20世纪90年代以来，关于农民负担成了老大难问题，中央三令五申要减轻农民负担，领导同志讲话常常提及，有时一年发几次文件，但问题总得不到比较满意的解决。1997年以后，农民收入增长减缓，在中西部一些以农业收入为主的地区，农民实际收入近几年是减少或增幅降低的。
在中西部地区，县乡两级财政相当困难，约半数的县和的乡镇不能按时给干部和中小学教员发工资，有拖欠4～5个月的，也有整年发不出工资的。这些县乡多数负债累累，靠贷款、靠借高利贷在维持必需的开支。安徽省有1900个乡镇，1999年底总负债80亿元，平均每个乡镇负债400多万元。这种状况已经有好几年了，严重影响了县乡两级政府正常地开展工作，对农村社会的稳定和发展很不利。
造成这些问题的原因是多方面的。据我们研究，其中一个重要原因，是当前的地方财政体制不合理，县乡两级政府的事权和财权不相称，上级政府下达的任务多，任务重，而没有给予相应的财政支持，要的多，给的少。近些年把收入好的财源都收上来了，但不少包袱却放下去了，如要乡镇财政发中小学教员的工资等，造成中西部地区的县乡两级(特别是乡镇)财政的普遍困难。县乡财政困难，入不敷出，不能正常开展工作，影响了对当地经济发展的领导，使工农业生产受损失，直接间接地影响农民收入的提高；同时，在没有资金或资金不足的情况下，又要保证基层政权事业的运转，因而必然要向农民转嫁负担，收取各种费用。加重农民负担。
我们认为继续深化地方财政体制改革，是解决当前农村诸多问题的一个关键。但要作出这方面的既反映客观实际、又具有科学依据的政策建议，还需要进一步掌握详实可靠的第一手资料。
所以，我们建议组成《当前县乡财政体制调查研究》课题组，在全国范围里选3～4个具有典型意义的县，进行系统具体深入的调查，摸清这些县和若干个乡镇的财政收支的实际情况，弄清造成困难的原因，并在听取广大群众和干部意见的基础上，提出相应的政策建议，供有关决策部门参考。
(2001年3月给中国社会科学院领导的建议信)
坚持市场取向，继续深化改革
我国的改革是从农村开始的，取得了巨大成就。但自20世纪80年代中期起，农业、农村、农民问题此起彼伏，时阴时晴。
1996年农业特大丰收以后，农产品销售困难，农民收入增长缓慢，农民负担屡降不下，农村社会不安。问题的根源主要不在农业、农村本身，而在农业、农村之外。所以，我们不应该就农业论农业，而应该按照建立和完善社会主义市场经济体制的方向继续深化改革，改变“城乡分治，一国两策”的格局，合理调整城乡经济社会结构，解决农业、农村、农民问题，建立城乡一体的社会主义市场经济体制，把建设有中国特色的社会主义现代化事业推向新的高潮。
(一)“城乡分治，一国两策”和二元社会结构的由来
1953年党中央提出了“逐步实现国家的社会主义工业化并逐步实现国家对农业、对手工业和对资本主义工商业改造”的过渡时期总路线，开始第一个五年计划的建设。在农村，从1953年冬实行粮食统购统销，1955年实行农业合作化，1958年建立人民公社。也就在1958年，按照计划经济体制的要求，国家推出了户籍管理制度，把公民分成农业户口和非农业户口，实行城乡分治。1959年以后，粮食等农产品大减产，国家陷入三年经济困难，为了度过严重困难时期，在城市实行严格的粮食等生活消费品定量供应制度，实行严格限制农业户口转为非农业户口的制度。这本来是应对暂时困难而不得已采取的临时性措施但后来因为不久就爆发“**********”等政治运动，严格限制“农转非”等做法，就一直沿用了下来。
实行计划经济体制及其相应的户口制度以后，中国的工业化建设，就和农村发展割裂了。一方面是大量的粮食、工业原料和其他农产品源源不断地进城，支持城市的工业化建设；另一方面，大量的农村劳动力、农业人口被户口制度阻挡在城镇之外。
城镇和农村各自发展，实际形成两个社会。1958年，全国万人，有城镇人口10721万人，占16.2%，农业人口55458万人，占83.8%，经过20年的工业化建设，到1978年工业总产值已占到国民生产总值的38.2%，第三产业占23.7%，农业总产值只占28.1%。而农业人口在总人口中的比重，仍占(只下降1.7个百分点)，而农民的绝对数反而增加到79014万人，比1958年增加23741万人，平均每年增加1187万人。在这20年中，一面是工业化建设，一面是农民大量增加，这在世界工业化历史上，是绝无仅有的。
