第二次世界大战期间，著名指挥家富特文格勒出任了纳粹德国音乐局的音乐总指挥，无可否认，这是他人生中的一个污点。但是，他对希特勒的文化政策的态度是很矛盾的。
20世纪30年代，纳粹统治德国时期，著名作曲家保罗·兴德米特为了争取艺术的自由，创作了一部名为《画家马蒂斯》的歌剧。歌剧尚未完成时，兴德米特就以其中的一些主要乐曲为基础，创作了一部交响曲，1934年3月12日，富特文格勒指挥柏林爱乐乐团首演了这部作品。
由于这部作品的自由主题触犯了法西斯纳粹的政治利益，所以，纳粹势力很快就组织力量对兴德米特进行猛烈攻击，而富特文格勒则坚决站在兴德米特一边，他在报纸上撰文进行了有力地回击，并因此得罪纳粹，并被停止了一切职务。这就是著名的“兴德米特事件”。
1935年，慑于富特文格勒巨大的威望，纳粹恢复了他的职务，他受聘于帝国文化部。1942年为庆祝希特勒生日演奏了贝多芬的《第九交响曲》。后人为此反复诟病富特文格勒。
“二战”后，经小提琴演奏家梅纽因的帮助，富特文格勒在柏林和维也纳被非纳粹化，再经盟军审查批准，他很快恢复了演出活动，并分别在德意志留声机公司和 HMV（EMI Classics 的前身）录下了很多传世录音。“二战”前和大战期间，富特文格勒也有不少录音，而他的战时录音，有很多更是被喻为无法超越的典范。