到元明，可以从字里行间想象到其中包含的政治意义了。到了清末，二十个字用完了，又添了“大通悟学”四个字，这是革命党人给添的，据说是徐锡麟、秋瑾所办绍兴大通武学的隐语。清朝灭亡，帮会重组后又添加了二十四代，即“万象皈依，戒律传实，化渡心回，普门开放，广照乾坤，带法修行”。后又续二十四代，为“绪结岘计，山芮克勤，宣华转忱，庆兆报魁，宜执应存，挽香同流”。新青帮成立之后，清朝朝廷让新青帮护运军粮，将杭州到北通州的运河分成一百二十段半。封翁乾潘的门徒一百二十八人为码头官，职级由“四品都”到“五品守备”再到“六品千总”。码头官虽然有军职，但其实是不带兵的，只是负责做朝廷的情报工作，所以收的徒弟大多都是不入流的小混混。师徒世袭，每一段都有一个名称。如江淮四，兴武六等。码头官可以收徒弟，在年老的时候选择一个得意门生传授衣钵，召集徒子徒孙开大会，称为“关山门”，传位给继承人。老师关山门后，不可以再收徒弟，如再收被揭发了，就得香堂上挨四十大板。而继承人就接任码头官，开香堂收徒弟。但其他徒弟，纵使辈分再高也不能开堂收徒。
而另一边的洪门则视新青帮为叛徒，碰见他们的粮船就打。后来两方面经过妥协，定下规矩，如果新青帮的粮船碰到洪门阻拦，立即将船尾放下，表示卸尾而过，如此洪门便要放行。
太平天国时期，新青帮被洪门杀了五十六个码头官，只剩下了７２个半。海禁开通后，粮食由轮船直运天津，运河失去了作用。新青帮也失去经济基础，有些老青帮分子也投入反清行列，洪门和新青帮的敌对关系也就自动消失。清朝灭亡后，新青帮彻底失去了靠山，码头官也不复存在，帮规无法约束，不传衣钵，辈分高的也开香堂收门徒了。洪门和新青帮界限是非常明显的，洪门有谚语道：“由清转洪，披红挂彩；由洪转清，剥皮抽筋。”
后来，新青帮最终逃不过散帮的结局，小部分人四散逃窜各自为战。而大部分的帮众还是回到了老青帮，也就是洪门的门下。此后，洪门不断发展，至今依旧存在，不过已经失去了从前的辉煌也不再像从前般如此的气焰嚣张。