这个案子的发端究竟在何处？没有人能够说得清楚。也许从银库诞生的那一天起，这个巨大的权力黑洞就开始进入它的运转之旅。所以经过官员的劝解与开导，道光皇帝很快就从最初的愤怒中平静了下来。他知道，自己在这件事上较真到底并没有多少实际意义。
从这个案子的最后处理结果来看，除了个别证据确凿、情节恶劣的库丁被处以死刑、流刑、徒刑外，朝廷官员中并没有人为这个案子付出血的代价。道光皇帝这么做有他自己的想法，国家正是多事之秋，急需用钱。与其让那些涉案官员背负刑事责任，不如让他们分赔国库损失，尽可能地挽回国家损失。
这个案子拖得太久，很多涉案官吏已经不在任上，甚至有的人已经离开了人世。
道光皇帝追究的是嘉庆五年（1800年）以来历任银库官员的经济责任，按照他们的任期长短，将银库的损失分摊到每个人的头上。其中库官、查库御史任期中每月赔1200两；管库大臣每月赔500两；查库大臣每查库一次赔6000两。那些已故官员的赔偿标准减半，由其子孙代赔。
道光皇帝还特地制定了缴纳赔款的详细时间表。这一期间有些官员拒绝赔偿，按道光皇帝的意思，拒绝缴纳赔款者就要被投入监狱，不赔钱就不放人；如果超过规定时间还赔不上钱，就要追究刑事责任。
在如此严刑峻法之下，道光皇帝追缴的结果如何呢？答案是很不理想。
如此巨额款项，又加上当时国家机器运转效能极其地下，没有如期完成追缴目标也是可以想象的。在这一点上，估计身居皇宫的道光皇帝也早已有所考虑。不然的话，他不会在时间上，在任务上，做出双重量化的规定。在库银追缴过程中，有些官员或者子孙根本无力赔偿，即使把他们投入监狱也赔不出。在这种情况下，道光皇帝不得不调整赔偿标准，譬如延长赔款期限或者适当降低赔偿标准等。同时，道光皇帝也同意一些特殊官员免于赔偿，比如说官员本人已经去世而他的子孙尚未成年，可以免于赔偿。
银库大案让道光皇帝心疼不已，这种心疼不仅是因为九百多万两的国库白银，让他感到憋屈的是，自己堂堂大清帝国的皇帝竟然对这个案子无从下手，其中几个长年作案的库兵依然逍遥法外。面对上报调查结果的奏折，道光皇帝朱批道：“朕除愧恨忿急之外，又有何谕？”
事情前因后果查清楚了，但是怎么善后却成了道光皇帝的心头病。整个案件的时间跨度为四十多年，皇帝都换了一茬了，别说更换的官员了，书吏丁役那更是说不胜数。当然这个时间跨度只是调查结果上的显示，并非案件本身的时间跨度。时间之长，涉案人员之多，案情之复杂都是前所未有。
经过一番梳理，道光皇帝还是想出了一个处理办法：谁弄丢的谁赔偿，岗位责任制。具体的说就是那些证据确凿的库丁砍头的砍头，流放的流放；官员们网开一面不追究刑事责任，只是给了行政处分。从嘉庆五年一来历任银库管理的官员责令按照任期长短分期付款赔偿损失，库官、查库御史任期中每月陪1200两，管库大臣每月500两；查库大臣每查一次赔6000两，已故官员可以减半。这个解决方案在表面上看来还是比较合理的，起码体现了权责对等的原则。最后连死了的曹振镛也没有逃过去，要求他的子孙减半赔补两万多两。
这件事对于道光皇帝的打击比较大，一方面贪心如虎的官吏居然连监控最为严密的地带——银库都不放过，这让他感到震惊；另外一方面，这个案子的处理结果让他大失所望，太岁头上动土，本应是极刑，可是这个案子却办得拖泥带水。尽管大部分库丁都已经归案，但是几个常年作案的库丁依然不见踪影，道光皇帝严令步军统领衙门和顺天府务必拿获归案，最后还是让这几个库丁逍遥法外。为了填补这一巨额亏空，嘉庆五年(1800)至道光二十三年(1843)期间管理银库或监督检查银库的官僚，包括已经辞世者在内，皆被课以罚赔银两。
人人都成了欲望世界里的硕鼠，人人都背负着世纪末的疯狂与贪婪。在鸦片战争这场前所未有的外患之后，道光皇帝绝望地发现等待着他的竟是前所未有的内忧。在接下来的时间里，财政困难就成了挂在帝国上空的一道阴霾，挥之不去。道光二十八年（1848年），户部仅存库银12.39万余两；道光二十九年，户部存库银55万两；道光三十年，就在太平天国运动爆发的前夕，大清户部库银“入款有减无增，出款有增无减”。一个庞大的帝国在经济上左支右绌，一筹莫展，已然走向大崩溃的边缘。