经过十几年的发展，到上世纪末，宗庆后终于构建起了一个强大的娃哈哈王国。然而美中不足的是，校办国企的尴尬身份，使得宗庆后缺乏一种真正的主人翁自豪感。说透了，他干得再好，把企业做得再大，自己充其量也不过是国有企业的一名高级打工者。怎样才能让自己成为这个王国的真正主宰？企业产权的归属问题十分现实地摆在了面前。
这个一直困扰着宗庆后的企业产权问题，终于在1998年国庆之后有了新的转机。当然，这个转机又被宗庆后及时捕捉并且牢牢抓住了。
1998年10月5日，浙江省工商行政管理局、浙江省总工会和浙江省经济体制改革委员会联合发布了《浙江省企业职工持股会暂行办法》，规定了“职工持股会是专门从事企业内部职工持股资金管理、认购公司股份、行使股东权利、履行股东义务、维护出资职工合法权益的组织。”并且明确了职工持股会募集的资金总额一般应该占到公司总股本的30%以上。这标志着浙江的国有企业改革有了明确可以操作的政策依据。
其实早在上世纪的九十年代初期，企业改制之风便在沿海经济发达地区悄然刮起。饱受了亏损企业之累的政府，在市场经济大潮的冲击下，终于从习惯于担当企业“婆婆”的优越感中清醒过来，逐渐认清了政企分开、明晰产权的重要性和紧迫性。因此从中央到地方，有关部门曾先后就国企改制出台过不少政策和规定，各地政府也纷纷转变职能，开始积极主动地推动企业的改制。
然而新生事物必定会经历一番磨砺和波折。由于涉及的利益面较广，国企改革在当时也遇到了许多质疑的声音，“国有资产流失”便是最容易引起群众反感的话题。因此，有关“如何改制？”特别是“改制中到底该由谁来持股？”的问题也是经历了一波三折。最初试行的“内部职工股”方案，由于在实际操作中容易变味而导致腐败的发生，最后又被勒令停止。
在这样的背景下，1998年10月出台的《浙江省企业职工持股会暂行办法》，无疑为浙江众多正欲寻求改制之路的国有企业带来了福音。政策意识相当敏锐的宗庆后，自然是在第一时间捕捉到了这个重要的讯息。
解决娃哈哈的产权问题，缔造一个真正属于自己的企业王国的时机终于来了！宗庆后开始全力以赴，积极地构想起企业的改制方案，并抓住时机向政府领导传达了期望企业改制的讯息。
福音不断传来。1999年，杭州市政府进一步出台政策，要求加快国有企业改革的步伐，促进企业制度的创新，并对该市的国有企业在改制过程中给予企业经营者期权激励的办法做出了规定，明确经营者可以以现金的方式购买企业股权。同时，还就改制企业应收账款的处理、富余职工的安置补偿、企业税收的优惠等问题做出了一一的规定。
对这些政策做了认真细致的研究之后，宗庆后禁不住大喜过望，真是时不我待、天助我也！
1999年10月，宗庆后向杭州市上城区人民政府正式上报了要求实行企业改制的报告。这一顺应形势的改革之举自然受到了政府的首肯与支持，区政府很快发文批复，同意杭州娃哈哈集团公司实行内部职工持股。
得到政府的支持后，娃哈哈集团董事会迅速成立起来，经过股东大会的表决，宗庆后、杜建英、倪天尧、袁建强、丁培玲、方霞群、施幼珍等七名董事浮出水面，董事长的头衔毫无悬念地落到宗庆后头上。这是一个非常具有“娃哈哈”特色的名单：深得宗庆后赏识的女将们成为董事会主力，其中杜建英是他最得力的干将，施幼珍则是他的夫人。很显然，宗庆后在改制后的企业中进一步巩固了他绝对权威的地位。
董事长宗庆后很快拿出了他的改制方案：确认娃哈哈注册资本为5.146亿元，其中上城区国资局出资2.6245亿元，持股51%；经营者宗庆后出资1.51亿元，持股29.4%；公司其他职工出资1.0086亿元，持股19.6%。当然，这个方案是以董事会的名义形成决议，并上报到上城区政府的。
