历史在前进的过程中也总会暂时倒退，中国几千年帝制，猛然转型使很多人感到不适。当袁世凯产生当皇帝的念头时，在百姓当中也产生了一些希望复辟的舆论，这使得袁世凯更加得意忘形，看不清事情本相。1914年，袁开始着手准备复辟事宜，而作为袁世凯“指路明灯”的徐世昌，生平第一次与袁世凯决裂。善于旁观的他深知，民主共和已经是不可逆转的历史潮流，任何逆历史潮流而行的，都不会有好结果。他多次劝说袁世凯，不但没有得到袁的理解，反而被袁认为不再与自己同道。
作为袁的挚友，徐世昌不能看他一意孤行地错下去。他对“还政于皇帝”的谬议严格禁止，还于1914年11月23日颁布严禁“归政”的政令，规定“造作谰言，着书立说以及开会集议而紊乱国宪者，照内乱罪从严治罪”。
出于自身利益的需要，当时美、英、日等驻中国使节纷纷赞成袁世凯称帝，“外国使节无一不赞成”，被权力蒙蔽的袁世凯以为，自己登基当皇帝是众望所归了，徐世昌的努力几乎白费。
即使再无奈、再气愤，徐世昌也没有办法再改变现实。1915年10月28日，徐世昌交付了官印、钥匙等物品，再次引退，表示不再过问政事。他在日记中写道：“人各有志，志为仙佛之人多则国弱，志为圣贤之人多则国治，志为帝王之人多则国乱。”在他看来，他的时代有太多的人“志为帝王”，国家岂有不乱之理？
袁世凯复辟的结果众人皆知。他不顾徐世昌和舆论的反对，改行君主立宪制，颁布《新皇室典范》，废弃《临时约法》，引起了全国公愤，护国军起义，孙中山武装反袁，袁世凯自己的亲信也纷纷反对他，受到内外围攻的袁世凯终于一病不起。
当全天下反袁时，或许唯一没有对他痛加指责的就是他一生的挚友、曾因复辟帝制与他分道扬镳的徐世昌。袁世凯临终前，徐世昌赶回京城，两人“相见挥涕”，徐责怪袁世凯当初不听自己的劝告，一意孤行，乃至落得如此下场，而袁世凯则没有多说，只是说“家事唯恐子孙处理不当，敢以相托，且乞主持丧务善后”。徐世昌也不再多说，“慨然许诺”。
一死一生才见真交情。徐、袁自青年相识，在徐最为贫贱之时，袁往往出手相助；尽管二人晚年分道扬镳，但在徐世昌心里，袁世凯或许永远都是年轻时代那个称自己为“菊人大哥”的仗义青年。
溥仪“恩准”，就任大总统
徐世昌的一生担任过很多职务，他超乎常人的才能在政治、经济、军事、文化等方面都有突出表现。不过，对于徐世昌本人而言，他自始至终都是一个文人，不管他后来巧治东三省、辅佐袁世凯的政绩多么辉煌，在他的潜意识里，他仍旧是那个在清水衙门里终日与书相伴的翰林编修。
中国文人的归隐情结由来已久，从魏晋南北朝开始，很多才华卓越的文人便以归隐为豪。他们怀着报国济世的思想，一边希望“入世”广济苍生，一边又轻视财权，希望“出世”享受田园之乐。正因为有着根深蒂固的文人思想，在徐世昌身上，才会发生很多世人难以理解的事情：徐在朝中举足轻重，才华也绝不在袁世凯之下，然而，他宁可用大半生的时间支持和辅佐自己的好友袁世凯，也不愿主动出头担任要职；当袁世凯终于独揽大权，世人皆以为徐世昌终于能和袁世凯一起享受胜利果实之时，他却出人意料地宣布引退，不再过问政事……徐世昌并不是一个贪图权力地位之人，他的思想与中国文人的“归隐”思想一脉相承，他心系国家又不图名利，因此才会屡次宣布远离政事，又因为政治的需要不得不重新涉政。
1916年6月，原本已经决定在河南隐居的徐世昌接到袁世凯病危的消息，连夜赶回北平，并接受了袁世凯的临终托付。这样一来，有归隐之心的徐世昌又不得不再次卷入政治的旋涡。
