时间来到了1625年4月。
忙碌的春耕结束。船厂也建造了10几艘的商船。有了船就可以开始发展海贸了，黄子玉组建船队。将新酿的果酒，蔗糖书籍等商品，运输到到日本，以及明朝沿海地区出售。又将沿海地区难民迁移到基隆定居。
在这2个多月的时间里，他从福广地区又迁移来了不少人口。而且还在沿海地区，大量购买商船，又在私人船厂，偷偷订购了小型战船，以及招募大量船工。现在基隆港船厂每天都能生产出一条商船，而且能够生产战船了。虽然都是一些几百吨排水量的小型战船，但也能几天建造一艘了。
由于朝政黑暗，又灾荒不断。在加上排去人员鼓动，大量的沿海居民和难民乘船出海，迁移到台湾。黄子玉将这些人分布到瑞芳地区，又在瑞芳修建了一座城镇。得到移民的补充，原来人烟稀少的瑞芳也开始繁荣起来。
而人口增多，黄子玉又开始扩军。他将军队由营扩建为团，一共扩建3个野团，以及两个守备营，人数达4千多人。又招募了1200人海军和水手。全军总数达到5千多人。虽然只有几艘小型战船，但海军士兵和水手，还是在舰队长李云的指挥下辛苦训练。
李云也是民团老队员之一。后来参加剿匪多次立功，是黄子玉最先提拔的一批人。他从小在海边长大，后来生活不下去就迁移到了台湾。李云小时候读过一些书，会识字。黄子玉在组建海军时，把所有军官召集起来，询问谁愿意转职。江熊吴海等人都不想转，只有李云和陈武愿意。所以黄子玉就任命他们为正副舰队长。
为了加快生产黄子玉，又让人到大陆招募大量各种工匠。开设工坊，增加贸易商品，又开设了服装厂等等。有了服装厂，又有从大陆购买的布匹，他让人制作了一批军装。以前没有布匹所以不能做军装，现在有了布，当然要给大家补上了。以前的民团因为没有统一的军服，更像农民军。现在有了统一的军服，兵勇们终于有了正规军的样子了。黄子玉一边发展自身，一边派人与荷兰人联系。并且从他们手中购买了战船，还有火炮等等。
不仅除了火炮，黄子玉还制作出了手雷。当然不是点火的土雷了，而是绳拉式的木柄手雷。手雷在我国很早就出现了，在宋代就有记载。做出了绳拉手雷，他又对炸药包进行改进。在还没有发展出地雷时，黄子玉用了炸药包代替，但因为没有拉绳装置，还是使用引线。使用引线在埋设时，容易因为泥土的问题无法引爆。而且引线太长，在引爆过程中，容易被人发现察觉，所以将它改造成拉绳的，这样不仅避免引线熄灭，而且不容易被发现察觉。
做好准备后，黄子玉也放松了不少。毕竟这次的敌人是正规军，而且还是当世强国。不仅海军强大，而且陆军也不弱。己方的武器装备虽然强出不少，但也必须小心应对。该做的都做了，天色也暗淡下来，黄子玉打算回家了。
转眼时间来到了1625年5月。西班牙驻西班牙驻菲律宾总督阿库尼亚的命令下，瓦德斯（AntonioCarreñodeValdés）率领舰队从马尼拉出发，向台湾进发，他率领14艘战舰，船员近5千人，其中士兵3500人，以及1200多水手和其它后勤人员。
几天后。黄子玉也得消息，除了部分留守外，黄子玉带领剩下的3个团，4000余人出发前往淡水，又让海军携带大量小船到附近待命。之所以到淡水，是因为根据后世记忆，西班牙人最先就是到了淡水。
到达淡水时，黄子玉一边命令构筑阵地，埋设炸药，一边又命令李云陈武带领海军，在附近隐藏待命。布置好防线，黄子玉又派出一些人，拿着缴获的土匪刀枪，换上杂服到海边巡逻。黄子玉虽然组建了海军，但都没用作战经验，而对手又是一个老牌海军强国。
在海上与他们战斗必败无疑。只有引诱他们上岸，让后在让李云等人，用火船堵住港口，发动夜袭才都胜算，并且才有机会全歼对方。之所以派人乔装，是为了让对方放松警惕，跟好的把他们引诱到己方的埋伏圈。