李善长和胡惟庸的死并没有让朱元璋停下夺权的脚步，他派出检校，四处收集所谓的谋反证据，把胡惟庸一案的新账旧账拿出来反复清算。在这种滚雪球似的清算方式下，死了的胡惟庸并依然还在折腾，罪名也在不断地升级中。由最初的“擅权枉法”发展到私通日本、蒙古，再到串通李善长等人谋反。
罪名每升级一次，打击面就扩张一次。牵连的人员也由与胡惟庸血缘相近的亲族、同乡，延伸至故旧、僚属以及其他关系的人。凡是能够牵扯上一星半点关系的，皆被连坐诛族，先后杀掉了三万多人。和管理百僚的李善长，参与军机的刘基相比，宋濂作为一代文宗，只是替朱元璋起草文书，教育太子，对江山的威胁应当不如两人，但朱元璋仍然不放心，害怕他泄漏宫中的秘密。好在宋濂守口如瓶，有一次他与客人饮酒，朱元璋派人秘密侦查，第二天，皇帝问宋濂昨日是否饮酒，客人是谁，用什么样的下酒菜。宋濂具实回答，朱元璋笑言真是这么回事，宋濂没有说谎。一个大臣连私生活都这样要受到皇帝的严密关注，就算取得富贵也难以体会到人生的快乐。
宋濂的下场也不好，他的长孙被勾连入胡惟庸案，朱元璋准备杀他，马皇后对朱元璋说，老百姓为子弟请老师，尚且以礼仪对待始终，何况天子。况且宋濂住在家里，未必知道此事。如此，皇后救了他一命，但宋濂仍然被发配到茂州，最后死在了四川夔州。
在胡惟庸死后十二年，帝国再度掀起“蓝玉案”。作为一代名将，开国功臣的蓝玉，受封凉国公，为人桀骜不驯。蓝玉是常遇春的内弟，而常遇春的女儿又是太子朱标的妃子，所以蓝玉和太子朱标就有了亲戚关系。
《明通鉴》中曾经记载过这样一件事，蓝玉身为太子朱标的亲戚，极为关心东宫的权力之争。他曾经提醒朱标要提防燕王朱棣：“燕王在国，抚众安静不扰，得军民心，众咸谓其有君人之度……臣又闻望气者言，燕地有天子气，殿下宜审之”。意思是，燕王朱棣不是一般人，收买人心迟早是要造反的，我找过人望他的气，燕地有天子气象。
朱标却不以为意，淡淡地说“燕王事我甚恭谨”。
蓝玉估计事后连肠子都悔青了，他在说这件事的时候，曾经专门叮嘱太子朱标不要传扬出去，谁知道朱标还是告诉了朱棣。等到太子朱标病死，燕王朱棣在入朝奏事的时候就对朱元璋说：“在朝诸公，有人纵恣不法，如不处置，将来恐成尾大不掉之势。”朱棣这句话虽未明指蓝玉，但大家心里都清楚，蓝玉曾在太子面前说过朱棣，朱棣现在要施行报复了，再加上"纵恣不法"四字，更是确指蓝玉。
在这种情况下，蓝玉竟然还是率性而为，一点也没有收敛自己的行为。
蓝玉在战场上是不可多得的将帅之才，他出征西番，擒得逃寇，且捉住了建昌卫的叛帅。可是离开战场，蓝玉的表现只能用一介莽夫来形容。他在战争结束的归途中，干了一件颇为让人不耻的事。他用暴力霸占了元主的老婆，结果这位妃子羞愧自杀。蓝玉的行为违反了朱元璋的民族政策，也不得人心。他的这种做法让朱元璋十分愤怒，但由于考虑到蓝玉功劳很大，便没有去更深的追究他，而蓝玉却以为这是默许的表现，更加放肆起来。
在这之后，蓝玉的这类表演是越来越多。比如说在他回到喜峰关口时，由于已经是黑夜，守关的官员休息了，听到有人叫关就立刻跑去开门，而蓝玉却干出了谁也想不到的事情。他命令自己的士兵攻击关卡，打破城墙强行闯入，还颇为洋洋自得。
蓝玉还纵容家奴侵占民田，当御史对其家奴的不法行为进行质问，他毫不顾忌结果，竟然堂而皇之地驱逐御史。
诸如此类不靠谱的事件让朱元璋极为恼火，他原来准备封蓝玉为梁国公，为了警告蓝玉，他把梁字改成了凉字，从中也可以看出朱元璋对蓝玉态度的转变。
蓝玉征西归来，以为回朝后会得到大封赏，没想到朱元璋根本就不理他。到册立皇太孙时，他满以为会让自己做太子太师，却没想到自己还是太子太傅，反倒让冯胜、傅有德两人做了太子太师。这让蓝玉十分愤怒，扯着袖子大喊道："难道我还做不得太子太师吗？"他这一番闹腾弄得朱元璋更不高兴。
自此以后，蓝玉上朝奏事，没有一件能够获得批准。蓝玉不仅没有收敛，反而变得更加肆无忌惮。有一次，他见朱元璋乘舆远远地经过，便指着说："那个乘舆的人已经怀疑我了！"这样的话传至朱元璋的耳朵里，没有祸。
