“洪武元年置回回司天监，诏征元太史院张祚，回回司天监黑的儿等十四人来京。”“洪武十五年秋命钦天监灵台郎海达尔、阿达兀丁、回回大师马沙亦赫、马哈麻等译《回回历法》，洪武廿四年命西域归附识天文奥妙者参与研铸浑天仪，置回回钦天监观象台于聚宝山东麓。”此时期，在南京的回回人有很大一部分在军政、科教领域供职，仅有资料可考，明初驻南京回回军官据统计有二十四人，应征到南京的回回学者据不完全统计有十三人。这批人是当时中国回回知识分子当中水平较高的部分，在永乐年问，京师北迁时，他们中部分人随行北迁，还有一部分仍留在南京。随着明中叶以后国势的衰落，对外交流越来越少，中国回族与中亚、西亚等地的来往越来越少，而回族的职业结构也发生了很大改变，南京回回许多转而经商，经营手工等业，形成许多回回世家。有史可载，明代南京重要的回回世家有近二十家。“如文化方面出现了金贤、金大车、金大舆父子三文豪，商业方面出现了由钦天监改业经营毡货的缙绅伍浩，还有因恤赈受赐四品冠带，礼部“儒士”衔的回族商人。”原供职于回回文字馆的回回文字监生也失去了政府部门的职业，留在南京“多数则成了清真寺的伊玛目、经师、阿訇。有些条件优越，自幼又学习过儒学的则成为兼通儒理的回回学者”。这些回族大世家以及其他南京回回，在中国居住的长时间中，渐与汉文化相融合，许多人开始学习汉文化，兼具******文化和汉文化两种氧分，他们的后裔也大多从事科技或攻儒业进军科举。这不能不为明清之际中国******教复兴运动中南京形成为中心之一孕育了丰厚的文化基础。
所以，从元明以来，尤其是明代开国五十多年，南京成为南方重要的大都市，在回族的形成和发展史上有着举足轻重的地位。作为京师，它在培育回回民族文化土壤和与汉文化交融、借鉴中有着其他地区无法比拟的优势，在这样的文化背景下成长起来的回回学者必然在明清之际中国******教复兴运动，尤其是******教中国化的运动中担当重任。西安经堂教育倡兴以来，南京回族积极响应，纷纷前往求学，并聘请胡登洲三位弟子，有名的经师张少山、马真吾等到南京净觉寺、旱西门、卢妃墓诸教坊开学讲经，在他们的培养下，南京成长了一批有名的经师：马君实、马之骐、袁盛之、马进益等成为胡太师的四传弟子。而后来致力于以儒诠经的南京著名回族学者王岱舆、伍遵契、袁懋昭、张中、刘智等人，他们经汉两通，他们无一不出身南京回回世家名门，家学渊源以及经堂教育使他们具有深厚的******经学功底，浓郁的汉文化氛围也使他们对儒学，甚至道家、佛学都有深入的研究，有的人还曾取得科举功名。比如王岱舆，系明初被召入京的回回钦天监事的历城人后代，青年时代师从马君实，不仅******经学功底深厚，且对儒、道、佛学都有研究。比如张中，他曾是著名经师张少山的弟子，又曾拜师印度学者阿世格，经汉皆通。比如伍遵契，系明初回回钦天监伍儒的九世孙。比如明清之际汉文译著运动的集大成者刘智，出身教门世家，年少即从儒师读经史子集，即长钻研******经籍，一生博览群书，才会在变通儒学和******教方面有如此高的作为。
如此来看，只有明朝直至清初的南京那样具有培育回回精英人物的******和儒学双重文化土壤，才能孕育出明清之际以儒诠经的丰硕成果，才能历史性地将******文化与中国传统文化在思想、哲学的领域内贯通起来。
三、河州地区门宦教派的形成
河州不仅是中国******教文化氛围最浓厚的地区之一，也是门宦教派发展最为突出的地区。
