1928年11月，中央研究院历史语言研究所在广州成立，傅斯年担任该所所长，并辞去中山大学职务。在史语所，他不断寻找“拔尖人才”，派他们去国外进修。与此同时，他又经常劝大家出去后不要去读什么博士，而要寻求真正的知识和学问。他甚至现身说法，说自己留学六七年，进过三所大学，研究过几门学问，却没有得到博士学位。直到傅斯年逝世以后，有人还感慨地说：“今天大家一窝蜂地念博士，……傅先生九泉之下有知，诚不知作何感想。”
三 指责教育崩溃
南京国民政府成立后，一开始照搬法国模式，实行所谓大学院制，结果在教育界造成混乱。后来政府提出要整顿学校，改革教育，引起社会各界关注。为此，傅斯年于1932年在《独立评论》发表《教育崩溃之原因》。文章一开头就直言不讳地说：“中国的学堂教育自满清末年创办的时候起到现在，从不曾上过轨道，而近来愈闹愈糟，直到目前，教育界呈露总崩溃的形势。”为什么会出现这种情况呢？他认为大致有五个原因。
第一，学校教育一直没有脱离“士大夫教育”模式。傅斯年认为，在中国传统社会，“士大夫”一直是统治阶级的工具。两千多年来，人们一直把“读书为登科，登科为做官”视为天经地义的事。即使到了近代，也把读书当作谋求一官半职的终南捷径。正因为如此，中国的读书人必须依附于统治阶级，他们的出路只能是当官。这就产生一种奇怪的现象：
“认字的人越多，失业者越多。学校办得越多，社会上的寄生虫越多。”
相比之下，“欧洲社会中的中坚分子是各种职业（Trades）中人。故中国的中等阶级好比‘师爷’，西洋的中等阶级是技术阶级（Professionalclass）。……西洋科学之发达，大体上是这个阶级的贡献，因为这个阶级一面用技术的能力，一面有相当的自立，故既能动手，又有闲情。”因此，“若想中国成一个近代国家，非以职工阶级代替士人阶级不可；若想中国教育近代化，非以动手动脚为训练、焚书坑儒为政纲不可。”这些话让人想到最近盛行的“报考公务员热”，也说明我们至今没有摆脱“士大夫教育”模式。由此可见，不能摆脱传统教育模式，不能实现社会的现代化转型，是中国教育崩溃的根本原因。
第二，政治不安定，致使人人怀“五日京兆”之心，事事成“朝不保夕”局面，从而严重地影响了教育的发展，这是教育崩溃的一个主要原因。
第三，各种政治人物为了扩张自己的势力，纷纷插手学校教育，企图把学生变成他们的爪牙和工具。一些学生为了眼前利益，也纷纷卖身投靠，从而造成“办学的与从学的相互利用，以申张封建势力，发挥部落思想，充实工具”的局面。这种“乱世造奸雄，奸雄造乱世”的状况，是教育崩溃的又一个原因。
第四，教育界生搬硬套，盲目效法外国，使教育体制与中国社会脱节，这也是中国教育混乱和崩溃的一个原因。
第五，因为各种社会矛盾的存在，使青年不能自立，使他们面临的生理问题和心理问题不能解决，使他们的各种要求得不到满足。这样一来，青年学生就只能热衷于搞学潮或者谈恋爱了。这是教育崩溃的最后一个原因。
傅斯年指出：上述“第一、第二两项是基本的原因；第三、第四两项是目下紊乱的直接原因；第五项是一种外感病，自身健康自然不染，自身不健康是免不了的。政府若想把教育彻底改革，非对这原因做有效的处置不可，否则改一回学制即增一回紊乱，做一次处分即种一次恶因”。
