明朝后期，一部分在政治上受到排挤的地主阶级知识分子和中下级官员，在原吏部郎中顾宪成故乡，无锡东门的东林书院聚众讲学，讽议朝政，抨击时弊，倡导改革，被称东林党。
早期与东林党对立的主要是一批代表大地主集团利益的官员，他们以地域结成浙、齐、宣等各党派，浙党首领沈一贯、方从哲都曾出任过内阁首辅。东林党与各党派的斗争是以争“京察”为发端的，以后争论的中心逐渐转移到太子废立问题上来。后期党争主要是与以魏忠贤为首的阉党的斗争。魏忠贤原名进忠，号完吾，河北肃宁人。他原是当地有名的市井无赖，后因赌博输尽了家产，被迫净身，做了太监。熹宗时，魏忠贤与熹宗乳母客氏勾结，日益得宠，成为新的政治集团，被称为“阉党”。
东林党曾为熹宗登基之事出过大力，他们当政后，开始整顿朝纲，将很多腐败官员罢免。这些人便纷纷投靠魏忠贤，魏忠贤把东林党人看成阻止他实现野心的重要障碍。明朝不设宰相，内阁是皇帝的办事机构，实有宰相之权。首辅大学士叶向高、大学士刘一景及周嘉谟、张向达、赵南星等正直的朝臣是魏忠贤控制内阁、进而夺取大权首先要除掉的人。天启四年（1624），魏忠贤在宫内基础已牢固，开始向外廷出击。六月，素以刚直敢谏著名的左副都御史杨涟上疏参劾，列举魏忠贤24条大罪，并请求驱遂客氏出宫。魏忠贤设计使熹宗下旨严责杨涟。不久，杨涟和东林党另一重要成员左光斗一起被罢了官。天启五年，阉党爪牙许显纯捏造口供，将杨涟、周朝瑞、左光斗、袁化中等人下在锦衣卫大狱中，并在两月之内对他们用了24回大刑，每次施刑间隔只有两三天，不久又将他们杀害。此为“六君子”事件。天启六年，魏忠贤捏造了“七君子”事件，把东林党人周启元、周顺昌、高攀龙等7人迫害致死。除了这两次大冤狱之外，其他官员被阉党杀害、整治的不胜枚举。此外，为了打击反抗和不肯依附他们的官员，魏忠贤的党羽们还编列了黑名单，将不肯同流合污的官员指为东林党，列在黑名单上。崔呈秀编了本《同志录》，王绍徽编了本《东林点将录》，阮大铖编了《百官图》。在《东林点将录》中，阉党以（（水浒传》一百零八将加上晁盖共一百零九人的绰号，加在一百零九个正直的官员头上，其中包括许多东林党的领袖人物：托搭天王李三才、及时雨叶向高、大刀杨涟、智多星缪昌期，青面兽左光斗等，攻击他们聚众意图谋反。当时开列黑名单已成为一大风气，东厂西厂都照单捕人，并把他们弄死。一时间，朝廷上下乌烟瘴气，魏忠贤的权势达到了顶峰。
天启七年（1627年）熹宗病逝，崇祯继位，魏忠贤大势已去，自知被天下人所憎恨，难以自保，便自缢而死，阉党势力也遭到严重打击。东林人士逐渐返回朝廷。
党争到此已几近尾声，历经劫难的东林党人锐气大减。以张溥为首的江南地主阶级知识分子又结成“复社”，成为反对明末腐朽势力的中坚力量，与以阮大铖为代表的反对势力进行斗争，直至明亡。
东林党人主张改良政治、开放言路，反对横征暴敛，提倡减轻人民负担、缓和矛盾，并为此进行了坚持不懈的斗争，他们敢于揭露批判黑暗腐败政治，为民请命，为挽救明朝危机做出了巨大努力，反映了社会进步势力的要求。