明末清初，当西安成为经堂教育的中心，南京成为汉文绎著的中心，河州成为另一个******文化的中心，掀起了继经堂教育、汉文译著之后中国回族伊斯兰教复兴运动的又一次高潮，门宦教派由此兴起，清朝乃至民国时期，先后在西北地区形成不同的门宦派别，如虎夫耶、哲合林耶、嘎的林耶和库布林耶等较大门宦，各门宦又因各种原因形成不同的小门宦。在清后期民国年间，西北甘宁青地区，最终形成的门宦多达40多支。其中大多数门宦兴起于河州，这种现象不是偶然的现象，是河州地区，乃至回族社会发展的必然现象。
一方面，明末清初，回族经堂教育已粗具规模，随着经堂教育在西北的普及，宗教职业者的规模越来越大，以清真寺为中心研究******教学术的风气逐渐形成，这为清朝康熙年间中国海禁取消后，西北各地掀起的******朝觐热潮奠定了基础。这次朝觐热潮是继明初西域回回入附中原之后中外******文化交流的又一次黄金时期，为甘青地区接受经堂教育后渴望继续求学的******提供了良机，他们或西行至西域、中亚，或南行经印度等转折到阿拉伯。从中亚、西亚接受了苏菲派学理的朝觐者回国后有部分人走上传经、讲教的道路，为创立不同的苏菲门宦奠定了基础。
另一方面，明末清初回族遍天下的局面已经形成，而且以陕西和甘肃人口分布最为集中，甘肃地区地处青藏高原、黄土高原和内蒙古高原的交接地带，河州地区回回人口更为集中。河州地区在唐中叶以后一直是吐蕃的活动地区，直到明朝中后期，俺答汗率和硕特蒙古进驻青海，河州成为蒙古族和藏族争夺的地区，该地藏族在反复的较量中逐渐西移、南迁。清初，青海罗卜藏丹津之乱平定后，河州蒙、藏势力进一步被削弱，给这里的回族以发展的空间。康熙《河州志》记载，河州原居住的藏族加砸、尕工、铁巴、川藏等36部落，至康熙四十六年（1707年）时全部迁移他处，并移入回、东乡、撒拉、保安等居民。此时，河州“城内有回民8坊，清真寺12座，相邻的狄道（临洮）、洮州（临潭）、岷州（岷县）也都是******教文化兴盛之地”，再加上“河湟地区的汉文化经唐、宋以来吐蕃几百年的打击，已相当脆弱，明清时汉文化的回归又姗姗来迟”。在这样汉文化和藏文化都比较薄弱的间隙中，******文化迅速成长，经堂教育倡兴以后，******文化发展更为迅猛，所以尽管河州在中国******文化上地位的兴起在西安之后，但一旦兴起就以其独特的优势取代西安成为西北经堂教育的中心。
汉文化的相对薄弱也使河湟地区社会基层的管理模式不同于内地汉族地区，在中国传统的乡村社会，“由行政机构和政府官员构成的显性国家权力并没有进入乡村社会”，县制之下的乡村控制是通过乡村权威的直接干预，具有知识和经济资本的土绅或家族中族长往往是乡村权威的重要来源，他们享有各种资源，凭借其权势操纵公众舆论，指导和管理社区，成为官吏和农民之间的中介。这种统治格局是中国农业社会不可或缺的历史方式。但是在汉文化欠发达，回族人口比例很高的牧业经济边缘地带，比如河湟地区，已发展成一个个寺坊的回族乡间社区，士绅在民间社会的地位和角色往往由回族有阿林的人——阿訇所担当，因为特殊的生活习惯和信仰，他们不仅仅是******精神信仰的导师，也是世俗生活的指导者，中国的行政管理方式给予他们与汉族社会士绅、族长一样的权利空间，调解纠纷、从教法方面解释合法与否，甚至部分包揽词讼使他们担当了社会基层的管理者。这是门宦等级制度得以建立和充分发挥社区管理功能的基础之一。清朝中叶，曾因教派纷争，清政府明令“不准再立掌教名目”，而代之以行政上的“乡约”统治，但事实并未改观，由此可见，在西北回族聚居区，民间宗教势力在乡民生活中的地位和作用也是门宦制度得以建立的重要条件。正是在清初河州所处的这种文化背景下，苏非主义在这里落地生根，而且形成众多的门宦。门宦制度本身也可视为******文明与汉族封建制度结合的特例。