锦衣卫听到了这句话，立刻报告蓝玉谋反，并说他与鹤庆侯张翼、普定侯陈垣、景川侯曹震、舳舻侯朱寿、东莞伯河荣、吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等人私底下相互勾连，准备起事，欲劫皇上车驾。
朱元璋正愁找不到借口，便将其拿下，亲自审问，再由刑部锻炼成狱，以假作真。据称蓝玉在受审时对他的叛逆罪供认不讳，同时在他的招供过程中，又把许多侯爵以及吏部尚书詹徽都牵扯进来。詹徽曾经主持审理过李善长案子，现在又奉旨受理蓝玉一案。让人意想不到的是，蓝玉的供词把詹徽也拉了进来。
洪武二十五年（1393年）三月，蓝玉被公开肢解。蓝玉作为统帅部属众多，受株连的人数众多，而且最后下场都是族诛。也就是一人犯罪，或受株连，就按家按族屠戮。在蓝玉被清洗一案中，许多开国功臣都跟着成了刀下冤魂。这使得人们有理由猜测，朱元璋之所以要实行这种大清洗，就是要消除可能威胁皇位继承人的帝国权贵们。
事后，朱元璋为了辩明其行为的正确性，他想出了各种办法。胡惟庸党案以后，朱元璋搞了一个《昭示奸党录》布告天下；蓝玉案以后，朱元璋又搞了一个《逆臣録》，并且是朱元璋“手诏布告天下”，列名《逆臣録》的，有一公、十三侯、二伯。朱元璋这样做的目的，显然是想给蓝玉和胡惟庸两件清洗案做个了结，同时向帝国的权力集团和民间社会传递出一个信息：这两件大案是钦定的，谁也不准来翻这个案。
朱元璋掀起的这场权力“连环三击”前后持续了十多年，被卷进去杀死的文武功臣各色人等，有五万人之多。效果是达到了，可天意民心却难以交代过去。
其中有些人的确属于罪大恶极，自取灭亡的。譬如永嘉侯朱亮祖仗着手中的威权，恶贯满盈。但更多的人死得实在是冤枉，理由给的也是不清不楚。朱元璋巧妙地借助了朝臣之间的矛盾，将诬陷栽赃运用到了极致，他先后以谋逆、谋反、通倭种种理由把胡惟庸、蓝玉、李善长等几大权力集团全部收拾干净，只杀得刀锋卷口。
“蓝玉案”发生一年后，宋国公冯胜在缸上设板，用碌碡在上面打稻谷，声响远震数里。于是有仇家状告冯胜私藏兵器，朱元璋将其召入京城，赐以酒食，冯胜毒发而死。颖国公傅有德，奏请土地，不仅不准，反被赐死。定远侯王弼躲在家里偷偷叹息："皇上春秋日高，喜怒无常，我辈恐怕很难活下去了！"结果被检校监听并告密，也被朱元璋赐死。
经过这么上上下下的一番折腾，帝国的开国功臣已经所剩无几。依然有幸存活于世的，一个个都远离权力核心地带，自己拢起袖子晒太阳去了。徐达、常遇春、李文忠、汤和、邓愈、沐英六人没有因罪获刑，死皆封王，但徐、常、李、邓四人都是死在胡蓝大案之前，沐英镇守云南，天高皇帝远。只有汤和躲过了这一场接一场的血腥清洗，实在是不容易。要知道汤和同颖国公傅友德是儿女亲家。他洁身远引、解甲归田，绝口不谈政事，享年七十多岁，得以寿终正寝。
朱元璋的分权制衡体系就这样在血腥中建立起来了，那些潜在威胁朱明王朝统治的功臣们被一个个剔除，但事情还远没有到结束的时候。虽然相权这时候被生生剥离出了权力系统，但由于朱元璋的血腥杀戮毫无节制，使得权力结构中的辅政系统损毁严重，最后到了形同虚设的地步。
这就造成了一个什么局面呢？就是说在那个复式立体化的权力系统中，官家权力机构都变成了花瓶式的摆设，看上去很美，可中看不中用。官员事无巨细都要跑到朱元璋面前去请示汇报一番，朱元璋没有拍板的事，谁也定夺不了。这就好像在一个几十口人的封建大家庭里，大事让一家之长拿主意。如果一个人饿了喝碗牛肉汤，渴了泡壶龙井也要来个请示汇报，一次两次算是尊重长辈，天天如此，谁也受不了。一个家庭尚且有轻重缓急，运转一个诺大繁杂的帝国系统又岂是一个人能够忙得过来的活。
朱元璋虽然是劳模皇帝，可劳模皇帝毕竟是肉身凡胎不是神灵精怪。他面对的是庞大的官僚机器，面对的是没完没了的复杂政务，这让他陷入了身心俱疲的境地。