在这篇文章中，傅斯年还批评了中国的教育学家缺乏专门知识的问题。他说：在英国要学教育专业，必须本科毕业；在德国则是从大学哲学系的高年级学生中选拔未来的教师；相比之下，在美国只能当中小学教员的哥伦比亚大学教育学院毕业生，回到中国却可以当大学教授、大学校长，甚至是教育部长。这也与教育的崩溃有关。
文章发表后，曾从哥伦比亚大学教育学院毕业的邱椿认为傅斯年“措辞稍欠平和，持论似属偏激”，于是他在读者来信中指出，在哥伦比亚大学的校友中，当了教育部长的只有蒋梦麟，当了大学校长的只有郭秉文。
他认为这两个人对中国教育的贡献有目共睹，因此中国教育的破产与该校毕业生没有关系。此外，他还就其他问题与傅斯年进行商榷。对此，傅斯年在回应中一方面承认文章提出的五点有不合逻辑之处，但同时也坚持了自己的基本看法。
四 讨论教育改革
在分析了教育崩溃的原因之后，傅斯年紧接着又在《独立评论》发表《教育改革中几个具体事件》，对当时的教育改革提出五条基本原则：
第一，反对以“职业训练为中心”。
傅斯年说，让教育“以职业之训练为中心”，是江苏省教育会一帮人提出来的。“他们的办法是把学校弄成些不相干的职业的‘艺徒学堂’，（让）幼年人进学堂，如进工场一般，这是极其不通的。”这种情况，与上世纪80年代为了缓解高考压力，大办职业中学的做法如出一辙。
在批评了江苏省教育会的做法之后，傅斯年提出自己的主张。他说，我们主张学校也是要“训练”的，但这种训练不是要把学生变成“艺徒”，而是要把他们培养成既有牢固的知识、又有诚实的态度、还有动手的能力、并且在离开学校以后能够服务于社会的人。为此，他提出要把中小学课程的门类减少到最低限度。他认为，考察一所学校成功与否，一要看学生是否有使用课本知识的能力，二要看能否把日常生活与课本知识联系起来。只有这样的“训练”，才可以摆脱“士大夫的架子”，才“可以防止安坐享受的习惯”。
第二，要认真整顿教育系统。
傅斯年认为民国以来的教育界虽然是“自由发展”了，但由于“私立学校随便开，大学随便添，高中满了全国”，因此出现良莠不齐、失业人数增加的混乱状况。面对这种状况，教育部的当务之急有以下几点：一，在全国范围内进行教育统计，同时根据社会需要制定各校各科的招生人数。二，各级公立学校在培养人才上不仅要相互衔接，而且还要顾及地方需要。三，限制私立学校盲目发展，防止造成紊乱。四，要使国民教育、普通教育、职工教育、学术教育之间相互配合，相互照应。
第三，要尽快实现教育独立。
傅斯年强调，教育不能独立，学校就不可能办好。他举例说，当年德国的威廉二世虽然无比专横，却不能免除一个大学校长的职务。相比之下，中国的教育厅长和教育局长，却有随便撤换校长的权力。他认为政府的责任，一要确保教育经费的独立，二要保障校长和教师的地位，三要在教育管理上采用文官制。只有这样，才能实现教育的独立。
第四，要努力根除教育腐败。
傅斯年说，根据民国以来的事实，教育的腐败是自上而下的。只有教育部不讲道理，地方教育官员用人不当，校长和教员不成样子，然后学生才会出问题。所以他认为：“教育之整顿，学风之改善，其关键皆自上而下，都不是自下而上。”他还说，学生大多数都是好的；政府只有“把教育部建设成一个有技术能力的官厅”，并选择有人品、有见识、有资望的人去当大学校长和教育厅长、教育局长，才能把学校办好。
第五，要资助有才学的穷学生。
