李鸿章在军务方面也常常为曾国藩出谋献策。1860年6月，清廷命曾国藩署理两江总督，督办围剿太平军事务。曾国藩率大营进驻安徽祁门。祁门在长江之南，位于黄山之西，四周山丘环绕，形如锅底。曾国藩认为，只要占领四周制高点，扼守要路，足以自守。但李鸿章则认为：“在这种地方扎营驻兵，乃是兵家之忌。这是兵法上所说的‘绝地’。不如及早转移，选择有利地形。以便进退自如”。
从纯粹的军事观点来看，李鸿章的话是颇有见地的。但曾国藩没有接受李的意见。李鸿章反复力争，坚持己见。最后，曾国藩气愤地说：“诸位如果胆怯，可以各奔前程!”李鸿章见状便不敢再多言了。
其时，曾国藩军中又发生了另一件事，即李鸿章不同意曾国藩弹劾李元度，使李鸿章暂时离开了曾国藩幕府。
李鸿章的出走，从心理上说，是其雄心壮志久久不得舒展的情绪冲动。他追求青史留名，要的是封一路诸侯，而不是屈居人后。他在诗中抱怨“昨梦封侯今已非”，做梦都想踞有一块地盘，对寄人篱下的状况感到不满。曾国藩为此曾安慰他：“观察阁下精明强悍的神色流露在眉宇之间，写字则筋骨胜于皮肉，象不会长期置身于玉堂，带玉器优游。假若要当四方诸侯，按图索骥，不是南方的两粤，就是东方的三吴。”曾国藩果然看得准，1862年，李鸿章得以去抢三吴这块地盘。但在此前，李鸿章却常因此而郁郁寡欢，或是吟“愁弹短铗成何事，力挽狂澜定有人”；或是叹“郁郁松楸望不开”，“空将双泪寄泉台”；或是发牢骚!当时湘军内部门户之见极深，李鸿章作为皖人虽居高位，却被占据要位的绝大部分湘人所排挤。那种克制忍让、忍辱负重的生活，令他感到极不舒畅。为此，他常有“戈马飘零何必家？”“四海无家行路难”之叹。
李鸿章的出走，不排除功利驱使，而意气用事也是重要原因。李鸿章离开祁门，打算返回南昌哥哥家中。途中走访了胡林翼，并告知离开曾幕的缘由。胡林翼素知李鸿章有才略，就说：“君一定会发达，但希望不要离开涤生（曾国藩），若没有涤生，君何以进身？”李鸿章听后，不以为然，愤愤地说：“我初以为你是豪杰之士，不需要别人而可以发展，今天才知我看错人了。”言毕，拂袖而去。归到下榻之地，整装将行。胡林翼派人挽留，李鸿章脾气又来了，仍执意要走。后经胡林冀强留，李鸿章才放下了行装。过后，两人又每日饮酒畅谈，只是不提曾之事。尽欢多日，李鸿章方才离去。
送别李鸿章后，胡林翼即写信劝说曾国藩：“李某终将发达，不若引之前进，犹足以张吾军。”曾国藩经过冷静思考，认为胡林翼的看法很有道理，便于1861年3、4月间写信给李鸿章，请他出任南昌城守事宜、以抗拒南路西征太平军。李鸿章也未割断与曾国藩的联系，直接写信劝说或请胡林翼代劝曾国藩从祁门“及早移军”，“先清江西内地”。胡林翼支持李鸿章的主张，特地写信给曾国藩说：李鸿章之议“颇识时务”，左宗棠移驻九江之策“亦握形势”，“然涤丈未必采纳。能于湖口、东流驻使节，联络南北两岸之兵气，乃合使节之体裁，且功效必大。”他甚至委婉地批评曾国藩因小失大、不顾战略全局。曾国藩随即移节东流。
李鸿章滞留南昌期间，曾给同年沈葆桢去信询问福建情况。有意去闽任道员之缺。沈葆桢回信劝阻：“闽事糜烂，君至徒自枉才耳!”另一位同年郭嵩焘也致函李鸿章，“力言此时崛起草芭，必有因依，试念今日之天下，舍曾公谁可因依者，即有拂意，终须赖以立功名，仍劝令投曾公。”李鸿章“读之怦然有动于心”。1861年5月18日，曾国藩乘机写信给李鸿章，情词恳切地请他回营相助称：