这当然是一个经过精心推敲的方案。因为此前经浙江资产评估公司的评估，娃哈哈的所有者权益为8.2亿元，评估中首先核销了不良资产1.14亿元，所有者权益评估确认为7.06亿元。后经过上城区国资局的确认同意，又从中剥离了职工住房、福利设施、科技成果转化奖等合计1.92亿元的资产，其中价值近400万元的娃哈哈大厦，也作为“非经营性资产”被剥离出企业的净资产。经过一次核销和一次剥离（含分离、提留等），娃哈哈集团的净资产被锁定为5.146亿元。
方案的精华还远不仅这些，与之相配套的另外一系列优惠也让宗庆后和他的团队成员们得到了不少实实在在的利益。这些优惠包括：在转让时，按评估确定的价格给予10%的优惠；受让方一次性付清款项的，再给予10%的优惠；从前三年企业自行研究开发的科技成果转化所形成的新产品新增税后留利中划出15%，即7294.32万元折成股份奖励给企业经营者和职工，其中宗庆后奖80%即5835.46万元、职工奖20%即1458.86万元；将职工所得的1458.86万元奖励与近年来未兑现的科技项目奖励1395万元合并，折成职工集体股，由经营者每年用其所产生的红利、或者直接将股份奖励给企业骨干……
这个方案一抛出，自然引起了一些非议，有人认为这种“半买半送”的改制，造成了国有资产的大量流失。理由应该说也是比较充分的：第一，在确认哇哈哈净资产的时候，一笔就核销掉了1.14亿元国有资产，而当时娃哈哈的应收账款和现金流质量其实并不差；第二，在改制资产中，没有把商标、生产技术等无形资产包含在内，而事实上这些资产一直在为娃哈哈产生巨大效益；第三，改制前集团的净资产又被剥离了1.92亿元，而其中的7000多万元科技成果转化奖还一下子奖给了宗庆后团队成员，其中宗庆后独得5800多万元；第四，在上述种种优惠的情况下，还可以再享受19%的优惠。这么一来，作为经营者的宗庆后，实际只要支付6419.5万元的现金，就一举拥有了1.513亿元的股权。
对于外界的议论，宗庆后却并没有感到太大的压力，对于自己的改制方案他充满了自信，因为他也有自己的充足理由：娃哈哈固然是国有资产，但大家都很清楚，这份资产之所以能够拥有今天这样的规模，是与以他为首的娃哈哈团队勤奋创业所做出的贡献分不开的。在他看来，这种贡献所创造的价值，理应在企业转制的时候得到体现。因此他必须在这个关键的时候为自身以及整个团队争取最大的利益，因为这是一个绝好的机会，也是唯一的一次机会。过了这个村就没有这个店了。
而且此前宗庆后早已跟主管部门的领导沟通过，他知道政府的态度是比较开明的。因为企业改制是大势所趋，对于政府来说，与其让一个挺好的企业落入不明底细的人手里，还不如多给点优惠让目前的经营者继续把大好局面保持下去。所以，宗庆后喜欢和政府打交道，政府做事往往比较大气，善于算大帐，不太会在细枝末节上讨价还价。
在这一点上，宗庆后可以说是完全搭准了政府的脉搏。他的改制方案因此得以顺利通过，在递交改制申请后短短的不到一个月的时间里，企业的资产和组织架构便按照宗庆后的方案全部调整到位。1999年11月22日，杭州市上城区国资局下文确认，杭州娃哈哈集团有限公司改制成功。
之后，上城区国资局又将2631.9万元的股份转让给职工持股会，娃哈哈的股权结构变成了上城区国资局持股46%，宗庆后和他的团队持股54%。
可以说，在最有利的时机，宗庆后最有力地抓住了百年不遇的改制机会。至此，宗庆后终于彻底解决了企业的产权问题，完完全全地掌控了这个由他一手缔造起来的娃哈哈王国。