从1953年到1978年，中国的二元社会结构形成了。这一方面是学习前苏联，实行计划经济体制的结果，另一方面也是我国实行特有的经济社会政策的结果。如户口制度，前苏联并不是这样的。所以我国的二元社会结构要比前苏联牢固、严重得多。
在二元社会结构框架下，实行的是“城乡分治，一国两策”。
对城市、对居民实行一种政策，对农村、对农民实行的是另一种政策。
在经济层面，城市实行生产资料全民所有制，还有少量的城市大集体所有制(指1978年及以前)，农村则实行人民公社“三级所有，队为基础”的集体所有制。干部、职员实行工资制，工人实行八级工资制，按月发工资；农民则实行工分制，年终按工分分实物和一点现金。对城市居民，平价供应粮食、油、副食品和棉布、燃料等，还提供低房租的住房；对农民除发给布票外没有任何供应，住房也要自己造。
在社会层面，城市居民、干部和职工都有较好的社会保障老了有退休金，病了有公费医疗，农民则要靠子女养老，几乎没有什么社会保障，只参加合作医疗。在就业方面，政府在年以前对城市劳力都包揽下来安排工作，农民在农村有田耕就算自然就业。国家的劳动部门只管城市居民就业和社会保障，不管农民的就业和社会保障，城市青年参军复员了，政府会安排就业，农村青年参军复员了，还是回乡务农。
在公共产品和公共设施方面，城市居民子女，在公办学校就学，只交少量学杂费；农民子女在农村上学，校舍设施要集体集资建设、购置，教员多数是民办教师(也是农民)。城市的道路、电力设施、自来水都由政府出资建设，供居民共享。农村的道路要本村本乡修，电力和自来水等公用设施都由集体向农民集资建设。
“城乡分治、一国两策”，实行了二十多年，城乡各自发展城乡差别越来越大，城乡之间已形成一道鸿沟，实际形成了两个社会。最后连城乡青年通婚都成了问题，城市居民的男子，各方面条件差一些的，在城市找不到老婆，就降格到农村找，但结婚后，妻子不能随丈夫进城，形成两地分居。而且户籍制度还规定，子女要随母亲申报户口，所以还是农民。长期实行“一国两策”的结果，形成居民的孩子永远是居民，农民的子女永远是农民。
实行“城乡分治、一国两策”的二元社会结构是在计划经济体制下逐步形成的。当时要集中力量进行国家工业化建设，应对国际国内的政治、经济形势，是不得已而为之。适应当时的短缺经济，前提是牺牲农民利益，把农民限制在农村、固定在农业上，后果是严重压抑了农民的积极性，使农业生产长期徘徊。
“八亿农民搞饭吃，饭还不够吃”。结果，短缺经济更加短缺，越短缺就越加强“城乡分治、一国两策”的二元社会结构体制，形成恶性循环。
(二)二元社会结构根深蒂固，至今还没有得到根本性改革，由此引发了新的经济、社会问题
改革开放以后，农村率先改革，实行家庭承包责任制，解散人民公社，把土地的使用权、经营权还给农民，国家又提高了农产品收购价格，使农民得到了自主和实惠，调动了亿万农民的积极性。农业连年丰收，粮食等主要农产品已经由长期短缺变为丰年有余，解决了多年未解决的农产品的供给问题。乡镇企业异军突起，农村办工业，改变了农村的经济结构，一部分地区的小城镇恢复生机，蓬勃兴起，欣欣向荣，农民的生活也有了极大改善。一时间，全国上下称颂农民的伟大创造，大家对农村形势颇为乐观，以为已经找到了农村实现社会主义现代化的道路。
自90年代以来，农业、农村、农民问题频发。先是年、1992年农民负担问题凸显，农村干群关系紧张。1993年、1994年粮食供给不足，粮价猛涨，引发全国性的通货膨胀；大量农村剩余劳力涌入城市，民工潮来势凶猛，朝野为之不安。
1995年、1996年乡镇企业开始滑坡，吸纳劳力、经济效益等指标都徘徊不前。在国家大幅提高粮食收购价格等政策的推动下1996年农业获得特大丰收，当年粮食总产超过1万亿斤，1995、1996两年共增产粮食1188亿斤，其他主要农产品也全面增产。
从此，我国的农业生产进入了一个新阶段，主要农产品由长期供给不足转变为“总量大体平衡，丰年有余”，由卖方市场转变为买方市场。1996年，农业增产，农产品价格提高，农民年均纯收入增加9%，这是1985年以来最好的一年。
1996年冬以来，农村出现下述值得注意的问题——农民收入上不去。从1996年11月到2000年4月，农产品总体价格连续54个月低迷(2000年与1996年相比，小麦、玉米三种粮食的均价从每公斤1.45元降到0.97元，下降33.6%)，引起农民收入增长困难。据国家统计局统计，1997年农民人均纯收入增长6.4%，1998年为4.7%，1999年为3.3%，2000年为2.1%。这是就全国农民的平均纯收入而言其中包括了非农业收入。而占62%的纯农户这四年实际是持续减收的。这是改革开放以来的第一次，由此引发了一系列经济问题和社会问题。
