其大者曰宗室骄恣，曰庶官疾旷，曰吏治因循，曰边备未修，曰财用大亏，其他为圣明之累者，不可以悉举，而五者乃其尤大较著者也。臣闻今之宗室，古之侯王，其所好尚，皆百姓之观瞻，风俗之移易所系。臣伏睹祖训，观国朝之所以待宗室者，亲礼甚隆，而防范亦密。乃今一、二宗藩，不思师法祖训，制节谨度，以承天休，而舍侯王之尊，竞求真人之号，招集方术通逃之人，惑民耳目。斯皆外求亲媚于主上，以张其势，而内实奸贪淫虐，陵轹有司，朘刻小民，以纵其欲。今河南抚臣又见告矣。不早少创之，使屡得志，臣恐四方守臣无复能行其志，而尾大之势成，臣愚以为非细故也。所谓宗室骄恣者此也。臣闻才者材也，养之贵素，使之贵器。养之素则不乏，使之器则得宜。古者一官必有数人堪此任者，是以代匮承乏，不旷天工。今国家于人材，素未尝留意以蓄养之，而使之又不当其器，一言议及，辄见逐去，及至缺乏，又不得已，轮资逐格而叙进之，所进或颇不逮所去。今朝廷济济，虽不可谓无人，然亦岂无抱异才而隐伏者乎，亦岂无罹玷而永废者乎？臣愚以为诸非贪婪至无行者，尽可随才任使，效一节之用。况又有卓卓可录者，而皆使之槁项黄馘，以终其身，甚可惜也，吏安得不乏！所谓庶官瘝旷者此也。守令者亲民之吏也，守令之贤否，监司廉之，监司之取舍，铨衡参之，国朝之制，不可谓不周悉矣。迩来考课不严，名实不核，守令之于监司，奔走承顺而已，簿书期会为急务，承望风旨为精敏，监司以是课其贤否，上之铨衡，铨衡又不深察，惟监司之为据，至或举劾参差，毁誉不定，贿多者阶崇，巧宦者秩进。语曰：“何以礼义为？才多而光荣；何以谨慎为？勇猛而临官。”以此成风，正直之道塞，势利之俗成，民之利病，俗之污隆，孰有留意于此者乎？所谓吏治因循者此也。夷狄之患，虽自古有之，然守备素具，外侮不能侵也。今“虏”骄日久，还来尤甚，或当宣大，或入内地，小入则小利，大入则大利。边圉之臣皆务一切，幸而不为大害，则欣然而喜，无复有为万世之利，建难胜之策者。顷者陛下赫然发奋，激厉将士，云中之战，遂大克捷，此振作之效也。然法曰：“无恃其不来，恃吾有以待之。”乘战胜之气，为豫防之图，在此时矣，而迄于无闻。所谓边备未修者此也。天地生财，自有定数，取之有制，用之有节，则裕；取之无制，用之不节，则乏。今国赋所出，仰给东南，然民力有限，应办无穷，而王朝之费，又数十倍于国初之时，大官之供，岁累巨万，中贵征索，溪壑难盈，司农屡屡告乏。夫以天下奉一人之身，虽至过费，何遂空乏乎？则所以耗之者，非一端故也。语曰：“三寸之管而无当，不可满也。”今天下非特三寸而已。所谓财用大匮者此也。五者之弊非一日矣，然臣以为此特臃肿痿痹之病耳，非大患也，如使一身之中，血气升降而流通，则此数者可以一治而愈。夫惟有所壅闭而不通，则虽有针石药物无所用。伏愿陛下览否泰之原，通上下之志，广开献纳之门，亲近辅弼之臣，使群臣百僚皆得一望清光而通其思虑，君臣之际晓然无所关格，然后以此五者分职而责成之，则人人思效其所长，而积弊除矣，何五者之足患乎？
