不过王导没有计较晋元帝的做法，相反他淡泊名利，低调退让。但晋元帝的做法让他的族兄王敦看不下去了。他先是上奏折给元帝，说如此慢待王导是要寒了老臣们的心的。王导看了他的上奏，当即扣下，给退了回去。但为人耿直的王敦再叫人将此奏折送到了晋元帝手上。看了奏折，晋元帝没有反省自己的错误，反而更忧心重兵在握的王敦起来。这时刘隗给元帝出主意说，将自己的心腹派往各镇当将领，让各镇成为拱卫建康的屏障，京城就安全了。于是，元帝任命刘隗为镇北将军，来到泗口（今江苏省淮安市淮阴区），督四州军事；戴渊为镇西将军，来到合肥，督六州军事。这些做法，让明眼人一眼就看穿了意图。王敦更被元帝的不信任激怒了，永昌元年（公元322年）正月，王敦在武昌起兵，上疏声讨刘隗，声称自己起兵是为了“清君侧”。
这样我们便看到了历史上第二个奇怪现象：凡称要清君者，有的是真心清君侧，类似兵谏。有的则是打着清君侧的旗号起兵夺取皇权。对此皇帝也是忠奸难辨的。对借口清皇侧真心夺皇权的人，往往会杀掉身边的忠臣以满足叛军的要求，但叛军反而不退。如历史上第一次“清君侧”是西汉初年的“七国之乱”，当时反叛的吴王刘濞提出要“诛晁错，清君侧”。但到汉景帝诛了晁错，叛乱未止。对真心清皇侧的人，则反而会迎头痛击。此刻，王敦是真心想清掉元帝身边的小人，但晋元帝却也好了怒，他一面亲自领兵迎战，一面召刘隗和戴渊领军前来增援勤王。
王敦军在三月抵达建康城下。驻守石头城的将军周札竟开门迎进了王敦，可见王导、王敦在朝廷的威望之高、民心军心臣心之所向。刘隗和戴渊本一介书生，哪里会打仗，所率来勤王的政府军也被王敦军击溃。王敦来到皇宫时，晋元帝身边只剩下两个侍中。晋元帝无奈地说：“想要我的位置，你只须早点说一声，我回琅琊去就是了，何必如此打扰百姓呢！”（《晋书·帝纪第六》是如此记载的，元帝派使说：“公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚可共安也。如其不然，朕当归于琅邪，以避贤路。”）
但王家并非是夺权。在王敦攻城时，王导带着子侄二十多人到台城听候皇帝治罪。王敦进入城内，王导又来劝导。王敦在王导疏导下，泄了愤。他在杀了戴渊等后，率兵回了武昌。（注：刘隗兵败后无脸回来，投奔北方后赵国的石勒而去。）
不过乱中有误，王导这时也犯了一个令他终身悔恨的错误。王导每天带领子侄去待罪时，私下曾苦苦相求尚书左仆射周颇（字伯仁）相救。当时周颇口里未应，在背后却上表力辩王导的忠诚，这才使元帝没有杀王导。但王导并不知情，因此内心含恨。王敦进入建康后抓住了周颇，请示王导如何处置。王敦先问：“可为三公？”王导没有回答。王敦又问：“可为尚书令？”王导又不回应。最后王敦说：“那么只有把他杀了！”王导仍然不表态。于是周颇被杀。可不久在清理宫廷档案时，王导发现了周颇冒死相谏力表王导忠心的奏章，王导这时才后悔地说：“我不杀伯仁，伯仁由我而死。”后来这句话成为了一句成语。
经过这番****，晋元帝才知道自己错了。他羞愧难当，一病不起。同年闰十一月﹐晋元帝病逝。临去世前，下诏太子司马绍继位，王导辅政。此诏算是对王导的忠心做出了应有的肯定。