——农民负担下不来。1992年以后，中央三令五申减轻农民负担，年年讲、会会讲，就是减不下来。因为乡村的教育经费、计划生育、拥军优属、民兵训练、干部工资、日常办公等等开支是刚性的，有增无减。就是农业各税，也是年年增加的。
1996年，农业各税为369.46亿元，2000年增到465.31亿元增加21%，平均年递增7.1%，超过农业生产和农民收入的增幅。
——乡村两级债务严重。乡级财政普设之后，因为事权和财权不相称，建立不久，乡(镇)财权就债台高筑，一年一年增加。据农业部等6部委1998年对14个省区的调查，每个乡(镇)平均负债400万元，村平均负债20万元。2000年财政部财政研究所调查，全国乡(镇)负债1740亿元，村级负债亿元。有些学者通过典型调查推算，估计乡村两级负债5000亿元以上。这些债务中，相当一部分是借的高利贷，真不知这些债务将来怎么归还。
——农村基础设施毁坏严重。水利工程失修；乡路村道毁损，坑洼难行。黑龙江、吉林等省的农机站有不少已机坏、人散、院空。这几年，国家投资进行农村电网改造，农村电力供应大有改善，电费也下降了，这是一项德政。
——农村的中小学，不能坚持正常教学。因为相当多的乡(镇)长期拖欠教员工资，有的几个月，有的成年不发工资，教员迫于生计，有的请长假，有的外出打工，有的到大中城市当保姆，当陪读，挣钱糊口。有不少乡镇的卫生院解散了，有的连院址也卖了。
——农村基层政权不能正常运转，基层干部工作困难。因为乡镇财政困难，不能维持日常工作，有的交不起电话费，办公电话被停了，有的债主讨不到债，告上法院，法庭把乡政府大院(或办公楼)封了。有一些乡镇主要干部处于借债、躲债、还债的漩涡之中。乡镇干部自己也是几个月、成年领不到工资。更有甚者，他们还要受到上级的责备，百姓的诅咒。有副对联：急事、难事、窝囊事，事事缠身；骂声、叫声、责怪声，声声入耳！横批：干部难当。在这样的背景下，大多数基层干部，还是在第一线坚守着岗位，他们工作的艰难是可以想见的。我到农村调查，常常听到基层干部反映，“这几年工作太难干了！”当然在这几百万乡镇干部中也有一些败类，他们作威作福、鱼肉百姓，但这毕竟还是少数。
——农村社会不安宁。农业收入下降，乡镇企业不景气不少乡企的职工下岗，外出打工受阻，有很多农民，特别是青年无所事事，农村治安状况恶化。乡镇财政困难，向上要不来(很多县财政也很难)，只有向农民要，用各种名目收费。有的甚至出动公安、小分队到各家各户上门收费，和农民直接发生冲突，引发恶性事件，上访上告，聚众行动，大量增加，有的还把乡镇政府砸了，也有冲击县市党政机关的。2000年，农民上访上告和聚众行动事件，超过了城市居民，这是建国以来的第一次。
(三)靠着市场化改革农业问题基本解决了，但农民问题、农村问题还没有解决
当前我国农村已经进入了一个新的发展阶段。在新的发展阶段，农业问题解决了，或者说已基本解决了，但是农民问题、农村问题还没有解决。
农业问题之所以解决了，靠的是市场经济，靠的是冲破了二元社会结构的束缚。农村改革开始就实行了家庭承包责任制，把农业生产的自主权、经营权，还给了农民，所以，一开始就是市场经济导向的。以后取消了统购，1990年又取消了统销，实行城乡同价，一个市场。粮食和农产品的价格，已由市场供求决定，不再由政府定价。在农业问题上，农民可以自主生产、自主经营、自负盈亏。改革开放二十多年来，农业虽然也有起伏，但市场化是逐步增加的，所以发展得比较好。特别是水产品、水果、蔬菜等方面，放得比较早，放得比较彻底，实行完全的市场化，所以这几大类农产品，一直是持续快速地发展，满足了城乡居民的需求，经济效益也好。
农民问题，农村问题，至今成难题。根本原因在于仍然在二元社会结构束缚之中，仍然实行着“城乡分治、一国两策”。
改革开放以来，我们在改革经济体制、调整经济结构等方面做了很多工作，党的“十四大”正式提出要实行社会主义市场经济体制。经过10年努力，经济持续、快速发展，成绩卓着，举世为之瞩目。但在社会体制改革、社会政策调整等方面，则没有相应的大举措。例如户籍管理制度，略有松动还没有根本性的改变；劳动就业还是两种制度；教育、医疗、社会保障等体制，仍然是城市一种政策，农村一种政策。