由于开国功臣的权力特殊性，造就了明朝建国初期权力系统的一种三权分肥的现象，也就是相权、将权、皇权的权力分肥制。对于将权力看得高于一切的朱元璋来说，这是他根本无法接受的。朱元璋是从社会底层打拼出来的，他无法接受大权旁落，而那些文臣武将们有的是手段，多的是权谋。
如果自己不出手制服，那么后果将无法想象。朱元璋决定先拿两个有把柄的实权人物左丞相胡惟庸和大将军蓝玉开刀。太子朱标劝阻父亲：“诛夷过滥，恐伤和气”。朱元璋听后很生气，扔给他一根荆棘枝，让他捡起来。朱标怕刺扎手不敢拿。朱元璋冷冷地说：我这是在替你拔刺啊！
抱着为子孙拔刺的朱元璋将诛杀功臣的行动推向极致，在胡惟庸死后，朱元璋不依不饶拿他大做文章，将他的罪行逐步升级，不断扩张打击面。胡惟庸的罪状被定性为“通倭通虏”，也就是投敌卖国。在任何时代，卖国贼都是全民公敌，死不足惜。
胡惟庸的被杀算不得冤假错案，有自取灭亡的成分在里面。但是因为一个胡惟庸，将大批无辜的开国功臣卷入进来，这是令人发指的。胡惟庸案是朱元璋传递的一个信号，他要没收相权，重整一个崭新的权力系统。既然杀戮已开，杀一个也是杀，杀一万也是杀。朱元璋索性将所有怀疑对象都冠上“胡党”的罪名，一个不能少。 有人评论“胡案”，“惟庸非叛也”，乃“积疑成狱”，这句话道破了皇帝与功臣之间的那点猫腻。
蓝王党案又何尝不是如此。蓝玉是开平王常遇春的妻弟(小舅子)，是战场上的一员猛将，曾经立下赫赫战功，有常胜将军的美誉。洪武二十年（1387年）升为大将军，两年后进封谅国公。随着权力筹码的不断增加，蓝玉变得骄狂傲慢。而与此同时，朱元璋也正将另外一张大网悄然张开，网中之鱼犹未可知。
洪武二十六年（1393年），注定是不平淡的一年。随着胡惟庸的倒台，朱元璋取消了丞相这个沿用了千年的官职，也将相权直接收归中央。昔日的三权分肥，成了皇权和将权的直接对视。当朱元璋将目光锁定在蓝玉那张骄狂的脸上，有人嗅到了不祥的气息。锦衣卫指挥蒋献在朱元璋面前诬告蓝玉有“谋反”之意，功臣谋反，这是朱元璋心头最为在乎，也最为难解的一道死结。一个无中生有的罪名，一通有模有样的审问。最后的结果让整个帝国为之战栗，“蓝玉案”连坐族族达一万五千人，继胡惟庸案之后又一场腥风血雨。此案让大明王朝的开国将领所剩无几，将权受到重创。随着相权和将权的相继沉陷，朱元璋成了名副其实的寡头政治家，大明王朝也由此翻开了君主集权的一页。
我们可以从朱元璋让御用文人写的《逆臣录》中看出，那些被诛杀的功臣们死得都是稀里糊涂，那些摊派在他们头上的罪状根本经不起推敲，破绽百出。按照书里记载，一个叫蒋富的人供述，蓝玉领兵回来，请朋友们喝酒，这个叫蒋富的人也在列。也正是因为这次酒宴，蓝玉对他说：我们是老朋友，我跟你说个事。我有心想谋反，你回头来帮帮我，事成之后共享富贵。这个蒋富只是蓝玉家的打渔网户。
另有一名叫张仁孙同样供述，蓝玉出征回来，前去拜见，蓝玉对他们说，要成大事，要张仁孙等人准备好武器，等候消息。这个张仁孙只是乡里的染匠。造反这么重大的事，蓝玉的表现如此小儿科，与他的“常胜将军”威名不相吻合。
借用一套经济学理论来分析权力成本和收益，造反之类的事对于权力成本和收益来说都是最高的，当皇帝的收益就不用多说了。总之，与当皇帝的收益相比较，任何权力成本都会相形见绌。只要有些风险偏好，又有可能造反成功，也就难保不让人怦然心动。面对近乎有无限收益的皇帝宝座来说，不可能根据成本和收益情况确定出一个分离条件，皇帝们只能简单地根据某个信号直接判断。
对于朱元璋来说，他能够想到的就是动用手中的皇权来加大处罚的力度，比如动用灭九族、凌迟等超出人类承受极限的手段来提高造反者的入市成本。
这样一来，那些有风险规避行为的人就会选择老老实实在家里待着，造反有风险，入市须谨慎。但话又说回来，当皇帝的权力收益是如此之高，风险爱好者在条件成熟的时候不免蠢蠢欲动。在皇帝的眼里看来，那些曾经跟他出生入死的功臣，个个都是风险爱好者，若不然谁会去“提着脑袋干革命”呢？所以在朱元璋看来，事后惩罚的威胁对蓝玉这些以冒险为乐趣的功臣们来说丝毫不起作用。
