镇藩亲王不仅自有军队，而且还负有监督地方驻军之责。这一点，朱元璋对右军都督府的长官说得很明白：“盖王府置护卫，又设都司，正为彼此防闲。都司乃朝廷方面，凡奉敕调兵，不启王知，不得辄行，有王令旨而无朝命，亦不擅发，如有密旨，不令王知，亦须详审覆而行，此国家体统如此。”就是说，凡藩王所在地的都司有军队调动，必须知会藩王；同时，藩王在无皇帝命令的情况下，也无权擅自调动都司的军队，皇令与王令二者互相作用。到了洪武朝晚期，朱元璋在《皇明祖训》中更是以制度的形式对此作出明确规定：“凡朝廷调兵，须有御宝文书与王，并有御宝文书与守镇官。守镇官既得御宝文书，又得王令旨，方许发兵；无王令旨，不得发兵！”此外，还规定：“如朝无正臣，内有奸恶，则亲王训兵待命，天子密诏诸王，统领镇兵讨平之。”如此一来，藩王在全权掌握自己护卫军的基础上，还兼有在特殊时期统领都司军以撼卫皇室利益的权力。
当然，为防止藩王坐大进而叛乱，朱元璋在加强各藩王军事权力的同时，也注意适当削弱和限制他们的某些政治权力。诸王最初本来配备有王傅府和王相府，洪武九年（1376年）二月废除王傅府，并规定王府官员的职权仅限于王府，不得干预地方政务。洪武十三年（1379年）十月又废除了王相府，仅保留了王相府下属的长史司，其长官左、右长史的官秩由正七品提升为正三品，其职责只限于代藩王起草陈谢、进献表启和请封、谢恩等秘书性质的事务。尤其值得一提的是，最初藩王在封地“生杀予夺，从王区处，朝廷毋得干预”，其王府的官员由藩王于“境内选用”。可是，从洪武十四年（1380年）十月起，朱元璋规定，诸王不能再干预地方行政事务，亦不能再自行选用王府的官员，所有王府官员的任免由他亲自定夺，这就大大削弱了藩王在地方的政治权力。因此，从某种意义上讲，藩王更近乎是皇帝派驻地方的一血亲军事力量和军事代表。
经过朱元璋长达数十年殚思竭虑的整改，大明帝国的行政、军事、司法监察等三大系统的机构被牢牢掌控在皇帝手中，它们相互独立又彼此钳制，令封建中央集权制度空前加强。为了巩固这一整改成果，朱元璋将所有相关条款悉数纳入《皇明祖训》，以期“立为定法”，传之子孙。
洪武二十八年（1395年）六月，朱元璋再次专为此事敕谕群臣：“自古三公论道，六卿分职，自秦始置丞相，不旋踵而亡，汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人专权乱政。我朝罢相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后嗣君并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，处以重刑！”
大概是觉得普通形式的敕谕力度不够，数月之后，朱元璋又在《祖训条章》中特意强调：“后世敢有言更改祖法者，即以奸臣论无赦！”由此可知朱元璋对自己改革成果的满意及珍视程度。
§§§第二节 打压地主豪族，整肃贪腐官吏
除了改革政体、巩固皇权之外，朱元璋铁腕治国的第二个措施就是打压豪族，整肃贪腐。
公道地说，由于地主豪族是封建政权统治国家所依赖的重要对象，因此，建国伊始，朱元璋针对他们制定的政策其实很不错，不仅承认他们原有的世袭产业，帮助他们恢复在战争中受到破坏的经济势力，而且还由于这些人普遍有文化和威信的缘故，选拔他们到各级政权机构担任职务，以期共同维护和加强新政权的统治。