公元322年，司马绍即位，是为晋明帝。他虽然用着王导，但对王敦却一直耿耿于怀，总想为司马家报王敦的一箭之仇。公元324年听说王敦病重，司马绍便乘机谋划，要发兵征讨王敦。此举再次激怒王敦，他先发制人，派其兄王含领兵进攻建康，顿时王敦五万大军陈兵江宁南岸。然而王敦军仍在进军途中，王敦已病死。王导闻讯，就率领子弟为王敦发丧。他抢先在建康城内为族兄发丧，就是要告知全城军民，叛军首领王敦已死。政府军当即士气大振，王敦军退去。王导以自己的智慧再度保全了东晋王朝。
第二年闰8月，明帝司马绍突患急病。垂危之时，他召太宰司马样、司徒王导、尚书令卞壸等人进卧房接受顾命，诏立太子司马衍为帝，要他们三人尽心辅佐。司马家让王导再度成为顾命大臣，是对王导耿耿忠心的再度肯定和高度评价。
司马衍继位，是为成帝，年仅五岁。庾太后临朝，外戚庾亮当了权。时有苏峻因破王敦军有功，封为冠军将军，有锐卒万人。庾亮执政，为解除他的兵权，任他为大司农。王导劝阻说此举做得太急，但庾亮不听，终于激起兵变。苏峻于咸和三年（公元328年），以讨庾亮为名，约平西将军、豫州刺史祖约起兵反晋，攻入建康，大肆杀掠并专擅朝政。但他们对王导却礼遇有加，不仅没有加害，而且让王导官居自己之上。不久平南将军温峤、荆州刺史陶侃起兵讨伐，苏峻战败被杀。
战乱平息后，朝廷国库空虚，宋代学者马端临所著《文献通考·卷二十三·国用考一》记载：“苏峻既平，帑藏空竭，库中唯有练数千端，鬻之不售，而国用不给。王导患之，乃与朝贤俱制练布单衣，于是士人翕然竞服之，练遂踊贵，乃令主者出卖，端至一金。”意思是说，当时国库中仅数千丈的“练”。“练”是一种未精加工的丝织品，刚刚织成时质地坚硬，必须经过沸煮、漂白，再用杵捣，才能变得柔软洁白。这种练当时卖也没人要。这时王导就用其中一些练做成了单衣，自己和大臣们都穿上它。这样做带出了一种时尚，大家都开始争相穿起这种朴素的衣服来，使练的价格一下子抬了上去。王导当即下令抛售库中的练，得到一大笔资金，解决了朝廷的用度。
咸康五年，王导病逝，终年六十四岁，走完了三朝元老忠心辅主的道路。
“如此忠臣，到了朕朝便如何一个也没有了呢！”司马德文感叹。“老天不公，就是遇不上王导，也该让朕遇上一位谢安才是呀！”
司马德文所说的谢安，是继王导之后，在“淝水之战”，以少胜多，拯救了东晋孝武帝朝的宰相。
谢安出身名门大族，年轻时就思想敏锐深刻，举止沉着镇定，风度优雅流畅，能写一手漂亮的行书。当年王导就很器重他。谢安执政后让侄子谢玄在京口（今江苏镇江市）招慕北伐勇士，以图恢复西晋的国土。京口当时是北方各地流亡世族和民众聚居之处，号称北府。这里民风强悍，适合组军。谢玄在此招募后，得刘牢之等勇士，训练出了一支精锐之师——北府兵。
太元八年（公元383年），前秦统一北方，前秦宣昭帝苻坚率百万之众南犯，朝野一片惊慌。但谢安镇定自若，他建议孝武帝命他的弟弟谢石任征讨大都督，侄子谢玄为前锋都督，儿子谢琰为辅国将军，统兵北上迎敌。晋军当时总兵力只有八万，但中坚力量是北府兵。