河州所具有的优势中，回族在商业经济上所形成的特色也是门宦教派形成和运转的必备条件。这里的回族充分利用农业和牧业经济之间的互补需求东引西进，活跃于青藏高原和内地之间，甚至中亚和中国之间，积聚了财富，同时沟通了不同文化之间的交流。经商以及长途运输使他们见多识广，中亚、西亚文明在此能够广为传播，至少在明末清初，河州地区以经商而闻名的******地域文化已经形成。清代各种地方文献中关于河州的记载无不着重提及这里******经商的繁荣以及居民的富庶。《甘宁青史略》中的描述就是具有代表性的：“八方为回民商务聚集之地，富甲省垣，居民三万余人，全等回族”。这样的经济地位无疑对于河州社会地位的抬升是有益的，也为******的传播和发展创造了条件。清朝以来，随着河州在中国******教中地位的升高，许多******慕名而来，或为学经，或举家搬迁而来，使中国各地回族精英云集河州。
门宦在甘青能发展形成多达40多支，与苏非教团在其地迅速走向世俗化也有密切的关系。甘青地理环境封闭，这里山岭纵横，自然条件极差，自然灾害频繁，经济落后，虽然河州有很多富家大户，但河湟地区大多数农民生活贫困。所以在精神需求上表现为对以清贫乐道的苏非的积极追随。产生于清朝甘青地区的几十支门宦可以说基本上都是各成系统的宗教组织，每个宗教组织都拥有一个个人魅力型领袖，宣称个人在体验真主的道路上有独特的经验，能够提供给教徒全新的生活方式，并能引导教众到达彼岸世界，实现宗教信仰的精神目标。普通信教者面对抽象的启示、灵验及原始经文时，必须要有通俗化的行为方式及规范米引导他们去实践。而门宦创始人大多具有这种能引导教众通过特殊的宗教行为达到信仰的能力，这种通俗的易于被普通人所习得的体验方式自然成为门宦组织形成时期的磁石，吸引着渴望者的加入。门宦的创始人在创建门宦时不在清真寺任职，只是学成回来在家中设帐讲学，穆民闻名探望听讲，遂成为徒弟，师徒之间只以宗教学理作为交流、学教的目的。传道者随之成为领导求道人追求精神解脱，体验真主独一的精神领袖。而甘青地区早已形成的阿訇权威形式在此时发生了置换，苏非逐渐代替单一教坊下阿訇的权威，从精神领袖过度到精神领袖加世俗领袖。随着同一个苏非下教民的增多和教坊数量的增加，层级制自然建立起来，教坊层级管理使门宦走向组织化和制度化，门宦教权得以正常运转。
门宦的形成更多地表现为社会组织和管理功能，它成为甘青郡县制在回族社会的一种补充和延伸。但在门宦创立的过程中，创始人的传教过程无疑也是一种译经、释经过程，他们依据所学和自己的体验引领求道者体会******，体验真主。只是他们所面对的群体不同，译经、释经的目的也不同于学通四教的汉译家们，所以他们译经、释经是以适于当地的方式进行，“从译释方式方面看，门宦对经籍的译释没有专一的形式，大抵是口头语言、动作示范、暗示提示、书面形式都有”。“从译释对象来说，门宦家面对的是从小穷困，没钱读书，在死亡线上挣扎，期盼奇迹发生的民众，因而汉文译著那种‘非惟不知文者作也’的典雅形式显然是不合时宜的。于是他们采用的是便于向穷人作口头传教的通俗形式，多选用歌诀、比喻、暗示、音译词语及民众熟悉的语言”。这也是门宦家在甘青地区有如此多的追随者的原因之一。