鄙人遍身热毒、内外交病、诸事废阁，不奏事者五十日矣。如无醴酒之嫌，则请台旆速来相助为理。
曾国藩敦促李鸿章出山，意在为自己罗致建功立业的助手。李鸿章环顾左右，也确信当今可资“因依”而“赖以立功名”者只有曾国藩，因此，捐弃前嫌，于6月6日赶至东流，重新投身曾幕。
李鸿章第二次入幕曾府，曾国藩对其“礼貌有加于前，军国要务，皆与筹商。”吴汝纶撰《李鸿章江苏建祠事略》中说：“曾国藩前后幕僚，多知名之士，其能争议是非者，李鸿章一人而已。”虽不全是事实，但李“认真”的品格确为老师所欣赏。
李鸿章进曾国藩幕府等于进一个高级研究班。在军事上，他得以独当一面地招练骑兵、组建淮扬水师，温习他以前自学的步兵战术，故出幕时三大主要兵种的大部队指挥已相当娴熟。1862年，上海官员惊奇地发现，李鸿章亲自动手绘图描型，改建了上海水师战船、战艇式样，十分在行。以前，李鸿章能浪战而不耐战，不善防守；在曾国藩身边，他学到了深沟高垒的“站墙子”防御之术，学到了保饷道、粮道而无后顾之忧的坚守之法。李鸿章曾说：“我以为湘军有异术，今天晓得，不是别的，只不过听到长毛来站在墙子前罢了。”正是这站在坚厚墙壁前的防守战术，使当年淮军在关键的虹桥之战、北新泾之战中未被太平军击败。
李鸿章在曾国藩身边变得成熟起来，从政事到立身处世均有长足进步。从李鸿章的身上常常可以看到曾国藩的影子。曾国藩早就使用洋炮，李鸿章来沪后更爱洋枪洋炮；曾国藩上马杀敌，下马讲学，幕府中供养“三圣七贤”十位名儒，李鸿章来沪后也效其技，并与上海势力中的商绅打成一片；曾国藩处理军政大事虽征询幕友，然决断善断一由己意，李鸿章更青出于蓝，来沪后不容他人与自己平起平坐。李鸿章终其有生之年感谢曾的“积年训植”，他曾向部将刘秉璋述曾国藩之恩：“我跟从的师辈多了，没有一位像这老翁善教的。他随时随地随事都有所指示。”李鸿章成名后朝野舆论也说他“果毅坚贞，克绍曾门衣钵”；他自己则说：别的弟子多不愿遵从师门成法，但“鸿章笃守”。无疑，李鸿章保持谨守师法的形象对自己最有利；而曾国藩心传于李鸿章，也有其明哲保身的深意。
立世大智慧
对于那些有大才、有大志的人，千万别当绊脚石，不妨助之向上，引之向前。因为有大才大志的人是阻遏不住的。曾国藩待李鸿章之法颇值得世人玩味。
让别人自主发展
人才尤应惜之，褒之则若甘雨之兴苗，贬之则若严霜之凋物；称许不绝于口，揄扬禾停于笔，人谁不欣欣向荣！
——曾国藩
曾国藩认为，规模要宏大，就需要放权，让别人自主发展。但是，什么时候让手下去另谋发展，却是大有讲究的。在这个问题上，曾国藩的做法是：局面小时，坚决维护手下队伍的团结统一，对另立门户者坚决予以打击，因为，在这时自立门户，无异于分裂队伍，瓦解自己；但是，当自己的发展具备了一定规模，是自立于世的时候，一定要让手下另谋发展。这不仅是所谓“利己利人”，“达己达人”之道；更是自己事业的扩大，因为， 另谋发展以后，总还是自己的属下，可以为自己节制；即使完全独立，也总还是可以互相有所照应。
