随着绥中的失守，兴城、锦州便暴露在国民党军的兵锋之下。东北军事形势突变后，毛泽东依据的还是山海关之战前东北局所反映的东北情况，仍希望待黄克诚和梁兴初两支主力部队到达山海关地区后，集中兵力与国民党军决战，举行反攻，最终达到独占东北的目的。毛泽东这一意图反映在11月15日给彭真和林彪的电示中。电报指出：目前山海关作战并非真面目战斗，……俟敌进至绥中地区或兴城地区业已疲劳消耗至相当程度，我则可集中最大兵力，计黄克诚3，5万、梁兴初7000，杨国夫7000李运昌、沙克在盘山、锦州至山海关一带者至少2万，共约7万人，于最有利之时机地点，由林彪或罗荣桓亲去指挥，举行反击……总之，从内线作战着眼，此种方针最为有利。
毛泽东是要彭真和林彪将主力隐蔽在锦州一带地区，进行内线作战。应该说，毛泽东的设想是很好的，但由于东北实际情况变化太快，而且形势发展下去将对我军越来越不利。此时作为总司令的林彪比谁都着急，遗憾的是强将手下无强兵林彪巧妇难为无米之炊，他也拿不出好办法。他习惯于用小指挥班子，指挥起来轻便迅速灵活。这时他离开了锦州的指挥部，前往兴城、锦西察看地形，同时等待新四军第3师和八路军山东梁兴初部的到来。
在兴城，林彪了解到了山东7师杨国夫部伤亡失散千余人，极疲惫。无棉裤，许多无鞋，赤脚战斗。林彪会用兵，也懂得爱兵。他认为杨7师不能再打了，应撤到后方休整或剿匪，暂时不参加正规作战。
11月21日，山东军区1师师长梁兴初和政治委员梁必业带8，000人由山东昌邑、寿光，经河北霸县、玉田，从冷口出山赶到了兴城。梁师是一支能征善战的红军部队，但此时已是疲劳不堪，必须立即进行休整了。
林彪还仔细检查了其他部队的情况，结果他认为，依照现有条件，根本不可能打胜仗。
11月22日，中共中央指示林彪、罗荣桓、李运昌、黄克诚、刘震：顽第13军、第52军向锦州急进，望集中营口、沈阳主力到锦州方面，会同已到锦州以西地区的山东第1师和已至冀东正向锦州方向疾进的新四军第3师，隐蔽集结于兴城、锦西、锦州之三角地带，俟敌进至绥中、兴城一带疲劳消耗至相当程度时，集中最大兵力，于最有利的时机、地点，举行反攻，分作几次战斗，各个歼灭进犯敌军。
但此计划因我军主力还未赶到，随着11月18日绥中失陷和11月22日兴城、锦西、葫芦岛的很快失守，计划未能实现。
至11月中旬，由于中共开往东北的部队尚未完全到达，加之新区缺少人民支援，因此，战场对东北我军不利，不具备打大仗的条件。
22日，林彪向中央军委和在沈阳的东北局彭真、罗荣桓发了个电报，汇报了此次前方调查的情况，并摆开了自己的看法，提出了一个根本性的意见。他在电报中说，连日我在兴城、锦州一带所见所闻，我部队已参加作战者皆疲惫涣散，战斗力甚弱。新兵甚多，缺乏训练。梁师刚到，黄师尚未到达，远落敌后。各部皆疲劳，武器弹药不足而未得补充；衣鞋缺乏，不惯吃高粱，缺少费用。此外，自总部起各级缺乏地图，对地理形势非常不了解。通讯联络至今混乱，未能畅通。地方群众则未发动，土匪甚多。敌迂回包围时，无从知道。敌人利用我以上弱点，向我推进，并采取包围迂回。依据以上情况，我有一个根本意见，即：目前我军应避免被敌各个击破，应避免仓皇应战。应准备放弃锦州以及以北二三百里，让敌拉长分散后，再选弱点突击。目前黄、梁二师皆我亲自指挥，如能求待有利作战时，即进行全力寻求战机。侧面的歼灭战，此可能性仍很大，但亦不拟轻易投入战斗……
锦西彭真、罗荣桓接此电后，经研究认为符合实际情况，故同意避战，并报请中央批准。
28日，中央军委批准林彪的这一意见。同时指出：仍应力争消灭敌人一两个师，迟滞敌人前进，以打击国民党军的嚣张气焰，掩护后方有秩序地撤退。
这就是我军进入东北初期，林彪从战场实际和东北敌我武装力量状况的实际出发，从一个军事指挥员角度提出的着名的根本性意见。应当说，这个意见在当时的条件下，是清醒的、冷静的和比较符合东北地区斗争实际的。
3，锦州烽烟正浓