对于朱元璋的这些政策和措施，地主豪族起初固然表示感激和拥护，然而，人性是贪婪的，时间一长，他们便开始千方百计地逃避政府制定的税赋和徭役。不仅“有田而不输租，有丁而不应役”，而且“欺凌小民，武断乡曲”，弄得民怨沸腾，一些农民甚至因此再度揭竿而起。
为了朱明王朝的长治久安，避免社会矛盾的进一步激化，朱元璋于是采取各种措施，对地主豪族进行抑制和打压，他采取的第一个办法是在全国范围实行田亩大清查活动，亦即实行鱼鳞图册制度。所谓鱼鳞图册，本书前文曾经讲过，元末长期战乱，田地簿籍遗失严重，各地政府对地主手中掌握的土地情况不明而导致他们竞相逃避国家的税赋，朱元璋命令在全国范围内重新丈量土地，编造图籍，因该图籍详尽绘制田块的形状，并标有亩数、土质、田主姓名，其状若鱼鳞，故称鱼鳞图册。这次全国田亩大普查，清查出地主隐瞒的大量土地，有效地堵塞了地主豪强投机倒把的渠道。
第二个办法是限制地主进行土地扩张。由于长期战乱，地主豪强或逃或死，导致大量田地荒芜地主，于是，朱元璋规定，按照农民家庭劳力的多少，允许农民将已被其垦熟的一定数量的土地作为自己的恒久产业，原先的田主不得索取和兼并。另外，他还规定，地主豪强不得向亲王、附马、功勋大臣以及政府官吏行贿以隐瞒土地，更不准田主将田地诡寄他人名下，违者罚没田产并将田主治罪。这些措施的实施，在一定程度上限制了地主豪强对土地的兼并和扩张。
第三个办法是用暴力手段严厉打击地主豪族。公道地说，朱元璋对那些地主富民并非不教而诛，而是原本心怀良好的愿景，洪武三年（1370年）二月，他曾特地将诸郡地主富民召到京师，苦口婆心地勉谕道：“汝等居田里，安享富税者，汝知之乎？古人有言：‘民生有欲，无主乃乱。’使天下一日无主，则强淩弱，众暴寡，富者不得自安，贫者不能自存矣。今朕为尔主，立法定制，使富者得以保其富，贫者得以全其生。尔等当循分守法，能守法则能保身矣。毋淩弱，毋吞贫，毋虐小，毋欺老，孝敬父兄，和睦亲族，周给贫乏，逊顺乡里，如此则为良民！”孰料，皇帝的良苦用心被地主豪族们廉价辜负，他们照旧像元朝时代那样“欺淩小民，武断乡曲”，使当地百姓“人受其害”。
忍无可忍之余，朱元璋便祭出他那冷酷的法律之剑，终洪武一朝，仅“空印案”、“郭桓案”、“胡惟庸党案”、“蓝玉党案”和“南北榜事件”，被牵连罹祸的地主豪族竟达数千上万家之多！举个有代表性的例子：元末平江（苏州）巨富沈秀（绰号沈万三），此人据称富可敌国，曾在财力上支持过张士诚的大周政权，张氏亦曾对其树碑立传，朱元璋消灭张士诚以后，沈秀为了讨好新主人，又出资帮助修筑了南京城三分之一的城墙，另在南京修建了“廊庑一千六百五十四楹，酒楼四座”，但是，朱元璋仍旧将其发配云南充军，并将其女婿顾学文灭族。
除了诛杀，朱元璋还效仿刘邦当年的办法，将大量的富户豪族迁离故土，徙置他乡。例如，吴元年（1367年）十月，朱元璋曾下令“徙苏州富民实濠州”；洪武二十四年（1391年）底，工部又遵照皇帝指令，将全国各地富民五千三百余户徙置于南京。此外，那些曾经依附于张士诚、陈友谅、方国珍等势力以及元朝的许多豪族地主，均被朱元璋迁离故土，徙置于濠州、临淮等地。
通过这一系列的打击措施，大批违法犯禁的地主豪族，或死亡或谪边，他们的私田被罚没入官，财产充公，明王朝不仅因此赋税增加，国库充盈，而且，地方上那些地主豪族凭借势力飞扬跋扈，欺压百姓的现象也大为减少，最终起到赢得百姓拥护，促进社会安定和经济发展，以及维护朱明皇朝根本利益的作用。
