慈航和阳成子还不明白发生了什么事，就听洞玄说三师妹出世了，然后就见洞玄袍袖一挥，一道光芒闪过，面前就出现了一宫装女子。
这女子生得倾国倾城，穿一身淡黄色对襦广袖宫装，头梳飞天发髻，面目恬静，周身仙气萦绕，散发着一股清新之气。这女子有地仙境界，忽的见换了地方，先是一愣，又见洞玄含笑的看着他，福至心灵，对着洞玄遥遥下拜：“拜见师尊！”
“好！好！好！”洞玄虚空抬手，那女子便下拜不得，被扶了起来。“你本是我园中生生造化草成灵，现赐你名清瑶，为我三弟子，且先见过你两位师兄。”而后慈航三人互相又是一番见礼，洞玄对清瑶传法之后，就嘱咐慈航带师弟师妹下去，之后就转回内室，修炼去了。
洞玄此时已经悟通轮回法则，借此成就混元大罗金仙，他坐在云床上，静静思考着以后的道路。
“我此时虽然是混元大罗金仙，但却未参透圣人果位，不过有鸿蒙紫气在手，日后凭借开天功德，成就圣人境界必是不在话下。彼时我三尸尽斩，却是只化生一尊分身，且先将另外两尊分身斩出再说吧。”之前洞玄斩去一尸时，在蓬莱等三座仙岛所在的空间内，借助十二品白莲炼化开天本源清气，化生分身清元道人，此时正是要斩去其他两具分身。
洞玄先是拿出开天本源浊气，催动法力炼化。从前洞玄不过斩一尸准圣修为，因此修炼三尸化身大法用去不少时间，不过现在他已经是混元大罗金仙了，所以只用了五十年就炼化了一尊分身。这尊分身乃是浊元道人，于他亦有八九分相似，身穿麻衣道袍，朝着洞玄打个稽首，就飞进洞玄的三花中，隐去了身形。洞玄又拿出那混沌时收集到的混沌元气，继续炼化。不过这次却用了八十一年才算成功，可见这混沌元气级别也是比开天本源之气高上半筹的。
这混沌元气斩出的化身穿着玄色帝王锦袍，却不是道装，头上帝王冠，脚蹬九龙靴，面目威严。这尊化身乃是亚圣修为，对洞玄略一拱手，道：“贫道混元见过道友。”洞玄见这尊分身有亚圣修为，又着装特立，眼珠子一转心中转过千百念想，又见分身问礼，也道：“见过道友，你我本是一体，无需客气。以后之事就全靠道友周旋了！”混元乃是洞玄的分身，刚刚洞玄将心中所想毫无保留的展示于他，他瞬间也明白了洞玄的打算。当下说到：“敢不尽力！”“大善！道友且一旁稍坐，我与你炼几件宝贝，日后也好护身。”
洞玄对面又升起一座云床，混元道人起身坐于其上。洞玄拿出乾坤太极炉，炉中阴阳混元火闪烁着奇异的光华。又拿出两团宝物，一玄黄色，一作紫色，玄妙无比，正是开天后洞玄进入洪荒世界时窃取的天地玄黄之气和万丈紫气。将这二物抛入乾坤太极炉中，盖上炉盖，洞玄掐诀念咒，炼制法宝。一时间室内只余火光闪动，五光十色好不漂亮。
足有九九八十一年，乾坤太极炉中光华大作，自其中冲出两道宝光，半晌后才散去宝光，两样法宝静静的飘浮在半悬空，看过去哪还有一丝宝光，正是神物自晦。这两样宝物乃是一玺一华盖，乃是洞玄见混元道人一身帝王装扮，为其量身打造的。玺为震天玺，乃是万丈紫气炼就，与量天尺同为后天攻击至宝，杀人不占因果；那华盖乃是天地玄黄帝王华盖，用天地玄黄之气炼就，一经催动，垂下条条玄黄之气，先天立于不败，和天地玄黄玲珑宝塔乃是同级存在，亦能镇压气运。洞玄将两件灵宝交给混元道人，说“道友有此两样宝物，一攻一防，当能少些麻烦。”洞玄说是少些麻烦，并不担忧混元道人性命，一是因为他乃是混元大罗金仙的分身，虽然功法限制只能是亚圣境界，但却有混元大罗金仙的见识和经验；二来在洪荒世界，亚圣已经是很厉害的了，虽然现在是大罗满地走，金仙多如狗的时代，但并不表示准圣就很多，紫霄宫中客三千，能成就准圣的也不满九九之数，亚圣更是只有几人，所以现在混元道人亚圣的境界已经是洪荒顶级了。