当时苻坚手下有人看过天相，认为不可出兵犯晋。但苻坚说：“吾之众投鞭于江，足断其流。”便自恃兵多将广而进犯。这便是成语“投鞭断流”的来源。这个成语后来被用于比喻兵力强大。然而苻坚没有想到的是，他最终会大败，还给历史落下了“风声鹤唳”和“草木皆兵”两条成语。
秦军前锋符坚之弟符融统兵三十万首先到达颍口（今安徽寿县西南），接着符融攻占了寿阳（今安徽寿县），与此同时，秦军慕容垂部攻占了郧城（今湖北安陆），秦军还将东晋援军胡彬团团包围在硖石（今安徽凤台西南）。这时苻融写信给苻坚说，晋军人数少，战斗力很弱，可一鼓而歼之。苻坚闻讯大喜，留大军于项城（今河南项城）， 自己带轻骑八千赶到寿阳。到寿阳后，秦军派出原东晋太守朱序去劝降。
朱序并未真心降秦。他原是东晋襄阳守将，公元378年秦军围攻襄阳，朱序坚守了一年。城破后，苻坚念其忠勇，没有杀他，仍让其作了太守。现在朱序到了谢玄营中，不是来劝降，而是将秦军部署和盘托出，并建议，秦军仍在集结，大军还未全到，如迅速出击，方是上策。晋军将领谢石原计划是坚守不战，听了朱序的建议后，当即变守为攻，作出了主动出击的部署。他派北府兵将军刘牢之率北府兵五千突然强渡洛水，去攻击秦军尚未站稳的五万人马。秦军没有准备，从大将到一般将校十一人被杀，五万人被斩杀了一万五千人。
洛涧大捷后，晋军水陆并进，直抵淝水东岸，在八公山脚扎营。秦军则在紧贴淝水西岸布阵。苻坚看到晋军军容严整，将八公山的草木也当成了晋军，对符融说，晋军好像不是你信上所说的那么不堪一击么！然后下令严阵以待。这样，历史上便有了“草木皆兵”的成语。
面对强大而有准备的秦军，谢玄又设下一计，派使者去见苻融、苻坚，要求秦军稍稍后退，让出一块空地， 好让晋军过河，双方一决胜负。 苻坚同意，他的想法是待晋军渡河渡到一半时就用骑兵冲杀。于是苻融下令秦军后撤。苻家兄弟没想到的是，经过洛涧一战，草木皆兵的秦军军心不稳，后撤令一下，军队就大乱起来。谢玄果然率领八千多骑兵渡过淝水向秦军冲击，朱序则在秦军中大喊“秦军败了，秦军败了”。秦军当即开始了大溃逃。秦兵听到呼呼的风声和鹤的鸣叫声，都以为是晋军追兵。这又产生了成语“风声鹤唳”。这次战斗，晋军以少数的精锐之师，破敌前锋，再动摇敌之主力，战败了百万之众的秦军，在历史上创造了以少胜多的著名的战例“淝水之战”。
淝水之战中秦军大崩溃后，北方暂时统一的局面也随之解体，鲜卑族的慕容垂和羌族的姚苌等少数民族贵族又各自建立了新的国家。而谢安也因功高盖主受到猜忌，遭到会稽王司马道子的排挤……再后来，就有了楚王桓玄之乱，有了刘裕起事，有了皇权旁落，有了安帝司马德宗的被害……
想到这些，司马德文唯有长叹。闲来无所事事的司马德文，随手拿起了一本书读了起来。这是东晋法显和尚所译的经书《大般涅槃经》。读着读着，他进入了一个更高的人生境界。
东晋时期，中国的南北正是佛学得到快速发展的时期。北方不说，南方东晋地区的佛教，一是以庐山的东林寺为中心发展，主持者慧远。别外在建康则有道场寺，法显、慧观、慧严等都以道场寺作讲坛，宣扬佛法。东晋皇帝都很崇佛礼佛，于是建康的佛教盛极一时，译经、建寺、绘像、讲经十分活跃。