作为贫贱农民出身的开国帝王，朱元璋在骨子里对处于统治阶级地位的官僚和地主有一种天然的仇视。虽然他需要这些人为朱氏皇朝的统治出力，但是，他心中无时不对他们保持着警惕和戒心。因此，在沉重打击各地豪族地主的同时，他对整肃吏治、打击贪腐也毫不手软。
值得读者注意的是，朱元璋对待他的统治帮手——各级官吏，起初和对待地主豪强一样，没有不教而诛，而是采取苦口婆心的说教办法，并制订了一系列整肃吏治的制度，目的在于防患于未然。当这些善意一次次被辜负之后，朱元璋只得变换手段，以严刑峻法大肆打击那些为非作歹的贪官污吏。
在第十一章中，笔者为大家讲过朱元璋倡导“节用”的情况。其实，他不仅倡导政府官吏要自身俭朴，而且还教导他们要学会爱惜人民，尽量体恤贫苦百姓的艰难，莫做欺天害民之事。下面举几个例子：
洪武元年（1368年）正月，朱元璋在接见全国各地来京朝觐的府、州、县主官时，如此这般谆谆教导：“天下初定，百姓财力俱困。譬犹初飞之鸟，不可拔其羽；新植之木，不可摇其根，妥在安养生息之。惟廉者能约己而利人，贪者必朘人而厚己，况人有才敏者或尼于私，善柔者或昧于欲，此皆不廉害之也，尔等当深戒之。”这是第一个例子。
洪武二年（1369年）五月，朱元璋到京城之郊的钟山视察，之后步行回城至淳化门，他对身边的侍臣说：“朕久不历农亩，适见田者冒暑而耘甚苦，因闵其劳，徒步不觉至此。农为国本，百需皆其所出，彼辛勤若是，为之司牧者亦尝闵念之乎？且均为人耳，身处富贵而不知贫贱之艰难，古人常以为戒。夫衣帛当思织女之勤，食粟当念耕夫之苦，朕为此故，不觉恻然于心也！”这是第二个例子。
再举第三个例子。洪武五年（1372年）腊月，京师修浚护城河，朱元璋从三山门经过，见一位民工祼着身子在冰水中边探边摸，便令人令人询问缘故，原来是监工吏把他的锄头扔入水中去了。朱元璋听后很是怜惜，急命民工上岸，另遣护卫壮士下水代其打捞。看到打捞上来的锄头，朱元璋气愤地说：“农夫供役月余，手足皴裂，亦甚劳矣，尚忍加害乎！”命令武士将这名监工吏捉来，当场噼里啪啦打了一顿板子，回头又对丞相汪广洋道：“今日衣重裘，体犹觉寒，况役夫贫困无衣，其苦何可胜道？”于是命令工部，除了烧炭的窰匠之外，其余民工一律停役还家。
为了使各级官吏了解农民的痛苦，激发他们对后者的怜惜之情，朱元璋常在朝会上如此戒谕群臣：“四民之中，士最为贵，农最为劳。士之最贵者何？读圣贤之书，明圣贤之道，出为君用，坐享天禄。农之最劳者何？当春之时，鸡鸣而起，驱牛秉耒而耕，及苗既种，又须耘薅，炎天赤日，形体憔悴，及至秋成，输官之外，所余能几？一或水旱虫蝗，则举家遑遑无所望矣。今居官者不念吾民之艰，至有刻剥而虐害之，无仁心甚矣！”为此，朱元璋特地令人编辑一本名叫《醒贪简要录》的书，其内容主旨是列举文武官员的品秩——每品秩俸米若干，折合稻谷若干，折合成生产稻谷之田若干，以及农民生产这些稻谷所需付出的辛苦若干等等，用算帐的方式提醒官员注意了解农民的艰辛与不易。该书辑成之后颁发给全国各地的官吏，以期唤醒他们的良心，使这些食禄者懂得体恤百姓。
