五行本是金、木、水、火、土，但因“草木有本心”，而且草本植物与木本植物在本草中所占比例最大，故只好将它们各列一章内容了。剩下的金（石）、水、火、土既无“本心”，又让人类视作无生命的存在，便理所当然归为一章了。
金石篇
对于金银珠宝玉石，日常生活中我们所熟知的是它们高额的价值与美妙的装饰作用。殊不知，这些贵重的饰物均有其不同凡响的药用价值。李时珍在《本草纲目》中对此收录记载较为翔实。
【金】
金别名黄牙，太真，分沙金、山金两种。金的颜色多种多样，有青、黄、紫、赤各种颜色。这主要是由其纯度决定的。其中，以赤金纯度、含金量最高。金的质地既柔且刚，兼具银与铜的特性。熟金屑味辛，性平，无毒。可用作治疗小儿风痫神志不清，具有镇心安魂的功效。金屑可镇定精神、通利五脏邪气，对于风热癫痫、伤寒肺损吐血等，加少量金屑制作成丸药，口服即可。
【银】
银质地柔韧，易于分割，便于携带，因而很早以前就为人们视作流通货币首选。并且，古人很早就认识其药用价值了。味辛、性平、有毒的银屑能安神定心、有利五脏，并能祛邪定惊等。而味辛、性寒、无毒的生银，则能主治失眠、梦呓、热狂惊悸、发痛恍惚。直接服用，可使心神安定。
【铜】
铜俗分为赤铜、青铜和白铜三种。其中，青铜又叫铜青、铜绿，属生熟铜，味酸，性平，微毒，可用于治疗各类疔疮、神经性皮炎、牛皮癣、烧伤、湿疹等。
【铁】
铁，金属的一种，银白色，质硬、延展性强。铁锈可祛热平肝、消肿去疮疖，对口舌生疮疗效显著。用蒜磨擦铁，生出的铁锈可涂治蜘蛛等咬伤；将醋涂抹于铁上，生出的铁锈，用来治蜈蚣等毒虫咬伤有神效。
【锡】
锡质地柔软，味甘，性寒，微毒。据《本草纲目》记载，锡可克制甲状腺肿大，即俗称的大脖子病。锡还可治疗恶性风毒疮。
【铅】
铅，银灰色，质轻而重，延性弱，展性强，容易氧化，是制造铅笔心的原料，还常用作造合金、蓄电池、电缆的外皮等。铅，味甘，性寒，无毒，可入药，能安神定性，可治疗蛇咬伤、反胃呕吐，伤寒毒气、甲状腺肿大，将其研末，掺入青木香，敷治疮肿有奇效。民间日常生活中常用作治噎嗝、止渴、解金石药毒。铅还能坚固牙齿、乌黑毛发、杀虫除痰。
【玉屑】
玉屑即玉制成的屑。味甘、咸，性平、寒，无毒。玉屑能滋润心肺、有利咽喉、滋长毛发、除胃中热、滋养五脏、止烦躁等。古人认为，将玉屑制成麻豆大小的丸药，坚持服用有利于健身强体、延年益寿。
【珊瑚】
珊瑚是由许多腔肠类动物珊瑚虫的石灰质骨骼聚集而成的。形状像树枝，多为红色，也有白色或黑色的。珊瑚味甘，性平，无毒。有消除眼内血丝、明目去翳的功效。将其捣碾成细粉末，吹入鼻孔，则鼻出血即止。
【玛瑙】
玛瑙又叫文石，也写作马脑，一般按颜色分有红、白、黑三种。玛瑙味辛，性寒，无毒，可祛恶、熨治眼睛红烂。将玛瑙碾捣成细末每天酌情点用，对治疗眼球上生白膜有良效。
【玻璃】
