马尼拉之战后，江熊率领着大军在海军的帮助下扫荡了其他地区和周边的几个小岛，很快就占领整个吕宋岛。占领整个吕宋岛后，江熊一边在当地征召青壮参军，一面派人返回台湾向黄子玉报信，并请求派遣官员前来管理，并且将俘虏的大量青壮土著，他们的后半生将在繁重的劳动中度过。
10天后，押送着俘虏和大量财物的第1舰队回到了台湾。接到李云等人大胜而归的消息，台湾各级官员和民众都纷纷前往淡水迎接他们，黄子玉也亲自到场嘉奖了他们，并派人犒劳士兵们。通过李云了解了此次战役的全部经过后，黄子玉又再次赞赏了他和陈武江熊等人。又看了江熊发了的战报和派遣官员的请求，黄子玉让赵明等内阁尽快拿出名单。
几天后，内阁就拿出了派遣官员的名单，抓来的土著俘虏也被送往了各个矿山工地。将事务处理完毕后，黄子玉让内阁接管台湾的政务，自己则带着派遣官员坐上了护卫前往吕宋的运输补给船的‘夏启号’战舰上，亲自前往吕宋慰问大军，也是为了笼络在南洋生活的华人。
在台湾军打败西班牙人占马尼拉后，印尼的荷兰东印度公司高层都被这一消息震惊了。虽然西班牙已经开始衰落，但是荷兰人一时之间也没有实力击败他们。对于击败他们的台湾军，他们产生了深深的忧虑。“各位先生们你们对于打败了西班牙人的台湾军有什么看法，他们是否会威胁到我们公司的利益，你们有什么看法。”科恩开口说道。科恩是现任的东印度公司总督，极具慧眼的他感觉到了来自台湾总督府的威胁。
“总督大人，台湾总督府的崛起已经严重的威胁到了我们在台湾的利益，现在他们又将触手伸向了南洋地区，更是将我们与台湾的联系掐断了，我觉得我们有必要做一些防范了。”一名官员说道。“我也觉得我们有必要节制一下台湾总督府的发展步伐了，如果继续任由他们发展下去，我们在台湾势力很难在保住了，甚至有可能威胁到巴达维亚。”另一名官员说道。其他人也纷纷点头赞同。
科恩听了他们的话也点了点头说道：“两位先生都说的很有道理，看来我们有必要节制一下他们的发展步伐了，至于这么做各位有什么建议吗？”“想要节制他们他们发展，就不能让他们安定的发展，我们可以秘密的向那些反抗的土著势力出售武器，帮助他们抵抗台湾总督府的统治，也可以暗中支持周边的土著势力，攻进骚扰他们，让他们无法安心发展。”一名官员建议到。“没错，我们暗中出售武器给那些反抗势力不仅能节制他们的发展，也可以为我们带来大的利益。”其他人也附和道。
“那好，我们就这么办，现在就派人联系那些反抗势力，和周围的那些土著国家，并出售武器给他们，在串连他们共同抵抗台湾人。”科恩说道。商议完如何节制台湾发展后，众人纷纷离开。
就在荷兰人商议怎么破坏台湾总督府在南洋的统治时，在海上航行了几天的黄子玉等人也到达了马尼拉。接到黄子玉亲自前来的消息，江熊和陈武等人都纷纷到达码头迎接。大量的当地华人也纷纷自发的赶到码头迎接这个帮助他们脱离压迫和迫害的总督大人。上了岸，看到江熊和陈武等人以及他们身后的人群，黄子玉与江熊陈武简单的问候了和嘉奖了他们一下，就走到了人群前面。
看到黄子玉向这边走来，人群开始发生骚动和欢呼。见人群发生骚动，维持秩序的士兵们纷纷将人群和黄子玉分隔开来。黄子玉看着欢呼的人群，微笑的挥了挥手，又示意大家安静下来，待人群安静下来黄子玉开口说道：“同胞们，你们的苦难结束了。你们再也不用担心洋人的压迫，也不用担心土著的侵扰，可以安心的生活了。今天我告诉大家一个消息，明天我们将对西班牙殖民者官员进行公审，让沾满同胞鲜血的他们，得到应有的报应和惩罚。”
听到黄子玉的话，众人再一次欢呼起来，很多人都留下了激动的泪水。他们终于可以为那些惨死的亲人们报仇了，他们也终于有了依靠。黄子玉结束了讲话，在众人的欢呼和江熊等人的陪同下进入了马尼拉城，安排好派遣官员休息后，黄子玉也进入总督府的豪华卧室休息了。