林彪致电中央军委提出一个根本性意见后，亲自带领几个得力参谋人员前往锦西江家屯，在那里等候黄3师的到来。黄3师是在11月12日到达河北玉田的。刚休息几日，就接到军务命令，让全师参加山海关战斗。于是这支极度疲惫之师立即又上了路，当时他们与杜聿明的北上大军是平行前进的，所不同的是黄3师走的是小路、山区，全靠官兵两条腿。机械化装备的国民党军抢在了黄3师前头，其13军和52军则在杜聿明的督促下经长途奔袭于10月22日占领锦西，24日抵达锦州城下。
而此时东北我军在锦州西线的兵力十分薄弱。老部队仅有文年生的警1旅两个团。国民党军兵临城下时，他们尚未做好作战准备。此外，沙克所属的特务团仅5个连，布防女儿河一线，锦州城内只有李运昌所部。
锦州为辽西第一军事重镇，是东北与关内联系的交通枢纽。杜聿明这时得到情报，锦州城内空虚，林彪的主力部队正在运动途中尚未到达这里。为此，杜聿明决心不惜代价抢在林彪前面占领锦州。遂命第52军为右路，第13军为左路，另安排一部进攻锦州以西地区。
杜聿明大军兵临城下，锦州城里顿时紧张起来。李运昌一方面组织人力抢运物资，一方面命令烧毁机场上停放的苏军移交下来的战利品几十架日本旧飞机。此后，李运昌命令部队向黑山、阜新方向撤退。其间，沙克部有限的5个连兵力还在女儿河防线抵抗了一阵，即后退了。11月25日晨，杜聿明终于进入锦州城，东北局势更加严重。
就在同一天，黄克诚3师全数抵达锦西江家屯。第3师的到来，无疑是一件大喜事，
11月上、中旬，当国民党军正在准备向山海关发起攻击时，黄克诚率领的新四军第3师到了冀东的三河、玉田一线，山东军区1师梁兴初部也抵达冀东地区。东北局也许已察觉到山海关兵力不足，于是两次电令黄克诚‘要他率部赶至山海关及其附近地区，并统一指挥梁师，配合在山海关的守军打击国民党军杜聿明部‘守住山海关。
黄克诚接电后感到十分为难，因为新四军3师刚经过几千里的长途跋涉，极度疲劳，要赶到山海关以南之抚宁地区，与山东梁师会合，起码也要6天时间，如此仓促作战，后果是难以预料的。为此，黄克诚只好分别致电延安和沈阳，说明存在困难，请求指示。
11月14日，毛泽东复电黄克诚，同意他的意见，嘱他不要去山海关，而令其与山东梁师分路平行前进，限24日左右到达锦州地区休整。第二天，毛泽东又致电东北局，告知中央对黄、梁两部行动的指示，电报说：我黄、梁两部4，2万人，远道新到，官兵疲劳，地形不熟，目前开至义院口、驻操营，必无好仗可打，即便歼敌一部，不过战术胜利而兵力暴露，不得休整，势将处于被动。应令黄、梁两师从冷口、界岭口分路隐蔽开至锦西、兴城三角地区，处于内线，休整部队，恢复疲劳，补充枪弹，熟悉地理民情，创造战场，演习夜战，准备决战。
延安比较实事求是，实际上否定了东北局急于求成，御敌于山海关之外的意见。不过，毛泽东对整个东北的形势也偏于乐观，他还是打算在锦州地区决战，而没估计到国民党军进展得那么快。
此时，中共中央和东北局盼望已久的黄3师终于来到了。但是来到东北的黄3师已非昔日纵横在苏北的黄3师了。经过近两个月的长途跋涉，部队严重减员，战士们身着破衣烂衫，缺少弹药和重装备。按照黄克诚的设想，部队应该立即休整，补充枪弹和棉衣棉裤3谁知到这里一看，条件和形势与苏北老区差得太多，地方民主政权早已不知去向，要吃没吃的，要穿没穿的，东北气候较南方冷了许多，新四军官兵不仅穿得破旧，而且衣被单薄，无法御寒由于东北长期处于日本帝国主义的统治下，老百姓受尽了摧残与折磨，斗志丧失，与人民军队也不曾接触，因此在经历了多年的战乱后，老百姓都茫然了。无论是哪方的军队老百姓一概不予理会。黄3师在苏北与老百姓情同手足一看东北情形，十分不习惯，情绪也低落了下来。
丢掉了山海关、锦州，延安和东北局都不甘心。锦州失陷前后，延安屡次电令林彪，设法组织反击，把侵入北宁线锦榆段的蒋军或消灭，或赶走。