张居正在《论时政疏》中指出“臃肿痿痹”，也就是官员冗杂而无效率这一官场现状，紧接着指出上下不通的朝廷弊病，进而系统阐述了他改革政治的主张。张居正列举了当时政治危机最迫切的五大问题，分别是宗室问题、人才问题、官僚问题、军备问题与财务问题。针对这些日益激化的矛盾，张居正提出了相应的对策：抑制宗藩；整肃吏治；整修边备；填补财用；上下沟通。
张居正的这篇《论时政疏》所表现出的“政治天赋”的内涵并不局限于治国韬略，这篇短小的文章还透露出张居正这个“政治天才”的心机和性格。张居正在这篇奏文里，表达了自己忧国忧民的心情，并希望世宗能够勤于政务，亲近贤臣，广开言路，以求得君臣同心协力，振兴王朝。张居正后来的改革有一篇纲领性的文章《陈六事疏》就是在这篇《论时政疏》的基础上发展而来的，这篇文章的分量就可想而知了。
然而，这篇文章却未能引起世宗和严嵩的重视，但由于他的言辞委婉，并没有招来杀身之祸，这也是张居正的幸运。
张居正知道自己说话的时机还没有到，必须耐心等待下去。所以，直到嘉靖末年，前后约17年的时间，除了例行章奏以外，张居正再也没有公开上疏指陈时弊，只是埋头于典章国故，努力从前人那里汲取政治营养和智慧。
虽然张居正的《论时政疏》并没有引起皇帝和严嵩的重视，却受到了另外一个重要人物的欣赏，这个人就是徐阶。他因而更加看重张居正，并着力要把张居正培养成自己的政治接班人。徐阶对张居正的培养不仅为他的仕途增加了更多的可能性，而且对他的思想的改变也起到了重要的作用，可以说是张居正的精神导师。没有徐阶，张居正少说还得多奋斗10年才能实现自己的政治目标。所以说，这篇《论时政疏》是张居正仕途中的一块垫脚石，使得他成功地攀上了徐阶这棵大树。
避于山林韬光养晦
张居正最终能“万人之上，一人之下”，离不开他的隐忍之功和韬晦之术，这是他在官场明哲保身的最大法宝。
严嵩专权时期，张居正大多保持沉默，有时也写些无关痛痒的文章，如各种贺表颂词，过生日贺圣寿，紫极殿修成、紫宸宫完工进贺词，丰收了颂瑞谷，下雪了颂瑞雪，下雨了颂灵雨，元旦到了贺元旦，冬至到了贺冬至，出现白鹿、白兔了，颂瑞鹿、瑞兔，有的一贺再贺，无非是“乾清坤宁”、“民康物阜”、“帝寿永绵”、“欢腾朝野”、“四海升平”之类歌功颂德的逢迎之语。所以，在严嵩当权之际，张居正与这位炙手可热的首辅相处还算融洽。但值得注意的是，在他小心翼翼地讨好严嵩的同时，他与严嵩的对手——次辅兼礼部尚书徐阶，也保持了良好的关系。一个年轻的进士，在两个互相敌对的势力中，进退有节，应付自如，周旋在两大强手之间，不得不说张居正有着天生的政治头脑，他的精明世故高人一筹。
虽然他对严嵩表示颂扬，但纯粹是官场上的应酬。作为一个志向远大、雄心勃勃的年轻人，张居正始终保持着清醒的头脑。鉴于张居正的是非观念，严嵩并没有重用张居正，也使得他与严嵩的政治集团保持一定的距离。所以很长时间，张居正并无多大作为，一直在冷眼观察，积蓄力量。
严嵩当权的时候，世宗已经很多年不上朝过问政事了，他也落个清闲，干脆把所有的政事都交给严嵩去处理。在文武百官中，除了严嵩父子，其他人很难见到皇帝，这更为严嵩独揽朝政大权创造了有利条件。严嵩利用自己的特权去排除异己，巩固自己的地位。朝中所有大权都落到严嵩父子的手里，他们一手遮天，依仗权势收受贿赂。
