两税法虽然使国家的财源有了保证，但在明中叶后，随着土地不断兼并，民间的土地和户口逐渐集中到勋臣、贵戚和大地主手里。他们倚仗特权，贿赂官府、隐占人口、瞒田偷税、逃避差役，到万历前夕法定的征粮地比明初减少一半，户口减少三分之一，大批的田地和户口流进私家，使国家财源日渐衰竭，这是明王朝主要的财政危机。国家财政收入不足支出，就用各种加派、加征的办法搜刮百姓，为了供应日益增多的宗藩禄米和官员傣银，在定额的税收以外，又加“岁派”，其后又因宫室建筑的耗费再加“坐派”，各种苛捐杂税接踵而来。国家依靠加大税收来填补亏空，其结果是国愈匮，民愈穷，形成恶性循环，这又加剧了社会矛盾。令人痛心的是，贪官污吏上下其手，为虎作伥，各级官员麻木不仁，纵容姑息，愈演愈烈，已到了难以收拾的地步。
忧国忧民者对解除王朝财政危机有各种建议和见解，张居正在比较各种意见后认为：方今言理财者，纷纷纭纭，都没有触及要害，要真正解决问题，必须制止土地兼并，堵塞瞒产偷税的漏洞。从嘉靖以来，官员勾结豪门，“割上肥私”，主政者姑息养奸，“政以贿成”，在官员的纵容下，大量民田、人口被豪门侵吞，造成“私家日富，公室日贫”的后果。只有“杜绝贿门，痛惩贪墨”，才能做到富国富民。豪门行贿与官员受贿是一场权力与利益的买卖，有买才有卖，“买”在前，“卖”在后，是需求决定行为；再从另一面看，有卖方的诱惑，才有买方的趋之若鹜。所以，这行贿与受贿又是权钱交易的双生子，双双结胎于制度的裂缝。有缝隙可钻才有贿赂的可能，如果把这门关死，使行贿者无缝可钻，有行贿的也就无从得逞，这就要堵塞由于制度的缺陷有可能造成的漏洞，并严加惩办贪官污吏，抑制兼并，这样才能使国家和民众上下受益。
在张居正看来，豪门与贿门是国匮民穷的根源，前者是财大气粗的权贵，有钱有势可依仗；后者是隐藏在官府的贪官，有种种权力可行使。两者钱权交易，一拍即合。贿门从豪门而生，豪门因贿门而愈益猖狂，他认为豪门权贵是“民蠧”、“权蝎”，“此最大患也”。
豪门权贵之所以成为国家的大患，是因为他们拥有隐占土地和免除徭役的特权。土地和人口是政府财政收入的主要来源，土地和人口源源不断地流入豪门之家，致使政府收入锐减，引发财政危机，即古人所谓“公室”和“私门”的矛盾。这一矛盾在先秦曾经促进了分封制向郡县制的转型，私门一度成为新兴的封建生产方式的代表，具有历史的合理性。从秦朝确立中央集权****主义的制度以后，私门的发展往往成为与中央王权争夺利益的对手，历代王朝都面临这一矛盾，历代改革家也都要在强公室、杜私门方面有所作为，在不同程度上使矛盾缓和。可纵观整个封建社会的历史，从来没有也不可能根本铲除滋生这一矛盾的温床。
封建社会本是权力统治财产的社会，它以层层相隶属的等级关系建构统治体制，一姓王朝取得统治，立即拥有对全国土地的支配权，皇室、亲王、贵戚、勋臣都能分享到土地。明初，朱元璋赐给王侯、贵戚、功臣诸多庄田，这是载入“金册”的土地，享有免征赋税和差役的特权，虽然在法律上规定赐田以外的私产并不享受这种优惠，但在明中叶后法制废弛，豪强权贵肆无忌惮地兼并土地，倚仗特权不交税纳粮，官府无可奈何，形成不成文的潜规则。这种潜规则之所以能通行无阻，是因为官员也享有同样的特权，他们按照各自的品级，免除一定数量的差役，不仅是在职官员的家属悉免徭役，连生员除本人免役外，户内也可优免二丁。明中叶后又发展成按品级免税粮，到明末一品大员可免税田一万亩，按序递减，最末的生员也能免交八十亩的税粮。虽然法制规定只是免役，但明代役法是“以民为役，以田制役”，田亩和丁口都可作为征役的对象，由优免田而获得优免粮，这就给以免役为名而行逃税之实留下缺口。实际上，官绅与勋贵们一样无视朝廷法规，在优免田以外本应纳税的私产也能设法免征。利益的契合使政府官员与豪强权贵同流合污，三亲六眷都能沾光，一户势要之家获得优免权，投附者纷至沓来，意图得到特权者的荫庇。当然，这是要付出代价的，那就是奉献自己的田产，由此形成“投献”之风，大片土地被权贵兼并。