受袁世凯之托，徐世昌等人拟定大总统遗令，公告天下：依照《约法》第二十九条大总统因故去职，或不能视事时，副总统代行其职权。孰料，遗令一颁布，就引起了不小的波澜。民国建立之初，孙中山曾颁布《中华民国临时约法》，规定大总统去职之后，由副总统继任总统之职；而袁世凯上台后，又颁布了新的“约法”，规定副总统只有三天的代职期限，三天之后必须组织大总统选举会，从袁亲定的三个候选人中选出一位总统。当时黎元洪任副总统，而段祺瑞则在袁世凯亲定的候选人之列。尽管黎元洪最后当上了大总统，但由“约法”引起的府院之争却持续了两年之久。
以黎元洪为首的总统府集团和以段祺瑞为首的******集团之间的矛盾日益激烈。11月14日，徐世昌不得不再次返回京城，以“中间人”的身份调节两派矛盾。徐世昌以“不入政界”的文人身份自居，自称坚持中庸之道，绝不偏袒任何一方，也不从中谋取私利。他建议将矛盾最激烈的府派孙洪伊、院派徐树铮免职，任命张国淦为******秘书长，这样一来，府院之间的矛盾才得以暂时缓解。
国事日益混乱，徐世昌没有一天不想尽早脱身。然而，麻烦却接踵而来。1917年6月，张勋趁黎元洪与段祺瑞矛盾之际，率领“辫子军”进京，拥戴溥仪为皇帝，改此年为“宣统九年”，十二天后，张勋复辟破产。紧接着，黎元洪将国会解散，任冯国璋以副总统代理大总统事务，而段祺瑞仍旧担任内阁总理。这一次，徐世昌以为可以高枕无忧，再次宣布引退。
然而，表面风平浪静的民国政府却充满了暗斗，府、院矛盾表面缓解，冯、段矛盾愈演愈烈，北洋集团各派系之间斗争不断，竟到了“国事日益糜烂，事事龌龊”的地步。有人希望徐世昌能够出面调解冯、段之间的矛盾，徐世昌感到为难：“昔日黄陂与芝泉府院明争，我尚能调解。但如今华甫与芝泉两派暗斗，我实无能为力。”黄陂即黎元洪，华甫即冯国璋，而芝泉则是指段祺瑞。徐世昌言下之意是，冯国璋与段祺瑞两派的矛盾已经到了不可调和的地步，自己这个“和事元老”也毫无办法。
冯、段两派的势力，都希望把自己的领袖推上大总统之位，各不相让。就在冯、段势力争执不下之际，一个主要由段祺瑞皖系军阀控制的新国会——安福国会产生了。段祺瑞的心腹徐树铮收买安福国会议员，实际控制国会选举。1918年8月，安福国会在京召开会议，原定推选段祺瑞为总统、张作霖为副总统，但因遭到冯派的强烈反对而作罢。为了赶冯国璋下台，安福国会最终想出了折中的办法——选举徐世昌为大总统。徐世昌的名望远在冯国璋之上，这样一来，冯国璋便不好反驳；而实际上，徐世昌这个大总统只是一个“过渡”，只要冯国璋下台，段祺瑞当选就变得轻而易举。
在当时的历史背景下，徐世昌是当选总统必然的、唯一的选择。其一，徐世昌的声望、资质、才华、能力都超过冯、段、黎等人，除了袁世凯，恐怕没有人能与之匹敌；其二，徐世昌一向奉行“中庸”之道，又是北洋老前辈，他在处理府院之争时表现出的各不偏袒，能让冯、段双方都心服口服；其三，中国一直以来都有“武人治国祸乱天下”的说法，北洋政府时期的事实也证明，在几个武人的统治下，国家只能越来越乱，这时候，作为一个极有资质的文人，徐世昌必然成为最理想的治国人选；其四，以梁士诒为首的保守势力和直系“长江三督”等势力均倾向于选徐世昌为总统。
就这样，在冯、段矛盾不可调和的背景下，在安福国会的幕后操控下，1918年10月，一心想远离政治的徐世昌再一次被推上政治舞台，成为中华民国的又一任大总统。民国时期的总统中，武人出身的占多数，徐世昌以文人身份治国，在任期间极力主和，正因如此，他才被后人称为“文人总统”、“诗人总统”。
尽管身处民国，徐世昌心中始终摆脱不了“前清遗老”的阴影。在他当选总统之前，还有一段小插曲。