郭桓案的事发地是应天、镇江等五个州、府，这几个地方应该算是朱元璋当年平定天下的根据地。老区人民在战争年代里长期支援朱元璋的军队南征北战，朱元璋不曾忘记这份恩情，在他即位后免除该地区所有民田的夏税秋粮，官田则减半征收。
当时一石秋粮从浙西运送到南京，由于沿途层层剥盘，所耗运费高达四石粮食的价格。为了减轻农民负担，朝廷采取以钞折粮的举措。也就是每石米折钞两贯，农民可以缴钱折粮，免除运费。对于那些习惯了“上有政策，下有对策”的地方官员，他们同样会变着法子在秋粮征收中苛敛，以获取灰色收入。
为了捞足油水，他们在秋粮征收中可谓挖空心思。比如说他们对每石秋粮征收水脚钱、车脚钱、口食钱各一百文；按照规定，以钱折粮是不用再包装的，可那些粮库官员仍然加征辨验钱、蒲篓钱、竹篓钱各一百文，甚至还要征收水路运输沿江神佛的香火钱一百文。各项征费累计九百文，差不多等于一石秋粮折款的一半以上。
明朝实行以钞折粮的本意是为了降低运费，减轻粮农负担，可是一项好政策就这样被歪嘴和尚念歪了。也难怪朱元璋愤怒道：“害民如此，罪可宥乎？”如此坑害老百姓，还指望我饶恕他们的罪过吗？
洪武十七年（1384年）的夏税秋粮，五个州府真正实现了全免，没有一粒粮食提交国库。当地官田名下还有几十万亩，地方官僚也没有忘记对官田减半征收。那么让人感到困惑的是当年征收的粮食跑到哪里去了？是用于填补历年亏空，还是上下级官僚层层瓜分了？
吴庸等办案人员认定的结果是，当地官吏张钦等人勾结户部侍郎郭桓等，将其作弊私分了。这是京城附近地区，发生在皇帝眼鼻子底下的事情。那些稍微远一点的地区——浙西地区，揭露出来的问题更加严重。那里曾经是朱元璋的死敌张士诚的地盘，包括苏州府、松江府、嘉兴府、湖州府，称为“浙西四府”，是帝国版图中最为丰饶富裕的地区。
明初单独划出建立新的浙江省以后，所谓的浙西四府却被划在了直隶省（永乐以后叫做南直隶），与浙江省没有关系。洪武十四年（1381年），为了平衡地方财政，才把直隶原属的嘉兴、湖州二府改隶浙江省管辖。在此之后，把苏州府、松江府（今上海）、常州府三地算作是浙西。
郭桓案版本不一，那么他盗卖的官粮究竟达到多少石呢？按照朱元璋在《大诰》中的说法：我怕人们不相信盗卖官粮的数字，只略写为700万石，再加上其他各项，一共损失精粮总数达到2400余万石。
朱元璋认为郭桓盗卖的官粮真实数字与最后定性的700万担相去甚远，之所以最后锁定小数字，而忽略那个大的数字，朱元璋显然有着自己的想法。真实的数字固然大的惊人，但其中不乏水分。当然这种虚报数字的恶习，并不是专为朱元璋执政时期量身打造的。自元朝以来，虚报数字就成为一种官场上的数字游戏。数字里面出政绩，数字能够掩盖真相。盗卖的官粮究竟有多少？里面包含多少水分？既然虚的不好认定，也不容易定罪，那就给个定量数字。所以朱元璋说，我只给郭桓按700万石算，其实朝廷真正损失精粮达到2400万石。这样惊人的浪费与损失让草根出身的朱元璋既愤怒又心疼，他说：“自古以来，贪赃枉法之人，没有比郭桓这帮人更加过分的。”
之所以将最终的数字定格为700万石，其实是朱元璋在强行给案件定性。既然皇帝定性，下面的人就不敢再乱嚼舌头。郭桓案确实存在贪污，但若说金额巨大到可以地抵得上国家一年的收入，规模巨大到牵涉全国部级以下所有官员，牵涉全国所有“中产阶级”，那绝对是不可能的。
那么朱元璋又是如何解决那些盗卖、损失的官粮呢？很简单，一条线插到底，拔出萝卜带出泥。户部所收赃款肯定是从布政司来的，那就把布政司的官员抓来，问他赃自何处而来？布政司必然会供出赃款来自于府，那就把府官也抓来，问他们赃自何处而来？府必然说来自州县，那就接着把州县官抓来，问他们赃是从哪里来的？他们肯定说是老百姓送上来的。追根究底，从哪儿来的贿赂，就查到哪儿，一查到底，要求官员如实退赔。
郭桓、王志等京官贪污受贿是祸源所在，地方官科敛罪责难逃，苏州粮长们滥收费用更是板上钉钉。至于地方官府浮夸出来的虚假产值，朱元璋也就不再去刨根究底了。他也知道，如果非要一查到底，那么最后自取其辱的只会是他这个帝国的一把手而已。至于郭桓案造成的损失，朱元璋派人去各地追赃。此时此刻，各地官员为了自己的身家性命，他们必须想尽一切办法去填补仓库的亏空。
