当然，也有许多人对清廷的这个改革方案非常不满意，以为清廷宣布的最终方案非常令人失望，几乎所有的改革仍是本来面目，军机处继续为权力中枢，礼部仍旧保存，至于许多中央部院的改革，说到底也不过是更换一个更加时髦的名字而已，职权未变，本质未变，于是这些不满者以为这次所谓的中央官制改革不过是一个“弥缝主义”而已，是“伪改革”，徒为表面之变更，而无内容实质之变动，只是承袭了立宪国的皮相而遗漏其精神，是龙头蛇尾因循守旧的假改革。
更有激烈反对者，以为清廷的所谓改革，不过是借改革之名而收缩中央大权而已，巩固满洲贵族集团的集权统治而已。他们的一个重要论据是，改革后的中央部院均各设尚书一人，废除了改革前各部院尚书两人，满汉各一人的成例。而从改革后十一个中央部院共十三个尚书构成实际情况看，满人占了七个，蒙古人一个，汉人只有五个。相比之下，改革前满汉尚书是一对一，现在却明显减少了汉尚书的名额。这一点确实为后来的政治纷争埋下了种子，潜伏着危机。
三、重建地方官制
改定中央官制只是1906年官制改革的一个环节，官制改革的另外一个重要环节是地方官制的改定与重建。
清代的地方官制情况各地不一，并未在全国范围内实行统一的地方制度，而是因地制宜予以变通。大体上说，在中原腹地，继承元明以来的行省制度，实行统一管理和统一制度。至此次改革之前，大致实行省、道、府、县四个层级。省的最高行政机构为督抚衙门，最高行政长官为总督，为巡抚，之下大概实行类似于三权分立的体制，有专司政务的布政使（全称承宣布政使司，简称藩司），专司治安的臬司（提刑按察使司），专司司法、检察的按察使。另有中央政府直接任命和管理的学政，负责省内教育。省以下为道，道置道员，俗称道台，亦称观察。道员的职责是协助督抚及藩司、臬司等省级层面管理属地政务事务，并监督府县，课农桑，兴贤能，励风俗，简军实，固封守，其地位职守都介于省与府县之间。道以下有府，府的行政长官为知府。府以下设县，县有知县。
除中原腹地行省制度外，在东三省、蒙古、西藏等周边地区，清廷实行更为宽松的特别制度，其中东三省为龙兴之地，制度最为特殊。至于京师，继承明朝制度略有调整，设置顺天府，作为中央直属的特别行政区，是首都最高行政机关，顺天府尹为正三品，且一般由尚书、侍郎等层级的中央大臣兼任。顺天府虽在直隶总督的辖区内，但其府尹与直隶总督不存在隶属关系。
清代的地方制度，中间有过几次改革和调整，特别是对于督抚同城现象，早在洋务运动之末就有一些批评，1895年开始的“维新时代”曾尝试着解决这些问题，比如裁撤同城督抚之一，比如湖南新政中尝试成立保卫局等。只是后来政治突然变化，许多新政措施不得不中止。1901年新政开始后，地方行政管理体制的改革再一次提上日程，其要点及核心就是怎样增加地方的权限，怎样减少管理层级，减少官员人数，提高行政效率。
至1906年宣布预备立宪后，地方行政改革再次引起了各方面的重视。这一次的改革要点，当然是为地方自治和宪政体制的实行准备条件，为将来实施宪政奠定基础。1906年11月5日，官制编制馆拟定的外省官制改革方案公布，电请各省督抚裁酌。第二天，朝廷责成奕劻等官制编制五大臣陆续编订各直省地方官制，并会同各省督抚筹备地方自治。
对于中央官制编制馆的方案，各省督抚都进行了仔细的研讨，对各种方案进行比较和加减，然后通过相关渠道上报中央。各省督抚的大致意思是，全国幅员广阔，人口众多，各地风俗不一，发展也不平衡，所以制度的制定应该充分考虑到各地的特殊情况，本着宪政的精神和原则进行，允许有先后有迟早，不必强制一律，强制推行。