这投献之田，既有权贵强取豪夺的，也有百姓自愿奉献的。隆庆初年的首辅徐阶在家乡松江拥有田产24万亩，佃户上万人，家人数千名，“半系假借”，其中半数都是投献而来，这种情况在明末并不鲜见。为什么会出现一批批自愿投献者？这是因为明代的赋役愈来愈重，超过了一般农家所能承受的最大限度。因此，他们不得不投靠权贵得到荫庇，以避重就轻。
这宁可向私家交租，也不愿向公家供赋役的现象，揭示了以朝廷为代表的政府利益与农民的矛盾已超出地主与农民的矛盾之上，实际上是朝廷的赋税政策把大批农民驱向权贵地主。不论是“公室”朝廷，还是“私门”权贵，都是地主阶级的代表，但他们都分属地主阶级的不同阶层，拥有各自的权益，即使代表地主阶级整体利益的朝廷，也会走向反面，扰乱权益分配的基本原则，迫使农民的生活难以为继，不得不另寻生路。
明初的田税并不算重，每亩收二升至三升，与元代持平，远比宋代轻。后来，在正科以外又加“劝耗”等杂税，到正德时每亩已上升到七八升。尤其在江南，赋税更重，一亩的收成不过二三石，租税多至八九斗，甚至一石二三斗。元明之际，朱元璋攻打苏州受到江南张士诚的顽强抗拒。城破后，朱元璋为了报复，对江南实施高额赋税，以致有今日完税，明日流离他乡乞讨的事发生。顾炎武诉说江南农民的苦情时说：“农夫蚕妇，冻而织，馁而耕，供税不足，则卖儿鬻女。又不足，然后不得已而逃。以至田地荒芜，钱粮年年拖欠。”
比土地税更为严苛的是徭役。有田就有租，有田也有役，明朝的制度是“因赋定役”，每顷田出夫一人，不足一顷的与他户凑足，税之所出，役也相随。徭役是从里甲派遣，这有“正役”和“杂泛”差役两种。一甲十户，十甲为一里，里长多以富民担当。这种指派是强制性的，户数虽相等，但人数却多寡不一，拥有田亩的数量也有多少之别，此里的里长未必就比他里的平民富裕，但要承担相同的徭役，就有事实上的不均不平之弊。编制之初尚能维持，时日一久，随着户口的迁移、逃亡和自然减员，有的一里只剩下四五户，甚至只有一户，也仍按原样编派里长服役。此外，粮长也是一大苦差，明初设立粮长制本是朝廷委托民间征收田粮和解运的代办制度，粮长原由当地的大户承当。明中叶后，土地不断被兼并，优免户不断增加，农民相率逃亡，致使各地各区田粮经常亏欠，粮长就要负责赔垫。大户可以勾结官府逃避这个差使，粮长这一职务就被摊派到中小户的头上，不少粮长受此拖累搞得家道中落，甚至倾家荡产。里长和粮长制严重损害了中小户农民的利益。
处于社会最底层的农民，是贡赋和差役的主要承担者。官府向农民征收的有三办，即额办、坐办和杂办。额办为定期的，坐办是不定期的，这两者供中央朝廷和皇帝御用，统称为岁贡；杂办则是地方官府所需的差遣和花费。这三办成为勒索百姓的三条绳索。以岁贡来说，明初一地所贡有十多种地方特产，到明中叶增加到上千种，猛增数十倍，凡宫廷和中央各部之需，莫不由各地里甲无偿提供，仅太医院药材每年就要二十多万斤，织造原料则不计其数，有明一代，民间所贡物料究竟有多少，至今难以统计。
供给地方官府的杂办，也不胜其多。据《宁国府志》记载，这一地方的岁费项目，就有衙门办公费、春秋祭祀、乡饮酒礼、科贡盘缠、运船料钱、解扛脚钱、江海兵防，孤老衣薪、里甲供应、春牛桃符、决囚公费、器物案衣等费用12项。《杭州府志》记载的杂办多达63项，三办共折银14852两，杂办就占去2/3，这些都摊派到农民头上。差役有“正役”与“杂泛”两种，正役以户计算，按40亩或15亩派一丁，可折米一石或二石。杂泛差役是供地方政府差遣的役夫，如甲首、轿夫、伞夫、解户、狱卒、应捕、隶兵、土工，等等，名目繁多。冗官愈多，耗费愈大，明末的官吏猛增十倍，为衙门、官吏服务的白役、防夫、快手人等又增加十倍。白役是不领工食，白干的，官吏们争相派遣、使用，毫不痛惜，这无疑是对民众敲骨吸髓。
