奥古斯丁的思想受到《圣经》、新柏拉图主义和摩尼教的影响。他的哲学是为现实服务的，向人们说明基督教启示的真理，忠诚地为教会服务。他的宗教神学理论主要有上帝论、三一论、原罪论和救赎论、教会论与圣事论、信仰论等。（1）上帝论。他认为，上帝是超越的存在，是全知全能和绝对自由的，他从虚无中创造世界。上帝是永恒的，他不存在于时间之中。上帝是至善的。上帝以至善和爱拯救世人，人以追求至善为目的，通过达到这个目的而获得幸福。他说：“上帝是我们幸福的基础。他是我们一切期望的目的，上帝的善在于无限地爱我们，他通过爱来倾向于我们，以便我们可以安息在他之中，并通过它达到这个目的，找到幸福。”（2）三一论。奥古斯丁在神学理论中赞成“三一论”观点。“三一论”核心是对耶稣人性与神性的认识问题，主张“三一论”的人强调耶稣的神秘性，认为耶稣就是神本身；反“三一论”的人认为耶稣是比圣父略低一级的神，更多强调他的人性。奥古斯丁对耶稣的神性和人性同样重视。他说：“基督耶稣，上帝的儿子，是上帝，也是人；在万世之先为神，降生在我们的世界而为人……这样，就其为上帝而言，他与父为一；就其为人而言，父比他大。”他还说：“‘既非三个神，亦非三个善，而是一个至善全能的上帝，即三位一体自身。’他解释说，如果要问，到底三位是些什么？我们就会感到人类语言贫乏，以致无法表述。然而我们还是说‘三位’，那不是为了表述它，而是免得默默无言。”（3）原罪论和救赎论。奥古斯丁认为，人类因始祖亚当和夏娃的犯罪，每个人都有与生俱来的原始罪恶，甚至连婴儿也有罪。这一观念在早期基督教里是没有的，《圣经》中讲到耶稣认为婴儿和孩童是没有罪的。说有人抱着婴孩来见耶稣，要他抚摸他们，门徒看见就责备那些人。耶稣说：“让小孩子到我这里来，不要禁止他们，因为在神国的，正是这样的人。我实在告诉你们：凡要承受神国的，若不像小孩子，断不能进去。”奥古斯丁坚持婴儿有罪，以示他的原罪论是彻底的。既然人人都有罪，那么，能否通过行善而得救。他认为，人不能因行善而得救，唯有得到上帝的恩典才能得到拯救。上帝先定了得永生和受永刑的两类人，每个人属于哪一类是预定的。这一观点告诉人们，要想脱离苦难，唯有顺从天意，等待上帝的恩典。明显贬低人的自由意志，具有宿命色彩。（4）教会论与圣事论。奥古斯丁所处的时代，教会中存在一些必须要解决的问题，如教会人员的品行有高有低，有的主教道德败坏，那么，这些人行的洗礼是否有效？当时有人认为基督教的上帝不能保护罗马，而异教的神曾经保护过罗马，主张回到异教去，这种看法对不对，等等。奥古斯丁必须回答这些问题，以维护教会的尊严。他花了十多年时间，写出《上帝之城》，他在书中讨论了世界的创造，罪恶的来源及后果，提出上帝之城和人间之城。他认为，自从人类背叛上帝以来，就出现上帝之城和人间之城，在最后审判之前，这两座城是混合在一起的，审判之后就分开了。上帝选定得永生的人构成上帝之城，受永刑的人就构成人间之城。这两座城各有两重含义，人间之城一是指把恶人打入的地狱，二是指人们现在生活的世界；上帝之城一是指永恒的幸福，二是指由基督在世上设立的唯一正宗的“大公教会”。上帝之城的人过着精神生活，充满善行；人间之城过着肉体生活，贪图现世享受。他说：“由两种爱造成了两座城：由爱己之爱，连上帝也轻视的爱，造成了世上的城；由爱神之爱，连自己也厌弃的爱，造成了天上的城。”他认为不同的爱造成不同的城。追求享乐的人间之城必将灭亡，追求神的上帝之城必将长存。在上帝之城与人间之城的斗争中，奥古斯丁把它看成是善与恶的斗争，为基督教洗刷其在罗马帝国衰亡中的责任，树立基督教的权威。