上有政策，下有对策，朱元璋在《大诰》里描述了当时各地官员的对策。例如大名府开州州判刘汝霖，明明知道本州官吏罗从礼手中寄存有一万七千贯赃款，却发了一个通知，要求老百姓各家各户摊派，包赔赃款。由此可以知晓，地方官吏并没有吐出赃款，而是将亏空又再次转嫁到老百姓的头上。
朱元璋极为愤怒，跟着发了一道文：许多地方官员借此机会在全县范围内科敛百姓，等于加征了一道税。收税的总额之中，大约上缴百分之一就足以补偿赃款，其余部分便落入自己的腰包。原来收藏的赃款自然还是自己的。要求各地耆民赴京面奏，揭发地方官的犯罪事实，下决心严厉惩处各级官员和牵连案件的富民。
《大诰》中写道：在浙江西部，府、州、县的官吏们像“虎狼”一样科敛老百姓。譬如折收秋粮，府州县官不收粮食，要百姓折钞票交纳，每石米折钞二贯（引者注：即2000文，而市场价格不过500文），他们巧立名色，另外索取“水脚钱”100文，“车脚钱”300文，“口食钱”100文。管仓库的衙役又要“辨验钱”100文，“蒲篓钱”100文，“竹篓钱”100文，沿江“神佛钱”100文。根据朱元璋提供的数字，我们可以测算出，正额二千文，竟有额外索取九百文，多收了45%。如果从源头算起，每石米的价值不过500文，官吏们竟然收2900文，多收了5.8倍。
郭桓等人几年之内连贪污带盗卖再加上掺水毁掉的官粮，给大明朝造成了2400万石粮食的损失，而这相当于当时整个国家一年的收入。如此一来，出身贫民的朱元璋焉有不怒之理。他如果再不出手，任由事态这么发展下去，后果将变得不堪设想。朱元璋成立了以国家检察院副院长（右审刑）吴庸为组长的郭桓案专案组，不光要查，而且要一查到底。
现在这个案子已经不是郭桓和几个主犯们的问题，而是朱元璋要将这个案子的牵连度扩展到什么程度。郭桓只是户部的一个副部长，在朱元璋刚刚处理完胡惟庸，又刚刚增设了锦衣卫的大背景下，郭恒竟敢以身试法，贪污如此巨额的国家财产，的确让人感到不可思议。朱元璋的特务网络遍及全国，许多官员白天贪污，晚上就被揭发，郭桓却能在朱元璋眼皮子底下私吞几个省的公粮，这也不正常；更何况朱元璋自废除丞相之后，大事小事都事必躬亲，成百上千万石的粮食没有按期入库，难道朱元璋自己竟会没发现，还需要等着御史来揭发？疑点归疑点，既然朱元璋已经表明这是一起极其恶劣的贪腐案件，一切莫须有也就成了合理的存在。这张巨型大网已经撒下，对郭恒同党的追查在全国范围内陆续展开。为了保证********，朱元璋坚持走“宁可错杀一千，不可使一人漏网”的严酷路线。对于他来说，不见血的权力运行，根本无法保证大明朝的长治久安。
在严格的追查之下，朱元璋很快发现，六部的所有官员几乎都成了郭桓的同犯，当然这个结果也是朱元璋事前应该能够想到的。其中涉案官员包括兵部（国防部）侍郎王志、礼部（礼法）尚书赵瑁、刑部（司法部）尚书王惠迪、工部（建设部）侍郎麦至德等，据《刑法志》记载，当时除了上面所列的六部高级官员外，所有侍郎（副部长）以下官员都卷入其中，成为刀下之鬼。
兵部侍郎王志职务犯罪获得赃款总额是22万贯，相当于今天的500万元人民币。事情败露后，朱元璋亲自审问王志，问：“王志，你怎么贪污受贿了那么多？”
王志回答：“财利迷其心，虽君亲亦忘之。”
朱元璋又问“现在有什么想法？”
王志的回答与所有临行的贪官如出一辙：“臣临刑方觉悔不及矣！”
这也就是说当时的六部，每个部除了尚书（部长）一人，侍郎（副部长）两人（上文已列出者除外），所有的办事官员都被杀掉了。当时的部长真的成了光杆司令，官员们陷入了恐惧之中，见面的第一句话应该就是“你们今天死了几个？”其实到后来这个问题也不用回答，因为一个部里最多只剩下三个人
这是中央官员，还有地方的经办官员，粮食是由省里送来的，往下查，就是各个府县，府县再往下，就是那些所谓的富户、粮长。这些人也大多被杀掉。古语云“法不责众”。但朱元璋根本不相信这一套，他下令：该杀的都得杀！