从中央到地方的各级官府层层加码盘剥，农民承受不了苛重的赋役，就抛荒土地外出逃亡；或向权贵献出土地，以极低的价格出让所有权，从自耕农沦为庄佃或奴仆，以减少官府的杂役。在投献的土地中，很多是农民从荒地野陌中辛辛苦苦开垦的家园，这是农民的私产。按明初的法律，这所有权当归开垦者所有。如今献出自家世代耕种的土地，是很悲痛而又不得已的选择。权贵地主依仗政治特权兼并土地，再以闲地的名义申请皇帝批准归其所有，这就变掠夺为合法所有，毫不费力地将占有的土地合法化，再倚仗特权或是隐瞒不报，以逃避赋税。因此，私家兼并的土地愈多、愈富有，政府可控制的土地和税收就愈少、愈匮乏。官员与权贵相互勾结，瞒产逃税，花样百出，有的乘机造册把田产飞洒在他人户头上，称“活洒”；有的暗藏在绝户中，称“死寄”；有不过户或过户一二成的称“包纳”。还有畸零“带管”、“寄庄”等，总之用种种隐瞒、转嫁的手段逃脱本该担负的赋役。这也使得登记人口的黄册、记载田地的鱼鳞册完全失实，而官府对这种弄虚作假和舞弊的现象视而不见，依然按照原有的账册，征收如故。被征的农民一旦逃亡，就要邻户赔偿；邻户逃逸，就要里长赔偿；里长再逃，则要粮长赔偿，邻里相牵，户户株连。被逼无奈的百姓，逃亡他乡，流移载道，贫困交加，由此引发盗贼横起，奸诈公行，这在江南更为严重，有的良民被奸民所累，重复被征，逼不得已，只能卖儿卖女完纳赋税。比正税更严重的是各种变相的加派，征税的公差一进门，要了路费要红包，另外还有酒钱、饭钱、买差钱、雇役钱、门子掣签钱、吏房销名钱、粮房欠数钱、数书还库钱、经催常例钱、府厅解比钱、内衙公费钱等。各种各样的敲诈勒索，不胜枚举，交不出的就被责骂、鞭打，甚至被杀害，因而造成许多冤案。
土地兼并，瞒产逃税，已成为危害国家和民众的一大祸害。对于这样重大的社会弊病，张居正旦夕为念，忧心忡忡地指出，各地方税重差繁，无名之征过多，以致民穷财尽，反不能完成国家的赋税，对于豪强侵占民产，偷税逃役的种种恶行，官府不敢过问，反令下户贫民包赔。良民被逼无奈，有的逃亡，有的沦为盗贼，南方因而作乱不息。历来的统治者都把盗贼视为祸乱之由，很少对执政者进行反思，可张居正却能清醒地认识到：“粤地所患，不在盗贼，而在人心不公，是非不定，纪纲不振，法度不行，可恨！”豪强兼并，人心不公，法度不行，他以“可恨”一词充分表达他的愤慨，发泄他的不满。他斩钉截铁地说，敢于欺隐的是权贵，不是小民；官府执法要打击的是奸人，不是良民。通观历代治乱兴亡之故，从来没有官清民安，田赋均平而发生****之事。贪官污吏，田赋不均才是致乱之由。他力行考成法，惩治贪官，整顿官府，打击不法权贵，为纠正这一弊端作了种种努力，但要从根本上治理，必须解决田产失实、赋役不均的源头。对隐占田地者加以清理、追究，解除农民无辜赔偿之累，使民众安于田里。这一切都有赖于重新清丈田地，按实有田亩征税，才能消除病根。
万历五年（1577年），张居正决定着手调查田地、户口。在政治改革已取得初步成效的情况下，不失时机地把改革的重点转移到经济领域。次年正式通令重新丈量全国田亩，并由户部尚书张学颜亲临第一线，主持清丈各府州县所有的庄田、民田、职田、屯田、荡地、牧地等一切生产用地。按照实际田亩分上、中、下三等纳税，从严惩办欺隐之罪，对于最狡猾的江南豪强，特别选派精悍的大吏督责，一定要做到详审细核。
国家向地主征田赋，田多的多征，田少的少征，按田亩的多少核算赋税，从法制上说是公平的，这也就是封建土地所有制的条件下均税的实质性内容。如果田多的纳税少，或田少的多纳税，甚至田地已被豪强占有，而田赋仍留在原田主的名下，造成田去税存的现象，这就会发生赋税不均的社会公害。清丈的出发点，就是要做到“粮不增加，而轻重适均，将来国赋既易办纳，而小民如获更生”。农民既为逃避赋税而投献，就要由受献者承担赋税，清丈查出隐占的土地，一律补交税款。万历九年（1581年）又规定，凡是功臣之家，除朝廷调拨赏赐的公田以外的田土，尽数报官，与庶民一样纳粮。谁有田谁交税，使得兼并者无利可图，从而达到抑制兼并的目的，这在16世纪的中国不失为力求赋役均平的最佳办法。可是，要真正做到按亩征税，就要强迫权贵暴露已侵吞的土地，这在明后期是震动朝野的大举措，其阻力可想而知。从张居正的一系列信件中，可知其事的艰难与他必行到底的决心。在这期间，他屡屡敦促各地：“清丈之议，在小民实被其惠；而于官豪之家，殊为未便。”这是“百年旷举”，是“均天下之大政”，“非精核详审，未能妥当”，“诸公宜及仆在位，做个一了百当，不宜草草速完也”，等等。