玻璃，一种质地硬而脆的透明物体，一般由石英砂、石灰石、纯碱等混合后，在高温下熔化、成型、冷却后制成，其主要成分是二氧化硅、氧化钠和氧化钙。玻璃味辛，性寒，无毒，可用作熨治热肿、消除眼翳，有安神定心、治疗红眼病、心热惊悸等功效。
【水晶】
纯粹的石英，无色透明，工艺上常用于制光学仪器、无线电器材和装饰品等。水晶坚且脆，又名水精，清莹亮润、澈透如泉，属玻璃一类，味辛，性寒，无毒。
民间小秘方：
将水晶粉末用眼药水调匀，调和成串丸吞服，对治疗咽喉鲠塞疗效非常好。另外，还可用作熨眼、止热泪。
【琉璃】
琉璃是用铝和钠的硅酸化合物烧制成的釉料，常见的有绿色和金黄色两种，多加在黏土的外层，烧制成缸、盆、砖瓦等。琉璃质地泽润光艳。以凉水将琉璃浸冷后，熨治身热泪赤，疗效显著。
【滑石】
滑石别称画石、冷石、液石、番石、共石等。滑石质地滑腻，可通利孔窍，味甘，性寒，无毒。其药用价值很大，用途广泛，是制作六一散（又名天水散、太白散、益元散）的重要原料。具体制法如下：取清水冲洗过的白滑石六两、粉甘草一两，均碾成末，加少许蜂蜜，温水调匀后服用，一次三钱。六一散对治疗中风昏迷、伤寒病症有神效，还能解药毒、各种食物中毒、邪热毒、寒热感冒、因饮食不调导致的神经衰弱、惊恐易怒、思损劳虑、因传染所致的汗后遗热以及过度劳累等疾病，治一切虚损内伤阳痿、五劳七伤、惊悸健忘、癫痫抽搐、气短痰嗽、胸胀腹闷、肌肉疼痛、小便不利、心烦意躁及耳热呕吐泄泻、肠辟下痢赤白，具有祛寒退热、安抚烦躁、散心胸积郁之功效。总之，滑石能滋补脾肾、通利九窍、壮筋骨、理气滞、通经肺、安心魂、明耳目、保真元、强身健体等。
【石英】
石英，一种矿物，成份是二氧化硅，质坚且硬，纯粹的石英叫做水晶，无色透明。含杂质时，有紫、褐、淡黄、深黑等颜色，一般是乳白色、半透明或不透明的结晶。工艺上常用于制作光学仪器、无线电器材、耐火材料、玻璃或陶瓷。石英味甘，性微寒，无毒。根据五色疗法的原理，青石英宜治肝，白石英宜治肺，黑石英宜治肾，黄石英宜治脾，红石英宜治心。对女子心腹疼痛、胃中冷气、胸腹邪气有显著疗效，可安心魂、治疗惊悸、滋润毛发，使脸色红润、肌肤靓丽。
【石灰】
药用石灰必须是自然风化所得。又称白虎、矿灰，味辛，性温，有毒。主治疥疮痔瘘、产后****不能闭合，能解酒毒、暖肾脏，有生肌长肉、止血、祛除黑痔息肉等功效，可活血止痛，消积聚结块，止水泻痢。
【石脑油】
石脑油色黑，质地浓腻，常与泉水混流。又叫石漆、石油、硫磺油、雄黄油等，只能盛装在瓷器、玻璃器皿内。味辛、苦，有毒。可与多种药物搭配治小儿惊风，并可化涎，还能涂敷疮癣虫癞，拔取肉中针、箭等。
【石炭】
石炭又名焦石、煤炭等，现广泛用作燃料和化工原料。味甘、辛，性温，有毒。用于治疗各类疮毒、金疮出血、小儿痰痫，疗效明显。
【石膏】
石膏，无机化合物，透明或半透明结晶体，白色、淡黄色、粉红色或灰色。大部分为天然产，用于建筑、装饰、雕塑和制造水泥等。中医用做解热药，农业上用来改良碱化土壤。也叫生石膏，含水硫酸钙，有软硬两种，入药者用软石膏。味辛，性寒，无毒。其功用是清热降火、解烦止渴，外用可收敛治愈疮疡等。