傅斯年指出：“科举时代，穷人是比较有出路的，一来由于当年读书用不了许多钱；二来由于当年义学、宗塾、廪膳膏火、书院奖励、试馆等制度，大可帮助有才无钱的人。今日之学校教育，用钱程度远在当年之上，并无一切资金、助金。国家号称民国，政治号称民权，而贫富之不平更远甚，成个什么样子？”因此他提出五点建议：一、把大中小学的经费抽出百分之五当作奖学金。二、停办所有无成绩的省立大学，将其经费当作奖学金。三、停办一切不成样子的私立大学，“收他们的底款为奖学金”。四、私立学校不设奖学金，不得立案。五、在收高额学费的同时，也要设立更多的奖学金。
这篇文章发表后，著名历史学家孟森写了一篇《论士大夫》的文章寄给胡适。其中对士大夫的定义是：“‘士大夫’者，以自然人为国负责，行事有权，败事有罪，无神圣之保障……者也。”胡适看到这篇文章，觉得“孟先生文中所谓‘士大夫’应该可以叫作‘领袖人物’，省称‘领袖’”。为此，他在《独立评论》发表该文的同时，也写了一篇文章，题为《领袖人才的来源》。其中谈到近代欧洲的领袖人物，大多出自大学或受大学教育的影响。他问道：“茫茫的中国，何处是训练大政治家的所在？何处是养成执法不阿的伟大法官的所在？何处是训练财政经济专家学者的所在？何处是训练我们的思想大师或教育大师的所在？”有感于此，他认为要想摆脱没有领袖人才的苦痛，“只有咬定牙根来彻底整顿教育”。否则，“我们这个国家也只好长久被一班无知识无操守的浑人领导到沉沦的无底地狱里去”。
不久，傅斯年在《独立评论》发表《改革高等教育中几个问题》。傅斯年首先回顾了清末以来教育改革的失误，然后提出改革高等教育的三条意见：
第一，大学教育与中小学教育的功能是不一样的。中小学是基础教育，大学是“学术教育”。前者重在“知识的输进、技能之养成”，后者重在培养研究学问的兴趣和能力。因此，“中小学教师对学生是训练者，大学教师对学生是引路者”。大学教师应该实行讲座制，大学生应该实行选修制。正因为如此，大学绝不能像中学那样实行年级制，否则学生就不可能学会研究学问，学校也不可能形成良好学风。
第二，大学的组织结构，“要以讲座为小细胞，研究室（或研究所）为大细胞”。大学教师讲课，如果没有图书做参考，没有实验的训练，就毫无意义，因为这种训练也是为了研究。
第三，大学教授能否胜任，是办大学的关键因素，因此对于大学教授的资格要有明确规定。但是“今之大学，请教授全不以资格，去教授全不用理由，这真是古今万国未有之奇谈”。为了改变这种状况，傅斯年提出要“由教育部会同有成绩之学术机关组织一个大学教授学绩审查会”。对于凡是“有一种著作，此著作能表示其对此一种学问有若干心得”的学者，就可以授予大学教授的资格。对于已经拥有大学教授资格者，不能随便免除其职务，除非他在三年内没有任何新的贡献。这篇文章结束时，傅斯年附加一句注释：“此文写至此处，急须付印，尚有余义，且待后来再写。”
文章发表后，吴世昌给傅斯年写了一封长信，提出应该通过“国家考试”授予学位等意见。吴世昌在燕京大学毕业后，刚刚考入“哈佛燕京学社”国文系读研究生。他的信被删节后刊登在《独立评论》上。但由于傅斯年生病，没有及时回答。两个月后，傅斯年在《独立评论》又发表《再谈几件教育问题》的文章，其中谈到三个问题：其一，在大学里衡量教授的标准是有没有学识和常识，而不是懂不懂教育学或教学法，因此大学不是高谈教育学的场所。其二，由于“学问是体，方法是用，不有其体，何处寄用？”因此研究教育的人首先应该在文科或理科中有一门专长，否则他们的所谓教育学和教学法，就只能是空谈而已。其三，中小学课程要减少门类，充实内容，不要一味地照搬美国模式。在此基础上，他认为大学不应该设立教育学院，而应该设置教育学讲座；中国科学不发达，与研究机关太少有很大关系。文章结束时，傅斯年还谈到中国的问题固然与政治改革有关，但教育部不思进取，不能振作也是重要因素。因此他的最后一句话是：“我希望现在的教育当局在最短期内努力完成他们的责任！”