严嵩的儿子严世蕃比他的父亲更加奸猾狠毒，而且还非常狂妄自大。他没有参加过正规的科举考试，依靠严嵩的权势当上了太常寺卿。为官后的严世蕃更是依仗父势，卖官鬻爵、贪赃枉法。随着年龄的增长，严嵩越来越弄不懂皇帝的心思。这时候，他的儿子就展现出了过人的“能力”。严嵩往往要花很长时间才能揣摩透世宗的心意，而严世蕃只要一看，就可以很快摸透皇帝的意图，办事说话都非常招世宗的喜欢。严嵩看到儿子这么精明能干，不管什么事，都要让严世蕃来出谋划策。所以民间的老百姓都称严嵩父子为“父丞相”和“子丞相”。
严嵩接任首辅后不几年，弹劾不断，都是揭露他卖官鬻爵、公行贿赂、克扣军民、酿成边患的事实。但每一次的上疏都会被无情地打压，因为通政司的右通政赵文华是严嵩的义子，在掌握了弹劾义父的官员的情报后，就及时向义父密报，让严嵩有充足的准备进行报复。嘉靖三十三年（1554年），兵部官员杨继盛上疏痛斥严嵩的十大罪、五大奸，称：“方今在外之贼，惟俺答为急；在内之贼，惟严嵩为最。未有内贼不去而可以除外贼者。”他还历数其假借朝廷之名，行一己之私利，谄谀欺君，假冒军功，危害天下，已到了臣僚不知恩谢皇上而先致谢严嵩的地步。可这次还没有等到严嵩的报复，就被皇帝惩以一百大板，打得杨继盛皮开肉绽。这样冒犯严嵩也会激怒皇帝，不仅因为严嵩是嘉靖宠信的重臣，更是因为骂严嵩，难堪的是皇帝，嘉靖皇帝才会为此勃然大怒。当时的老百姓都为杨继盛鸣冤，敢于讲真话的遭受奇冤大辱，讲假话的却青云直上，但又有何用？
当时，朝中所有官员的升迁贬谪全是凭着给严嵩父子贿赂数目的多少而决定的。
对这些张居正心知肚明，可也只能眼看朝政愈来愈受到严嵩的败坏，却无可奈何。张居正感叹道：空有凌云壮志，又能何为？
嘉靖二十九年（1550年）六月，北部蒙古遗部首领俺答汗进犯大明王朝的边关重镇大同。大同总兵仇鸾胆小无能，他的总兵官职是用重贿向严嵩买来的。面对俺答的进攻，他仓皇无策，只好故技重演，用重金收买俺答，乞求俺答不要进攻自己的防区。俺答接受重礼后，遂引兵东去，攻古北口，陷蓟州，直逼通州，京师告急。世宗遂下诏勤王。仇鸾在以重金贿求俺答不攻大同后，他知道俺答会深入内地，危及京师。为了乘机邀功并博得世宗欢心，主动上疏请求入援。世宗欣赏仇鸾“忠勇”，命他为平虏大将军，节制诸路勤王兵马。俺答兵直逼北京城下，大掠村落居民，焚烧庐舍，大火冲天。但各路援兵却怯懦不敢出战，只是坐观俺答烧杀抢掠。仇鸾的大同兵甚至趁火打劫，比俺答还凶狠。兵部尚书丁汝夔惶急无策，问计于严嵩。严嵩说：“在边塞打了败仗还可瞒住皇上，在京郊就难以隐瞒了。俺答掳掠饱了，就会自己离去。”丁汝夔听信严嵩的话，传令诸将，不许轻易出战。兵部郎中王尚学屡次劝丁汝夔出战，丁汝夔不敢违背严嵩的旨意，一味等待。俺答掳掠中饱后，引兵西去。平虏大将军仇鸾杀了数十个百姓的头，冒功请赏。世宗加封仇鸾为太保，并赐金币。嘉靖二十九年（1550年），按中国干支纪年，是庚戌年。历史上称这次事件为“庚戌之变”。