四、东三省官制改革实验
各地督抚的建议合情合理，所以清政府在1907年初决定参照各地在人才、经费、民智等各种因素不平衡的实际情况，分阶段逐步推行，先从东三省这一根本重点尝试着试点，待取得一些初步经验后逐步推广。
东三省为大清王朝的龙兴之地，尽管自1900年先后被俄国和日本占有，但这块热土一直被朝廷视为特别区域，一直实行比较特殊的政治架构和统治政策。东三省的最高长官为将军，用满族或蒙古族人担任，在吉林将军和黑龙江将军的署下，参照中央政府的政治架构，分设有户、礼、兵、刑、工五司。在陪都盛京，也就是后来的沈阳，其体制又稍有不同，因为这里才是真正的龙兴之地，1625年清太祖把都城自辽阳迁至沈阳，并着手在那里修建了皇宫，所以清太宗皇太极于1634年将沈阳改为盛京。1644年大清王朝迁都北京后，就将盛京定位为留都，实行特殊的行政体制，陆续设立户、礼、兵、刑、工五部，各部设侍郎，置内大臣为总管，留守盛京。稍后，又改内大臣为镇守昂邦章京。至康熙元年（1662），改镇守昂邦章京为镇守辽东等地地方将军。1657年，朝廷以“奉天承运”之意在沈阳设奉天府，沈阳又名奉天，原镇守辽东等处地方将军改称镇守奉天等处地方将军。乾隆十二年改称盛京将军，主要负责当地军政事务，兼管奉天府尹事务大臣，监督府尹。奉天府的设置参照了京师特别行政区顺天府的行政架构和功能，甚至在某种程度上说，其体制的崇严较顺天府有过之而不及。
按照清廷最初设计，东三省为其最根本的根据地，所以并不允许关内人民迁至该地，而是实行封禁政策，除原有居民外，就是驻防在那里的八旗。因此东三省的政治架构除了体制崇严，之所以设置为将军，继续保留军事化、半军事化的政治框架，主要是因为那里的政务实在简单，除了极少量的居民有民政需求外，就是管理那些八旗。只是到了后来，随着流民不断流入，土地开垦不断扩大，商业发达，城市兴起，非军事人口不断增加，于是清政府不得不在一些经济发达地区陆续设立地方行政机构，以加强社会管理，维护社会秩序。
日俄战争后，东三省的情形更加混乱，俄国人据有北满，日本人据有南满，新旧体制冲突加剧，各种各样的社会冲突时有发生，东三省已经不是原来意义上的龙兴之地，更非原来封禁状态下的独立王国，因此改革东三省的管理体制，就成了非常迫切的问题。
盛京将军赵尔巽奏请朝廷派员勘察东三省的实际情形，制定改革方案。朝廷采纳了这个建议，于1906年10月派遣载振和徐世昌前往东三省实地考察，研究改革方案。1907年初，载振、徐世昌回到北京，东三省行政体制改革由此逐步推进。4月20日，清廷下令东三省改制，将盛京将军改为东三省总督，兼管东三省将军事务，随时分驻三省行台，奉天、吉林、黑龙江各设巡抚一职，分掌各省事务。朝廷同时宣布以徐世昌为东三省总督，并授为钦差大臣。以唐绍仪为奉天巡抚，朱家宝代理吉林巡抚，段芝贵以布政使衔代理黑龙江巡抚。并责成徐世昌等拟定东三省的新官制报中央批准后实行。
5月22日，新任东三省总督徐世昌等将东三省官制及督抚办事纲要上报朝廷并获得批准。根据这个方案，东三省的行政体制不同于内地，继续实行特别政策，三省各设行省公署，取消了督抚、藩、臬各署，公署内设承宣厅、咨议厅，以左右参赞充任。又设置交涉、旗务、民政、提学、度支、劝业、蒙务等七个司，分司各类事务。行省公署另设督练处，主持军政；设提法司，主管刑法。总督为东三省最高行政军政长官，三省巡抚为次官，各加副都统衔。八旗事务的处置权在东三省总督和三省巡抚。