作为皇帝，朱元璋能做到的最直接的恤民办法度就是精减政府机构，压缩官吏数量，减低官员俸禄。这里有几组数据可以说明问题，据《明太祖实录》记载，洪武四年（1371年）的数据：全国共设置府一百四十一个（官员八百八十名），州一百九十二个（五百七十二名），县一千零一十三个（三千零四十一名），全国官员共计四千四百九十三名；洪武十三年（1380年）的数据：京城六部官员一百零五人，加上吏员共计五百四十八人；洪武十八年（1385年）的数据：全国府、州、县地方官共计四千一百一十七人。明朝洪武年间，全国人口的保有量约在六千万左右（洪武十四年统计：全国人口59873305人），官民比例约为一比一万，与中国许多时期“十羊九牧”的官员配置情况相比，明朝洪武年间官员配置真是低到令人难以想像的程度。
不仅官员数量少，而且官俸标准也十分低廉，以洪武二十五年（1392年）朝廷出台的最终定制为证：正一品月俸米八十七石，正一品至正三品每级递减十三石；正三品三十五石，从三品二十六石，正四品二十四石，从四品二十一石，正五品十六石，从五品十四石，正六品十石，从六品八石；正七品至从九品每级递减五斗，从九品五石。朱元璋制定这个俸禄标准，事前经过了精确计算，它能保证官员及其家人的正常生活开销没有多大问题，但是若想奢侈浮华，则显然无法满足。朱元璋正是欲通过这种办法来达到既不“虚费天禄”，又能使官员以禄养廉，为自己管理天下百姓之目的。
朱元璋千方百计压缩官僚机构方面的开支，以减轻人民负担，但是，所有政府职能部门的事务却一点也不容许耽搁。为了提高政府的办事效率，他对官吏实行严格的考核制度。在这个问题上，朱元璋仍然没有不教而诛，而是亲自制订并颁行了地方各级官吏《授职到任须知》以及规范中央政府部门官员职责的《六部职掌》，使所有官吏明白各自的职守。按照这些标准，所有不称职的官吏都被坚决惩办；而表现良好的官员则受到皇帝嘉奖。
据《明会典·吏部·关给须知》记载，《授职到任须知》将地方公务细分为祀神、恤孤、制书榜文、吏典、印信衙门、狱囚、起灭词讼、田粮、仓库、会计粮储、各色课程、鱼湖、金银场、窑冶、盐场、系官房屋、书生员数、耆宿、官户、境内儒者、犯法官吏、犯法民户等等，共计三十一项，每项都对到任官员提出详尽的职责要求。以“田粮”一项为例，它要求地方官员掌握辖区军、民、匠、灶、僧、道、医、儒等户的数量有多少，官田、民田各有几何，每年官田租粮多少，民田税粮多少，以及“各分款项开报，以备度量支用”等等，均要求赴任官员悉数掌握。又例如“狱囚”一项，它要求地方官员掌握辖区案件和囚犯的数量，“知入禁年月久近，事体重轻，何者事证明白，何者取法涉疑。明白者即须归结，涉疑者更宜详审，期在事理狱平，不致冤抑”。
《授职到任须知》和《六部职掌》，经实践证明，效果不错。于是，洪武二十三年（1390年），朱元璋在《须知》的基础上又制定了《责任条例》，规定所有官府衙门必须设置一个文簿，逐项记录该官府所经办的每件事情，每季度送交上级机构考察；上级机构要对下级机构和官吏时刻保持监督。此《条例》颁行各省、府、州、县，“令刻而悬之，永为遵守”。洪武二十六年（1393年）三月，朱元璋又在《六部职掌》的基础上，令吏部和翰林院儒臣参仿《唐六典》编纂《诸司职掌》，正式颁行诸司官员，令其遵守。
官员的职守明确了，接下来就是对其实行考核，主要由“考满”和“考察”两种办法组成。
所谓考满，是指对官吏政绩的考核，它由古制“三载考绩，三考黜陟”承袭而来。其主旨是，所有官员在九年的任职期内，每三年考核一次，称为初考（或曰一考），六年曰再考，九年曰通考；考核给出的评语“曰称职，曰平常，曰不称职，为上、中、下三等”，乃官吏职务升降的依据。