在曾国藩移驻衡阳前编练湘军的时候，王鑫本来是曾国藩非常赏识的一名将领，一直准备要重用他。但王鑫在曾国藩将营地搬到衡阳后，曾受命回湘乡募勇。王鑫回到湘乡后，十分张扬，出入都要敲锣打鼓，乡人为之侧目，又将勇丁多招至3000人。更令曾国藩气愤的是，王鑫带着这3000勇丁到长沙，竟与湖南巡抚骆秉璋来往密切，并渐渐流露出自成一军，不再听曾国藩指挥的倾向。
曾国藩于是断然要求王除原带一营外，新招者只留二营或三营，营官由曾国藩处任命，并按统一营制编练。但骆秉璋却不令裁撤，命其加紧操练，驻省听调。这样，王鑫更拒不听命，从而导致曾、王彻底决裂。王从此自定营制，白派营官，在组织上、制度上独立于曾国藩之外，自成一军。人们以后也习惯地称之为老湘军，以别于曾国藩统辖的湘军。
曾国藩在关系到自己以及湘军的前途命运的大事时，每次都不妥协。这次也不例外。于是，在1853年12月，他终于与王鑫摊牌，就两人间的关系做一个了结。他给王鑫发去一封最后通牒式的信函，提出王鑫必须在遵守湘军的营伍制度与脱离曾国藩的湘军系统之间做一明确的选择：
特书与足下约，计必从鄙意而不可更改者五条，听足下自为屈伸者三条。能如吾之约，则一一照办，破釜沉舟，以图一举；若必不肯从吾之约，则足下自成一军，今后吾将不与足下事，吾并将另募数营勇丁以替足下之位置。
曾国藩所强调的不可更改的五条之中，最为关键的就是要求王鑫自己只能统带其中的一营，其他各营需要由曾国藩另行委派营官统带，各营勇丁的数量也必须遵守湘军统一的营制，不得自行其是。勇丁在招募入营后，必须经过至少两个月的训练，才能开赴战场打仗。一句话，王必须听从他的指挥，否则，他就不承认王鑫继续做他的部下。
王鑫此时以为自己追随湖南巡抚骆秉璋比跟着曾国藩走更有前途，便对曾国藩的警告不予理睬。骆秉璋也趁机拉拢王鑫，表示他所统带的3000勇丁可以不裁撤，并继续驻守在省城长沙。曾国藩看到局势已无可挽回，便忍痛与王鑫一刀两断，将他逐出教门。
王鑫本是罗泽南众多弟子中的佼佼者。他比罗泽南小16岁。少时便自视甚高，给自己取了一堆的字号别名，既字家宾，又字溪山，还自称为返璞山人、四愿居士、养拙子等。他的启蒙先生曾经对他做过这样的评论：
王鑫读书，穷极圣贤义理，志量宏远。尝书数语于壁上，谓“置身万物之表，俯视一切，则理自明，气自壮，量自宏。凡死生祸福，皆所不计。”
又说：
此人体貌清瘦，目光炯炯射人，声大而远，说话如在瓮中，而滔滔不绝于词。
24岁那年，王鑫考中秀才，并转拜罗泽南为师。罗泽南一见，便觉此人不一般，对之抱有很大的期许，希望他将来能光耀师门。而王鑫对罗泽南也崇拜得五体投地。曾对别人这样评价自己的先生：
其学行才识，为当时所罕见。续千载之坠绪，辟吾道之榛芜，倡明绝学，通达时务，诚为苍生而出。
曾国藩与罗泽南关系颇睦，属早年结交的乡友之一。考虑到这一层，曾国藩不愿与王鑫为敌，做事留有分寸。而这次曾、王分裂，固然是两人利害之争，但也是曾国藩与湖南省中大吏矛盾的继续。它反映了骆秉璋急欲直接掌握一支部队，不愿在军事上完全依靠曾国藩。事实上，在此之前，曾、骆在部队调遣方面就有过不止一次的冲突。田家镇败后，太平军西上，骆令驻浏阳之邹寿璋营移防岳州，但曾却令邹原地防守，不仅剥夺了骆对湘军的指挥权，且几次暗示骆的指挥昏庸，几同儿戏!省中官吏对此不能不感到愤怒，长沙知府仓少平就致书曾，指责他的行为造成“号令纷歧”。骆自然更耿耿于怀，支持王鑫，使王感恩不已，不仅可以一微怨气，更重要的是王从此只能更依靠他，更听他的指挥。