《晋书·帝纪第十》记载，面对厄运，司马德文每天惟有读经而已。“其后复深信浮屠道，铸货千万，造丈六金像，亲于瓦官寺迎之，步从十许里”。就是说，恭帝还拿出大笔钱来布施。他塑了一尊一丈六尺高的金身佛像，步行几十里，亲自到瓦官寺迎接这尊佛家圣物到来。瓦官寺位于建康城西花露岗。据《建康实录》载：“晋哀帝兴宁二年（公元364年）诏移陶官于淮水北，遂以南岸窑处之地，施僧慧力，造瓦官寺。”寺内藏有东晋著名雕塑家戴逵、戴颞父子所塑的五尊铜佛像、师子国（今斯里兰卡）所贡白玉佛像及顾恺之所画《维摩诘图》，合称“三绝”，均为稀世的珍贵艺术品。相信在大量佛祖的塑像和图画中，恭帝也曾看到了许多的西域传来的卧佛的画像。他一定会做一些比较。他会问自己，为什么在早期的卧佛的画像上，逝去的佛祖周围的弟子都在痛哭失声，而后期的卧佛画像，逝去的佛祖面容慈爱安详，众弟子还面带喜悦？终于有一天，他参悟透了，——佛祖那不是死，而是进入弥勒净土，是涅槃，是更高境界上的重生，所以众弟子是为喜悦。
悟到如此境界，他心胸开朗起来。
元熙元年（公元419年）六月，刘裕认为取代司马德文的时机成熟，让大臣傅亮草拟好禅位诏书后交司马德文誊抄。《晋书·帝纪第十》载：“傅亮承裕密旨，讽帝禅位，草诏，请帝书之。帝欣然谓左右曰：‘晋氏久已失之，今复何恨。’乃书赤纸为诏。而野史、传说中描写得更详细一点，说看了傅亮起草的退位诏书，司马德文哈哈一笑，说我等这一天等好久了。他说：“桓玄篡位，晋朝那时已经失国，多亏刘公（刘裕）出兵讨平，恢复晋朝，才得以再延续了近20年。今日禅位，我心甘情愿，没有什么怨恨。”说完，提笔抄誊诏书。诏书抄完交给了傅亮，然后高兴地携皇后褚灵媛等出宫，接受刘裕降封的零陵王，迁居秣陵县城（（今江苏南京江宁区报恩寺）），由冠军将军刘遵考带兵保监管。
东晋至此灭亡。东晋王朝自元帝司马睿公元317年开国到恭帝司马德文于公于420年“禅位”于刘裕，共历11帝，104年。如加上司马炎创建的西晋历5帝、52年，两晋共历16帝、156年。
之后，刘裕并不想放过司马德文。见褚皇后生了男孩，便将男孩害死。之后司马德文有了警惕，整天和褚皇后共处一室，一切饮食也都由褚皇后亲自动手，使刘裕一时无法下手。
元熙二年（公元420年）九月，刘裕干脆明目张胆地命令琅蚜侍中张伟携毒酒一瓶，前去秣陵鸩杀司马德文。张伟不愿害故主，就自己饮了毒酒自杀。刘裕接报大怒。再派褚后之兄褚淡之去探望褚皇后，让自己的亲兵随后伺机杀害司马德文。褚皇后见兄长来了，出外相见相谈。刘裕的亲兵则越墙进入司马德文室内，将毒酒放在他面前，逼他快饮。司马德文说：“佛教说：人凡自杀，转世不能再投人胎。”他坦然地请兵士来杀他。亲兵便将他挟上床去，用被子蒙住他脸面，用力扼死，然后跳墙而去。是年恭帝36岁，史官马上记上了一笔：刘裕是历史上杀禅位皇帝的第一人。
元熙二年（公元420年），刘裕建宋，仍都建康，改年号为永初，是为宋武帝。由此，历史上的南北朝开始。
（注：据唐《建康实录》记载和考古发现，在江苏省南京市晋建康城西北的鸡笼山以东至钟山（紫金山）南坡为东晋皇陵区。东晋有11个皇帝，除废帝司马奕被黜为海西公，死在吴县市外，其余10帝均葬在今南京城内外。）