“庚戌之变”时，张居正正在北京，他目睹政治的黑暗和严嵩的误国卖友等行为，深感权奸当国，自己的政治抱负难以实现。于是，在风高浪急的嘉靖三十三年（1554年），张居正选择了急流勇退，决定窥测时机，应运而进，适时而退，不勉为其难。他借口请假养病，离开京师来到故乡江陵，休假三年。
告病请假还乡，这对于一个年轻人来说是一个重要的决定，更是一个无奈的决定。当时，张居正自述这是“以病谢归”，其实他虽体弱多病，但从现有史料中并没有什么大病亟须回乡养病和治疗的记载。所以说，“以病谢归”可能只是一种托词。
在即将离开时，张居正给自己的恩师徐阶写了一封信函，其中流露出自己归隐的真正动机。信中这样写道：荣进之路，险于榛棘，恶直丑正，实繁有徒。意思是他厌倦官场的布满荆棘、黑白不分，但对时局还抱有希望，因为在他看来，还有“身重于泰山，言信于蓍龟”的徐阶在朝廷中，希望他有朝一日能带头扫除阴霾。在这封信中，张居正陈述自己对严嵩的不满，他愤慨于时局的败坏，痛恨嫉害正直忠良之臣的奸人，高度称颂徐阶在士林中的威望，盼望他担起天下之重任。但又认为徐阶的顾忌太多：“相公内抱不群，外欲浑迹，将以俟时，不亦难乎？”“盍若披腹心，见情愫，伸独断之明计，捐流俗之顾虑，慨然一决其平生。”劝他不如以真情行事，起而抗争，不要像嘉靖初年的礼部尚书欧阳德那样抓住对方把柄而又操刀不割，错过时机，壮志未酬就已陨落，留下终身的遗憾。这封信主要表达了张居正自己因为对官场已经心灰意冷，因此萌生不如归去、悠游田园的想法。虽然如此，但他仍然殷殷期盼徐阶有朝一日能改变局面，因而许诺徐阶“假令相公兴周、召之业”，“知己之恩，每怀国士之报”。
除了官场上的失意，情感上张居正也遭受了沉重的打击。在他28岁的盛年之时，与他相濡以沫的爱妻顾氏溘然逝世，令他陷入无限的悲凉中。一年后，他偶读唐代诗人韦应物的《伤内诗》，不禁百感丛生，写下：“悲哉难具陈，泪下如迸澜。”续弦后，新婚燕尔的张居正也没有忘却亡妻之痛，在《朱凤吟》一诗中，表现了他刻骨铭心的思念：“朱凤失其群，十年不得双。早栖汉宫树，独啄瑶草芳……穷览周八极，遨游仰三光。仙游诚足娱，故雌安可忘。”从这些深情眷恋的诗中，可以看出顾氏的去世对张居正感情上的重创。这是他一生中情绪最低落的时期。
回乡之初，张居正寻得风光甚佳的湖畔修建了一间茅屋，终日闭门不出。他时而读书吟诗，时而怡静养神，经过一番调养，神气日渐清壮。待身体恢复后，他就忙于攻读经史子集，博览群书。张居正这样修身养性，闭门读书大约有三年之久。
毕竟是没有公务之劳的休假，闲云野鹤般的生活也使他流连忘返，向往世外桃源，留下不少韵味深长的诗篇。但众多的诗作表现出他复杂的感情，时而悠闲，时而彷徨，又时而奋起。可见他虽远离朝野，但仍不忘国事，心系朝政。身在山林，却心在朝廷，与山石林泉相伴，虽可怡情悦志，但这不是他的初衷，操心国事才是他的真实想法。其中，值得玩味的是《山居》：“林深车马不闻喧，寒雨潇潇独掩门。秋草欲迷元亮径，清溪长绕仲长园。苍松偃仰云团盖，白鸟翻飞雪满村。莫漫逢人语幽胜，恐惊樵客问桃源。”诗中的心境与他的心境何其相似，纵有终焉之意、烟霞之想，又怎能就此沉沦？