明朝初年，日本的浪人和一些三流武士、海盗加上一部分走私商人组成，烧杀抢掠，无恶不作，这些人史称倭寇。由于明朝前期内部比较稳定，太祖皇帝朱元璋也认真布置沿海防倭措施，如洪武四年，令吴祯练兵专以海上防倭。洪武十九年，令汤和巡视整顿沿海防务。在明朝较严密防范的环境下，倭寇只能是在沿海附近游魂似地偷偷摸摸登陆抢劫一番，又急忙乘船逃走，这种小规模倭患，对沿海地区和造成的危害还不是很大。
永乐二年，成祖对沿海侵扰的倭寇大为震怒，于当年岁贡时，勒令日本国使臣回国转告日本国天皇对海盗严加惩治。使臣回国后，日本国积极组织力量消灭海盗，并将海盗首领押送大明。
英宗复辟以后，明朝对于倭寇的防范松驰了。卫所、民兵有名无实，有些卫所为了自己的私利，还私通倭寇。
嘉靖年间，倭寇祸乱日渐猖獗。
二十六年（1547年）七月，明廷任命朱纨提督浙闽海防军务。次年，朱纨遣兵击歼倭寇，收复双屿。但朱纨却因将勾结倭寇之豪绅多人处斩，以“擅杀”罪被迫自杀，倭患转重。
二十八年，海盗汪直、陈东与倭寇连接，劫掠浙东沿海，倭寇之患大炽。
三十一年，倭寇大掠舟山、象山等处，登陆流劫温、台、宁、绍一带。
三十二年，汪直纠合倭寇犯沿海，台、宁、嘉、湖、苏、松、淮北同时报警。倭寇留内地三个月，破昌国卫、上海、乍浦所等地，大掠而去。冬，倭寇又流劫兴化、崇明、常熟、上海、嘉定等地。
三十三年，倭寇掠苏、松，趋江北，通、泰。倭寇骚扰江南、浙西各地，攻嘉兴，陷崇明，掠昆山，大股二万余人占据上海奉贤、川沙（作巢穴）。倭患引起了明朝政府的重视，先命张经总督军务讨倭。后又命工部侍郎赵文华赵江南主持防倭军事。
三十四年，倭寇从“上海巢穴”出发，四出杀掠，陷桐乡，掠塘栖、新市、双林等镇，攻德清，打嘉兴。后被明将张经大败于王江泾。张经取得胜利后，并没得朝庭嘉奖，他反而被抓进大狱问罪。原来工部侍郎赵文华一到江南先告了张经一状，说他“养寇失机”，嘉靖皇帝不辨真假，大笔一勾，斩。后，赵文华提为工部尚书，启用胡宗宪，胡宗宪又启用了戚继光、俞大猷等人。