“飞鸟尽，良弓藏。”皇帝与功臣始终都难摆脱这种权力困境，历史的活剧也如同盗梦空间的陀螺一直旋转下去。当权力运转进入到这样到一个灰色地带的状态，作为局中之人越挣扎，被灰色吞没的几率也就越大。朱元璋为什么非要置那些功臣于死地呢？在这里就要说到权力学的一条原理。根据权力学原则，最高统治者与属下之间需要一个权力空白区，这时最高统治者在心理上才会感到安全，宋太祖赵匡胤的一句名言，“卧榻之侧，岂容他人鼾睡”，堪称这条原理的最形象的阐释。
美学中有一个“距离产生美”原理，这个原理也同样适用于权力。在权力空间里没有距离就会产生威胁，有了距离才会带来安全感。淮右集团之所以成为朱元璋奋斗时期的最可依赖的势力，是因为地缘关系。亲不亲，都是故乡人。而距离在这里就成为皇帝与功臣的灰色地带，虽然胡惟庸不属于朱元璋的乡党，但是他是李善长栽培起来的。在战争年代，权力上的亲疏关系会成为一种战斗力和影响力；但是在和平年代，这种权力结构中的亲疏关系，就会成为潜在的威胁。特定的社会结构塑造了相应的政治结构，造成了人与人之间的相互隶属依附关系。在传统观念的压抑下，使人们恭敬地遵循“为臣之道，为人之道。”当政治氛围形成了某种惯性的因素，身处这个氛围中的人就不得不受其制约。
权力空白区内的“灰色地带”其实是一个危险边际，皇帝的功劳簿上留下了功臣们一笔又一笔的功劳。等到江山已定，硝烟散尽，功劳簿上留下的功劳越大，功臣们的危险指数也就越高。这样也就有了“飞鸟尽，良弓藏”这样一个历史怪圈。朱元璋总担心李善长、徐达这样的开国功臣会轻易跨过那条灰色界限，取而代之。所以太近则生疑，生疑则要吃人。作为朱元璋的同乡、故友、勋臣，让他感觉不到权力的空白地带，感觉不到距离。每个朝代都无可幸免地与这样一个怪圈迎头撞上，所以这应该与皇帝的个人素质无关，而是权力通道出了问题，造成一种习惯性的堵塞。有人借用经济理论来形容两者的关系，说他们是一种委托代理关系。也就是说，皇帝作为帝国的法人代表，他手里控制着帝国的产权，但他又分身乏术，抽不出更多的时间和精力亲力亲为，于是就委托一个或数个代理人来帮助他管理国家。
皇帝给功臣们派发高薪，政治上让他们享受高职位。皇帝用这些现实的利益来换得功臣对皇权的一颗赤胆忠心。皇帝的底线，就是这些功臣们不要动不动就造反。
造反是一项高风险，但同时也是高收益的行业。对于任何一个皇帝来说，要让自己的江山千秋万世传下去，就要将功臣造反问题放在重中之重。在搞不清楚谁将会造反的时候，每一位功臣都有可能成为皇帝怀疑的对象。这是一种很要命的逻辑，因为这种完全靠内心推理来完成的命题，对于功臣来说，是非常不公平的。
宋太宗赵光义说过这样一句话，对于国家来说，面对的不是外患，就是内忧。外患是有形的，而内忧因为无形则让人无从察觉。每个开国皇帝都面临着这样的困境：他无法从功臣集团中分离出忠臣和奸臣，但他又必须想尽办法保证自己的儿孙能顺利继承皇位。为此，皇帝们自然有自己的分离信号来进行分离，将可能造反的人清除出去，确保江山永固。
“宁可错杀三千，不可放过一个”，在不能辨别忠奸时，皇帝们选择了实际上也只能是这样一个分离信号：有能力造反的和没有能力造反的。对于皇帝来说，只要把有能力造反的杀掉，剩下的人即使有造反之心，也无造反之力了。每一代皇帝都面临同样的困境，面临着同样唯一的选择，最后都作出了同样的选择，让我们后人了见识了一幕幕闹剧。
不要问你想做什么，而要问你能做什么，功臣们天生就有罪，谁让他们有能力造反呢。在对待功臣上这话是对的，所有的皇帝防功臣都像防贼一样。
这也道出了皇帝在处理与功臣关系时的那种无奈：那些有反骨的功臣没有把大大的反字刻在脑门上，那些忠心不二的功臣也没有办法来鉴别。我们可以大胆设想一下，如果皇帝和功臣们能够掌握一种密码，我们姑且把这种密码称之为权力分离码。这种权力分离码能够让皇帝破译出谁是忠臣，谁是奸臣，而且不会混同。这样的话，这道权力困惑的难题或可解决。可这只是设想，却无法付诸实施。更何况帝王的权力操守也因人而异，就算有这种权力分离码，他们也未必会当回事。