不言而喻，王鑫式的决裂如果连续发生，将对湘军，特别是对曾国藩个人产生严重的影响。为防止其重演，曾国藩断然割断与王一切联系，把他逐出教门；且在致自己的老师吴文镕书中，对王大加攻击，使吴不再调王鑫军北援，失去进一步发展的机会。事实上，王也由于不能援鄂，省内又财政困难，不能不将所部三千四百人，减去一千。这样，就对后来可能的效法者，起了警戒作用。同时，曾国藩更刻意讲求笼络和控制部属之方，利用同乡、师生、亲朋等关系，结成以他为中心的集团，并对个别敢于步王后尘的人，给予打击。
尊重、服从上级领导同谋求自身的独立发展，这在各种不同的社会制度下都是不易妥善处理的重大问题，在专制制度下，情况更为棘手。曾国藩高出同时代人的卓识之一，是局面做大时公开鼓励下属谋求独立发展。对于鼓励人才，曾国藩有一条很重要的体会：“人才尤应惜之，褒之则若甘雨之兴苗，贬之则若严霜之凋物；称许不绝于口，揄扬不停于笔，人谁不欣欣向荣!”这并不是说，曾国藩主张不分是非，倡导互相吹捧的庸俗气氛。相反，他力主吏政和治军都必须严格。但在方法上则必须着眼于表扬和鼓励，而在批评缺点错误的时候也必须注意选择适当的场合，照顾对方的自尊。他的这些主张，同现代心理学有惊人的暗合之处。例如，马斯洛就认为：“除了少数病态的人之外，社会上所有的人都有一种对于他们的稳定的、牢固不变的、通常较高的评价的需要或欲望，有一种对于自尊、自重和来自他人的尊重的需要或欲望。”阿德勒个性心理学的基本观点之一则是不断追求优越，是人们行动的内驱力，它引导着个人和种族不断进步。
曾国藩曾致信李鸿章：“昔麻衣道者论《易》云：学者当于羲皇心地上驰骋，无于周孔脚跟下盘旋。前此湘军如罗罗山（罗泽南）、王璞山（王鑫）、李希庵、杨厚庵（杨载福）辈皆私自立门户，不肯寄人篱下，不愿在鄙人及胡（林翼）、骆（秉璋）等脚下盘旋。淮军如刘、潘等气非不盛，而无自辟乾坤之志，多在台从脚下盘旋，岂阁下善于制驭，不令人有出蓝胜蓝者耶。”
自先秦荀子等人开始，就鼓励后人超越前辈。不过，真正见诸行动，特别是军事和政治领导者，却历来是鲜见的特立独行。中国传统文化中虽不乏尊重个人独立人格的论述，那也不过是吉光片羽。专制制度下的上下关系以顺从为主要特征，且已上升为美德。曾国藩却力倡“自立门户”，“自辟乾坤”，把传统文化中尊重个人的因素发挥尽致。为此，他甚至主张，宁用“好逞才能，好出新样”而能“遇事体察”者，不用“好讲资格，好问样子，办事无惊世骇俗之象”的官气十足之辈。这固然与他领导的镇压太平天国的战争跌宕起伏，生死相寻，不能不充分发挥部属的主动性和创造精神有关，也显示了他罕见的胸怀。
对于李鸿章、左宗棠等人，都体现了他的鼓励下属谋求发展的精神。李鸿章赴上海练淮军，曾国藩说：“少荃去，我高枕无忧矣。惟此间少一臂助，奈何？”李鸿章再请，曾国藩不但欣然同意，还送上马扶一程，令李鸿章终生铭记。