混元道人接过灵宝后当下炼化，不多时就祭炼完成，收发由心了。然后又见洞玄庆云上飞出两个人影，正是洞玄的另外两大分身——清元道人，浊元道人。两道人和混元道人略一见礼，就在一旁静候洞玄吩咐。洞玄心中又仔细算计，时时推演天机，好长时间之后才完善了计划。室内洞玄的本尊和三大三尸分身互望一眼，洞玄的计算众人就都明白在心。而后三大分身就出了内室，而洞玄本尊则继续在室内修炼。
毓玄宫中，三道人传讯招来慈航、阳成子、清瑶三大弟子和护岛大神勾浑道人，准备对众人传授洞玄的心意。
慈航众人来到毓玄宫大殿，见上首有三个道人端坐，看样貌与洞玄都有八九分相像，一时也不明所以，正要询问，就听中央那身着帝王锦袍的年轻人开口言道：“我三人乃是洞玄道友的三尸分身，与其一体，我为混元道人，”“我为浊元道人，”“我是清元道人。”众人听完后恍然大悟，皆是行礼问好，“见过混元老师，浊元老师，清元老师。”“恩，你等起身，”继续由混元道人说到：“洞玄道友闭关参悟圣人道果，所以以后由浊元道友和清元道友坐镇毓玄宫，每年开讲一次术法，每百年开讲一次大道，尔等皆可来听讲。”“尊老师法旨！”其后打发了众人，清元道人和浊元道人在毓玄宫找了间静室积累法力，混元道人则是出了清流岛，游历洪荒。
此后，将由混元道人代表洞玄游历洪荒，而混元道人的见闻也将传回闭关的洞玄之处，变为他的经验积累。这样既可以让洞玄把握洪荒大势，不至于因闭关错过洪荒大事，又能掩盖其混元大罗金仙的修为，留待日后谋划。
混元道人出了清流岛，首先就去了万寿山拜会了镇元子和红云，于他二人密谈一番，就出了五庄观，开始在洪荒游历。这一路行来，混元道人发现，妖族已经形成气候，占山为王，巫族也分布在洪荒大地各处，组建村寨，想来离天庭建立之日不远了。
果不其然，又千年后，帝俊聚妖起事，以三十三天发现的洞天为基，建立妖族天庭，号令天下万灵。天庭成立，祭拜天地这一日，帝俊邀请四方大神通之士前去观礼，洞玄自然也在邀请之列，不过洞玄闭关参悟鸿蒙紫气，由混元道人参加，此次混元道人正式出现在洪荒修士眼前，成为洞玄的代言人。天庭初立，尊帝俊为帝，太一为东皇，鲲鹏为万妖之师；又许下诸般好处，甚至帝俊愿让出妖教教主之位，拉拢女娲为娲皇，伏羲为羲皇，至此妖族天庭正式成立。
作为盘古后裔的巫祖自然不愿有人压在自己头上，从前三族争霸时他们尚在积累力量，此时力量积攒已经完成，所以天庭成立后巫族也祭拜盘古，成立族群，与妖族一较高下。洪荒就这么大，两族各占地盘聚拢气运，摩擦自是不可少的，终于九个元会后，双方在克制了又克制了之后，爆发大战。最后十二巫祖布下都天神煞大阵，险胜妖族，第一次巫妖大战落下帷幕。
可怜天地生灵因此遭劫，看着洪荒百族凋零，混元道人不住的感叹，正是“兴，百姓苦；亡，百姓苦！”继而又是一想，“怕是离人族出世不远了……”