对宗教圣事，他认为表达着上帝的恩典，只要是大公教会的人员，按法定仪式进行，就有一种神圣的性质，产生神秘的作用。这种作用不是神职人员带来的，而来自于圣事本身的神圣作用。即使有的神职人员品行不端，所行圣事同样有效。而异端教派的神职人员，因为不代表上帝的意志，即使品行端正，所行圣事也不能产生神圣的效果。奥古斯丁有关圣事的理论表明，对神职人员的指责，并不会影响教会的权威性。（5）信仰论。奥古斯丁既重视教义的信仰，又利用古希腊罗马哲学对教义进行论证，以增强教义的说服力，通过哲学巩固信仰，经过理解达到信仰的目的。但他把理性与信仰混合起来，使理性知识不是为认识世界服务，而是用来论证信仰，显然有失偏颇。
奥古斯丁的哲学尽管有些内容是荒谬的，但它反映了罗马帝国崩溃时期的思想状况，以及宗教发展的普遍现象：先有教义，然后逐步寻找理论进行论证，理论随时代发展而发展。奥古斯丁在以前教父哲学的基础上，提出了中世纪神学的基本理论，对以后的宗教哲学具有深刻影响，为经院哲学的形成奠定了理论基础。正如W.C.丹皮尔所说：“教父神学的力量，由于得到教会组织的支持，而愈加强大。到了帝国接受基督教时，这个组织便依靠正在衰退但仍然占有优势的罗马传统力量，成为不可抵御的了。罗马帝国虽然亡了，它的灵魂仍在天主教会中活着，后者不但继承了前者的组织结构，并且承袭了大一统主义（universalist）的理想。罗马主教觉得要取得世界大主教的位置和逐步加强统一的纪律，比以前不知要容易多少倍，因为就是野蛮民族也得尊仰罗马为他们的首都、他们的圣城，并奉恺撒为他们的半神化的君主。从哲学上说，天主教会是希腊化文明的最后成就；从政治和组织上说，它是****的罗马帝国的后裔与承继者。”
经院哲学是在教父哲学基础上发展起来的，它是中世纪西欧基督教哲学的顶峰。随着基督教的发展和隐修制的建立，神职队伍不断扩大，需要对神职人员加强培养。同时，为了巩固和强化封建****制度，需要培养大批官吏。在这样的历史条件下，从9世纪开始兴起了教会学校，这些学校以神学和哲学为主要课程，也开设语言学、修辞学和逻辑学等课程。到12世纪时，逐渐发展成以《圣经》和基督教神学为中心，以逻辑推理的方式对神学问题加以注释论证的经院，经院学者被称为经院哲学家，他们建构的思想体系被称为经院哲学。经院哲学的盛行是为教皇在世俗生活中进一步扩张权力提供思想武器和舆论氛围。在学术研究和学校教育的推动下，经院哲学家以基督教义为准则，以亚里士多德的形式逻辑为论证手段，提出问题，论辩推理，得出结论。神学与逻辑的结合有利于基督教哲学的思辨化和理论化。
早期经院哲学内部主要是围绕唯名论与唯实论的争论，它是政治领域的激烈斗争在基督教哲学上的曲折反映。争论的焦点是一般概念（共相）是真实的，还是个别事物是实在的。这场争论大约从11世纪开始，延续几个世纪。这个问题实质就是柏拉图和亚里士多德所探讨的一般与个别的关系问题，可以说是古希腊哲学的继续。这场争论由3世纪学者波菲利所提出的哲学问题而引起。他说：“我现在不谈‘种’和‘属’的问题，不谈它们是否独立存在，是否仅仅寓于单纯的理智之中，如果存在，它们究竟是有形体的还是无形体的，以及它们究竟是与感性事物分离，还是寓于感性事物之中，与感性事物一致。这类问题是最高级的问题，需要下很大的功夫研究的。”从这段话中可以提出三个问题：第一，种和属是真实存在的，还是纯粹理智的产物？第二，如果它们真实存在，那么，它们是有形体的，还是无形体的？第三，它们存在于感性事物之外，还是感性事物之内？。波菲利认为，这些问题是最高级的问题，需要刻苦研究。他只提出问题，并没有给予回答。后来，一些哲学家探讨了这些问题。