【礞石】
礞石，非金属类云母中的一种，质坚而重，击碎后里面有白星点，煅烧后星点为黄色。只有有白星点的礞石才能入药。礞石有青礞石和白礞石两种，青礞石入药较佳，有祛痰消积、下气平肝的功效。
【丹砂】
丹砂味甘，性寒，无毒。又名朱砂，为汞矿的硫化物，形态不一，或如板状或如丝状，或如粒状或如块状，红色或暗红色，有金属光泽。李时珍总结出丹砂的功用是可益气、安神、定惊，解痘毒、胎毒，除邪疟，通血脉，止烦渴，镇心，使人肤色明艳有光泽。
现代医学临床验证丹砂能治疗癫狂、癫痫、羊癫风、精神分裂症。
【代赭石】
代赭石，工业上称为赤铁矿，属黑色金属类赤铁矿矿石，呈块状，质硬，破碎后呈赤褐色，表面疣状品质最好。经炮制加工后，其功用是平肝火、止血、止呕逆和平喘等。本草上载代赭石味苦，性寒，无毒，可治大人小儿惊气入腹、男子阳痿、妇女崩中漏下，治流产堕胎、难产胞衣不下，以及带下百病，可健脾安胎、使金疮愈合，还可止月经淋漓不断、尿血尿失禁或夜尿频多，脱精泻痢、肠风痔瘘等。
【长石】
长石，形状与石膏类似但层块不是石膏那样扁、平，纹理粗，白色，质地坚硬，有光泽，火烧锻后不散烂且锻烧时无声息。味辛、苦，性寒，无毒。可用于治疗胃气胀塞，止身热。
【方解石】
方解石，与长石有诸多类似处，应注意加以分辨。敲击时断成块块方棱的为方解石，断成片段的则是长石。二石类属相同，也可通用。方解石味辛、苦，性寒，无毒。可疏导胸中留热结节。
【雄黄】
雄黄，因其多产于山脉的南面，古时山南水北为阳，是丹的雄裂品，故名雄黄。味苦，性平、寒，有毒，必须用油煎以去其毒或将它与醋、萝卜汁一起煮干方可减缓其毒性。对治疗眼痛、鼻息肉、溃疡及疮疖疥癣等有良效，可解各种蛇毒、藜芦毒等，有润肤美容功效，并可祛风邪、治疗癫痫及一切虫兽咬伤、寒热疟疾、头风眩晕、驱杀人体内各种寄生虫。
【雌黄】
雌黄，与雄黄相对，因生于山脉以北（阴面）得名。味辛，性平，有毒。可用冬瓜汁、益母草、地黄等来缓解其毒性。广泛应用于治疗虫虱刺咬所致身痒、溃疡、头部生癞疮、创口结痂、神志不清，能解蛇蜂咬毒以及各种邪毒，还可有效治疗心腹疼痛、痰阻咳嗽等。
【石脑】
石脑味甘，性温，无毒。益气、利五脏，对腰酸背疼、四肢麻木、风寒虚损有明显疗效。
【石髓】
石髓，状如奶酪，能滋生齿发，治愈多种疾病。味甘，性温，无毒。对面黄肌瘦、寒热病患者尤有疗效，能有效治疗皮肤衰老、消化功能减退以及消化不良引起的肠鸣等，特别适用于体虚者。
【硼砂】
硼砂，无色透明或半透明的棱状小晶块，又称西月石，易溶于水，能解毒，除胸膈痰热等。
【芒硝】
芒硝，同硭硝，又名消石等。无机化合物，白色或无色。味苦，性寒，无毒。可治红眼病、头痛、牙痛、五脏积热、胃胀闭，能消积食，有利新陈代谢，可止烦躁，能解渴，利小便等。