该文发表后，曾在哥伦比亚大学获得哲学博士的杨亮功认为，傅斯年虽然比过去平和多了，但还是不免有武断和偏见。他申辩说：“中国大学之设立教育学院，何尝是以哥伦比亚大学教育学院为模型耶？……欧美各国中小学普通科目，实在无多大区别，并非如孟真先生所谓‘这十几年来，中国教育制度日趋于美国化’”。当然，他也承认“孟真先生总算是我们研究教育者的诤友，毫不客气地给我们许多的批评”，这足以使我们反躬自省，努力改进。
五 反对尊孔读经
1934年7月，国民党中央执行委员会通过决议，规定每年8月28日为孔子诞辰纪念日，并要求各地举行隆重纪念活动，提倡尊孔读经。当年8月27日，国民党中央党部和国民政府在南京中央大礼堂举行孔子诞辰纪念大会，汪精卫和戴季陶在会上做了演讲，演讲的题目是《纪念孔子诞辰之意义》和《国民文化复兴的开始》。与此同时，国民党中央还派叶楚伧、禇民谊、傅汝霖等人前往山东曲阜祭孔，全国各地也纷纷举行隆重的纪念活动。随后，国民党中央执委会一方面颁发孔子纪念歌词，一方面还通过了《修理维持曲阜孔子陵庙办法》和《尊崇孔子发扬文化案》。前者决定在中央拨款和各地分摊的基础上，向学生征收“毕业证附收捐款”，后者则对孔孟后裔予以各种优待。
针对这一现象，蔡元培、胡适、鲁迅、傅斯年等新文化运动的代表人物都表示反对。胡适说：自古以来，“孔子是年年祭的，《论语》《孝经》《大学》是村学儿童人人读的”；但所谓“洙水桥前，大成殿上，多士济济，肃穆趋跄”的盛况，又“何曾补于当时惨酷的社会，贪污的政治？”（《写在孔子诞辰纪念之后》）鲁迅说：“不错，孔夫子曾经计划过出色的治国的方法，但那都是为了治民众者，即权势者设想的方法，为民众本身的，却一点也没有。”（《在现代中国的孔夫子》）基于同样的看法，蔡元培也说：“我认为小学生读经，是有害的，中学生读整部的经，也是有害的。”（《关于读经问题》）相比之下，傅斯年则从历史和现实的角度，提出了自己的意见。
1935年4月，傅斯年以《论学校读经》为题，在《大公报》发表《星期论文》。文章说：从历史上看，倡导读经的人从来就没有取得过成功。
第一，“中国历史上的伟大朝代都不是靠经术得天下、造国家的，而一经提倡经术之后，国力每每衰落”；第二，由于经文过于难懂，因此当年的经学不是用来装点门面，就是被当成敲门砖来使用；第三，每个时代都有自己的哲学，那些主张读经者不过是用经学来附会自己的主张罢了。就现实而言，要想在学校倡导读经也不可能。第一，根据教育的本质、国家的需要和学校的状况，目前在“中小学课程中‘排不下’这门功课”；第二，由于六经“在专门家手中也是半懂不懂的东西”，因此如果把它纳入教材，“教者不是混沌混过，便是自欺欺人”，这对青少年的理智和人格是极大的伤害。基于以上看法，傅斯年认为在最需要学习引进现代文明的时候，有人反而想用读经来挽救世道人心，真是浅陋之极。正因为如此，他在文章一开始便引用韩愈的话说，尊孔读经就和烧香拜佛一样，“事佛求福，乃更得祸！”