唯名论与唯实论的基本观点。唯名论者认为，真实存在的只是个别事物，一般仅仅是人们用来表示个别事物的名称或概念。唯名论有极端唯名论和概念论两种。极端唯名论认为，客观上不存在一般，人的思想中也没有一般的概念，一般只不过是一个名词，或者一种声音。概念论认为，一般不只是一个词，而是人心中的一个概念，是用来表示事物相似性或共同性的概念。唯实论认为，一般是真实存在的，它是具体事物存在的依据，比具体事物更真实，具体事物是由一般派生的。唯实论也有极端唯实论和温和唯实论两种。极端唯实论认为，一般先于个别事物存在，是独立于个别事物的客观“实在”。它们是上帝创造个别事物的原型，这些原型就是上帝所具有的“理念”。温和唯实论认为，一般是一种“实体形式”，它存在于个别事物之内，也存在于上帝和人的理性之中。其实质仍然是一般先于个别，一般比个别更实在。唯名论对大公教会、三一论、原罪、救赎、禁欲主义等提出怀疑或否定，具有唯物主义倾向；唯实论对圣餐、三位一体、原罪、罗马教会等作了充分论证，表现客观唯心主义的倾向。从认识论来说，两者看问题都有片面性和绝对化的倾向，都没有科学地解决问题，实际上，人对事物的认识是一个矛盾的运动过程。为此，列宁对唯名论与唯实论之争和一般与个别的辩证关系作了十分精辟的论述。他说：“当然，中世纪唯名论者同实在论者的斗争和唯物主义者同唯心主义者的斗争具有相似之处。”他又说，“这就是说，对立面（个别跟一般相对立）是同一的：个别一定与一般相连而存在。一般只能在个别中存在，只能通过个别而存在。任何个别（不论怎样）都是一般。任何一般都是个别的（一部分，或一方面，或本质）。任何一般只是大致地包括一切个别事物。任何个别都不能完全地包括在一般之中等等。”列宁的话是对中世纪这场哲学论争的科学总结。
托马斯·阿奎那（约1225—1274年）是新柏拉图主义的继承者、经院哲学和唯实论的重要代表。他生于意大利的那不勒斯，是阿奎那地方的郎多耳福伯爵的儿子，“阿奎那”是父亲封地的名称。14岁进入那不勒斯大学，不顾母亲反对，参加多明我修会。后来继续在巴黎和科隆求学，受业于著名的经院哲学家、神学家阿尔伯特，获神学博士学位。此后，在巴黎、科隆、罗马和那不勒斯讲授哲学和神学。托马斯继承奥古斯丁以来的神学传统，又吸收亚里士多德的哲学思想，创建出系统的天主教思想体系。他的著作很多，重要的代表作有《神学大全》和《反异教大全》等。《神学大全》分为三编。第一编论述上帝的存在和属性、三位一体、上帝对万物的创造和主宰等。第二编着重探讨人与上帝的关系，论述人生的目标、达到目标的方法、人的行为以及上帝的恩典、人归向上帝之途、人的善恶之举以及得救之法等。第三编论述基督降生成人，拯救人类，并阐述圣母、圣事及最后审判等教义。《反异教大全》对犹太教、******教等教派的教义进行了论争。
托马斯的神学观点受亚里士多德哲学的影响，他认为，普遍概念与具体事物同时存在，前者是后者的根据。他认为，一般与个别之间有三种存在方式：第一，一般存在于个别事物之先。一般作为神创造万物的理念原型，存在于被创造物之前。第二，一般作为事物的“形式”或“本质”存在于个别事物之中。一般是形式，个别事物是形式与质料的结合。第三，一般作为人头脑中的概念存在于个别事物之后。一般是人们对个别事物的认识而形成的概念，它存在于人的理智之中，却在个别事物之后。托马斯有关一般与个别的理论，并没有否认个别事物的存在，因而被称为温和的唯实论，这些理论也渗透到他神学体系的各个方面。