第二天，黄子玉亲自主持了公审大会，在大量各地赶来华人见证下，审判了西班牙殖民官员，并将他们一一送上了绞刑架，结束了他们罪恶的一声。审判结束后很多大仇得报的华人，纷纷向黄子玉拜谢。黄子玉安慰了他们，并让他们回去后好好生活。忙完公审，黄子玉也将带来的官员分派了出去，让他们尽快开展工作。而他则和江熊等人商议对南洋下一步计划。
总督府会议室，黄子玉高坐首位，下面分别坐着江熊李云等人和派遣到马尼拉的政务负责人李鸣。现在台湾总督府还没有完全占领南洋，周边还要不是土著国家和土著势力岛屿，所以黄子玉还没有正式对南洋进行行政划分，只是对吕宋岛地区进行了划分。而李鸣就是马尼拉市，也是吕宋岛的最高行政官员。
“我们现在已经占领吕宋岛了，下一步就是清剿和和消灭周围的其他势力，将整个南洋牢牢地掌控在我们手里，大家对此有什么看法。”黄子玉首先开口说道。“虽然我们已经消灭西班牙人和大部分的土著势力，但是吕宋岛上还有不少反抗我们统治的势力，我建议先将他们消灭了，将整个吕宋岛完全控制住，在以吕宋岛为后勤基地，逐步向外扩张。”江熊接道。“没错，我也同意老熊的观点，等我们有了一个稳定的后方，在向周围势力开战就容易多了。而且想要占领南洋不难，但是要想控制住以1个师的兵力还是很困难的，所以我建议多招一些民兵或者守备军，帮助我们快速的清剿残余的土著势力。”陈武也说道。
“我也认为老熊他们说的有道理，我们现在的当务之急是尽快掌控好吕宋，而不是急着向外扩张。”李云也附和道。由于刚刚抵达还不了解形势，所以李鸣并没有说话。“既然大家都这么认为，那我们就按这个方案做。大哥你在守备军和民兵没有召集完成和训练前先负责保护各个地区和行政人员，在派出探子了解周边形势和打探情报，协助李鸣尽快开展工作。李鸣你则处理好政务，和分配好工作，调集物资配合军队的清剿工作。”“是，总督大人。”李鸣领命道。
“好了，既然商议完了，大家也去准备吧。”黄子玉开口说道。又过了几天，吕宋的治理已经开始进入正轨。江熊派出的探子和情报部的人员也不断的传回各种情报，不过清剿残余势力却出现了意外。
自从商议完要节制台湾总督府的发展步伐，搅乱黄子玉在吕宋的统治。荷兰人很快就联系到了吕宋残余势力，以及周边的土著势力并将他们联合起来一同抗击台湾。有了火枪和粮食等物的支持，台湾军一时之间也没法快速剿灭他们。通过情报人员的信报，黄子玉很快就查到是荷兰人在背后捣鬼，虽然现在给他们造成了一些影响，但是也给了他驱逐台南的荷兰人的借口。于是他让陈武率领舰队帮助江熊清剿土著势力，自己则带着李云的第1舰队返回台湾，准备消灭台南的荷兰人，给他们一个沉重的教训。
几天后，黄子玉和李云等人返回了台湾。简单的听取了赵明的汇报，黄子玉召集内阁和2师师长吴海一同商讨攻打台南的计划。得到黄子玉的命令，吴海很快就来到了会议室坐了下来。见大家都到齐了，黄子玉开口说道：“诸位，和西班牙人的战争我们赢了，并且占领了吕宋岛，为我们下一步攻略南洋提供了一个后勤基地。但是荷兰人却在背后搞鬼，是我们不能快速的平定吕宋的局势，秘密向土著抵抗势力出售武器和粮食，破坏我们在吕宋的统治。为了打击也为了统一台湾，我决定消灭台南的荷兰人。大家有什么看法。”
“真是岂有此理，我们还没找他们的麻烦，他们到先给我们挑事，大人放心，2师的官兵都已经做好准备，随时都可以和他们开战。”吴海气氛的说道。“没错，既然他们先招惹我们，那我们也不必对他们客气。马尼拉之战，我们缴获了大量的粮食和物资足够吕宋军队的使用了，而我们库房的物资也足够我们发起这场战争。”赵明也说道。“好大家都同意了，那我命令内阁负责物资后勤供应，李云率领第1舰队消灭他们的海军，并且配合第2师进攻台南。现在大家都去准备吧。”“是，大人”大家说完纷纷起身离开。