经过这次改革，东三省的行政体制发生很大变化，表面上依然实行特殊行政体制，继续保留着一些特别权力，但其体制已经趋于与内地大体一致，并赋予一些近代化特征，行政效率由此获得很大提升，为全国地方行政体制改革提供了范例和经验。
五、地方官制改革：为立宪做准备
东三省的改革受到了各方面的关注，特别是在中央官制改革以及预备立宪这样的大背景下，东三省的这些改革更加引人注目。1907年7月7日，奕劻、孙家鼐等参照东三省的行政体制，奏请朝廷颁行地方体制改革章程。根据他们拟定的方案，各省按察使一律改为提法使，增设巡警道和劝业道，府、州、县有辖境的同治、通判改为州县，有属县的直隶厅改为直隶州，裁撤分守分巡各道，酌留兵备道，分设审判道，增易佐治员。
根据这个方案，各省督抚设会议厅，定期召集司道以下官员讨论本地各项紧要事务，重要且涉及本地事项，还要定期不定期邀请当地乡绅一起讨论，听取各方面的意见，增加决策的民主性，扩大一般民众对当地事务的参与权力，培养民众的参与意识。
至于在府、州、县层级，由于取消了佐贰杂职，一律以佐治员代替，分掌巡警、教育、农工商、交通、监狱和税收等事宜，而这些佐治员必须通过相关考试予以录取，这在很大程度上有助于这些佐治员也就是后来的公务员的专业化、职业化、中立化，不必受到现实政治更多干预，有助于行政效率的提升。同时，还应该注意的是，这个改革方案中，规定府、州、县这个层级必须创造条件，分期分批设立议事会、董事会等各种各样的民意机构，允许各地尝试地方自治，为地方民主政治的完全实行准备条件。
基于预备立宪的考虑，这次地方改制方案还注意到了三权分立意识的培养，特别是趋向于司法独立，为社会公平提供一道有力的保障线。方案要求各省设提法司，置提法使，专责司法行政，监督各级审判，并规定设立高等、地方和初级审判厅，从而使地方司法行政与审判实践逐步分离，为司法真正独立奠定了基础，提供了可能。
或许是因为这个将要通行全国的地方改制方案稍过激进，朝廷担心如果一旦全面推开无法控制，社会失控，于是几经酌商，谕令将这个方案由东三省先行开办，直隶、江苏择地试办，其余各省体察各自情形，分年分地，请旨办理，逐渐推广，争取用十五年的时间使全国的地方行政体制趋于统一，一律实行新体制新制度。
对于地方行政体制的改革，清政府还是采取了比较稳妥的立场，因而也被许多人批评为比较保守，不过如果从长远立场去观察，这个地方行政改革毕竟迈出了非常关键的一步，使大清王朝踏上了一条近代化改革的不归路，因为这个改革虽然缓慢，但其本质却异常激进，不论是中央政府层面，还是地方行政，其改革都不外乎是立宪政体下的技术问题，注意到了立宪政治体制下的从行政、立法、司法三权分立的视角进行制度设计和制度创新，使各级各类政府机构向专业化、职能化、技术化和政治中立化方向迈出了一大步，逐步形成职业性能比较高的行政管理体制，是中国行政管理体制现代化的开端，一般民众的政治参与能力和参与热情在这一过程中获得了很大提升。
（作者简介：马勇，中国社会科学院近代史所研究员，中国社会科学院研究生院教授、博士生导师，著有《汉代春秋学研究》、《中国文明通论》、《超越革命与改良》等。）