此时，黄克诚部已到达锦州附近，山东1师、2师主力也已前来报到，兵力倒是大大增加了，可现在马上打大仗，行吗？官兵疲惫、供给不足，因此黄克诚坚决反对在锦州地区同敌人硬拼消耗实力。
部队千里行军，此时急待休整：东北天气寒冷，而部队官兵普遍没有御寒衣服：武器装备严重不足：官兵士气低落。若此时与装备精良的蒋军一战，胜负且不论，我军伤亡必大。黄克诚思虑后，立刻向毛泽东发了一封电报。该电文日：3师主力已于11月25日到江家屯，锦州亦于此日失守。部队50多天行军，极疲劳。自华中及沿途动员，均说坐火车汽车到东北背好武器等乐观心理。现在处于无党、无群众、无政权、无粮、无经费、无医药、无衣服鞋袜之困难情况，部队士气受极大影响。’锦州至山海关以西地区土匪甚多，少数人无法通行，战场极坏而顽已占锦，直起沈、长。在上述情况下，我提议我军应暂不参加主力战，进行短期休整，恢复体力，再行作战。并以一部主力占中小城市，建立乡村根据地，作长期斗争之准备、，我与林彭罗初见面，特向你提议。是否有当，希考虑11月29日，毛泽东即复电黄克诚，要黄克诚直接向东北局请示和提出建议。中央军委也电告黄：关于你部编制、干部配备与活动地区和作战意见等，你均可与林彪坦白商谈，并由你与林向中央提出意见解决。毛泽东是最讲军事民主的，以上回电使黄克诚的担心减轻了许多。然而，此时由于通讯工具缺乏，黄克诚和林彪一下子还联络不上。
而林彪又在干什么呢？此时林彪正在指挥手头上能掌握的老部队梁兴初师前往高桥，按照毛泽东的部署准备由侧面打杜聿明一下。在此次战斗中，林彪一下子切断了蒋军13军一部的后路，击溃了其13军第89师主力。此举令杜聿明惊慌不已，林彪到底要搞什么名堂？然而，令其不解的是，林彪打了一阵子就主动撤走了。至此，杜聿明悬着的一颗心才算放了下来。蒋介石得悉后着实吃惊，他也知道林彪的厉害，于是严令没有他的手令，不得继续前进。杜聿明则考虑为避免孤军深入，就势在锦州休整了20余天。
林彪为何打了一下就停下来呢？
原来，林彪一直没有大功率的电台，因此发不出电报。在近一周的时间里，一份电报也发不出去。直到12月3日，才找到一部能用的电台，与中共中央及左右取得了联系。他在12月3日的电文中揭开了为何打了一下就停下来了的谜底”。该电日：敌25日攻占锦州，该日我梁师始赶到江家屯以东15公里，黄师主力到达江家屯，江家屯距锦州约50公里，其一个旅尚距江家屯三日行程。我因对敌情不明，故继续向高桥、塔山前进。于27日占高桥、塔山，却扑了个空。旋即分三路向锦州西北追击前进，于30日黄昏到达大茂堡一带，得知敌一个师在锦州以北15公里一带，当即决定次日攻击。但次日战斗，因有的部队未收到电报，故兵力未能照计划赶到参战。只有不到4个团的兵力参加了战斗，在战场上又缺乏电话联络，不能配合攻击，仅将敌给予打击，未能解决战斗。次日因顾虑锦州增援，故脱离敌人。
而黄克诚这方面，自到达江家屯地区后，与东北局和林彪都联系不上，便决定执行原命令准备与国民党军交手。他带领各旅干部视察战地时，巧遇了林彪派来与他联系的李天佑。黄、李见面后，黄克诚才得知中共中央已任命林彪为东北人民自治军总司令的消息，而且现在林彪离自己仅有10公里路程。黄克诚立即同李天佑去见林彪。
当林彪看到黄克诚后，心里自然高兴，两人立即互通了意见。黄克诚对林彪说，部队现在的状况不宜进行大规模作战，我们是疲惫之师，且无根据地作依托；而敌人是乘坐轮船来的精锐之师。策疲乏之兵，当新羁之马，是不可取的。当前最重要的是建立后方，以站稳脚跟，逐渐发展壮大自己，以期将来同国民党军队进行决战。
林彪立即采纳了黄克诚的意见，他与黄克诚是英雄所见略同，决定放弃锦州大反击计划，而命令部队转移到义县、阜新一线，做发动群众的工作。
后来彭真回忆说，11月12日，林彪接受黄克诚的建议，从辽西打电报给中央、东北局，提出：目前我军应避免被敌各个击破，应避免仓皇应战，应准备放弃锦州以北二三百里，让敌拉长分散后，再选弱点突击。彭真、罗荣桓等同意了这个意见，并报中央批准。